（1）下载string数据框记录文件 Downloads/STRING: functional protein association networks h...
大家可能有一部分人对ArrayExpress数据库是比较熟悉的，当然也有人可能没怎么听说过。今天我么主要介绍一个可以获取ArrayExpress数据库数据的R包的安装以及使用。...接下来我们介绍下ArrayExpress包的安装： 既然是组学数据的R包一般都会是以Linux为主当然也会开发windows版本。...首先我们看下Linux版本的安装，其实比较简单只要调用bioconductor中提供的命令就可以： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...3. ae2biocae()将下载到本地数据转化为R语言可以识别的AffyBatch数据形式。 ? 例：rawset= ae2bioc(mageFiles = mexp1422) ? 4.
R中有多种面向关系型数据库管理系统（DBMS）的接口，包括Microsoft SQL Sever、Microsoft Access、MySQL、Oracle、PostgreSQL、DB2、Sybase、...其中一些包通过原来的数据库驱动来提供访问功能，另一些则是通过ODBC或JDBC来实现访问。...使用R来访问在外部数据 中的数据是一种分析大数据集的有效手段(参见附录G)，并能够发挥SQL和R各自的优势。 R语言中通过RODBC包访问一些数据库是目前比较流行的方式。...允许R连接到任意一种拥有ODBC驱动的数据库。...from Punishment") close(myconn) 这里首先载入了RODBC ，并通过一个已注册的数据源名称 (mydsn)和用户名(rob)以及密码(aardvark)打开了一个ODBC数据库连接
数据是关系数据库系统中存储的统一化格式。 因此，实施我们需要非常先进和复杂的SQL查询统计计算。...但是R能够轻松地连接到诸如MySql, Oracle, Sql server等多种关系数据库并且可以从它们的记录转为R中的数据帧。...一旦数据是在R环境中可用，就变成了正常R数据集，并可以被操纵或使用所有强大包和函数来进行分析。 在本教程中，我们将使用 MySQL 作为参考数据库，用于连接到 R 中。...RMySQL 软件包 R有一个名为“RMySQL”它提供了与 MySQL 数据库之间的本地连接的内置软件包。可以使用下面的命令来安装这个包到 R 的环境。...install.packages("RMySQL") 连接R到MySql 一旦软件包安装，我们创建 R 的连接对象连接到数据库。这需要用户名，密码，数据库名和主机名作为输入。
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ?...R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。...小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。...【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。...加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
最近，在科研狗网站看到了一个有趣的项目，使用R语言读取pubmed存入mysql数据库，之前报名没有报上，还是决心要跟着做一下，无奈R语言水平比较渣渣，只能复制别人的代码来用，悲剧的是，原代码复制过来还是报错...原代码参考自R科研作图学习小组组长：木萱小主的作业： http://group.keyangou.com/RGraph/topic/952 这个项目的难点在于要用R语言和MySQL数据库，两者都是初学...，加大了难度，搞不定R函数。...首先这个任务的准备工作是安装数据库和phpmyadmin（当然这只是一个选项，还有好多的图形数据库管理软件，据说大牛都是命令行操作的），这个不表。...这里还要补充一下，如果边数据库次数太多而没有关闭会报错，有个哥们定义的函数很有用，一起放这。
PubMed数据库作为最流行的文献检索数据库。本身提供了很多供用户使用的检索功能，关键词筛选机制。今天给大家介绍一个在R中进行PubMed数据库挖掘的工具包RISmed。...另外一个包则是主要进行对pubmed数据库中检索的结果进行进一步的标准化和拆分，主要涉及有摘要英文文本分词、词频统计的功能，摘要内文本基因名的频率统计的功能。...需要用到函数EUtilsSummary()，其中query参数指的是需要检索的关键词，关键词的规则和在PubMed中的一致；db指的是在MCBI中 的数据库，当然不限于PubMed；retmax用于设置最大获取量...在这里用到了S4的一个R的类，这个类主要是两个包之间进行数据传递的纽带。在pumed.mineR中，有一个Abstracts的类，其中包含了Journal，Abstract和PMID三个数据。...然后是相关的基因的频率展示： 至此我们对PubMed数据库中的122451篇文献的摘要进行了分词和基因频率的展示。 欢迎大家学习交流！
R语言中，如何对数据框的数据根据某个条件进行排序呢？如何根据多条件进行排序呢，类似Excel中的排序效果： ? 1....示例数据 R语言中鸢尾花的数据，数据有五列： > names(iris) [1] "Sepal.Length" "Sepal.Width" "Petal.Length" "Petal.Width"...使用R中自带函数order 「第一列升序，然后是第三列升序」 这里的iris[,1]是数据的第一列 r1 = iris[order(iris[,1],iris[3]),] head(r1) 结果： >...# 第一列升序，然后是第三列升序 > r1 = iris[order(iris[,1],iris[3]),] > head(r1) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length...= iris[order(iris[,1],-iris[3]),] head(r2) 结果： > # 第一列升序，然后是第三列降序 > r2 = iris[order(iris[,1],-iris[
我们需要用到包ReactomePA，这个包主要是基于Reactome数据库进行通路富集，此包支持including ‘celegans’,‘fly’, ‘human’, ‘mouse’, ‘rat’,...##单通路的富集结果展示 gseaplot(y, geneSetID ="R-HSA-69242") ?
相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。...其实小编前面已经花了不少篇幅给大家介绍过如何使用这个R包做GO富集分析和结果可视化，以及如何将富集结果中的gene ID转成基因名字 ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图 ☞GO和KEGG富集结果如何显示基因...KEGG富集分析 ☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图 当然小编也将以上所有内容整理成了一个系统的线上课程 ☞GO和KEGG富集分析线上课程 我们知道一般做富集分析，都需要有一个注释数据库...一般我们对人这个物种中的基因做富集分析的时候，都会用到org.Hs.eg.db这个注释数据库，Hs代表的是human。小编也讨论过如何安装这个注释数据库。...☞加载R包org.Hs.eg.db出错，避坑指南！
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
✴️前言：我们从GEO数据库下载得到表达矩阵，在进行各种分析之前，首先要做的就是对数据进行标准化。...除了用肉眼判断，其实还有一种更可靠的方法，就是用R代码来进行判断： ex <- exprSet #把需要判断的矩阵命名为ex qx <- as.numeric(quantile(ex, c(0., 0.25...exprSet <- log2(ex) print("log2 transform finished")}else{print("log2 transform not needed")} 将以上代码复制粘贴进R语言中...*我也准备了两份标准化代码，分别是log2标准化和Z-score标准化，后台回复log2和Z可获得R代码下载链接。
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
point加点；axis右边坐标轴，mtext右边坐标轴的名称，text给出本文。
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。...下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。...R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！...R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。...统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。...R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
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