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【R语言】如何绘制截断Y轴的柱形图

在绘制柱形图的时候， 我们经常会遇到Y轴部分数据范围很广的情况。有些数值很大，但是有些有非常小，不在一个尺度范围内。...如果直接使用最大值作为y轴的范围，那么那些数值很小的柱子就会显得很矮，画出来的图会很难看。遇到这种情况我们该如何处理呢？今天就给大家分享一下截断Y轴的柱形图。...2,4,6,8,10),labels=c(2,4,6,800,1000)) segments(-2,7.8,1.2,8,col="white",lwd=8) 2plotrix包 library(plotrix) x<...-c(0:5,6.9,7) y<-2^x from<-33 to<-110 bp <- gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2) axis.break(2,from*(1...",style="slash") axis(2,at=from,las=2,bty="n") # 如果想要去掉上、右框，可以去掉gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2)中的

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R语言画森林图展示Logistic回归分析的结果

之前的推文参考《R语言实战》介绍了R语言做Logistic回归分析的简单小例子，R语言做Logistic回归的简单小例子今天的推文继续，介绍一些Logistic回归分析结果的展示方法。...image.png 就采用表格的形式展示Logistic回归分析的结果，上述表格把有统计学意义的结果进行了加粗，使得读者看起来不那么费劲。那么，有没有更加直观的方法展示回归结果呢？...当然有，那就是森林图。近年来，越来越多文献用森林图来展示回归的结果。接下来我们一起来学习一下如何用R作森林图。...第一步是准备数据 森林图展示的数据通常是Logistic回归分析的系数和95%置信区间以及显著性检验的P值，那么如何获得这些结果呢？...这里准备数据的过程稍微有些繁琐了，不知道大家有没有简便的方法呢？欢迎留言讨论呀！

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R语言ggplot2画柱形图展示GO富集分析结果—给坐标轴文本添加框线

image.png 有朋友问到这个GO富集分析的柱形图坐标轴文本的框线是怎么实现的。...我目前的思路是用geom_text()函数添加文本代替原来的坐标轴文本，然后用geom_rect()函数添加矩形框线。...（这个框线是一个平行四边形，geom_rect()函数画的是矩形，如果要画平行四边形可以借助geom_polygon()这个函数实现，但是平行四边形四个顶点的的坐标不太好确定）整体试下来虽然能够实现，但稍显麻烦...今天的推文介绍一下自己尝试的代码，如果目的是学习ggplot2可以尝试一下，如果目的是着急要出图结果，还是建议不添加框线，然后借助其他编辑图的工具去添加框线。...",vjust=-1) 最后出图 image.png 但是这个有一个问题是：如果改变图片的长和宽的话，框线和文本的位置就会乱掉，暂时想不到原因是啥了；这里还有一个问题是怎么给文本的长度设定一个阈值

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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画图展示SNP位点的碱基类型

image.png 今天重复的图是来自于论文中的figure3 b ?...geom_text()函数 这里最开始的思路是借助aplot这个包的拼图功能实现的，但是上下两个部分拼接的时候遇到了报错，使用patchwork拼接的时候也遇到了报错，报错的内容忘记保存了，暂时不知道如何解决...使用ggbio这个包做的图也不能使用ggsave()函数保存 上半部分具体的数据格式可以参考之前的推文 跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图 下半部分的数据格式 ?...image.png 这个原图中有7个品种，我这边就不全部准备了，我这边只准备3个 第一列是品种的名字 第二列是snp的位置 第三列是snp在图上的y轴位置，从-1开始，每多一个品种就减一 第四列是碱基类型...第五列是碱基的分类 A代表 变异的碱基，R是参考序列的碱基 第一步是加载需要用到的R包 library(ggh4x) library(ggplot2) library(ggbio) library(GenomicRanges

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跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画图如何让坐标轴以科学计数法显示

