前言 kmeans是最简单的聚类算法之一，但是运用十分广泛。最近在工作中也经常遇到这个算法。kmeans一般在数据分析前期使用，选取适当的k，将数据分类后，然后分类研究不同聚类下数据的特点。...本文记录学习kmeans算法相关的内容，包括算法原理，收敛性，效果评估聚，最后带上R语言的例子，作为备忘。...实际应用 下面通过例子（R实现，完整代码见附件）讲解kmeans使用方法，会将上面提到的内容全部串起来 library(fpc) # install.packages("fpc") data(iris)...每次迭代30次，避免局部最优 rst <- sapply(K, function(i){ print(paste("K=",i)) mean(sapply(1:round,function(<em>r</em>)...{ print(paste("Round",r)) result <- kmeans(norm.data, i) stats <- cluster.stats
前言 kmeans是最简单的聚类算法之一，但是运用十分广泛。最近在工作中也经常遇到这个算法。kmeans一般在数据分析前期使用，选取适当的k，将数据分类后，然后分类研究不同聚类下数据的特点。...本文记录学习kmeans算法相关的内容，包括算法原理，收敛性，效果评估聚，最后带上R语言的例子，作为备忘。...实际应用 下面通过例子（R实现，完整代码见附件）讲解kmeans使用方法，会将上面提到的内容全部串起来 1 library(fpc) # install.packages("fpc") 2 data...30次，避免局部最优 4 rst <- sapply(K， function(i){ 5 print(paste("K="，i)) 6 mean(sapply(1：round，function(<em>r</em>)...{ 7 print(paste("Round"，r)) 8 result <- kmeans(norm.data， i) 9 stats <- cluster.stats(dist(norm.data
KMeasn++算法 原始K均值算法最开始随机选取数据集中 K 个点作为聚类中心，而KMeans++算法按照如下的思想选取K和聚类中心： 假设已经选取了n个初始的聚类中心（ 0<n<k ），则在选取第...其余过程和经典KMeans算法相同。 ISODATA ISODATA全称迭代自组织数据分析法（Iterated Self Organization Data）。...在KMeans算法中，聚类个数K往往实现由人为决定，计算过程中无法更改。而在海量高维数据的场景下，K的大小是难以估计的。
安装完成之后，你将会看到一个朴实无华的图标，没错，这就是 R 语言本尊了。 ?...R 语言简单实例 主要工作已经完成，让我们动动小手，优雅的单击（或双击）R Studio 图标，来感受一下R 语言的魅力。...小结 到此为止，R 语言就已经顺利的收入囊中了，恭喜你，又掌握了一门语言（的 Hello world）了。...【此处应有掌声】 接下来，会继续介绍 R 语言的基本用法和其中比较重要的函数使用方法，目标是能使用 R 语言对数据进行初步分析，以便能在生活和工作之中有所应用。...加之在大学时就对数据分析感兴趣，也曾经学过 R 语言，现在算是重温和复习吧。
图片内容相似度 图片分割：图片像素(颜色)相似度 网页聚类：文本内容相似度 社交网络聚类：(被)关注人群，喜好，喜好内容 电商用户聚类：点击/加车/购买商品，行为序列… 三、样本—向量—距离 四、Kmeans...聚类和层次聚类 Kmeans聚类： 得到的聚类是一个独立于另外一个的 收敛： 聚类中心不再有变化 每个样本到对应聚类中心的距离之和不再有很大变化 层次聚类： 可以看做树状层叠 无需初始输入聚类个数...k-means聚类与层次聚类区别： kmeans每次聚类产生一个聚类结果，层次聚类可以通过聚类程度不同产生不同结果 kmeans需要指定聚类个数K，层次聚类不用 kmeans比层次聚类更快 kmeans...= Kmeans(k=k) centerPoint,result = kmeans.fit(data,0.0001) print(centerPoint)...i+=2 plt.scatter(tempx,tempy,c=color,s=30) plt.show() 九、层次聚类 cluster R和
过去一个月实验比较忙，很久没有写点东西了，今天要给amina画图，因此学习了一下R语言的基础画图。
①算法可能找到局部最优的聚类，而不是全局最优的聚类。使用改进的二分k-means算法。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com.../s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw 03 R包及数据准备 install.packages("dplyr") library(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...01 安装R 进入R的官网https://www.r-project.org/ 第一步 点击红框中的download R 第二步 在镜像这里中选择第一个 第三步 接下来按照红框点点点就能完成R的安装...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...1.显示文件列表 dir() #查看工作路径下文件，类似于Linux系统下的ls list.files() #同上 示例 2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号
一、R语言安装 首先进入官网：https://cran.r-project.org 下载相应版本的安装包 点击base 点击Download R4.1.2 for Windows，即可开始下载
ClassCenterList[classid], DocList[i]) for i in range(K): ClassCenterList[i] = Average(i) 实践 基于Kmeans...doc.keys(): doc[word] \*= math.log(N + 1 / (float)(wordDic[word])) Normalize(doc) Kmeans...分析 初始化K个类中心，也就是Kmeans的核心节点 def Init(): templist = random.sample(DocList, K) for i in range(
代码：出处忘了 // // Example 13-1. Using K-means // // /* *************** License:****...
