今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间 这篇论文是在简书 土豆学生信 分享的内容看到的。...image.png 今天重复的内容是论文中的 补充材料Fig9 小提琴图 ? image.png 数据格式如下 ?...需要示例数据可以直接在文末留言 首先是读入数据 df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T) colnames(df) head(df) 最基本的小提琴图...image.png 更改坐标轴的标题，并给整幅图添加一个标题 ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+ geom_violin()+ theme(panel.grid...image.png 这样的话论文中的图就复现出来了。
非常有意思的数据可视化案例 ，原文提出的问题是 学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势 ；于是利用R语言里的 rplos 包抓取了 Plos 系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量...image.png 这个应该是采集了很多人的数据，可能是把参与实验的所有人全都列成作者了 接下来就是小提琴图展示每个期刊作者数量的分布了 用原始数据作图代码和结果如下 ggplot(df, aes(x=...image.png 这个结果不太好看，所有作者对原始数据做了log10转化 ggplot(df, aes(x=journal, y=auth_num, fill=journal)) + geom_violin
做小提琴图需要准备的数据是两列，第一列是用来表示用来分组的标签，第二列是数据，实际数据如下 ?...image.png 换成我们自己的实验的话可以类比为 4个处理，每个处理有多个重复的数据，记录每个重复的数据 需要示例数据的可以直接在文末留言 作图代码 library(ggplot2) library...(ggthemes) g <- ggplot(mydf, aes(x = player_name, y = accuracy))+ geom_violin(aes(fill = player_name
y = Petal.Length))2.属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状，线型等）2.1 手动设置，需要设置为有意义的值颜色：library(ggplot2)ggplot(data = iris)...常用的五个参数：color, size, shape, alpha, fill；shape有25中形状2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot(data = iris)+ geom_point...(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut))图片5.1 不统计，数据直接做图fre = as.data.frame(table(diamonds...propggplot(data = diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))图片6.位置关系6.1抖动的点图ggplot...y=Species))+ geom_jitter(mapping=aes(x=Sepal.Width,y=Species),shape=rep(c(20,17,15),each=50))图片推荐配色R包
之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point...install.packages("paletteer") library(paletteer) #paletteer_c("ggthemes::Orange-Blue Diverging", 50) ggplot
今天学习一个专门画连线图的R包：ggbump。可以用来可视化随时间变化的数据，或者两个点之间的连接，或者不同名次的比较等。...369 3 ## 5 Sweden 2012 123 1 ## 6 Sweden 2013 492 4 画一个连线图很简单，就是一个geom_bump()而已： ggplot..., rank, color = country)) + geom_bump() image-20220602190131251 如果你使用geom_line()函数，出来的图形是这样的： ggplot...美化 当然也是可以进行各种美化的： library(wesanderson) ggplot(df, aes(year, rank, color = country)) + geom_point(size...wes_palette(n = 4, name = "GrandBudapest1")) image-20220602190206806 这个包需要的数据结构需要含有一列类似排名的东西，才能正确画出这种图。
library(ggplot2) 箱线图 ggplot(data=dfToPlot,aes(x=RELATIONSHIP.0, y=BC_Spec...y=BC_Spec, color=RELATIONSHIP.0))+ geom_jitter() 小提琴图...color=RELATIONSHIP.0))+ geom_violin() 三个图拼图 library(ggplot2) ggplot(data=dfToPlot,aes(x=RELATIONSHIP...y=BC_Spec, color=RELATIONSHIP.0))+ geom_violin() -> p3 p3 image.png 将三个图叠加到一张图上...label=expression("**"~"FDR"~2.41%*%10^-10),vjust=0) image.png 他这里的双箭头的处理方式是把一个单箭头添加两次 制作封面图
