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R语言遇到plink,就在R运行plink吧

R语言和plink软件都是常用的软件,随着对软件的熟悉,就不用自己写代码了,直接改代码了,既然改代码,就在一个环境下运行就行了,不想来回切换R和Bash。...问题来了:如何在R语言运行plink软件。 Linux系统下,将plink放到bin文件夹下,直接调用就行,用R语言的system直接调用就行。...1,下载plink软件 2,下载R语言 3,将plink.exe文件,放到R语言的bin文件夹下 4,将R语言的路径放到环境变量中 然后就可以在R中调用plink软件了,而且代码放到Linux系统下...,也可以直接运行,岂一个爽字了得!...5,测试是否成功 打开Rstudio,新建一个R脚本: # test plink system("plink") 运行: 搞定! 分割线 ---- 大家好,我是邓飞,一个持续分享的数据分析师

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linux23-直接在命令行运行python或R

确实有的时候,我们需要结合python,R 或者一般shell 语法的特性,结合使用,甚至制作精巧的pipeline。 我们可以不可以直接在命令行中使用shell 语法呢?...(shell 举了举手) 命令行内使用python或R python 提供了-c 选项,我们可以直接利用该选项,输入python 命令: $ python3 -c 'a=3;print(a)' 3 但无奈的是...既然Rscript,可以接受脚本进行R 命令运行,那么,我们可否在不书写R 脚本的情况下,直接把内容传递给Rscript 呢? 如果是重定向输入或者是管道符号呢?...似乎命令行内直接使用其他语言都不是一个明智的决定。当我们需要其他语言时,还是得依靠脚本,实现输入输出的传递。...命令行中直接运行的场景,目前我能想到的也仅仅是,你可以直接在命令行内进行数学计算了: ❯ 1+1 zsh: command not found: 1+1 ❯ python3 -c 'print(1+2)

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nodejs 运行命令行

nodejs怎么运行? 答:对于 nodeJS 项目的运行,只需要安装一个 node的环境就可以了,不需要其他的配置。...使用 cmd 命令,打开 window 窗口,输入 node -v ,如果运行的结果是 nodeJS的一个版本,说明环境就已经OK了。...如何使用 node.js 构建一个根据询问创建文件的命令行工具? 答:使用 Node.js 构建一个根据询问创建文件的命令行工具。 当用于构建命令行界面(CLI)时,Node.js 十分有用。...在这篇文章中,我将会教你如何使用 Node.js 来构建一个问一些问题并基于回答创建一个文件的命令行工具。 首先,创建一个新的 npm 包(NPM 是 JavaScript 包管理器)。...或是 node xx 这种方式运行 nodeJS 项目。

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使用R语言进行Metroplis-in-Gibbs采样和MCMC运行分析

我将说明该算法,给出一些R代码结果,然后分析R代码以识别MH算法中的瓶颈。 模型 此示例的模拟数据是包含 患者的横截面数据集。有一个二元结果, 一个二元治疗变量, 一个因子age。...从这个意义上讲,我们运行的是Gibbs –使用MH每次迭代绘制整个系数块。 跳跃分布的方差是重要的参数。如果方差太小,则当前提案可能会非常接近最后一个值,因此 也很可能接近1。...下面是使用R分析,显示了这一点。for循环运行Gibbs迭代。在每个Gibbs迭代中,我都调用函数rcond_post_beta_mh(),该函数使用MH从参数向量的条件后验中得出图形。...深入研究rcond_post_beta_mh(),我们看到子例程log_cond_post_beta()是MH运行中的瓶颈。此函数是beta载体的对数条件后验密度,将其评估两次。

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R语言从入门到精通:Day2-R和RStudio的运行视频教程

本来想着R语言虽然重要,但是肯花心思学习的人可能还是少数,大家可要持之以恒哟。今天,我们就开始进入到《R语言从入门到精通》的第二节:R和RStudio的使用。...上节课程中,我们讲解了R和RStudio的安装,(错过的朋友,可以直接点击这里 ? )R语言从入门到精通:Day1-R语言的安装,本节内容我们来学习如何使用他们。...控制台就是我们运行R代码和输出运行结果的地方,而命令行就是具体书写代码的位置。...命令行都是以“>”开头的,在RGui中所有的R代码都是写在“>”后面的,写好了代码之后,运行代码直接回车(Enter键)即可。我们举一个最简单的例子,1+1的计算: ?...RStudio的运行 科·研·猫 上节课已经说过,RStudio是R语言的一个非常优秀的编辑器,它集成了R代码的编写、运行、调试、可视化等等非常多的功能。

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R||R语言基础(三)_R

今天继续学习R语言基础的R包使用,以R包:dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐的也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗? ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题,那么恭喜你,你的R应该没问题啦! 应该没问题了!!!!吧?

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R||R语言基础(一)

学习生信时,最常用的可视化软件就是R,可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio,究竟什么是R和Rstudio? R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件,类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同,直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号

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java 命令行运行jar包_java命令行运行jar包详解2016

java命令行运行jar包详解2016 jar包是什么呢?jar是java archive file 的简写。从名字就可以知道,它的应用与Java息息相关。...在命令行中键入jar命令之后,就会出现下图。里面详细的介绍了jar命令的用法: 下面我们举例介绍jar命令的一些比较常用的用法。...2.在命令行里切换到review目录所在的目录下面,笔者这里应该切换到e:盘下面。(这一步很关键) 3.使用如下命令: jar cvf d:/test.jar review/coreJava。...以上就是有关生成jar文件的方法,希望对大家学习java语言有所帮助! 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。

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批量运行多个R脚本

里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('....其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识,我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化,以及基于Linux的NGS数据处理: 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门...Linux(2019更新版)》 其中,R语言可能更重要一点,我把R的知识点路线图搞定,如下: 了解常量和变量概念 加减乘除等运算(计算器) 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子) 多种数据结构(向量,矩阵

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r语言 固定效应模型_r语言coef函数

___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...几个包的介绍: 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包,是R语言安装时默认的包,它除了可以分析分层的线性混合模型,也可以处理非线性模型。...它的用户主要是育种公司、科研机构等,它可以在各种平台上运行,包括Windows、Linux、OS X等。...2、R语言案例 数据来源:一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法,这个数据oats是在MASS包中,是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验,其中品种为主区,肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集,然后加载mgcv包,再将年份数据中心化以方便解释模型,最后用lmer函数进行建模。

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R语言升级

因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级,正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍,今天主要介绍updateR这个函数: updateR()主要要来升级R软件,升级过程中会遇到下面的一些选项: 会提示当前版本已经后面最新的升级版本: ?...我们设置好后关闭Rstudio,再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然,我们如果需要安装github的包的时候,Rtools软件老版本也不再适用,需要下载新版本的Rtools。...下载链接:https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷,暂时还不能完成Linux系统下的R升级。

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