___________________________________________________________________________________ 二、R语言中的线性混合模型 来自博客...R中的线性混合模型介绍（翻译博客）（来自科学网邓飞博客）原来来自：http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...几个包的介绍： 包 优点 缺点 nlme 这是一个比较成熟的R包，是R语言安装时默认的包，它除了可以分析分层的线性混合模型，也可以处理非线性模型。...2、R语言案例 数据来源：一个传统的裂区数据来说明不同软件包的用法，这个数据oats是在MASS包中，是研究大麦品种和N肥处理的裂区试验，其中品种为主区，肥料为裂区。...在R语言中我们使用mgcv包中的lmer函数来完成这项工作。首先载入faraway包以便读取psid数据集，然后加载mgcv包，再将年份数据中心化以方便解释模型，最后用lmer函数进行建模。
point加点；axis右边坐标轴，mtext右边坐标轴的名称，text给出本文。
dev.off() #画完了，关闭画板方法3：eofficelibrary(eoffice)topptx(p,"iris_box_ggpubr.pptx") #把一张图保存为PPT拼图R包
因为一个R包让我不得不对电脑的R进行升级，正好整理下整个升级的过程。我们是在Rstudio中进行的升级操作。用到了包installr。...install.MikTeX, install.git,install.git, install.GraphicsMagick,install.ImageMagick, check.for.updates.R,...我们不在此一一介绍，今天主要介绍updateR这个函数： updateR()主要要来升级R软件，升级过程中会遇到下面的一些选项： 会提示当前版本已经后面最新的升级版本： ?...我们设置好后关闭Rstudio，再次打开Rstudio新版本的R就可以用了。 ? 当然，我们如果需要安装github的包的时候，Rtools软件老版本也不再适用，需要下载新版本的Rtools。...下载链接：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/。 ? 当然这个包有一个缺陷，暂时还不能完成Linux系统下的R升级。
R语言简介 四十多年前， R 语言的始祖诞生了 ， John Chambers 在贝尔实验室中开发出S语言 ，用于快速地进行数据探索， 统计分析和可视化 。...R语言及其生态作为连接现实世界中的数据和数学模型的桥梁，正在社群的努力下一步一步地把这些想法具体化。 让我们进入 R 语言的世界！...R语言基本数据结构 下面用 R 的解释器来熟悉一下 R 语言的基本数据结构。 首先让我们先进入 R 环境下 我是在mac操作环境下的，ubuntu的是一样的。...统计之都 : 国内质量最高的统计网站，有一些关于统计和R语言的优秀博客以及与R有关的会议通知。 肖凯博客(需访问外国网站): 很有质感的博客，有大量 R 语言应用的案例。...R 语言实战 ： 一本从统计角度介绍 R 语言的书籍 ，较为简单 ， 适合快速翻阅。
R基础概念及数据类型重要提示1.Tab键可以补全函数、变量名、指定数据框的行名列名等，能够有效避免错误输入与提高效率2.只有赋值才会使变量发生变化，没有赋值R只是单纯展示出数据3.在R中，Error是唯一代表错误的...，大部分Warning可以忽略，但并不是出现了Error才是错误，一定要反复检查代码是否完成了目的，小心暗流4.R中“=”与“ a class(a)[1] "numeric"> a is.numeric(a)[1] FALSE向量向量将R中不同元素组合生成
() #列出当前工作空间中的对象 rm(list=ls()) dir() #列出当前目录 dir.create(“c:/myproject”) options() #查看R软件默认选项的设置..."mylife") #保存工作空间到mylife文件中 load("mylife") #载入工作空间 #输入与输出 #重定向至文本文件和图像文件 source("inputFile.R"...class mode names c(obj1,obj2) cbind(obj1,obj2) rbind(obj1,obj2) head tail ls() rm(obj1,obj2) #批处理 R...CMD BATCH options infile outfile #linux "c:\program\r\r.exe" CMD BATCH --vanilla --slave "c:\myscript.R...#R函数调用 sum.of.squares <- function(x,y) { x^2 + y^2 } sum.of.squares(3, 4)
R的使用 在Rstudioy中新建项目（R project） File-New Project-New Directory-New Project-Directory name-Creat...文件中不要有中文和字符） 新建脚本 (Ctr+shift+N) 更改字号 (Tools-Global options-Apearance-Editor font size) 重启 session-restart R...shift+F10) 工作目录（working directory）默认在 .Rproject文件夹下 打开文件时，双击打开 .Rproject 即可打开RStudio,打开后工作目录自动设置好了 R界面文字放大...“control” + “shift” + “+” R界面文字缩小 “control” + “-” 二.报错 报错: Error 。
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