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rosetta-fixbb

purpose: use fixbb application to invoke the Rosetta packer to optimize the side-chain conformations (as opposed to a centroid-only model)--(全原子模型区别于质心模型) -resfile resfile.txt : controlling the packer(rosetta -nstruct 5: tells Rosetta to repeat the protocol five times, producing five independent outputs. (重复5次,得到5个结构,但由于rosetta使用随机算法,所以实际数目需要提升)resfile: NATAAstart```input:1l2y.pdboutput: 1l2y_0001.pdb1l2y

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rosetta-sidechain_graft

constrain_relax_to_start_coords -ex1-ex2 -use_input_sc -l scaffolds.lis 3:MotifGrafting and Sequence Design这是不同的步骤,但是由于rosetta

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    最壕十一月,敢写就有奖

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-9-rosetta-GeneralizedKIC 示例-2

    Created on 28 March 2017 for the Baker lab Rosetta Tutorial Series. scorefunction.提示:基本内容均在rosettabinlinux2021.07.61567bundlemaindemostutorialsGeneralizedKIC 中文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part -9-rosetta-GeneralizedKIC 示例-2 前言 目标 使用GeneralizedKIC时的注意事项 练习 1: 建立一个多肽loop,并且闭合此loop,使用RosettaScripts

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    ​文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-6-rosetta-安装

    rosetta安装以及下载 写到这里,按说应该实践一波无奈,常用服务器正在安全检查只能重新下载一波那就水一波安装官网:https:www.rosettacommons.orgsoftwarelicense-and-download

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    Rosetta简介及完美安装

    前言:针对目前国内Rosetta中文资源甚少、零散、求助难的问题,我搭建了一个Rosetta中文社区论坛(beta)。 我们的初衷:致力于降低新人入门的门槛,开通问题求助的渠道;收集目前零散的文章和发布高质量教程资源,打造国内一流的Rosetta学习资源;形成开放、可持续的平台,加强国内科研人员在Rosetta方面的学习和交流 :awakenwu.github.io特此:如果您对Rosetta有一定的基础和实战经验,不妨加入我们,一起共建这个平台~如果您没有接触过Rosetta,有对此有兴趣,不妨加入我们的微信群一起讨论和学习 Rosetta简介Rosetta是计算结构生物学皇冠上的一颗璀璨明珠,也是人类通往蛋白设计的巴别塔。 Rosetta下载Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本(Weekly Release),由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能,

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-8-rosetta-GeneralizedKIC 示例

    (一般来说,rosetta并不擅长此方面)。涉及盐桥、cation-pi 相互作用、氢键或其他非共价相互作用的loop。

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-10-rosetta-GeneralizedKIC 示例-3

    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-10-rosetta-GeneralizedKIC 示例-3 目标 使用GeneralizedKIC来对loops进行扰动 基于 RosettaScripts

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-7-rosetta-安装以及KIC简单使用

    rosetta下载完成之后,直接解压安装 步骤解压时间会比较长 tar -zxvf rosetta_bin_linux_2021.07.61567_bundle.tgz解压之后的文件夹 将这个文件路径加到环境变量中 0是默认选项,允许Rosetta选择一个切割点。请注意,loop文件中的氨基酸编号不是基于PDB编号,而是基于Rosetta内部编号。第5列表示skip rate,我们将其设置为0。 将最后一列设置为1,使Rosetta从extended structure开始构建。 Protocol的完整文件可在此处查阅.由于此protocol通常用于高级用例,因此它通常需要与其他Rosetta protocol相结合。 Generalized KIC不能作为可执行文件使用;它需要通过rosetta scripts使用

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-5

    RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Modeling Suite Fleishman Corn JE, Strauch EM, Khare SD, et al. (2011) RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Science),研究所主页:https:www.weizmann.ac.ilpages,个人主页:https:fleishmanlab.weizmann.ac.il,除了PROSS,还有FUNLIB等,rosetta Rosetta将执行PROTOCOLS中规定的操作顺序。重要的是,SimpleMetrics and Filters永远不会改变结构的序列或构象。

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part.1

    说了要复现一下那篇文章,那就一步一步来看看先看算法KIC,是kinematic closure 的简称,翻译一下运动学闭环,以前是用做机器人的,现在引入到rosetta中,其实你们说学科交叉什么太先进,

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-2

    GeneralizedKIC适用于任意backbones,以及有侧链、配体等的loop。

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-3

    这个pose是rosetta中的一种表示,等后面动手的时候就知道了。GeneralizedKIC将返回一个pose,在这个pose中,loop被置于一个新的、闭合的构象中(取决于用户指定的采样方法)。

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    文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-4

    复现这文章需要RosettaScript,而RosettaScript为XML格式

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    Facebook的新AI「Rosetta」会识别表情包,还会删帖丨论文

