首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

使用R语言读取PUBMED存入MYSQL数据库

最近,在科研狗网站看到了一个有趣的项目,使用R语言读取pubmed存入mysql数据库,之前报名没有报上,还是决心要跟着做一下,无奈R语言水平比较渣渣,只能复制别人的代码来用,悲剧的是,原代码复制过来还是报错...原代码参考自R科研作图学习小组组长:木萱小主的作业: http://group.keyangou.com/RGraph/topic/952 这个项目的难点在于要用R语言MySQL数据库,两者都是初学...,加大了难度,搞不定R函数。...,"",title) abstract = gsub("'","",abstract) article<-data.frame(pmid,title,abstract) con<-dbConnect(MySQL...数据库连接删除函数,每个任务之前最好先清理所有的连接,调用此函数就可以 killDbConnections <- function () { all_cons <- dbListConnections(MySQL

3.4K10
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    R语言—02数据类型和向量

    从“表格”看数据类型 数据类型: 数值型(1.3;2)、 字符型(“1”;‘2’;‘n;’可以是单引号或双引号,但前后必须一致)、 逻辑型(TRUE,T;FALSE,F;NA(数据可能存在但找不到,不知道...、不了解)必须是纯大写,或单独字母) 判断数据类型的函数:class(),将要判断的内容写在括号里 常见报错:引号,拼写错误,大小写 unexpected-代码错误的关键词 看报错信息要会抓关键词 #Tips...(4>5) TRUE 数据类型的判断和转换 is族函数,判断,返回值为TRUE或FALSE as族函数实现数据类型之间的转换 多个数据如何组织 数据结构 向量 数据框 矩阵 列表 1.数据框约等于“表格...”(列有要求-只能是一种类型;不是文件) 2.数据框单独拿出的一列是向量,视为一个整体 3.一个向量只能有一种数据类型 脚本的正确打开方式:从右下角文件面板单击打开 脚本打开是乱码的解决方案 2.1向量的生成...rep("x",times=3) seq(from=3,to=21,by=3) rnorm(n=3) (4)通过组合,产生更为复杂的向量 paste0(rep("x"=3,times=3),1:3) 数据类型转换的优先顺序

    8310

    R语言day5:文件的读取

    title: "day5note"output: html_documentdate: "2024-03-11"csv格式可用excel、记事本、sublime、R打开r语言读取 读入r语言得到一个数据框...,对数据框的修改不会对该表修改分隔符号 :逗号 空格 制表符(\t)纯文本文件后缀没有意义,不起决定性作用1.表格文件读入r语言,成为数据框1.1直接读取read.table() #通常读取txt格式read.csv..."2.将数据框导出#csv格式write.csv(test,file = "example.csv")#txt格式write.table()3.R特有的数据保存格式:Rdata#只能用R打开#保存的是变量...sep = sep, quote = quote, : duplicate 'row.names' are not allowedrod = read.csv("rod.csv")5.1 矩阵只允许一种数据类型...,其中的字符数再怎么as.numeric()都不能改变数据类型#判断两个数据是否相同:identical(x2,x3)#data.tableex1 = data.table::fread("ex1.txt

    26410

    R语言raster包读取栅格遥感影像

    本文介绍基于R语言中的raster包,读取单张或批量读取多张栅格图像,并对栅格图像数据加以基本处理的方法。...1 包的安装与导入   首先,我们需要配置好对应的R语言包;前面也提到,我们这里选择基于raster包来实现栅格图像数据的读取与处理工作。...首先,如果有需要的话,我们可以先到raster包在R语言的官方网站(https://cran.r-project.org/web/packages/raster/index.html)中,查阅raster...2 单一栅格图像读取与处理   接下来,我们首先开始读取、处理单独一景栅格图像数据。   ...本文就只是对R语言raster包读取、处理栅格数据加以基本的方法介绍,至于更加深入的用法,我们将在后期的文章中加以介绍。

    41120

    R语言入门】R语言中的变量与基本数据类型

    本篇将主要介绍 R 语言的基本操作、变量和几种基本数据类型,好对 R 语言的使用方法有一个基本的概念。...通过本篇的学习,你将了解到: R 语言有哪些基本操作 什么是变量,以及如何给变量赋值 R 语言有哪些基本数据类型,如何确定变量的数据类型 R 语言的基本操作 R 语言的默认提示符是 > ,它表示正在等待输入命令...R 语言中的基本数据类型 R 语言中主要数据类型有:向量、列表、矩阵、因子、数据框、数组。这些会在后面的文章中进行介绍,本篇只介绍基本的几种数据类型。 1....原型(Raw) R 语言还有一种不太常见的基本数据类型,叫原型(raw)。raw 类型是直接使用其二进制内容来进行保存和使用的类型。...语言的基本数据类型能有一个整体的掌握,别忘了回顾一下之前的问题,这些你都了解了吗: R 语言有哪些基本操作 什么是变量,以及如何给变量赋值 R 语言有哪些基本数据类型,如何确定变量的数据类型 之后的篇章中

    2K31

    R语言批量读取300个Excel表格

    比如,我们有300个Excel表格,数据格式类似,我们想对其进行读取,然后合并。 当然,合并包括,行堆积,列对接,根据ID列合并等操作。在R语言都是可以实现的。...还有一个Excel表格,有100个Sheet,想把这100个sheet表读取然后合并。 还有一种情况,是有100个Excel表格,想把其合并到一个Excel中不同的sheet。...批量读取 2.1 批量读取多个Excel数据 「步骤:」 先把目录下的Excel名称列出来 批量读取 后续操作 library(tidyverse) library(openxlsx) list_name.../re_hebing.xlsx") 目录: 读取结果: 结果文件: 2.2 批量读取一个Excel的不同sheet表格 「步骤:」 共有8个sheet 批量读取 后续操作 name_sheet...sheet表格时,可以用1,2,3表示对应的sheet 另外,如果想把批量读取的Excel进行行合并或者列合并,可以用map_dfc或者map_dfr更简单。

    1.4K21

    R语言学习笔记_01_认识R&数据类型

    课前准备 为什么是R不是EXCEL、SPSS R主要的功能是数据处理、数据可视化,且相对易学 excel、spss也可以实现大部分功能且更简单,但是R是使用代码来进行操作。...鼠标点击的方式可重复性更强 - (想起了以前用spss处理数据的日子,变量多的时候,都放了哪些协变量,甚至分类变量里用谁当ref都记不太清了,确实也闹过乌龙··· excel单元格格式更复杂,可能会有不必要的麻烦R语言的功底很重要的...目前没遇到过,但是听说过不同的代码算法会很影响效率项目管理思维 习惯用project管理数据、代码 - 先建立project然后再建立script,方便管理资料,且不易混乱学习别人的经验很重要 和R语言进行交互后输出内容的类型...函数可进行数据类型转换(会用到 tips 防止写错代码,学会使用自动补齐(出现提示后按 Enter or Tab Tab补齐很强大,不止可以补齐代码,还可以自动写一些变量、参数、文件名。...- 常见报错 判断数据类型很重要,是R运算的基础,应该慢慢建立这种思维 图片引用自生信技能树

    13410
    领券