原创 黄小仙 即便小仙同学决定学习R语言来提升自己作图的“逼格”的时候，心中还有有些疑虑的(嘿嘿，我这么懒，可不愿意做无用功了?)。仔细想了想，貌似又找到了两个学习R的理由。...二是R可以自动生成比较貌美的图。不知道大家有没有这样的感受，自己辛辛苦苦画了半天、调整的半天的图会得到真实却很残忍的评价“很丑”（这是小仙同学心中永远的痛）。...折腾了半天，天生就爱不服气的本小仙，最后决定还是把专业的事交给专业的人做啦（偷偷告诉你，据说有科学家专门研究paper插图的配色，所以自己画的图没有那么貌美的时候也不要“妄自菲薄”啦）。...(假设你已经安装了R和RStudio) Step1. 绘图数据的准备 首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式。...”) #注释：ggplot2是目前公认绘图很强的一个安装包 library(ggplot2) #注释：package在使用之前需要调用 Step4.绘图 datadose <- as.factor(data
，可以尝试用ggplot2模仿一下 image.png 当然这个图用ppt很容易实现。...用ggplot2来做会稍微繁琐一点，但是后续多图组合会方便很多 流程图就是文本和箭头的组合，可以借助geom_text()函数和geom_segment()函数来做 首先是文本标签 library(ggplot2.../web/packages/ggarchery/readme/README.html 添加箭头有一个专门的R包 这样一个一个添加太麻烦，可以把数据整理好 new.dat.01<-data.frame(...image.png 拼图 library(patchwork) p2 + p3+ theme_void() image.png 结论 好像确实有点繁琐，如果是真实数据不如直接用ppt画，...如果是学习ggplot2可以尝试 数据和代码直接在推文里复制就可以，如果是学习ggplot2可以自己亲自敲一遍试试
在之前提到的tidytuesday里没有找到关于箱线图和小提琴图比较好的实例，这周的ggplot2每周一图活动用之前推文中的内容作为实例进行讲解，之前的推文是跟着Nature学作图：R语言ggplot2...箱线图、小提琴图、抖动散点图 作图代码 dfToPlot<-read.csv("dfToPlot.csv") head(dfToPlot) dfToPlot$RELATIONSHIP.0 <- factor...levels=c("RND.PAIR","PARTNERS","PARENT_CHILD","SIBLINGS")) library(ggplot2...) ggplot(data=dfToPlot,aes(x=RELATIONSHIP.0, y=BC_Spec,...y=BC_Spec, color=RELATIONSHIP.0))+ geom_jitter() -> p2 p2 ggplot(data=dfToPlot
数据下载链接 https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641 今天的推文重复一下论文中的Extended Data Fig. 3 c image.png 他这个图的数据是怎么算出来的我还有点搞不明白...，它的图注的内容也没有看明白 Gene pairs plotted according to log2 fold change (L2F) as calculated for gene 1 (x-axis...) ggplot(data=dat01.1,aes(x=L2F_1,y=L2F_2))+ geom_point(aes(color=diffL2F))+ scale_color_manual(...,read_excel) -> dat.list 批量作图 library(ggplot2) plot.list = list() text.label<-c("StGa","SoGa","LeGa...hjust=-0.5,vjust=2, label=text.label[i])+ labs(x=NULL,y=NULL) -> plot.list[[i]] } 将六个图拼接到一起
在找资料的时候偶然发现的这个图，这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth...，数据代码还是公开的，所以我们来重复一下 这个图横坐标是 变化率，纵坐标是地区，每一个纵坐标对应的是两个 1980-84 1988-92 变量，其中每一个对应的是实心点和空心点，census和stat...row.names = F) 最终用到的画图数据 df_plot_1<-read.csv("20210822.csv") head(df_plot_1) image.png 画图代码 library(ggplot2...unique() -> labels breaks<-1:length(labels) breaks pal <- c("#8C510A", "#003C30") df_plot_1 %>% ggplot...) 最终结果 image.png 示例数据和代码的下载链接可以在今天次条推文的留言区获取，次条推文是广告 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
小提琴图在单细胞领域应用非常广泛，能比较好的展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况，如下： ?...在编号为11的亚群特异性高表达 通常来说，在单细胞数据处理项目里面，有seurat可以完成一切，同样的，小提琴图也是如此，被包装成为了函数可以直接依据R里面的seurat对象来进行可视化，首先需求找到合适的基因进行可视化...} testframe$Mean<-col.means testframe$expression<-log2(testframe$expression+1) p <- ggplot...理论上可以绘制任意基因的表达量在不同的聚类的分组表达情况： plot.violin2(gene = "Pdgfra", DATAuse = RPKM.full, tsne.popus = CAFgroups_full) 需要对ggplot..."v", color = "type" ) + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1)) 这个示例需求仍然是 粉丝继续看小提琴图
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...=1:10) library(ggplot2) ggplot(df,aes(A,B))+ geom_point(size=5)+ theme_minimal()+ ggtitle(expression...如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条 df2<-read.csv...("example_data/ggplot2_heatmap_color_bar.csv",header=T) df2$y<-factor(df2$y,levels = rev(df2$y)) ggplot
