QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。 首先准备输入文件： ?...## 安装R包 install.packages("CMplot") ## 加载R包 library("CMplot") ## 导入数据 gwas <- read.table("input.txt",sep...="\t",header=T) ## 绘制Q-Q plot CMplot(gwas,plot.type="q",conf.int=TRUE,box=FALSE,file="jpg",memo="",dpi...## 绘制Rectangular-Manhattan plot CMplot(gwas,plot.type="m",LOG10=TRUE,threshold=1e-5,file="jpg",memo="...简单几行命令，QQ图和曼哈顿图就绘制好啦！ 参考资料： https://github.com/YinLiLin/R-CMplot
今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。 首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....我们看下R包中可以实现的功能函数列表。...track中所有的cell中添加线 circos.trackText 为同一个track中所有的cell中添加标签 circos.initializeWithIdeogram 基因染色体分布图形绘制带条图...circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels
箱图 简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。 百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!...imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240) 箱图修改每个箱子的标签 boxplot( mpg ~ vs, input2, names = c(
在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图 当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...连续性变量的森林图 分析指标是连续变量，也称数值变量，可选择加权均数差(WMD)或标准化均数差(SMD)为合并统计量。...以上就是森林图的理论知识。接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。 首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。 下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?...Graph.pos主要是定位森林图所在的位置。通过数字来确定为第几列。 hrzl_lines以list形式设置表中线的类型以及长度。
大家应该熟悉网络调控在基因关系之间的重要性，今天我们为大家展示在R语言中如何实现网络图的绘制。绘制的包有很多，我们今天不一一介绍从我个人角度推荐igrapgh。...主要看下如何绘制一个完整的网络图： 1. 前期数据的整理。...数据的前期准备就此结束，接下看如何绘制网络图。 3. plot函数绘制网络图。 ?...main绘制的网络图的标题。 其他的参数类似R语言自带的plot函数。...更加美化的网络图还需要根据每个人的审美去绘制。
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。 下次将介绍如何对条形图着色、调整条形图的宽度和间距、添加数据标签等内容。...1绘制基本条形图 演示数据 以gcookbook包中的pg_mean数据集为例。...ggplot(pg_mean,aes(x = group,y = weight)) + geom_col(fill="lightyellow",colour="black") 2绘制簇状条形图 演示数据...此时，可通过将该分类变量映射给fill参数来绘制簇状条形图，这里的fill参数用来指定条形的填充色。 position='dodge'以使得两组条形在水平方向上错开排列，否则，系统会输出堆积条形图。...输出图片 3 绘制堆积条形图 演示数据 同上，以gcookbook包中的cabbage_exp数据集为例，该数据集包含两个分类变量Cultivar和Date和一个连续变量Weight。
简介 论文中需要绘制数据对于不同分布假定下的 QQ 图。这里小编主要是使用 qqplotr 包进行绘制，参考的博客：An Introduction to qqplotr[1]。...简单版本 绘制正态分布的 QQ 图 对于经典的正态分布的 QQ 图，大家可能并不陌生，并且在网上可以找到很多“搬运”的中文推文。但是解释的都不是很清楚。...绘制正态分布的 QQ 图 gg <- ggplot(data = smp, mapping = aes(sample = norm)) + stat_qq_band() + stat_qq_line...(discrete = T,direction = -1) gg 进阶版本 读者绘制正态分布的 QQ 图，还是比较简单。...QQ 图 这里先绘制其指数分布的 QQ 图。
大热图一般是高水平SCI的标准配置，可以迅速提高文章的送审和接受率。
01 — ggdensity{ggpubr} 密度图 library(ggpubr) ## 创建数据 set.seed(1024) dt = data.frame( sex = factor(rep..., 4) # len supp dose # 1 4.2 VC 0.5 # 2 11.5 VC 0.5 # 3 7.3 VC 0.5 # 4 5.8 VC 0.5 # 图...4) # len supp dose # 1 4.2 VC 0.5 # 2 11.5 VC 0.5 # 3 7.3 VC 0.5 # 4 5.8 VC 0.5 ## 图
曼哈顿图绘制工具 散点图，自然还是R语言，ggplot2可以画的非常漂亮。这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...1.安装并加载所需R包 > # CMplot在CRAN上可用，因此可以使用以下R代码安装它 > install.packages("CMplot") # 安装包，如果已经安装，此行可忽略。...注意:如果绘制SNP_Density，只需要前三列。...SNP密度图，曼哈顿图，环形曼哈顿图和QQ图) 2.1....conf.int.col: a character, the color of the confidence interval on QQ-plot.
