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区区20万个单细胞居然内存

我有一个备用的小mac电脑,只有64G内存,32线程,4T硬盘。最近搞活动,详见:春节期间单细胞转录组数据分析全免费,收到了上百个需求,就把它拿出来了避免吃灰。...20万个单细胞里面的表达量矩阵,就可以直接构建单细胞对象,但是CreateSeuratObject(counts = ct ) 会报错,居然是内存问题。...虽然我这个小mac电脑,只有64G内存,32线程,4T硬盘仅仅是备用电脑平时吃灰的, 但是不应该是区区20万个单细胞都搞不定啊,我思考一下,大概是因为在R里面的两万个基因在20万个单细胞里面的表达量矩阵存储格式不经济...,我简单看了看,居然占用了20G内存,怪不得呢。...,后面的质量控制和降维聚类分群就顺理成章的事情

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redisredis内存管理、淘汰机制、内存优化

文章目录 配置redis 最大内存限制 查看redis内存相关信息:INFO memory 内存都去哪儿?...还没好好使用,就爆 内存回收策略 过期键值 Redis如何淘汰过期的keys 内存移除控制策略 8个解决方方案 回收进程如何工作 近似LRU算法 内存优化 使用32位的redis 位级别和字级别的操作...redis.conf 文件为大多数指令提供丰富的内联文档,使得一些复杂的内存优化选项易于理解、更改和测试。...虽然当 Redis 的数据被换出 (swap out) 时,Redis的性能会变差,但是总比直接被杀死的好。:建议自:https://redis.io/topics/admin 内存都去哪儿?...还没好好使用,就爆 ? 1.自身内存redis自身运行所消耗的内存,一般很小。 2.对象内存:这是redis消耗内存最大的一块,存储着用户所有的数据。

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    redis内存分析,内存优化

    二、redis 内存使用 redis内存使用分布:自身内存,键值对象占用、缓冲区内存占用及内存碎片占用。 redis 空进程自身消耗非常的少,可以忽略不计,优化内存可以不考虑此处的因素。...这种方式存在问题是,触发时机,加入过期键长时间未被读取,那么它将会一直存在内存中,造成内存泄漏。 定时任务删除:redis内部维护一个定时任务(默认每秒10次,可配置),通过自适应法进行删除。...noevication:默认不回收,达到内存上限,则不再接受写操作,并返回错误。 volatile-lru:根据LRU算法删除设置过期时间的键,如果没有则不执行回收。...volatitle-random:速记删除设置过期时间的键。 volatilte-ttl:根据键ttl,删除最近过期的键,同样如果没有设置过期的键,则不执行删除。...动态配置:config set maxmemory-policy {} 在设置maxmemory情况下,每次的redis操作都会检查执行内存回收,因此对于线上环境,要确保所这只的maxmemory>used_memory

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    Redis内存管理

    微信公众号:DBA随笔 01、Redis内存管理 在Redis中删除数据之后,可能会出现Redis占用的内存不释放的问题,今天我们来看看这个问题。...Redis内存并不由Redis本身控制,而是由内存分配管理器来负责回收或者分配。常见的内存分配管理器有libc,jemalloc,tcmalloc等,默认使用jemalloc。...,jmelloc会分配指定的大小的内存空间,例如我们一个命令需要100字节的内存空间,jemalloc会自动分配128字节的内存空间来容纳这个key,这样就有28字节的余量,下次再来28字节的请求,就不用重新分配资源...总之,内存碎片的原因有2个: 1、内存分配器不是按需分配,而是留有余量,这会导致有碎片; 2、数据增删之后,内存中会有空洞; 02、Redis内存相关命令 Redis中使用info memory来查看内存情况...03、如何清理内存碎片? 1、重启Redis实例。 这是一个比较粗暴的办法,但是很管用。 2、Redis4.0中提供一种优雅的办法,内存碎片自动清理。它的本质是通过内存中的数据复制来实现的。 ?

