今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理，通过轮廓点和分组来定义每一个地区（国家边界），通过多边形填充来完成区域填色。...ggplot的图层叠加原理晕允许我们在坐标系统的叠加多个图层； 所以在地图上叠加散点、甚至气泡可以很容易的实现： 包的导入： library(maptools) library(ggplot2) library...图层中指定数据源为合并后的业务数据，散点面积（大小）用zhibiao1来映射，气泡图颜色用zhibiao2来映射（本来散点是只有点颜色（使用colour控制，没有填充色的，可是当给散点指定其形状后，散点就有了面积属性可以使用...fill进行颜色填充），气泡的轮廓线用colour来指定）。...之后的scale_size_area（）和scale_fill_gradient2（）是对前面geom_point内的fill与size两个标度进行的深度调整，scale_size_area（）告诉软件散点大小与面积要严格的与指标
富集分析气泡图dotplot, 本脚本只需要一个表格数据（如果是clusterProfiler包输出的富集分析结果可直接使用），也可以是其他软件工具的结果，按需改成本脚本所需格式即可。...6.129368e-06 27 0.06 GO:0045444 fat cell differentiation 7.622508e-06 18 0.04 -------------- 可将数据按需排序好，图的顺序就是表格的顺序...# Dotplot 气泡图 library(tidyverse) DEG_Dotplot <- function(df, title="") { # """ # data格式如下（需有Description
气泡图 气泡图是一种多变量图表，是散点图的变体，也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列，和散点图一样。...气泡图通过气泡的位置及面积大小，可分析数据之间的相关性。 本文可以看作是《R语言数据可视化之美》[1]的学习笔记。...前两部分可见（跳转）： 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 该书对气泡图的绘制并不是非常详细，小编将内容进行了大量拓展。下面的例子将一步步带你完成气泡图的绘制。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...参考资料 [1] R语言数据可视化之美: https://github.com/EasyChart/Beautiful-Visualization-with-R [2] data-to-viz: https
想到热图我们往往联想到生物信息学，其实在其他行业也存在热图。今天我们就介绍一下在地域分布热图，下面我们以中国地图的热图为例。...-中国道路图 电子栅格地图 国家基础地理信息中心 35 1:3000万栅格地图-中国地形 电子栅格地图 国家基础地理信息中心 36 1:3000万栅格地图-中国水系图 电子栅格地图 国家基础地理信息中心...近代、当代地图数据 国家基础地理信息中心 59 五十年代1:100万地形图 近代、当代地图数据 国家基础地理信息中心 我们今天利用R语言基于各省边界地图数据进行热图的绘制： 1....接下来我们将我们的分布比例作为一个CSV文件导入R语言，文件结构如下： 代码如下： x<-china_map@data ###读取行政信息 xs<-data.frame(x,id=seq(0:924)...那么我们需要将各省的坐标及名字导入R语言，数据结构如下： 最后就是整合后的的代码了： province_city<-read.csv("F:/map/lat.csv",header=T,as.is=T)
今天，小编教大家用R语言绘制常用的多维数据展示图——气泡矩阵图。 首先，我们需要准备输入文件。 ?...如上图所示，准备四列数据，分别为X轴、Y轴、数值（控制气泡大小）和分类（控制气泡颜色，可为字符或数字），以"Tab"为分隔符。...准备好输入文件后，我们就可以打开R画图啦~ ## 导入R包 library("ggplot2") ## 导入数据 data <- read.table("input.txt",header = T,sep...="\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = X, y = Y, size = Value, color=Type)) + geom_point() ## 显示气泡图...执行完命令后，气泡图就画好啦~气泡颜色反映我们输入数据的不同类型，气泡大小反映我们输入数值的高低。
最近在看哈德利.威科姆的那本火遍全球的R语言数据可视化经典教程——《ggplot2——数据分析与图形艺术》。书内虽然关于数据地图的内容很少，但是ggplot所渗透的可视化图层理念实在让人叹为观止。...书中完全将复杂的地图图表语言拆解成常规图表思维，通过图层叠加、分组填色、空间映射，让我对地图这种深度可视化形式有了更多深入的理解。...（虽然R语言的Map包中存有可以用的美国地图，但是自己还是喜欢用自定义方式来做）。...平台环境： R x64 3.31/Rstudio 0.99.903/ggplot2 2.1.0 关于包的安装及加载更新问题，昨天的教程已经讲得很清楚了。...读取并转化美国各州地理信息数据（该数据会共享在魔方学院的QQ群里） American_map <-readShapePoly("C:/rstudy/USA_map/STATES.SHP") #将地理信息数据导入R环境
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library
本文作者蒋刘一琦 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图：点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age，颜色代表了不同个体。 ? 再举几个例子： ? ?...从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。...然后，我们来看一看用常见的包ggplot2应该如何做该图。首先我们要对数据处理一下，剔除一些不必要的信息： circ2<-circ[!
