生信技能树学习笔记 参考基因组准备 常用参考基因组 Ensembl asia.ensembl.org/index.html NCBI UCSC ## 进入参考基因组目录 mkdir -p $HOME/database.../GRCh38.105 cd $HOME/database/GRCh38.105 ## 下载基因组 ## 一般选择primary assembly，没有的话可以选择toplevel nohup wget...release-105/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz > dna.log & ## 下载转录组序列...> 开头，序列名称&序列描述 序列中允许空格、换行、空行，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库...ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对 Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件
近年来空间转录组技术出现在人们的视野中，由于这项技术不仅能够获得转录组的表达信息，同时还能对基因进行定位，因此受到研究者们的追捧。空间转录组技术到底是什么？它有什么用？应该怎么用？...因此空间转录组整合了基因表达和空间位置两种信息，实现对基因的定位。 ? 小鼠肾脏的空间聚类和基因表达 二、空间转录组有什么用？...空间转录组技术可以帮助我们更准确的了解疾病的病理信息；空间转录组可以消除组织分离带来的偏差。...空间转录组技术无需进行组织解离，避免了在解离过程中造成的细胞损伤；空间转录组有助于异质组织中细胞类型的识别。 ? 空间转录组可以保留组织和细胞的微环境信息 三、空间转录组是怎么实现的？...实验流程 三、空间转录组如何应用？ 整合空间转录组和单细胞转录组揭示胰腺导管腺癌的组织结构 ?
一、什么是空间转录组？...空间转录组，也称为 spatial gene expression，简称 ST-seq，是将转录组学，单细胞测序技术以及组织切片技术结合起来的技术。...传统的转录组可以得到基因的差异表达信息，单细胞转录组提供了更高分辨率的基因表达信息，可以分辨出不同细胞的类型，而空间转录组在此基础之上，还可以得到不同类型细胞的空间分布信息，分辨率进一步提高。...样品切片信息 切片+单细胞得到的空间转录组 二、为什么要做空间转录组？ 空间转录组将组织切片与转录组测序结合，实现空间信息和转录本信息的获取。...四、空间转录组建库 由于空间转录组相比于单细胞转录组多了空间信息，因此 10X Visium 的实验可以分为两个板块——组织学板块和组学板块。
对于转录组大家已经非常熟悉，那么空间转录组呢？空间转录组是什么？空间转录组有哪些方法/策略？有什么应用？... 这些问题的答案都在今天分享的这篇综述中。...基于图像的原位转录组学：基于图像的原位转录组学在很大程度上增加了可检测区域，但也存在一些问题，例如几种smFISH方法很难从包括信号干扰、转录本积累等复杂背景中提取单个细胞。...空间条形码加高通量：费用较高且无法在单个细胞中获得转录组。 空间转录组有哪些应用？...构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。...目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个器官的时空转录组图谱（相关研究后续会在数据资源专辑更新）。
一、转录组概述图片综述：A survey of best practices for RNA-seq data analysis 图片图片转录组测序原理中心法则图片图片图片mRNA测序实验流程图片测序的原理...：边合成边测序（SBS）linux命令复习图片图片图片图片目录管理#详细命令```bash# 进入到个人目录cd ~## 1.建立数据库目录：在数据库下建立参考基因组数据库，注意命名习惯：参考基因组版本信息
转录组数据分析主要参考了生信技能树Jimmy老师的相关课程及推文。 RNA-seq的read count普遍认为符合泊松分布，但是之前分析过的芯片数据符合正态分布，所以筛选DEGs的方法有一定差别。...BioMart网页工具的原始界面如下所示： 其中左侧菜单栏分别是Dataset--选择相关物种参考基因组； Filters--选择数据gene ID的类型，并输入gene ID，也存在其他类型的
