r语言画图如何定义行名和列名_R:如何使用数据帧中的表名、列名和模式名构建SQL？_如何使用特定的行名和列名初始化R中的m*n矩阵 - 腾讯云开发者社区

sample() sample(letters,3) ## [1] "i" "s" "w" sample(letters,27,replace = T) ## [1] "p" "n" "g" "s" "r"...m = c("xiaoli","xiaole","xiaofang",letters) set.seed(18780) sample(m,10) ## [1] "w" "d" "r"...[1] "入门2" set.seed(19875) sample(m2,1) ## [1] "入门1" set.seed(1710165991) sample(m2,1) ## [1] "挖掘3" 画图的另一个函数...iris_box_ggpubr.png") 3.eoffice包导出为ppt,全部元素都是可编辑模式 library(eoffice) topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx")#超多点和超多行列不行...，ppt会卡掉 #https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ 拼图r包 patchwork 引用自生信技能树课程

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R语言画图——添加数学表达式和R2

R语言画图——添加数学表达式和R2 代码如下： filepath <- file.choose() df1 <- read.csv(filepath, header = T) df1 library(ggplot2...label = "y == 1.5015*e^{-0.009*x}", size = 4) + annotate("text", x = 20, y = 1.93, label = "atop(R^...R语言画图——添加数学表达式和R2（Ⅱ）（本文于2021年1月12日9：40修改）发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/126226.html原文链接：

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【R语言】如何在绘图中显示“≥” 和“≤”

不知道大家在用R绘图的时候，有没有遇到过需要在图中显示大于等于（≥）或者小于等于（≤）符号。小编发现一个很奇怪的现象，在Rstudio里面可以正常显示，但是保存到pdf文件中就变成了=。...pdf(file="test1.pdf") plot(cars,ylab="dist ≥ 50 & dist ≤ 100") dev.off() 但是当我们保存到pdf中之后，发现≥和≤都变成了=。

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跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画图如何让坐标轴以科学计数法显示

今天的推文是昨天推文的延续跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右。...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R语言如何和何时使用glmnet岭回归

p=3373 这里向您展示如何在R中使用glmnet包进行岭回归（使用L2正则化的线性回归），并使用模拟来演示其相对于普通最小二乘回归的优势。...例如，预测值并计算我们训练的数据的R 2值： y_predicted <- predict(fit, s = opt_lambda, newx = x) sst <- sum((y - mean(y)...)^2) sse <- sum((y_predicted - y)^2)# R squared rsq <-1- sse / sstrsq #> [1] 0.9318896 最优模型已经在训练数据中占93...对于不同数量的训练数据（对多个特征进行平均），两种模型对训练和测试数据的预测效果如何？ ? 根据假设，OLS更适合训练数据，但Ridge回归更好地归纳为新的测试数据。...对于不同的相对特征比例（平均数量的训练数据），两种模型对训练和测试数据的预测效果如何？ ? 再一次地，OLS在训练数据上表现稍好，但Ridge在测试数据上更好。

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生信入门马拉松之R语言基础-文件读取、导出和画图(day 5)

#1.读取ex1.txtex1 <- read.table("ex1.txt")#行名和列名被归到第一行第一列，查找帮助文档有解决方案。...复习知识：data.frame的一列只能有一种数据类型重点参数：header、check.names、row.names#2.读取ex2.csvex2 <- read.csv("ex2.csv")#行名和列名没有正确归位...(ex2,file = "example.txt")2.1 用于读取/导出文件的R包#用data.table来读取,无法设置行名library(data.table)ex1 = fread("ex1.txt...常用可视化R包和函数4.1 作图baseggplot2ggpubr#1.基础包略显陈旧了解一下plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text(6.5,4, labels...Sepal.Length,y = Petal.Length， colors=species)）#颜色设置映射到iris数据框的species列，color是aes函数参数如何指定映射具体颜色

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跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右

有读者在公众号的后台留言问论文中Figure2中的A图如何实现 image.png image.png 今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的 image.png...check.names = F) head(df) image.png image.png 宽格式转换为长格式 df%>% reshape2::melt() -> df1 分组求均值和标准差...group_by(variable)%>% summarise(mean_value=mean(value), sd_value=sd(value)) -> df2 柱形图叠加误差线和散点图...Rplot10.pdf", p, width = 10,height = 3) 最终的结果如下 image.png image.png 这里又一个细节没能够实现：就是如何让坐标轴的标签以...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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重现5.6分文章的免疫分型图