image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...正好最近看到一个ggplot2的扩展包 叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...)+ scale_x_continuous(limits = c(0.5,3.5))+ theme_minimal() image.png 接下来我们把职业生涯三分命中率的数据加进来用来做气泡图...coord_cartesian(clip = "off") dev.off() 结束语：不知道威少搭配詹姆斯最后能出一个什么效果，之前记得有一个记录是 同一个队一场比赛中两个人同时拿三双 这个记录应该能被威少和詹姆斯预定了吧...哈哈哈哈 示例数据和代码直接在后台回复 20210730就可以获取了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子
整个过程以及代码并没有太大差别，只要拿到世界地图素材，根据之前的代码，自己修改参数和指标名称以及引用路径，完全可以做出来（尽管并不一定理解每句代码的含义）。...R语言环境: R x64 3.31/Rstudio 0.99.903/ggplot2 2.1.0 代码过程： 加载功能所需支持的工具包： library(ggplot2) library(plyr)...以上的语法有几点需要提示一下： 第一、代码中带#号后的文本是R语言认可的注释语句，带运行代码的时候不必清除，可以直接跑。...第二、由于全球地图呈现的信息比较丰富，所有的海岛和群岛信息全部都会上色，特别是北欧、北美（加拿大）、大洋洲这些多岛屿、群岛低于会有大量的密集分布的小岛，而填色代码在填充时，多边形线条填充为灰色，造成很多地区边界以及岛链出现大面积黑灰色...我把渐变范围的低值与高值起点色和重点色替换成了：(low="DeepSkyBlue",high="OrangeRed")。
--title: "Note Exercise"output: html_documentdate: "2023-02-02"---knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)R...前面的那个键(5) 生成md文件：knitr::knit("tab键选择要转换的Rmd文件")，使用VScode软件看md文件(6) 分隔线：***(7) 腾讯云文档，需要自行插入图片This is an R...For more details on using R Markdown see http://rmarkdown.rstudio.com.When you click the Knit button...a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code...pressure)Note that the echo = FALSE parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R
QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。 首先准备输入文件： ?...## 安装R包 install.packages("CMplot") ## 加载R包 library("CMplot") ## 导入数据 gwas <- read.table("input.txt",sep...简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！ 参考资料： https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后，好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色，今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ！ 不管我们做什么组学分析，分析到最后总是躲不过富集分析。...使用Y叔的" clusterProfiler "进行完富集分析后，可以直接使用 dotplot 绘制气泡图，而且配色还十分的好看。 ?...但有时候我们的富集分析结果是用其他工具做出来的，或者想要更改气泡图显示的内容时，又该怎么样做出和Y叔一样的气泡图呢？ 如，我想展示结果中A-D四个GO term的富集倍数、q值和count数。...\t") ## 绘制气泡图 p <- ggplot(data, aes(x = Enrichment, y = Description, size = Count, color=qvalue)) + geom_point...这样我们就完成气泡图的上色过程啦！ 如果想要更改其他颜色，可以在scale_color_gradient 函数中修改。 参考资料： ggplot2|详解八大基本绘图要素
data analysis https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3 本地pdf s41467-022-31724-3.pdf 论文中公布了大部分图的数据...，但是没有公布对应的作图代码，没有关系，我们可以自己写代码试着模仿，今天的推文重复一下论文中的Figure 2D 的下半部分 image.png 首先是右侧的气泡图 部分示例数据截图 image.png...)+ theme_void() -> p1 p1 image.png 这里遇到了一个问题是 想把条状的灰色背景放到最底层，正常是把作图函数写到最前面就可以了，但是因为添加条状背景是连续数据，气泡图是离散数据...这里的解决办法是有叠加了一层气泡图和线段的函数 水平柱形图的代码 部分示例数据集截图 image.png dat02<-read_excel("data/20220806/fig2d.xlsx",...这里是出图后编辑图片实现的
第一部分：点图 在R语言里我们可以利用dotchart(x, labels=, groups=, gcolor=, cex=)函数来绘制点图，参数x是一组数值型向量，labels这个参数则是代表x中每个值的标签...在这里我们仍将使用R内置的mtcars数据集来演示。...第二部分：条形图 在R中我们可以使用barplot(height)函数来绘制条形图，这里height可以是一个向量或者矩阵。如果是一个向量的话，则它的值就决定了每一个条带的高度。...1.3 绘制堆积条形图 # 绘制带有颜色和标签的堆积条形图 counts <- table(mtcars$vs, mtcars$gear) # 这里返回的counts是一个矩阵，行代表的是vs，它代表汽车的发动机类型...条形图的绘制不必非得是计数或者频数类数据。你可以使用均值、中位数和标准差等来绘制条形图，将aggregate()函数的结果传递到条形图barplot()里。 2.
