可以制作动态交互图标，比shiny简单一些。 #Basic Usage library(manipulate) manipulate(plot(1:x), x ...
Other functions that work with intervals include int_start, int_end, int_flip, i...
基础 R函数和plyr plyr包中一些有用的函数 R程序 参考资料 plyr: The split-apply-combine strategy for R 不再是循环，而是向量操作，这个包的目的是简化...R函数和plyr ?...merge(baseball, first, by = "id", all.x = TRUE)) system.time(b3 <- join(baseball, first, by = "id")) R程序...length(year))) system.time(tapply(baseball$year,baseball$id,function(x) length(x))) 参考资料 Sean Anderson 的R教程
gbm效果和randomForest相近，但是占用内存更少，且支持多核crossValidation运算。
knitr可以把r代码嵌入到rmarkdown和latex中，然后编译成html等文档。 html和markdown html极为笨重，md相对简洁，并且可以很容易地转化为html。...r markdown 图片输出到html，使用svg比默认的png效果更好。...```{r bunch_o_figs_svg, fig.height=4, fig.width=8, dev='svg'} n <- 100 x <- rnorm(n) par(mfrow=c(1,2)...```{r kable} n <- 100 x <- rnorm(n) y <- 2*x + rnorm(n) out <- lm(y ~ x) library(knitr) kable(summary...::session_info() ``` make 创造可重复流程时，通常使用GNU-MAKE编译，联合bibtex，latex，r中的内容。
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages("dplyr", repos = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/") 更多镜像地址可登录r官网查询。
背景 R 语言的一大优势就是有各种各样的扩展包，所谓 R 扩展包，就是将数据处理的算法通过 R函数来实现，再加上测试数据，说明文档整合在一起，就是 R 的扩展包。...在使用 R 的过程中，肯定需要使用到 R 的包，因此，需要掌握 R 包的管理，包括包的查找，安装，加载，升级，取消加载，删除，查看帮助文档等等操作。...相比于 R 内置的函数，bioconda提供了更加方便的环境管理，安装R包更加方便。如果使用bioconda版本的R，使用bioconda安装 R 包更加方便。...包迁移 6.1 直接拷贝 R 包 R 包一般都是一个完整文件，只需要将 R 包整个文件夹迁移走，一般就可以运行。...对 R 包进行迁移时，尽量保证 R 版本一致。直接将整个 R 包目录拷贝到新的目录下即可。首先找到 R包的安装目录，然后将整个目录打包，拷贝到另外一个目录解压缩。
稀疏矩阵在数据稀疏的情况下节省了空间 library(Matrix) m1 <- matrix(0, nrow = 1000, ncol = 1000) m2 ...
r与python差异比较大的一个地方就是，python的机器学习算法集中程度比较高，比如sklearn，就集成了很多的算法，而R语言更多时候需要一个包一个包去了解，比较费时费力，对于python转过来的朋友非常不友好...，抽空整理了工作中常用的R包如下： 常用检验函数： ?...基本上分布中常见的都罗列了： 常用作图函数包： ggplot2：万能，基本上excel能画的图它都能画 rattle：fancyRpartPlot函数，决策树画图函数 基础包函数：barplot、pie...factanal函数 时序分析： ts时序构建函数 timsac包时序分析 holtwinter包时序分析 decomp、tsr、stl成分分解 zoo 时间序列数据的预处理 统计及预处理： 常用的包 Base R,...最后剩下常用的就是读入和写出了： RODBC 连接ODBC数据库接口 jsonlite 读写json文件 yaml 读写yaml文件 rmakdown写文档 knitr自动文档生成 一般业务中使用比较多的就是上面这些了，当然R里面有很多冷门的包
frame to see all of the columns data.frame(head(flights)) filter keep rows matching criteria # base R...in% operator filter(flights, UniqueCarrier %in% c("AA", "UA")) select pick columns by name # base R...sqrt(sum((x1-x2)^2)) # chaining method (x1-x2)^2 %>% sum() %>% sqrt() arrange reorder rows # base R...variables that are functions of exciting variables which is d ifferent form transform # base R...flights % mutate(Speed = Distance/AirTime*60) summarise reduce variables to values # base R
optim函数包含了几种不同的算法。 算法的选择依赖于求解导数的难易程度，通常最好提供原函数的导数。
3, dep_delay) %>% arrange(desc(dep_delay)) # unique rows can be identified using unique() from base R...columns and fewer rows options(dplyr.width = Inf, dplyr.print_min = 6) # reset options (or just close R)
参考的r代码如下 names(airquality) = tolower(names(airquality)) head(airquality) # melt md = melt(airquality...(climate_variable == "solar.r"))
为什么要批量安装R语言包 当你在新的环境下， 安装R语言时，你需要安装很多包，比如tidyverse，比如data.table，这里你可以写一个函数，将所有需要的包写进去，然后进行批量安装 2....如何运行代码 将上面代码放到R语言中,运行即可安装定义的包 如果想要增加新的包, 放到packages里面即可.
