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Mark-Sweep

Mark-Sweep.png Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象...Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象...清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象...标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep...遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep 遍历所有对象 标记活对象 清除死亡对象 Mark-Compact 将活动对象往一端移动Mark-Sweep

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如何使用Rsweep函数对表达矩阵进行标准化

如下图所示 除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化: z-score=(表达量-均值)/标准差 那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...10) #计算每一行的均值 rowmean=apply(data,1,mean) #计算每一行的标准差 rowsd=apply(data,1,sd) #每一行基因表达值减去这一行的均值 data1=sweep...(data,1,rowmean) #每一行基因表达值除以这一行的标准差 data2=sweep(data1,1,rowsd,'/') data2 得到的结果如下 如果对R里面scale这个函数比较熟悉的小伙伴...因为scale默认对列做操作,所以这里先用t对表达矩阵做一个转置 #计算完再用t转置回来 data3=t(scale(t(data))) data3 得到的结果如下,有兴趣的小伙伴可以去对比一下跟使用sweep

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WP-Sweep 插件清理 WordPress 垃圾评论和数据结构

今天说一款清理 WordPress 垃圾评论和数据结构的插件:WP-Sweep。...使用 WP-Sweep 优化数据库之前,老魏提前备份了网站文件和数据库文件,因为是第一次使用,这个操作是必须的。...1、查找安装 WP-Sweep 插件 在 wp 管理后台的插件-安装插件中,输入 WP-Sweep 并搜索。结果如下图所示,点击“现在安装”并启用这个插件。...进入 wp-sweep 插件,就会看到优化提示,你可以点击每条项目最后的 sweep 按钮,清理你想要的项目,或者点击最下面的 sweep all 按钮就一键清理全部数据库。...wp-sweep 插件优化速度倒是蛮快的,不过没有类似 WP-Optimize 插件那种优化了多少 kb 数据的统计结果。

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R||R语言基础(三)_R

今天继续学习R语言基础的R包使用,以R包:dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐的也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗? ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题,那么恭喜你,你的R应该没问题啦! 应该没问题了!!!!吧?

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RR 的函数

函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。 args函数可以用来查看函数包含了哪些参数,args返回一个函数类型的对象,函数体为NULL。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作,formals函数是一个很好的工具,它会返回一个配对列表对象(对应参数名和设定的默认参数值)。...注意,formals函数仅能运行在R写的函数上(类型为closure的对象),而不能在内嵌函数(bulti-in function)上运行。...例如: > f.formals$y <- 3 > formals(f) <- f.formals > args(f) function (x, y = 3, z = 2) NULL R提供了一个非常方便的函数...加入解释器在到达全局环境时依然没有找到var,那么R会在全局环境中指定var的值为value。

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RR Docker 教程

原英文网址:http://ropenscilabs.github.io/r-docker-tutorial ❞ ? 这是专门为具有 R 和 RStudio 知识的朋友设计的 Docker 教程。...想象一下,你正在 R 中进行分析,然后将代码发送给朋友。你的朋友在完全相同的数据集上运行此代码,但结果略有不同。这可能有多种原因,例如操作系统不同,R 软件包的版本不同等。...docker run --rm -p 8787:8787 -v /Users/tiffanytimbers/Documents/DC/r-docker-tutorial:/home/rstudio/r-docker-tutorial...第三课:安装 R 包 在 RStudio 内安装 R 包 这跟我们使用 RStudio 桌面版没什么区别,试试运行: # install package install.packages('gapminder...安装 R 系统外部依赖 许多 R 包有外部依赖,如 GSL, GDAL, JAGS,为了安装它们,你需要进行如下的操作: docker ps # find the ID of the running container

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R」从 R 到 Rcpp

参考图书:《Rcpp:R 与 C++ 的无缝整合》 Rcpp 的主要目的在于使得开发 R 语言的 C++ 相关拓展变得更加容易、更少出错。 我们首先从斐波那契数列问题开始探索 Rcpp。...if (x == 0) return(0); if (x == 1) return(1); return fibonacci(x - 1) + fibonacci(x - 2); } R...通过 .Call() 可以在 R 和 C++ 之间传递对象。...在写好上述两个函数后,后面的工作就是编译函数,生成所谓的“共享库”,这样 R 就可以加载和调用它。编译、链接和加载是一个纯粹的体力活,幸好,工具包 inline 可以帮助我们完成这 3 个步骤。...可以看到,通过 R 调用 c++ 简化到了仅仅添加一些必要的头文件和属性信息即可,不需要改动工作代码本身。当然,强大的 Rcpp 不仅仅如此,它还提供了诸多的与 R 交互的数据类型,后续再学习分享。

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RR Docker 教程(续)

❝接「RR Docker 教程❞ 第五课:Dockerfile 前面我们学习了一个可以在 Docker 中运行 RStudio 的基础镜像,学习如何使用 docker commit 修改镜像的内容。...接下来,让我们基于该基础镜像添加一层,让 gapminder 提取安装好可以直接使用: RUN R -e "install.packages('gapminder', repos = 'http://cran.us.r-project.org...保存你的 Dockerfile,返回终端,现在我们可以利用下面的命令构建一个自定义镜像: docker build -t my-r-image ....-t my-r-image 指定镜像名字(要小写),. 指定构建镜像所需要的资源来源,这里指当前目录。...这一次我们使用指定的 R 版本,通过这里[1]查看所有可获取的镜像列表。版本标签在可重复性分析中非常有用。

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R」Rprofile:R 全局设置

存储在 ~/.Rprofile 中的内容是一个 R 脚本,它会在 R 启动时自动运行,所以可以作为全局的配置使用。...根据我的 R 使用经验,结合 Y 叔和 Yihui 提供的一些便利函数,我构建了一个比较合适的 R 配置。推荐大家结合自己需求使用和自定义。 目前设定涉及的功能: 设置 UTF-8 编码。...设置 R 提示用英文显示,方便查看和搜索 R 代码错误信息。 设置 CRAN 下载源为同济大学;Bioconductor 下载源为清华大学。...设定自定义 R 包存储路径,这个非常有用,便于以后 R 版本涉及不影响 R 包。 设置 R 临时文件目录,这个在一些场景下也有用(比如快速查看临时文件)。 设置载入 pacman 用来管理 R 包。...R packages again and again ## It may be useful when install GitHub R packages .loop_install <- function

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R||R语言基础(一)

学习生信时,最常用的可视化软件就是R,可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio,究竟什么是R和Rstudio? R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。...参考资料:https://m.bilibili.com/video/av25643438.html R-project管理多个R工作目录

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