目前计划推出基础图表的绘制教程推文(会同时推出R和Python两个版本)，原因在于有时苦苦找不到数据，不仅导致想绘制的图表完成不了，而且也白白浪费了时间，再者也有小伙伴私信要求多些基础教程的推文，当然...，如果遇到喜欢的图表我也会进行仿制和再现的。...上篇原创推文使用了geopandas进行了房价分布的地图推文教程，本期我们将使用绘图功能更加强大的ggplot2 以及其推展包进行地图绘制和图表美化工作，主要涉及的知识点如下： geojsonio包对...geojson数据格式读取 ggplot2 可视化展示 openxlsx 实现R灵活读取excel文件 ggtext包实现文本定制化操作 geojsonio包对geojson数据格式读取 这里使用的数据和上期推文的数据一样...，读取geojson格式文件的代码如下： HK <- geojson_read("香港特别行政区.json",what='sp') 即可实现R语言对geojson格式地图文件的读取。
有着“统计图形奠基人”之称的苏格兰工程师兼政治经济学家William Playfair发明当今社会中常用的统计图形-饼图和线图 ? 图1： Playfair (1786)绘制的线图。...这两幅图在今天看来似乎没有什么惊世骇俗之处，但在当时统计图形种类极为稀少的年代，能以这种方式清晰展示数据结构，也实属难能可贵。事实上，除了这两种图形之外，他还发明了条形图和圆环图。...他所利用的主要证据就是图1.3:死亡发生的地点有明 显的地理规律，在这种规律的指引和相关调查证据的支持下，他最终确定了霍乱的源头。...上方的大图展示了各个国家的领土面积(和圆圈成比例)以及人口(左垂线)、 税收(右垂线)、 国土在各大洲分布比例等数据，两条垂线连线的斜率可表示税负的轻重(这一点颇有争议，因为斜率与圆的半径有关)。...图3: 南丁格尔的极坐标面积图:两幅图分别是1854年和1855年的军队伤亡人数，一年12个月恰好可以将极坐标分为12等分，每一瓣代表一个月。 图中用颜色标记出了三种死亡原因。
p=22537 在本文我们在ggplot2中制作的饼实际上是一个条形图转换为极坐标。如果我们想制作一个像上面截图那样的地图，这就很困难了。 相关视频 但在地图上绘制饼图时，它也有自己的缺点。...首先，当我们绘制大量的饼图时，它以光栅图像的形式渲染，使得它的渲染速度很慢。 本文创建了一个封装函数，使其更容易绘制一组饼图。 例如，假设我们有以下数据。...set.seed(123) long <- rnorm(50, sd=100) lat <- rnorm(50, sd=50) 在地图上绘制饼图。...ggplot(map_data('world'), aes(long, lat) +pie(aes(x=long, y=lat, group=region, r=radius 这是一个简单应用，我发现很多人喜欢它
今天继续昨天推文的内容跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画气泡图（dotplot）展示基因表达量，今天的内容介绍如何在气泡图和左侧和上方添加聚类树图，今天的内容主要参考 aplot...包：让你画出更复杂的图 这篇论文是在简书 土豆学生信 分享的内容看到的。...既然已经拿到了数据，就用ggplot2自己来画吧 读入数据做气泡图， data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T,check.names=F) head...image.png 这里和论文中的图有些不一致，可能是聚类算法的原因;ggtree有一个默认的从上到下排序，比如左侧的树现在第一个是H6,第二个是H5，如果想把H5放到第一个也是可以实现的，可以参考之前的推文...R语言ggtree按照指定的节点旋转树 如果需要示例数据可以直接文末留言！
今天这一篇是昨天推送的基础上进行了进一步的深化，主要讲如何在离散颜色填充的地图上进行气泡图图层叠加。 为了使得案例前后一致，仍然使用昨天的数据集。...type="full") 各省省会城市经纬度数据： province_city <- read.csv("c:/rstudy/chinaprovincecity.csv") ###根据自己的数据量级和具体业务需要设置分割点...更该散点图为气泡图： province_city$PerforamA<-round(rnorm(34,100,30),0) province_city$Perforamb<-round(rnorm(34,100,30...本来打算再继续在气泡图的基础上进行颜色渐变填充呢，可以试了一下，这样的话前面的底图离散颜色标度填充的的时候已经使用过了一个fill属性设置选项，而要对气泡图进行颜色渐变填充就要再使用一次fill属性，可是目前为止我还不知道如何在多图层中出现多个...要是把所有的标签全部都添加到地图上的话，真的不太合适，本来图层就有两个，已经出现信息相互遮挡的情况了。
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