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    Redis内存回收

    1.Redis内存回收Redis之所以性能强,最主要的原因就是基于内存存储。然而单节点的Redis内存大小不宜过大,会影响持久化或主从同步性能。...我们可以通过修改redis.conf文件,添加下面的配置来配置Redis的最大内存: 代码解读复制代码maxmemory 1gb当内存达到上限,就无法存储更多数据。...因此,Redis内部会有两套内存回收的策略: 内存过期策略 内存淘汰策略 1.1.内存过期处理存入Redis中的数据可以配置过期时间,到期后再次访问会发现这些数据都不存在,也就是被过期清理了。...算法我们弄明白,不过这里大家要注意一下:Redis中的KEY可能有数百万甚至更多,每个KEY都有自己访问时间或者逻辑访问次数。...而如果设置其它策略,则会在每次执行命令后判断占用内存是否达到阈值。如果达到阈值则会基于配置的淘汰策略尝试进行内存淘汰,直到占用内存小于阈值为止。关于 LRU 和 LFULRU是最近最久未使用。

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    redis源码阅读-终于把内存占用算清楚

    断点了下,有如下发现: image.png 从内存中看key的前一位是0,也就是类型是sdshdr5 image.png val 我就看不明白 image.png 从上图可以看出key的结构体是一个sdshdr5...https://github.com/redis/redis/issues/6263 https://github.com/redis/redis/pull/6198 大意是在申请内存的时候,使用了内存对齐...,然后将对齐内存后的大小,增加到了used_memory上(在zmalloc.c中),用于标记申请的总内存,这些对齐的内存内存碎片。...redis的作者基于什么样的考量这么设计?后续有空了再跟进下。...最后更新下从代码层面梳理的数据结构图: image.png 原文: redis源码阅读-终于把内存占用算清楚 - 墨天轮 (modb.pro)

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    Redis内存模型

    图片来源:《Redis设计与实现》 通过图中可以看出,双端链表同时保存表头指针和表尾指针,并且每个节点都有指向前和指向后的指针;链表中保存列表的长度;dup、free和match为节点值设置类型特定函数...下图展示列表编码转换的特点: ?...下图展示Redis内层的哈希编码转换的特点: ?...下图展示有序集合编码转换的特点: ? 五、应用举例 了解Redis内存模型之后,下面通过几个例子说明其应用。...考虑这样一种场景:论坛网站在redis中存储每个帖子的浏览数,而这些浏览数绝大多数分布在0-20000之间,这时候通过适当增大REDIS_SHARED_INTEGERS参数,便可以利用共享对象节省内存空间

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    Redis内存模型

    官方答案是:因为CPU不是Redis的瓶颈,Redis的瓶颈最有可能是机器内存或者网络带宽。既然单线程容易实现且CPU不会成为瓶颈,顺理成章地采用单线程的方案。    ...而这个文件事件处理器是单线程的,所以才叫redis的单线程模型,这也决定redis是单线程的。 2、Redis单线程模型组成?...如果此时客户端准备好接收返回结果,那么 redis 中的 socket01 会产生一个 AE_WRITABLE 事件,同样压入队列中, 事件分派器找到相关联的命令回复处理器,由命令回复处理器对 socket01...因为Redis的瓶颈不在内存,而是在网络IO模块带来CPU的耗时,所以Redis6.0的多线程用来处理网络IO这部分,充分带来CPU资源,减少网络IO阻塞带来的性能损耗 4.3、Redis6.0如何开启多线程...在redis的多线程模式下,获取、解析命令,以及输出结果两个过程,可以配置成多线程执行,因为它毕竟是定位到的主要耗时点,但是命令的执行,也就是内存操作,依然是单线程运行的。

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    关于redis内存分析,内存优化

    大量TimeoutException,说明当前redis服务节点上已经堆积大量的连接查询,超出redis服务能力,再次尝试连接的客户端,redis 服务节点直接拒绝,抛出错误。...那到底是什么导致这种情况的发生呢? 总结起来,我们可以从以下几方面进行关注: 一、redis 服务节点受到外部关联影响 redis服务所在服务器,物理机的资源竞争及网络状况等。...对于开启持久化配置的redis服务(一般情况下都会开启),假如我们做了CPU亲和性处理,那么redis fork出的子进程则会和父进程共享同一个CPU资源,我们知道,redis持久化进程是一个非常耗资源的过程...2、内存不在内存 www.lecaixuanzc.cn   开篇就讲过,redis最重要的东西,内存内存稳定性是redis提供稳定,低延迟服务的最基本的要求。...3)redis服务maxmemory配置。 www.51baishizc.cn  中我们提到过,对redis服务必要的内存上限配置,这是内存隔离的一种必要。