前面给大家介绍过 1.超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程 2.R语言绘制基因表达热图（简易版） 3.一个R函数搞定风险评估散点图，热图 4.R绘制甲基化和表达谱联合分析热图...有小伙伴留言问，绘制热图的数据从哪里来？...下面我们结合一个具体的例子来讲解如何使用R的heatmap函数绘制热图 #读取所有miRNA的表达矩阵 expr=read.table("miRNA_expr.txt",header=T,row.names...，前面我给大家介绍过 R语言中的颜色(一) 里面提到过 R自带了5个跟颜色相关的函数，即： rainbow heat.colors terrain.colors topo.colors cm.colors...： 1.超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程 2.R语言绘制基因表达热图（简易版） 3.一个R函数搞定风险评估散点图，热图 4.R绘制甲基化和表达谱联合分析热图 5.R语言中的颜色(一
循环绘制正常与肿瘤两组的柱状图 第一步： 合并数据及 # =================================================== # # # # ===...filename = paste( gene, '.pdf', sep = ''), width = 8, height = 8, units = "cm")} 循环不同grade的柱状图
我们知道R语言在作图统计方面很是实用，但是在其他游戏开发、网页制作、人工智能等很多方面相对于python是很局限。今天我们来以weblogo为例展示如何在R语言中调用python。...本期我们主要实现通过调用python中的weblogo包将最终的weblogo图在R语言中保存。 首先，我们要建立python与R语言之间的联系需要一个包rPython。...安装好以上的两个包接下来就是绘制weblogo图。...下面我们看下在python如何绘制weblogo图，下面是一个示例程序： from weblogolib import * fin = open('G:/weblogo-master/test_weblogo...接下来我们在R中去实现我们的weblogo图绘制。 首先看下rPython中相关的函数： python.assign用于将R语言变量传递给python,与之相对应的是python.get函数。
近代、当代地图数据 国家基础地理信息中心 59 五十年代1:100万地形图 近代、当代地图数据 国家基础地理信息中心 我们今天利用R语言基于各省边界地图数据进行热图的绘制： 1....接下来我们将我们的分布比例作为一个CSV文件导入R语言，文件结构如下： 代码如下： x<-china_map@data ###读取行政信息 xs<-data.frame(x,id=seq(0:924)...热图已经绘制好，可是呢，似乎少了点什么。对的，每个省的名字并没有显示。...那么我们需要将各省的坐标及名字导入R语言，数据结构如下： 最后就是整合后的的代码了： province_city<-read.csv("F:/map/lat.csv",header=T,as.is=T)...总结：基本的绘制过程如以上的情况。如果你想让你的热图更加美丽，你要做的就是有一个专业的审美，精准的配色。 欢迎大家学习交流
和弦图的用途： 和弦图即可以反映2类变量之间的相互作用关系，也可以反映相互作用强度，这是其它图比不了的 和弦图的弦link的宽度代表所连接的两个对象的相互作用强弱，link越宽，则相互作用越强 和弦图常用于绘制国家之间的贸易往来量...，城市之间的航班往来量，还有细胞和基因数据可视化(这个领域不了解) 和弦图在线工具：http://circos.ca/intro/tabular_visualization/ 和弦图R包：Circlize...包是R语言中实现Circos功能的一个常用包，作者是Zuguang Gu 1.2....link的宽度，表示所在行名称和列名称的相互作用强弱 邻接列表：通常表示为一个列表，通常前2列分别为2类对象，第3列的值对应弦link的宽度，表示前2列对应行的元素相互作用强弱 circlize内置的和弦图绘制函数...= "s"（缺省）：标准样式；= "n"：不绘坐标轴 2.1.3. par - 第二类参数 分类 参数 描述 第二类参数 ask = TRUE：在新图绘制前进行提示 第二类参数 fig 设定图在绘图设备中的位置
基因表达差异火山图 提到差异火山图，相信很多同学肯定不陌生。因为形似火山（喷发），所以称为火山图。差异火山图最常见于转录组数据的分析中，在基因表达层面，用于展示两组间表达量上调和下调的基因。...如下图示例，癌组织与正常组织的基因表达的差异火山图。...作为一种对差异分析结果的可视化呈现方式，差异火山图实质上就是一种散点图。我们只要准备已经计算好的带有Fold Change值以及显著性p值等信息的做图文件，作图就可以了。
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...首先我们看下安装和载入，其安装通过bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ComplexHeatmap...matrix(rnorm(40, -2), 4,10)) rownames(mat) = paste0("R", 1:12) colnames(mat) = paste0("C", 1:10) Heatmap...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?
它的闻名是因为1898年MatthewHenry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。...那么接下来我们看下具体如何实现图的绘制。 首先我们看下networkD3中的函数sankeyNetwork： ?...这个包呢，有一个缺点就是基于shiny的JS框架，所有的图直接生成到WEB界面，如果保存还需多一个步骤，那就是pdf的转化。 ? 接下来我们看下ggalluvial如何实现桑基图的绘制。...最后我们再看下这个专业绘制桑基图的riverplot，它绘制桑基图其实并没有前面两个包的灵活性，但是却比前两个包更加丰富，增加了新的功能就是可以将桑基图叠加在一个图里面。...至此绘制桑基图的包介绍完毕了，如果自己的数据那就根据自己的需求选择适合的包进行绘制。 欢迎大家学习交流！
云雨图介绍 我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据 data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制...2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转 2.3.5去除边框调整字体等微调 theme_bw()+ theme(panel.grid.major...2.3.7 保存图片 PDF矢量图 tiff半矢量图 ggsave(p,filename = "图1.tiff",width = 15,height = 15) ggsave(p,filename...，与海盗图相比，它显得没那么冗余；与小提琴图相比，它又在核密度估计曲线图的同时，加上了抖动散点图。
我们平时看文献的时候会看到各种好看的热图，瞬间觉得逼格就上来了，官方解释：热图可以简单地聚合大量数据，，并使用一种渐进的色带来优雅地表现出来，可以很直观地展现空间数据的相对大小。...其实热图的绘制并不难，看完这篇文章，你也可以画出好看的热图。准备好了吗，是时候展现真正的技术了。 ? ? 之前的文章已经给大家讲过怎么安装R语言了，这里就不多赘述了。...pheatmap) #加载pheatmap包library(RColorBrewer) #加载RColorBrewer包 这里稍微给大家介绍一下RColorBrewer包：RColorBrewer is an R...方向的聚类树高 treeheight_col 设置col方向的聚类树高 cellheight 表示每个单元格的高度 cellwidth 表示每个单元格的宽度 display_numbers 表示是否将数值显示在热图的格子中
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