但是国内学者在同一时间也有意打造Python的转录组学分析框架与生态，值得宣传和鼓励： 2023年6月7日，来自北京科技大学，清华大学与中山大学的研究者在biorxiv上发布了一篇题为“OmicVerse...bulk转录组学分析中不同算法的格式不一致，运算过慢以及不够美观的可视化问题； 除此之外，该框架还提出了一种名为“BulkTrajBlend”的单细胞插补算法，用于解决单细胞测序中由于技术限制（如通量，...BulkSpace算法，该算法利用解卷积与深度随机森林模型解决了从Bulk RNA-seq生成空间转录组数据的问题。...我希望构建一个基于Python的转录组学分析框架与生态，但仅凭我一人之力可能还有很多问题没有发现，欢迎对omicverse感兴趣的研究人员在github上面提相关的issue或者pr，帮助omicverse...用户可以利用Python社区的机器学习模型和专业知识，使用单一编程语言进行全面的转录组分析。随着OmicVerse不断发展，我们预计会进行持续更新，引入新的算法、功能和模型。
其他来源的转录组数据和TCGA的转录组数据的差别？整理输入数据的过程不同，差异分析无差别。数据下载方式不同，是否是count矩阵，行名需要是基因名，分组信息如何获取。...logFC_t)DEG2$change = ifelse(k1,"DOWN",ifelse(k2,"UP","NOT"))head(DEG2)table(DEG2$change)limma#####limma做转录组差异分析...成一簇：说明画热图的基因在两个分组间有明显的表达模式；不成一簇：说明画热图的基因在两个分组间表达模式不是特别明显；换一组基因或者增删基因，可能改变聚类的结果。
kallisto是2016年发表在Nature Biotechnology上的一个比对工具，可以将bulk或者single-cell RNA-Seq数据的序列直接比对到转录组，然后进行转录本鉴定及定量。...kallisto的优势在于比对速度很快，这是因为用了一种伪比对方法，即将k-mers比对到参考转录组上。在用20套模拟数据与以往其他软件速度比较中，kallisto速度明显更快： ? 1....创建索引 kallisto index ${dir}/trancripts.fasta -i ${dir}/trans_index 提供fasta转录组序列生成索引文件。 3....可视化 --genomebam选项可以实现，此外还需要两个额外文件，一个是gtf文件，里面有每个转录组在染色体中的位置；另外一个是每个染色体的长度文件。
我在我在04-转录组笔记推文任务列表（半年期）里面安排了6个经典综述和10篇转录组应用文献给大家，可惜愿意沉下心了认真苦学的并不多。...（https://share.mubu.com/doc/14uneHKvPg） 所以安排转录组讲师给大家做一下领读： 下面是转录组讲师的投稿 1 文章信息 标题：Circular RNA circNHSL1...关键词：CircNHSL1, miR-1306-3p, SIX1, Vimentin, Metastasis, Gastric cancer 2 数据和方法 转录组的标准分析，比较容易复现，基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可...验证结果如下： 4 SIX1通过转录调节vimentin的表达，促进胃癌的进展 作为同源箱基因家族的转录因子，SIX1可能在转录水平上调控靶基因的表达，从而发挥生物学功能。...数据：在本研究中，我们使用另一组胃癌组织(一个TMA，包括54个成对的胃癌组织和匹配的正常组织)在ISH中检测miR-1306-3p的水平。ISH测得miRNA得表达。
一．首先来看下，空间转录组学是什么 空间转录组技术旨在分析基因在组织特定空间位置的表达量。也就是说，当我们拿到一份组织切片样品，两个圈圈，在这个两个区域里的基因表达情况，高高低低的，都能弄明白了呗。...尼氏染色 (https://doi.org/10.1523/JNEUROSCI.2376-15.2015) 没错，免疫组化（immunohistochemistry, IHC）和ISH早就用来研究切片组织的...空间转录组的技术路线主要有两种: 基于二代测序或者成像。 （doi:10.1038/nmeth.2563） 1....原位测序（in-situ sequencing, ISS） 在切片组织上直接逆转录得到cDNA，通过滚环扩增（rolling circle amplification）的方式得到大量产物，然后再进行连接酶测序
含量分布 Sequence Length Distribution——长度分布 Sequence Duplication levels——序列的重复度 Overrepresented sequences——转录组中某个
