前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。...我们还是以☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比中的数据为例 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\...t",header=T,row.names=1) #生成png图片，删除之前的堆积柱形图 png(file="before.png",width=560,height=400) #设置图片右边空白宽度，...稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放，利用rainbow生成20种颜色 barplot(as.matrix(a),las=2,col=rainbow...png(file="after.png",width=540,height=400) #设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放
经过这张图，我们可以初步得到的信息是：（1）T1到T4各个分期的患者总数（2）T1期男性患者的数目，T1女性患者的数目（3）其他分期男性或者女性的患者数目。...经过此图我们便可以得知不同分期下，男性和女性所占百分比。...总结 这里我用了两个个小技巧，（1）首先明确ggplot2绘制堆叠条形图时，对number这一列相加，所以我将number设置为1，刚好代表每一行就是一个样本/患者（2）在计算百分比时，用了ddply函数...，它首先将stage分组，然后计算stage=T1时，T1样本中男性的数目除以T1样本总数目，这样就得到了每一个样本在所属的stage的百分比，随后绘图相加即可得到百分比图。
今天的推文的主要内容是复现一下论文中的figure1 image.png 部分示例数据截图 image.png 饼状图的数据只有3个，是手动输入的 作图代码 library(tidyverse)
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8 s41586-022-04808-9.pdf 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据...，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的 Figure3a Figure3b Figure3c 频率分布直方图,堆积柱形图,散点图 image.png 频率分布直方图代码...100)+ scale_fill_manual(values = c("#d1edcd","#94c2db","#fdbeb8"), label=c(TeX(r"...0,1,0.2))+ scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0)))+ labs(y="Counts", x=TeX(r"...for (i in 1:3){ p1<-p1+ annotate(geom = "text",x=x[i],y=80,label=x[i],hjust=0) } p1 image.png 堆积柱形图
/www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8 pdf s41586-022-04808-9.pdf 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据...，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig7b Extended Data Fig7c 箱线图和堆积柱形图 image.png 箱线图下方的...panel.grid = element_blank())+ annotate(geom = "text", x=4,y=Inf, label=TeX(r"...theme(legend.position ="none")+ plot_layout(ncol = 1,heights = c(10,1)) -> p3 p3 image.png 最后是堆积柱形图的代码...Module"="#98c0d7"))+ geom_text(aes(x=x,y=new_col,label=y), vjust=1)+ labs(x=NULL,y=TeX(r"
昨天以最简单的单序列柱形图作为对象详细的讲解了关于套用主题以及图表美化的思路。 今天就我们常用的几种柱形图的衍生图表——簇状柱形图、堆积柱形图、百分比堆积柱形图的美化工作进行讲解。...由于今天的案例数据中有两个年份的数据，其实算是汇总过的二维表（宽数据），不符合R语言图表数据源的结构（一维表、长数据），所以需要使用reshape2包中的melt函数对数据进行重塑，将其变为长数据进行作图...堆积柱形图套用主题： ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat="identity",position="stack")+ggtitle...堆积条形图： ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat="identity",position="stack")+ggtitle(...百分比堆积条形图： ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat="identity",position="fill")+ggtitle
最近有人在公众号后台留言问到这个问题，今天的推文介绍一下ggplot2做堆积柱形图并添加误差线的办法 完整代码 ''' 堆积柱形图添加误差线 ''' getwd() library(ggplot2)...0,100))+ scale_fill_material_d()+ theme_bw()+ labs(x=NULL,y="ABCD") 最终结果 image.png 首先是准备数据 这个是R语言里自带的数据集...，我将其写出到一个文件里，部分数据如下 image.png 我们只用到其中的三列 species 企鹅的种类 sex 企鹅的性别 bill_length_mm 企鹅嘴的长度 解释代码 用到的R语言包...画图代码在今天推文的第三条视频中会有介绍，这里就不用文字来解释了 今天的推文完整示例数据和代码可以在第二条推文的留言区获取（第二条推文是一个广告） 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
-04664-7#Sec33 数据代码链接 https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment- 今天的推文学习一下推文中的Figure 1a的堆积柱形图...，没有找到论文中的作图代码，但是找到了原始数据集，有了原始数据集就可以自己写代码来做这个图 image.png 作图数据集部分截图 image.png 读取数据集 library(readxl)...data/20220630/41586_2022_4664_MOESM3_ESM.xlsx", sheet = "Fig 1a") head(dat01) 最基本的堆积柱形图...scale_fill_discrete(limits=c("EX","EW","CR", "EN","VU","DD","NT","LC")) 现在堆积柱形图展示的是真实数值...threatened (%)")+ guides(fill=guide_legend(title = NULL,nrow = 1,byrow = FALSE)) image.png 制作封面图
如何画出比较好看的堆积小提琴图？...image.png 此外，生信店小二还整理了其他四种实现堆积小提琴的方式。
2023Naturemicrobiology--Ahigh-qualitygenomecompendiumofthehumangutmicrobiomeofInnerMongolians4.pdf 论文中大部分作图数据都有，争取把论文中的图都复现一下...今天的推文我们试着复现一下论文中的Figure2d image.png 部分示例数据截图 image.png 数据预处理 将数据分成两个部分，一个部分用于话朝左的柱形图，一个部分用于画朝右的堆积柱形图...xmin = 120,xmax = 120, ymin = 30,ymax=30) -> p1 p1 image.png 然后是顶部的图...legend.position = "none", panel.grid = element_blank())+ labs(x=NULL,y=NULL) -> p2 p2 最后将两个图拼到一起