今天的推文是昨天推文的延续 跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右。...disorders中的 figure2B image.png image.png 但是有一个细节没有能够实现，就是让坐标轴以上图样子的科学计数法显示，昨天的推文发出后有读者留言了对应的解决办法，今天在推文中记录一下...首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=c("A","B","C","D"), y=c(0.001,0.002,0.003,0.004)) df 最基本的柱形图...接下来简单的美化一下 ggplot(df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x))+ scale_y_continuous(labels = c(expression...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R语言ggplot2画一幅漂亮的哑铃图

在找资料的时候偶然发现的这个图，这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth.../ikashnitsky/2f3e2b2af6f50911bb775bbce6eb0fb8 https://ikashnitsky.github.io/2019/dotplot/ 感觉这个图很漂亮，数据代码还是公开的...，所以我们来重复一下 这个图横坐标是 变化率，纵坐标是地区，每一个纵坐标对应的是两个 1980-84 1988-92 变量，其中每一个对应的是实心点和空心点，census和stat record 这个图目前还想不到如何应用于我自己的数据...，次条推文是广告 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记...；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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R语言ggplot2画热图添加分组信息的颜色条

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...expression(paste(italic("ABC"),"123"))) 下面进入今天推文的正式内容 首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文...R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条 df2<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap_color_bar.csv

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跟着Gut学画图：R语言ggtree包画弦图的简单小例子

中的Figure3A image.png image.png R语言里circlize这个包应该可以实现，最近在学习ggtreeExtra，对应的论文里有一个图 image.png 最内圈基本是一样的...，实现这个内圈的函数是ggtree包的geom_taxalink()函数，这里我用4.0.3版本的R和2.4.1版本的ggtree会遇到报错 Error in numnotnull("fontsize"...) : object '.pt' not found,暂时不知道是什么原因，我安装了4.1.0版本的R和3.0.2版本的ggtree就没有这个报错 下面介绍代码 首先是自己准备一个newick格式的树文件...image.png 同一个组的数据用括号括起来，中间逗号分隔，不同组之间用逗号分隔，最后一个括号将所有内容括到一起，最后是一个分号 画一个树形图展示一下 library(ggtree) library...次条推文是一个广告 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学

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R语言ggtree画聚类树图的时候的报错和解决办法

之前录制了一起视频介绍了使用R语言的ggtree包可视化展示层次聚类分析结果的视频 最近好几个读者在公众号留言画图的时候遇到报错 c2741754fed0c3d43cff75ff709fe8a.png...caller_env) : argument "caller_env" is missing, with no default 这个报错具体原因是什么我暂时也不知道，但是搜索这个报错找到了一个解决办法是 把已经安装好的ggtree...error-error-in-datamasknew-data-caller-env-argument-calle 如果遇到了这个报错可以按照这个方法试试，关于ggtree还录制了视频 欢迎大家关注我的公众号...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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R语言maftools包画oncoplot(瀑布图)的一个简单小例子

今天天在一个讨论群里看见有人 问是 否可以有偿做TCGA中 某个肿瘤的突变基因瀑布图 吗，瀑布图之前听过，但是自己没有画过。...感觉有错过了一个可以赚外快的好机会，赶紧找资料来学习一下，争取下次可以抓住赚外快的好机会，哈哈哈哈。...一行代码就出图，这也太方便了吧！...首先把代码运行一下，看自己能不能得到结果图 之前没有用过这个包，第一次用需要先安装 BiocManager::install("maftools") 安装没有遇到问题 加载 library(maftools...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

2.5K10

R语言ggplot2画环状柱形图(circular barplot)的简单小例子

这个是很长时间之前写的内容了，忘记了有没有在公众号发过，正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现，就想到了这篇笔记，在公众号发一下 一下是笔记的内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...，个人感觉非常适合用来展示叶绿体基因组蛋白编码基因的dn/ds值，因为不仅能够通过柱状图的高低来比较dn/ds值的大小，还能够通过环状展示蛋白编码基因在叶绿体基因组上所处的位置 A circular barplot...简易版的环状柱形图 就是这样似的 ?...接下来重复教程 https://www.r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups/ 代码 #准备数据 df<-data.frame(individual...),'cm') p+theme(plot.margin=unit(2,2,2,2),'cm') 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python

3.9K20

R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes...接下来是美化 调整一下y轴的的顺序 df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile...scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+ theme(panel.background = element_blank()) 将X轴放到顶部