转录组和代谢组是生物学研究中常用的两种高通量技术。转录组主要用于探究不同处理下基因的表达变化，但是难以确定关键途径，也无法鉴定控制关键途径的结构。...代谢组与转录组的关联分析可在一定程度上克服上述单一组学研究的局限性，从而在代谢通路上更好地解释转录调控机制。 如何对转录组和代谢组数据进行联合分析仍是一个具有挑战性的问题。...目前，转录组和代谢组的联合分析主要分为两大部分，一是寻找共同的KEGG通路和富集功能；二是进行相关性的关联分析。...上述文章算是两种组学分析中较为顺利的一篇文章。在实际分析中，不论哪两组组学联合分析，通过寻找共同具有统计学意义上显著性共享通路其实是很难找到的，特别是代谢组和转录组的联合分析。...转录组学重点是对显著上调表达的DEGs进行GO功能注释，结果发现了PDHB最为显著影响的细胞分解代谢过程。
scRNA-seq & SRT DE分析工具最新进展 差异表达（DE）分析是单细胞转录组（scRNA-seq）和空间分辨转录组学（SRT）数据分析的必要步骤。
vaginal prolapse”的研究论文，链接是：https://www.nature.com/articles/s41467-020-20358-y 我注意到这个研究比较好的结合了传统bulk转录组数据和单细胞转录组数据...传统bulk转录组数据 链接是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...因为是传统的bulk转录组数据，所以我们并不能确定这 1190 upregulated genes and 1355 downregulated genes 到底是由bulk转录组样品里面的具体什么细胞的改变造成的...我们看到的其实是bulk转录组样品里面的全部细胞的改变的一个混合效应，但是如果加上单细胞转录组数据，就可以完美的解决这个问题： COL9A1, shown to be upregulated in bulk...差异基因来源于不同的细胞亚群 单细胞转录组（10X技术） 链接是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
空转&scRNA-seq整合分析工具排雷篇 Hello，我还是那个 时不时分享、汇总、比较空转工具的小编~今天给大家“投喂”的这篇文献来自Nature子刊《Nature Methods》，研究人员对空间转录组和单细胞转录组整合分析工具进行比较...一方面，基于原位杂交和荧光显微镜（基于图像）的空间转录组学方法（包括seqFISH、osmFISH和MERFISH）能够以高分辨率和准确度检测转录物的空间分布，但它们只能检测RNA转录物的总数。...另一方面，基于下一代测序（基于测序）的空间转录组学方法，如ST、10X Visium和Slide-seq，可以从空间中的点在整个转录组水平上捕获表达的RNA，但每个点（半径10~100µm）可能包含多个细胞...这些空间转录组学方法的局限性阻碍了它们在空间单细胞分辨率下捕获整个转录组尺度数据的能力。...为了突破空间转录组学方法的局限性，生物信息学家提出并开发了多种整合方法，将空间转录组学和单细胞转录组（scRNA-seq）数据结合起来，包括gimVI、SpaGE、Tangram、Seurat、novoSpaRc
接着 02 中的 adata 继续处理，使用 harmony 整合两个数据，消除批次效应。
通路富集；2、python版本的“hotspot”首先是第一个内容,我们需要拿到如下结果：关于生态位的通路富集，之前分享过R版本，内容在10X空间转录组数据分析之细胞类型与生物学通路的空间依赖性空转第10...我们开始python版本的生态位通路富集,大家尽量都把脚本封装好，运行的时候就方便的多，测试的时候需要一步一步来。...,"orange", "red","darkred"))(50)my_col[0] <- "white"p<-pheatmap(gsea_table_new_cm, color= my_col) 关于python...版本的“hotspot”，参考文章空间转录组niche通路富集与空间“hotspot”生活很好，有你更好
兼容性问题：修改 tissue_positions.csv 为 tissue_positions_list.csv，并且把 header 删除
这是封面这本书的学习笔记，前面的笔记在这： 1.宏基因组学习笔记 2.宏基因组学习笔记2 生物信息数据分析工具 QIIME(Quantitative Insights Into Microbial...总结 本章，我们简要介绍了微生物组的定义、概念、发育遗传和宏基因组。然后回顾了DNA测序，特别是NGS技术和宏基因组方法。另外，我们介绍了两个最常用的生信数据分析工具qiime和mothur。
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