04664-7#Sec33 数据代码链接 https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment- 今天的推文学习一下推文中的Figure 1b的环形堆积柱形图...，没有找到论文中的作图代码，但是找到了原始数据集，有了原始数据集就可以自己写代码来做这个图 image.png 代码可以参考这个链接 https://r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups.html...dat01 %>% mutate(new_x = rep(paste0('X',formatC(1:31,width = 2,flag = 0)),each=8)) -> dat01 最基本的堆积柱形图...x=new_x,y=n,fill=rlCodes))+ geom_bar(stat = "identity",position = "fill") image.png 这里有一个问题是论文中的图第一个柱子不是...1,暂时没有想明白是什么意思 这里有点看起来是分组堆积柱形图的效果，ggplot2好像没有做分组堆积柱形图的函数，他这里的处理方式是增加x，并给新增加的x赋值为零 变成环状 ggplot(data =
堆积柱形图代码数据来源 https://github.com/kaustavSen/tidytuesday/blob/master/2021/week_11.R 感兴趣的可以尝试下原始代码 我将数据整理部分的代码去掉了...movies", x = "", y = "", caption = "Original plot by Fivethirtyeight | Replicated in R...25, 45), plot.background = element_rect(fill = "#f0f0f0", color = "#f0f0f0") ) image.png 簇状柱形图的代码
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8 s41586-022-04808-9.pdf 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据...，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 4箱线图和堆积柱形图 image.png Extended Data Fig. 4a...,"Indels","SVs", "SNPs+Indels","SNPs+Indels+SVs"))+ labs(x=NULL,y=TeX(r"...("#c0d5e5","#edd2c4"), labels=c("SL5.0-332","TGG1.1-332"))+ labs(x=NULL,y=TeX(r"...geom_text(data=df.label, aes(x=x,y=y,label=sprintf("%.2f",y_label)))+ labs(x=NULL,y=TeX(r"
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y s41586-022-05275-y.pdf 代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍...今天的推文重复论文中的Figure3 image.png 首先是作图数据 簇状柱形图 image.png 堆积柱形图 image.png 作图代码 getwd() setwd("data/20221014...color="red")+ scale_fill_manual(values = c("#00afbb","#e7b800"), labels=c(TeX(r"..."#ee82ee", lty="dashed")+ annotate(geom = "text",x=4.5,y=0.5, label=TeX(r"...library(patchwork) p1+p2+ plot_annotation(tag_levels = "a") image.png 这里a小图上图例里的虚线不知道是怎么添加的，出图后借助其他软件来编辑吧
citric acid accumulation in citrus fruits https://www.nature.com/articles/s41588-023-01516-6 论文中提供了部分图的原始数据...，我们可以利用论文中提供的原始数据试着复现一下论文中的图 今天的推文我们试着复现一下论文中的figure5a image.png 一个簇状的堆积柱形图 R语言的ggplot2没有现成的函数可以做簇状的堆积柱形图...，我这里的思路是按照单一堆积柱形图的方式来做，赋予间断的横坐标，让出图效果看起来比较像簇状的堆积柱形图，接下来试试这个思路是否可行。...c(1,15)) -> p2 library(patchwork) p1+p2+ plot_layout(ncol = 1,heights = c(10,1)) image.png 最终的出图效果...组和组之间加2，这样就有了间隔，就做成了簇状柱形图的效果
image.png 在一个交流群看到有人问这个图怎么实现，今天的推文我们来介绍一下如何用R预言的ggplot2实现上面这个图。...scale_fill_manual(values = c("#f8766d","#a3a500","#00bf7d","#00b0f6","gray")) image.png 背后灰色的柱子是堆积柱形图...前面的柱子是簇状柱形图 示例数据和代码可以给推文打赏1元获取 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
Circos图加拿大的生物信息科学家 Martin Krzywinski 开发的，最初主要用于基因组序列相关数据的可视化。现在越来越多的领域把Circos图引入其中。...今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。 首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....我们看下R包中可以实现的功能函数列表。...circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels
在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图 当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...连续性变量的森林图 分析指标是连续变量，也称数值变量，可选择加权均数差(WMD)或标准化均数差(SMD)为合并统计量。...以上就是森林图的理论知识。接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。 首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。 下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?...Graph.pos主要是定位森林图所在的位置。通过数字来确定为第几列。 hrzl_lines以list形式设置表中线的类型以及长度。
箱图 简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。 百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 然后制作一个表示mpg与vs的关系的并列的箱图 boxplot(mpg~vs, data = input2...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 箱图修改每个箱子的标签 boxplot( mpg ~ vs, input2, names = c(
基因表达差异火山图 提到差异火山图，相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山（喷发），所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中，在基因表达层面，用于展示两组间表达量上调和下调的基因。...如下图示例，癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。...作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式，差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件，作图就可以了。
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