3.1K10

R语言fmsb包画雷达图（radar plot）的一个简单小例子

喜欢看篮球的同学对这个图肯定不会默认，NBA或者CBA比赛直播的时候经常会用雷达图展示球员的个人数据，比如下面这个图，展示的就是哈登的一个个人数据 ?...image.png 多个图放到一起也可以用来表示比较。比如在下面这个图就可以很直观的看出詹姆斯和哈登两个人数据的差异 ? image.png 但这个雷达图在学术论文里用的好像相对比较少。...今天的推文就用雷达图展示一下昨晚张公子的数据 数据来源 http://cbadata.sports.sohu.com/players/matches/100024158 雷达图需要准备的数据格式如下 ?...image.png 然后就是通过一些参数进行美化 主要就是更改线的类型颜色等等 radarchart(df, pcol = "#00AFBB", pfcol...image.png 这样就做好了 如果是多个球员的数据放到一起画用来比较也是可以的，多组数据可以参考链接 https://www.datanovia.com/en/blog/beautiful-radar-chart-in-r-using-fmsb-and-ggplot-packages

3.6K10

R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子

曼哈顿图是GWAS数据分析中经常会用到的一个图，R语言里有专门的包和函数直接生成曼哈顿图。但是如果有数据的话我们自己也可以用ggplot2来做。 做曼哈顿图的数据通常是以下这种格式 ?...image.png 第一列是SNP对应的一个名字 第二列是染色体编号 第三列是SNP在染色体的位置 第四列是特征对应的一个P值 如果有多个特征依次往后排就可以了 曼哈顿图可以理解成一个x对应多个y的散点图...使用ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot(pig60K,aes(x=Chromosome,y=trait1))+ geom_jitter() ?...image.png 这个时候还有一个问题是X轴不是按照1,2,3这样依次排下来的，我们可以通过更改因子水平来给X轴重新排序 df$Chromosome<-factor(df$Chromosome,...image.png 今天内容的视频版 也欢迎大家到B站关注我 同名 小明的数据分析笔记本，会时不时的更新一些R语言做数据处理和数据可视化的视频，点击阅读原文直达。

1.9K30

R语言ggplot2画漂亮的环形柱形图的一个实例

在twitter上看到一个图 image.png 配色很漂亮，代码和数据也是公开的，今天的推文来学习一下他的代码 代码来源的链接是 https://github.com/NearAndDistant/...data_science_with_r 这个链接还有很多其他的R语言ggplot2作图的例子，代码和数据都是公开的，大家自己有时间可以重复一下其中的代码 image.png 这个环形柱形图的代码是以shiny...app的形式提供的，这里我们忽略shiny app,只把作图代码拆解出来 首先是整理数据的代码 library(tidyverse) # import data for project breed_traits_raw...20220210获取 接下来作图是从top_dogs这个数据集开始 首先是读取数据 top_dogs<-read.csv("top_dogs.csv") head(top_dogs) 画图代码 首先是背景的圈和文字...需要把添加狗的品种名的代码放到添加图片的代码的后面，要不然会有遮盖 image.png 同样的代码在话另外一个品种 top_dogs %>% filter(breed == "Yorkshire

1.1K30

R语言ggplot2画右三角方块热图的简单小例子

还是这幅图 ? image.png 本来以为今天的推文可以重复出来的，但还是高估自己了，实现过程遇到了问题，暂时还不知道如何解决，后面想到办法再来介绍吧！...今天的推文先介绍右上角的方块热图实现办法吧! 首先是方块四周的灰色边框 这里使用到的是geom_tile()函数。...image.png 如果是画三角热图示例数据如下 ?...,variable.name="y") %>% na.omit() -> dftmp 自定义x，y轴的顺序，通过改变因子水平来实现 dftmp$x<-factor(dftmp$x,...image.png 除了用方块的形状，我们还可以使用ggstar这个包中的其他形状，比如我们来一个心形 关于ggstar这个包可以参考之前的推文 R语言ggstar包：给散点图的形状提供更多的选择 library

2.8K30
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