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    关于redis内存分析,内存优化

    二、redis 内存使用 之前的文章 关于redis,你需要了解的几点!中我们简单介绍过redis内存使用分布:自身内存,键值对象占用、缓冲区内存占用及内存碎片占用。...这种方式存在问题是,触发时机,加入过期键长时间未被读取,那么它将会一直存在内存中,造成内存泄漏。 定时任务删除:redis内部维护一个定时任务(默认每秒10次,可配置),通过自适应法进行删除。...noevication:默认不回收,达到内存上限,则不再接受写操作,并返回错误。 volatile-lru:根据LRU算法删除设置过期时间的键,如果没有则不执行回收。...volatitle-random:速记删除设置过期时间的键。 volatilte-ttl:根据键ttl,删除最近过期的键,同样如果没有设置过期的键,则不执行删除。...动态配置:config set maxmemory-policy {} 在设置maxmemory情况下,每次的redis操作都会检查执行内存回收,因此对于线上环境,要确保所这只的maxmemory>used_memory

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    Redis详细总结

    1.数据量的总大小 一个机器放不下时 2.数据的索引(B+ Tree)一个机器的内存放不下时 3.访问量(读写混合)一个实例不能承受 如果满足上述1 or 3个,进化...... 2.Memcached...类型的数据,同时还提供list,set,zset,hash等数据结构的存储 Redis支持数据的备份,即master-slave模式的数据备份 2.能干嘛 内存存储和持久化:redis支持异步将内存中的数据写到硬盘上...在启动时会把数据加载到内存中,达到最大内存后,Redis会先尝试清除已到期或即将到期的Key,当此方法处理 后,仍然到达最大内存设置,将无法再进行写入操作,但仍然可以进行读取操作。...快照,它恢复时是将快照文件直接读到内存Redis会单独创建(fork)一个子进程来进行持久化,会先将数据写入到一个临时文件中,待持久化过程都结束,再用这个临时文件替换上次持久化好的文件。...劣势 在一定间隔时间做一次备份,所以如果redis意外down掉的话,就会丢失最后一次快照后的所有修改 Fork的时候,内存中的数据被克隆一份,大致2倍的膨胀性需要考虑 [20200507094438

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    Redis内存怎么办?在线等挺急的

    生产环境的Redis内存使用情况是必要的监控指标,Redis的稳定运行在一定程度上保证生产环境的安全稳定运行。 今天生产环境爆出了大量的 timeOut 502错误。...去监控上查看一下,是Redis内存爆掉了,当时我慌的一批。 经过我半个多小时的百度,总算是找到了解决问题的办法。然后我一顿操作猛如虎,可算是解决问题了,下面我来回顾一下。...Redis提供一个配置参数maxmemory来限制内存超出期望大小。...当实际内存超出 maxmemory 时,Redis 提供几种可选策略 (maxmemory-policy) 来让 用户自己决定该如何腾出新的空间以继续提供读写服务。 ?...这个配置会导致当Redis内存满的时候拒绝写的请求,当Redis开始使用swap交换区的时候,你的读请求会超乎想象的慢。

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    Redis详细总结

    1.数据量的总大小 一个机器放不下时 2.数据的索引(B+ Tree)一个机器的内存放不下时 3.访问量(读写混合)一个实例不能承受 如果满足上述1 or 3个,进化...... 2.Memcached...master进行数据同步 slaveof 当master服务设置密码保护时,slav服务连接master的密码 masterauth 设置Redis连接密码,如果配置连接密码,客户端在连接...在启动时会把数据加载到内存中,达到最大内存后,Redis会先尝试清除已到期或即将到期的Key,当此方法处理 后,仍然到达最大内存设置,将无法再进行写入操作,但仍然可以进行读取操作。...它恢复时是将快照文件直接读到内存Redis会单独创建(fork)一个子进程来进行持久化,会先将数据写入到一个临时文件中,待持久化过程都结束,再用这个临时文件替换上次持久化好的文件。...劣势 在一定间隔时间做一次备份,所以如果redis意外down掉的话,就会丢失最后一次快照后的所有修改 Fork的时候,内存中的数据被克隆一份,大致2倍的膨胀性需要考虑 ?