%>% ungroup() -> fig5b.dat.02 数据预处理的代码主要做的事儿是 添加一列用于作图的Y轴，把数据标题里的连接符-换成下划线；构造数据用来画图中的颜色条 作图代码 ggplot..."A"="#90be4e", "WB"="#a1a1a1")) 纵坐标轴的文本部分部分改成黑体用代码如何来实现暂时想不到了，出图后手动编辑吧
我们可以自己来构造数据 今天的推文主要内容是重复一下论文中的Figure1D桑基图 image.png 昨天的推文介绍的也是绘制桑基图，但是是借助的现成R包ggalluvial,暂时不知道用这个R包来做各个部分的比例如何调整...桑基图可以简单理解成两个柱子，然后柱子之间有连线，柱子可以借用ggplot2的geom_rect()函数来做,连线可以借助ggforce的geom_diagonal_wide()来做，但是相对比较繁琐，...只有两列还好，像Figure4E实现起来就非常繁琐，但是暂时还想不到比较好的办法 首先是Figure4D 先画两个柱子 library(ggplot2) ggplot()+ geom_rect(aes...= "text",x=2.1,y=1, label="Un-aligned",hjust=0, size=5) -> p2 p2 采用拼图的形式将图例和主图组合到一起...unicode,比如这里的两个上下三角，具体有哪些形状可以选可以参考下面这个图片 image.png 但是遇到一个问题是导出pdf以后形状显示不出来，暂时不知道啥原因 image.png 制作封面图
基因表达差异火山图 提到差异火山图，相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山（喷发），所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中，在基因表达层面，用于展示两组间表达量上调和下调的基因。...如下图示例，癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。...作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式，差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件，作图就可以了。
这个是很长时间之前写的内容了，忘记了有没有在公众号发过，正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现，就想到了这篇笔记，在公众号发一下 一下是笔记的内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...简易版的环状柱形图 就是这样似的 ?...接下来重复教程 https://www.r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups/ 代码 #准备数据 df<-data.frame(individual...) #简易柱形图 p<-ggplot(df,aes(x=as.factor(id),y=value))+geom_bar(stat="identity",fill=blue)#目前还是不太清楚stat参数的作用...1,1,1,1),'cm') p+theme(plot.margin=unit(2,2,2,2),'cm') 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
加载R包 library(tidyverse) library(introdataviz) library(ggpubr) library(scales) library(patchwork) 导入数据...str_replace_all(B, "[0-9]", "")) df1$A <- factor(df1$A,levels = c("Conven","Conserv")) 数据可视化 a <- ggplot...10,margin = margin(b =2)), axis.text.y=element_text(color="black",size = 10,margin = margin(r...mutate(B = str_replace_all(B, "[0-9]", "")) df2$A <- factor(df2$A,levels = c("Conven","Conserv")) g <- ggplot...mutate(B = str_replace_all(B, "[0-9]", "")) df3$A <- factor(df3$A,levels = c("Conven","Conserv")) b <- ggplot
set.seed()这个函数大家可能经常会看到这个函数，他的作用是保证自己模拟的数据和示例代码完全一致 作图是用groups做x轴，type填充颜色，每个group分为A，B两组 作图的时候和普通的箱线图小提琴图是一样的...image.png 箱线图的宽度有点大，盖住了背后的小提琴图，把宽度设置的小一点，需要加width参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value, fill...image.png 这样的话两个箱子靠到了一起，没有和小提琴图的位置完全对上，这个时候需要设置position参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value...image.png 这样就好了，上图每组的小提琴图之间的距离好像有点大，这个也可以用position这个参数调节 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value,...stackoverflow.com/questions/27012500/align-violin-plots-with-dodged-box-plots 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 另外还遇到一个问题是 R语言
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