/pheatmap/pheatmap_data.txt" # 工作目录 work_dir <- "F:/LookGene/Course/junior/R_plot/pheatmap" # 工作目录如果不存在...cellheight 方格高度，NA为自适应画图大小 scale 行或列进行中心化和标准化 cluster_rows 是否行聚类，默认True cluster_cols 是否列聚类，默认True clustering_distance_rows...show_colnames 是否显示列名 main 图片的标题 fontsize 字体大小，默认为10 fontsize_row 行名的字体大小 fontsize_col 列名的字体大小 angle_col...number_color 数值的颜色 fontsize_number 数值的字体大小 gaps_row 行坐标位置设置 “空白分割” gaps_col 列坐标位置设置 “空白分割” labels_row 自定义行标签...，替换行名 labels_col 自定义列标签，替换列名 filename 热图保存的名称 width 图片宽度 height 图片高度 silent 不绘图 na_col NA在热图上显示的颜色测试数据

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跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2散点图并添加拟合曲线和置信区间

今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间这篇论文是在简书土豆学生信分享的内容看到的。...conf.int = T)+ labs(y = "Mean ISG module score", x = "Days post-symptom onset") 添加相关系数和p

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生信代码：绘制基因组突变全景图

2.ComplexHeatmap包 maftools主要基于maf文件，但是有时候我们的文件并不是maf文件，那该如何画图呢？ComplexHeatmap包是个很不错的选择。...，则此自定义函数将确定如何提取它们。...pct_gp 百分比值的图形参数 show_column_names 可以用来定义是否显示列名 row_names_side 定义行名的位置 pct_side 定义突变百分比的位置 anno_oncoprint_barplot...调整上面和有面barplot的具体参数 heatmap_legend_param 定义图例的变化其他参数详见官网说明在初步了解各参数意义后，让我们一起画图吧 #画图并去除无突变的样本和基因 oncoPrint...maftools ComplexHeatmap 需要的文件格式 maf格式的文件突变矩阵画图主要函数 oncoplot（） oncoPrint（）代码相对简单相对复杂（需要一定的R基础）灵活度

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如何让Hadoop结合R语言做统计和大数据分析？

以下为原文：前言写过几篇关于RHadoop的技术性文章，都是从统计的角度，介绍如何让R语言利用Hadoop处理大数据。...今天决定反过来，从计算机开发人员的角度，介绍如何让Hadoop结合R语言，能做统计分析的事情。目录 R语言介绍 Hadoop介绍为什么要让Hadoop结合R语言？如何让Hadoop结合R语言？...R和Hadoop在实际中的案例 1. R语言介绍起源 R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。...虽然，Mahout同样可以做数据挖掘和机器学习，但是和R语言的擅长领域并不重合。集百家之长，在适合的领域选择合适的技术，才能真正地“保质保量”做软件。 4. 如何让Hadoop结合R语言？...4）.Hadoop调用R 上面说的都是R如何调用Hadoop，当然我们也可以反相操作，打通JAVA和R的连接通道，让Hadoop调用R的函数。但是，这部分还没有商家做出成形的产品。 5.

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如何让Hadoop结合R语言做统计和大数据分析？

以下为原文：前言写过几篇关于RHadoop的技术性文章，都是从统计的角度，介绍如何让R语言利用Hadoop处理大数据。...今天决定反过来，从计算机开发人员的角度，介绍如何让Hadoop结合R语言，能做统计分析的事情。目录 R语言介绍 Hadoop介绍为什么要让Hadoop结合R语言？如何让Hadoop结合R语言？...R和Hadoop在实际中的案例 1R语言介绍起源 R语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。...虽然，Mahout同样可以做数据挖掘和机器学习，但是和R语言的擅长领域并不重合。集百家之长，在适合的领域选择合适的技术，才能真正地“保质保量”做软件。 4如何让Hadoop结合R语言？...4）.Hadoop调用R 上面说的都是R如何调用Hadoop，当然我们也可以反相操作，打通JAVA和R的连接通道，让Hadoop调用R的函数。但是，这部分还没有商家做出成形的产品。

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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值

merge(dfpi,by.x = "pop2",by.y = "Population") %>% select(pop,pop2,Fst,x,y,x1,y1) -> dffst1 将连线和点图结合到一起...parse=T, color="red")+ scale_color_manual(values=cols) image.png 最后将Fst的值添加到图上这里如何将文本添加到合适的位置我还想不到比较好的办法了...parse=T, color="red")+ scale_color_manual(values=cols) image.png 本篇推文完整的示例数据和代码可以在公众号后台留言...20210913获得欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学