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    Redis内存回收策略

    Redis会因为内存不足而产生错误,也会因为回收过久而导致系统长期的停顿,因此了解掌握Redis的回收策略十分重要。...当Redis内存达到规定的最大值时,可以进行配置进行淘汰键值,并且将一些键值对进行回收。 我们打开Redis安装目录下的redis.conf文件。...Redis将回收超时的键值对。 allkeys-lfu:采用最近最不常用的淘汰策略,Redis将对所有的键值对采用最近最不常用的淘汰策略。...noeviction:不淘汰任何键值对,当内存满时,如果进行读操作,例如get命令,它将正常工作,而做写操作,它将返回错误,也就是说,当Redis采用这个策略内存达到最大的时候,它就只能读不能写了。...Redis默认采用noeviction策略。 LRU算法或者TTL算法都是不精确的算法,而是一个近似算法。

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    理解Redis内存

    所以,监控 Redis内存消耗并了解 Redis 内存模型对高效并长期稳定使用 Redis 至关重要。 Redis 内存统计 redis提供下面命令来查询当前redis内存的使用情况。...进程本身运行内存 Redis主进程本身运行肯定需要占用内存,如代码、常量池等等;这部分内存大约几兆,在大多数生产环境中与Redis数据占用的内存相比可以忽略。...而且输入缓冲区不受 maxmemory 控制,假设一个 Redis 实例设置 maxmemory 为 4G,已经存储 2G 数据,但是如果此时输入缓冲区使用了 3G,就已经超出了 maxmemory...内存碎片 内存碎片是Redis在分配、回收物理内存过程中产生的。...那肯定不行,这就会造成内存泄漏的问题。那Redis是怎么解决的呢?Redis提供一个定时任务的删除机制来做补充。 定时任务删除 Redis内部维护一个定时任务,默认是每秒运行十次。

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    降低Redis内存占用

    1、降低redis内存占用的优点   1、有助于减少创建快照和加载快照所用的时间   2、提升载入AOF文件和重写AOF文件时的效率   3、缩短从服务器进行同步所需的时间   4、无需添加额外的硬件就可以让...redis存贮更多的数据 2、短结构   Redis为列表、集合、散列、有序集合提供一组配置选项,这些选项可以让redis以更节约的方式存储较短的结构。   ...例子:   假若一个某个节点存储’abc’字符串,在32位的平台下保守估计需要21个字节的额外开销(三个指针+两个int+空字符即:3*4+2*4+1=21)   由例子可知存储一个3字节字符串就需要付出至少...此时的test-list中含有512条数据,没有除配置文件中的限制 2、往test-list中再推入一条数据 ?   ...以有序数组的方式存储集合不仅可以降低内存消耗,还可以提升集合操作的执行速度。

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    Redis 内存压缩实战

    实战 压缩列表能节省多少内存? 总结 ---- 在讨论Redis内存压缩的时候,我们需要了解一下几个Redis的相关知识。...内存碎片率 = 操作系统给Redis分配的内存 / Redis存储对象占用的内存 因为压缩列表在更新节点的时候,经常需要进行内存重分配,所以导致比较高的内存碎片率。...但有很多手段可以减少内存碎片率,比如内存对其,甚至更极端的直接重做整个Redis内存(利用快照或者从节点来重做内存)都能有效的减低内存碎片率。...并且,为了减少修改字符串带来的内存重分类问题,Redis会进行内存预分配,所以可能你仅仅为了保存五个字符,但Redis会为你预分配10 bytes的内存。...接下来准备写一篇Redis内存压缩的小技巧。

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    Redis-内存回收

    通过调整定时扫描的时间间隔和每次扫描的限定耗时,可以在不 同情况下使得 CPU 和内存资源达到最优的平衡效果。   Redis 中同时使用了惰性过期和定期过期两种过期策略。   ...问题:如果都不过期,Redis 内存满了怎么办? 1.2 淘汰策略   Redis内存淘汰策略,是指当内存使用达到最大内存极限时,需要使用淘汰算法来决定清理掉哪些数据,以保证新数据的存入。...1.2.1 最大内存设置   redis.conf 参数配置: # maxmemory   如果不设置 maxmemory 或者设置为 0,64 位系统不限制内存,32 位系统最多使用...动态修改: redis> config set maxmemory 2GB   到达最大内存以后怎么办?...1.2.2 淘汰策略 不同于之前的版本,redis5.0为我们提供八个不同的内存置换策略。很早之前提供6种。 ?

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