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序列匹配(五)重复匹配问题的动态规划算法

前言: 蛋白质序列中常有重复的功能域(domain)或模体(motif)拷贝,由此衍生出一个抽象的序列多重匹配的问题,即如何从一个序列中找出另一个序列的某部分(如功能域或模体)的多个无交叠(non-overlapping...问题及算法描述 更具体地描述上面的问题:有序列x和y,其中y是包含结构域的序列,x是要从中找到多重匹配的序列。...”; x(i-1)参与了联配,且与x(i)属于不同的“匹配段”。...alnRepeat3的结果仍有重复,说明代码还要优化。...小结 本文介绍了生物序列重复匹配的问题以及相应的动态规划算法,在代码实现过程中,发现了疑似错误的示例(原计算公式似乎没有考虑到两个“匹配段”紧挨在一起的情况)并补充了计算公式。

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正则表达式-2.重复匹配

匹配次数 1.1 匹配一个或多个字符 +匹配一个或多个字符,例如: a+匹配一个或者多个a [a-z]+匹配一个或者多个小写字母 [0-9]+匹配一个或者多个数字 // 邮件地址检测 /[\w\.]...1.2 匹配零个或者多个字符 *匹配零个或者多个字符。 /[\w\.]*@\w+\.\w+/.test("@qq.com");//true 1.3 匹配零个或者一个字符 ?匹配零个或者一个字符。....]+/.test("https://baidu.com"); // true 1.4 匹配重复次数 大括号({})用来设定重复的次数。 匹配精确的值: {3},匹配到3次。...匹配范围区间: {1,3},至少匹配到1次,最多3次。 至少匹配次数: {3,},至少匹配到3次。 至多匹配次数: {,3}最多匹配了3次。 2....过度匹配 在不知道匹配次数的上限的情况下,容易出现过度匹配的问题: // 想匹配b标签中的内容 "head this is in a B tag mid this is in another

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正则表达式必知必会 - 重复匹配

无法指定具体的匹配次数。         为了解决这些问题并对重复匹配有更多的控制权,正则表达式允许使用重复范围(interval)。重复范围在 { 和 } 之间指定。...,{6} 要求重复匹配该字符 6 次。...匹配“至少重复多少次”         重复范围的最后一种用法是指定至少要匹配多少次(不指定最大匹配次数)。这种用法的语法类似于区间范围语法,只是省略了最大值部分而已。...三、防止过度匹配         ? 的匹配范围有限(仅限零次或一次匹配),当使用精确数量或区间时,重复范围匹配也是如此。...但本篇介绍的其他重复匹配形式在重复次数方面都没有上限值,而这样做有时会导致过度匹配的现象。考虑下面这个例子,例子中的文本取自某个 Web 页面,里面包含两个 HTML 的 标签。

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python opencv】模板匹配

目标 在本章中,您将学习 - 使用模板匹配在图像中查找对象 - 你将看到以下功能:cv.matchTemplate(),cv.minMaxLoc() 理论 模板匹配是一种用于在较大图像中搜索和查找模板图像位置的方法...它返回一个灰度图像,其中每个像素表示该像素的邻域与模板匹配的程度。 如果输入图像的大小为(WxH),而模板图像的大小为(wxh),则输出图像的大小将为(W-w + 1,H-h + 1)。...注意 如果使用**cv.TM_SQDIFF**作为比较方法,则最小值提供最佳匹配。 OpenCV中的模板匹配 作为示例,我们将在梅西的照片中搜索他的脸。所以我创建了一个模板,如下所示: ?...'cv.TM_SQDIFF_NORMED'] for meth in methods: img = img2.copy() method = eval(meth) # 应用模板匹配...多对象的模板匹配 在上一节中,我们在图像中搜索了梅西的脸,该脸在图像中仅出现一次。假设您正在搜索具有多次出现的对象,则**cv.minMaxLoc**()不会为您提供所有位置。

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如何用正则表达式匹配重复字符

给定一个正则表达式,它要么匹配一些文本(进行一次搜索),要么匹配并替换一些文本。 下面跟大家分享一个文中非常经典的正则表达式,如何用正则表达式匹配重复字符。...假设你有一段文本,你想把这段文本里所有连续重复出现的单词(打字错误,其中有一个单词输了两遍)找出来。显然,在搜索某个单词的第二次出现时,这个单词必须是已知的。...回溯引用允许正则表达式模式引用前面的匹配结果(具体到这个例子,就是前面匹配到的单词)。把这个问题弄明白的最佳办法是看看它到底是如何工作的。下面是一段包含着2组重复单词的文本。...[ ]+匹配一个或多个空格,\w+匹配一个或多个字母数字字符,[ ]+匹配随后的空格。注意,\w+是括在括号里的,它是一个子表达式。这个子表达式不是用来进行重复匹配的,这里根本不涉及重复匹配的问题。...于是,在上面那个例子里,[ ]+(\w+)[ ]+\1将匹配同一个单词的连续两次重复出现。

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