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R语言之双细胞检测工具DoubletFinder

双细胞的定义是一个液滴或一个微孔中包含了2个或多个细胞 。根据Poisson分布,单个液滴包含超过一个细胞(doublets或multiplets)的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上样细胞浓度较高,doublets/multiplets的频率也会增加。因此,单细胞实验中的doublets事件限制了实验时的细胞通量。当前有两个工具是比较流行的,一个是基于python的scrublet。其原理是数据中出现doublet时,有两种情况。一种称之为内嵌双细胞,在这种情况下,doublet和真正存在的某种细胞类型有相似的基因表达,doublet会和这些细胞被聚类到一起,同时在分群结果中占某一个群的一小部分,不会对最终的分析结果产生严重的影响。另一种情况称之为新型双细胞,在这种情况下,doublet会构成一个和现有的细胞类型基因表达非常不同的群,而这个新的群会严重影响到后续的分析结果。但不管在什么情况下,都假定doublet只占样本数据中很小的一部分。

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