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Jelys Note之生信入门class3

2.向量是一维的【r语言的一个数据，可以被赋值】=是被装进变量里的东西，是固定的 eg.数字1：5、字符串“a”、“b”、逻辑值“T”“F”“T” 3....一、数据框【将内容作成表格、画图】来源：1.代码新建、2.读取表格文件、3.现有数据转换或处理、4.R语言内置数据 1.用代码新建一个名为df1的数据框 df1 <- data.frame(gene...0.01 2 gene2 up 23 0.02 3 gene3 down 50 0.07 4 gene4 down 2 0.05 (4）改行名和列名...【本质是向量、字符串】改全部行名：rownames(变量)=c（“”，“”，“”，“”） > rownames(df1) =c("r1","r2","r3","r4") eg....【R语言里的修改，都要赋值！！！，没有赋值就没有发生过】 >class(m) "data.frame" （8）矩阵画热图！！！热图必须用矩阵！！---热图是矩阵的可视化！应该有对应关系！

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R语言建模入门：如何理解formula中y~.和y~x:z的含义？

背景：2019年的某月末日，三路人开局，兴趣所致组建了“花儿少年”：一个有组织、有纪律的R语言入门交流学习组织。自此，开启了一段小白&大师的成长史。...01 — 如何理解formula中y~.和y~x:z的含义？ y~. 和 y~x:z 是一个简单的formula。~和 : 是formula中的运算符，但它们与通常理解的数学运算符存在一定的差距。...注意R语言中默认表达式带常数项，因此估计只需要写y~x。 - ：-表示从模型中移除某一项，y~x-1表示从模型中移除常数项，估计的是一个不带截距项的过原点的回归方程。...(←是大写的i不是小写的L） y~x+I(z^2）的含义： y~x+z^2的含义：（因为z没法和自己交互）那么，y~x+w+z和y~x+I(w+z)有什么区别呢？...02 — 参考来源《R语言实战》 https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/formula.html

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R语言进阶之如何正确认识判别分析和聚类分析

到现在为止，我已经和大家讲解过判别分析和聚类分析了，可能有些朋友会认为这两个是一回事，在这里我需要强调一下------判别分析和聚类分析是两回事！！！...这主要是因为“versicolor”和“virginica”这两类很难用花瓣和花萼来区分，反映在判别分析中就是这两类的误判率较高，而聚类分析中就是这两个被聚成一个大类。...关于判别分析和聚类分析的区别和联系就讲到这里，希望大家能正确认识并区分。

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R语言作图——density plot(密度图)

原创黄小仙上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。 Step1....绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，把excel保存成csv格式。数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名 Step2....绘图数据的读取 data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用 header=F Step3...1.准备平均值数据并读取 mean<-read.csv(“your file path”) 2.画图 p+ geom_density(aes(color = sex), alpha=0.4)+...geom_vline(data = mean, aes(xintercept = mean, color=sex),linetype=“dashed”) #注释:前面是和之前一样作图语句，在后面直接加上这一句就好啦

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r语言同时画两张图(如何用布局和视口出图)

01 — 图形组合布局 par(mfrow=c(2,2)) par(mfrow=c(2,2))，可以理解将绘图区域分割为2×2的矩阵区域，另可参照《R语言实战》3.5图形的组合 ############...c(x1, x2, y1, y2), new = TRUE) par(fig=c(x1, x2, y1, y2), new = TRUE)，取x1,x2,y1,y2四条线圈住的位置绘图图形，另可参照《R语言实战...function(x,y){ viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)} print(p1, vp = vplayout(1,1)) #（1,1)的位置画图...1 print(p2, vp = vplayout(1,2)) #(1,2)的位置画图2 print(p3, vp = vplayout(2,1:2)) #（2,:)的位置画图 04 — 图形组合布局

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R语言作图——Slope chart(坡度图)

绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。作图数据格式如下： ? 绘图数据格式 Step2....绘图数据的读取 data<-read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F) #注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用...header=F #注释：R读取数据的时候，默认会把列名里的空格变成 "."...point的shape类型直接画出来的图就是下面这样子的，线段和圆圈都是锯齿状的，对图片质量要求比较高、想让直线变平滑的朋友，可以参考我之前的分享《R语言作图技巧——导出高清图》。 ?...语句颠倒，连线就会覆盖点的一部分，如果你想让哪个形状放在最上层，就把相应的画图语句放在后面就可以啦。今天的分享就到这里。

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gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式，给行名列名 hclust聚类，改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据，处理成ggplot2能够直接处理的数据结构，并加上列名 ggplot_tile进行画图...gplots 数据处理成矩阵形式，给行名列名调制颜色并用heatmap.2画热图（heatmap.2函数内部用hclustfun 进行聚类） R语言代码 library(ggplot2) library...average") #对矩阵进行转置，对原本的列进行聚类 colInd<-hc$order #将聚类后列的顺序存为colInd data<-data[rowInd,colInd] #将数据按照聚类结果重排行和列...fun.aggregate = mean) dp <- as.matrix(wdt[,2:length(wdt),with=F]) #数据矩阵 labrow <- unlist(wdt[,1,with=F]) #行名

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R语言day6.5：ggpbur函数画图和保存

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