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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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    批量运行多个R脚本并打印运行状态

    曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...,再用for in循环依次执行tryCatch,依次运行每一个脚本,如果运行过程中有warning,就会提示「warning @ 脚本名 @ warning的具体内容」,如果运行中有error,就会提示

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    如何使用Docker构建运行时间较长的脚本

    我开发了一个会运行很长时间的构建脚本,这个脚本中包含了很多的步骤。 这个脚本运行1-2个小时。 它会从网络下载比较大的文件(超过300M)。 后面的构建步骤依赖前期构建的库。...但最最烦人的是,运行这个脚本真的需要花很长的时间。 文件系统是固有状态 我们一般是通过一种有状态的方式与文件系统进行交互的。我们可以添加、删除或移动文件。我们可以修改文件的 权限或者它的访问时间。...生成脚本的快照 使用快照可以帮助构建一个长时运行脚本。...总的想法是,将一个大的脚本分解为许多小的脚本(我喜欢称之为 scriptlets),并单独运行这些小的脚本脚本运行后为其文件系统打一个快照 (Docker会自动执行此操作)。...我做了很多看起来没用的或者不雅的事情,但都是必要的,这都是为了保证将开发脚本的总时间降到最低限度。构建脚本可以在这里找到。

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    新加坡服务器上如何实现自动脚本运行

    在新加坡服务器运行脚本涉及几个关键步骤,包括连接到服务器、上传脚本、配置环境以及实际执行脚本。以下是详细的步骤指南,适用于Linux服务器:1....上传脚本使用SCP上传脚本如果脚本在本地机器上,可以使用SCP(Secure Copy)将脚本上传到服务器。...运行脚本赋予脚本执行权限确保脚本有执行权限。chmod +x /remote/path/to/your-script.sh运行脚本直接运行脚本。...其他工具screen 或 tmux:用于在断开SSH连接后继续运行脚本。nohup:让脚本在后台运行,即使关闭终端也不会中断。...sh复制代码nohup /remote/path/to/your-script.sh &通过这些步骤,你可以在新加坡服务器上成功上传、配置和运行脚本。确保按照脚本要求配置环境,以确保脚本运行顺利。

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    后台运行python脚本

    在Linux系统中,可以使用nohup命令将一个进程放到后台运行,并将该进程的输出重定向到一个文件中。以下是在后台运行Python脚本的步骤: 打开终端,并进入Python脚本所在的目录。...输入以下命令: nohup python script.py > output.log & 其中,script.py是要运行的Python脚本的文件名,output.log是输出日志的文件名。...&符号表示将该命令放到后台运行,nohup命令可以保证即使关闭终端,该进程也能继续运行。 执行完上述命令后,可以关闭终端。...Python脚本将在后台继续运行,同时将输出重定向到output.log文件中。 如果需要停止后台运行的Python脚本,可以使用ps命令查找进程ID,然后使用kill命令停止该进程。

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