本次分享来源于自己学习时收集资料的总结 EXCEL文件的格式有xls、xlsx这两种，这里我们采用R包是gdata的read.xls函数 提示：read.xls函数对xls支持EXCEL97-2004
1. paper LEA: An R package for landscape and ecological association studies 使用说明文档 不同格式的数据使用LEA 2....The R program allows running population structure inference algorithms, choosing the number of clusters...The methods used by R are fast and accurate, and they are free of standard population genetic equilibrium...划重点: 可以在R语言中实现软件Structure的功能 可以做类似admixture的图 简单操作, 几个命令实现相关功能 C语言开发, 可以处理大数据 3....) source("http://membres-timc.imag.fr/Olivier.Francois/POPSutilities.R") 4.
), each = 10) ) identify_outliers(demo.data,score) 还有函数is_outlier()直接输入向量鉴定异常值 plantlist 查询和处理植物学名的用R程序包...bioseq 公众号文章 MEE:生物序列数据处理工具R包bioseq，主要功能是实现了DNA、RNA和氨基酸三种生物序列数据处理。...image.png BRRR 在 卖萌哥 的简书推送https://www.jianshu.com/p/f83fee3e5a60发现的这个R包。...可以发出声音应用场景是如果R语言程序运行时间比较长，可以在结尾处加上一条命令，程序结束后可以用声音来提醒自己。哈哈哈哈哈，自己试了一下，里面的声音还挺好玩的。...最开始想直接写循环，R直接自己退出了。接下来想到能不能在循环的时候设置时间间隔？暂时还不知道如何实现。遂单条命令一个一个运行。
当然，需要先在R软件中加载这两个包。 ? （2）访问R实例 需要用到robjects.r，它是在Python中的嵌入式R进程，把r当作从python走向R的通道来看就可以了。...通过r实例，我们可以读取R的内置变量、调用R的函数、甚至，直接把它当作R的解析器来用。 ? 上面用了三种方式来访问R对象中的pi，分别把r实例当作字典，把r实例当作方法，把r实例当作一个类对象。...还可以用过R实例，直接在Python中写R代码： 总之用robjects.r(' ')，括号里面可以直接敲R的代码就是了！！...（3）利用robjects创建R向量 创建R的字符型、整形和浮点型向量 （4）调用R函数 利用robjects.r(' ')调用R中的函数，以sum求和函数和sort排序函数为例 （5）调用R语言绘图...总结 本文主要介绍了利用rpy2包在Python中访问R语言包和函数，其中最重要的子包是robjects，可以生成R中的数据结构；最重要的实例是rojects.r(' ')，可以通过三种方式访问R中的数据和函数
RIdeogram 是用来展示 染色体组型 （idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。
在R中，apply函数族是在对列表或者向量每个元素调用函数的首选方法。虽然R基础库中有这些函数，但它们的使用可能难以掌握。...你现在准备在R中进行一些分析，因此你可以在SQL编辑器中运行查询，将结果复制到csv（或者……xlsx）并读入R，你并不需要这样做！ R对于几乎每一个可以想到的数据库都有好的驱动。...不仅可以避免生成数以百计的CSV文件，在R中运行查询还可以节省I/O和转换数据类型的时间。日期，时间等会自动设置为R中的等价表示。...它还使你的R脚本可重复，因此你或你团队中的其他人可以轻松获得相同的结果。 6. lubridate 在R中处理日期我从来没有幸运过。我从来没有完全掌握用POSIXs和R内建日期类型合作的方法。...这是它在R中的使用方法。
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