    所以Facebook干脆出了一个能识别表情包的AI,名叫Rosetta,看看你们发的消息里配的表情包都是些啥。?Facebook官方博客给到的例子是一个西班牙语的企鹅表情包。 虽然图上的西班牙文看不太懂,不过可以脑补一下,表情包上本来只有白色加粗大字,Rosetta用蓝色框选出表情包上的文字,然后识别出来,文字上面那一行是它的识别结果。当然,不止表情包,还有各类其他图片。 如果发小黄图或者其他什么不友善的图片被Rosetta发现,它就会启动删帖大法。Rosetta模型Rosetta如何识别图片上的文字呢? 由于Rosetta并不是一个纯英文识别AI,它需要学的语言种类太多,单单训练英文识别都要大量数据,何况Facebook的全球用户来自各国,会使用各种不同的语言了。 不仅能认表情包除了识别表情包和删帖,Rosetta还可以用来实现照片搜索、识别菜谱、辅助视力障碍者认知图片等功能,而且这些功能并不仅仅适用于英文,连阿拉伯语都可以识别。

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    Facebook推出大规模图像文本提取系统Rosetta

    图 1 展示了 Rosetta 生成的一些结果。?图 1:使用 Rosetta 系统的 OCR 文本识别。基于 Faster-RCNN 的方法检测出单个单词,然后全卷积 CNN 生成每个单词的转录。 我们展示了高效图像文本检测和识别的建模技术,介绍了 Rosetta 的系统架构。 系统架构这部分主要介绍 Facebook 的实时大规模 OCR 系统 Rosetta 的系统架构。图 5 展示了 Rosetta 的架构。 图 5:Rosetta 架构。Rosetta 内的在线图像处理流程包含以下步骤:图像被下载到 Rosetta 集群内的本地机器上,然后执行预处理,如调整图像大小和归一化。 最后我们分享了在 Rosetta 开发和部署过程中学到的经验,这些经验帮助我们可以处理 Facebook 级别的图像。6.

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    矩阵元算法科学家谢翔: Rosetta如何连接隐私计算与AI?

    这就是Rosetta所要解决的问题。Rosetta如何连接隐私计算与AI? 在这样一个场景下,如何运用Rosetta来实现它呢? Rosetta的架构如下: ? 这就是Rosetta的目标。下面说一下Rosetta的架构,首先要讲TensorFlow架构,TensorFlow架构简单地说就是一个图转化和一个图执行。 同时保证abc各方数据都不会被对方拿到,这种场景下,用Rosetta解决问题非常简单。?如上图,把Rosetta import进来,然后选一个协议,然后选相应的输入。

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    OCR大突破:Facebook推出大规模图像文字检测识别系统——Rosetta

    这里, 我们提出 Rosetta 系统结构,这是一种有效的建模技术用于检测和识别图像中的文本。 本文,我们提出一种可扩展的 OCR 系统 Rosetta,为 Facebook 日常网络社交提供支持。 下图1展示了 Rosetta 系统的检测识别效果。图1 使用 Rosetta 系统进行 OCR 文本识别。 图3 文本识别模型的结构▌ Rosetta 系统下图4展示了 Rosetta 的系统结构,其在线图片处理的流程主要包含以下几个步骤:Rosetta 将客户端的图片下载到本地计算机集群,并通过预处理步骤, 图4 Rosetta 系统结构,这是 Facebook 的可扩展的文本识别系统。实验我们对 Rosetta OCR 系统进行了大量的评估实验。

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    文章复现-靶向NDM-1的大环肽抑制剂的计算设计-Part.10

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    新款 Mac mini 体验:苹果 M1 芯片性能及兼容性完全测试

    可能有些人听过Rosetta,而M1中使用的Rosetta实际上是Rosetta2,简单理解也就是第二代的意思,那么第一代呢? 关于 Rosetta,我也去查了一下,苹果官方文档是这么说的:每当您使用专为配备 Intel 处理器的 Mac 电脑构建的 App 时,Rosetta 2 都会在后台运行。 Rosetta 会自动转化 App 以便与 Apple 芯片搭配使用。在大多数情况下,需要 Rosetta 的 App 的性能不会出现任何差异。您的哪些 App 需要 Rosetta? 您可以使用“显示简介”来识别需要 Rosetta 或可以使用 Rosetta的 App:在“访达”中选择相应 App。从菜单栏的“文件”菜单中,选取“显示简介”。 ,完成后在闪退的App简介窗口勾选“使用Rosetta打开”。

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    隐私数据在隐私AI框架中的安全流动

    作者 | Rosetta技术团队 责编 | 晋兆雨出品 | AI科技大本营 本文中,我们将介绍为了保护用户的隐私数据,在隐私 AI 框架的计算任务全流程中,数据是如何以密文形式流动,同时仍正确完成加法 下面我们就结合具体案例看的看下在 Rosetta中隐私数据是如何得到安全保护的。案例Alice,Bob和 Charley三人最近需要在他们的 AI系统中引入对数据的隐私保护能力。 他们按照 Rosetta 提供的教程,快速编写了如下代码(脚本名为 rosetta-mul.py):#! 下面我们就按照 输入--计算--输出 的顺序,详细介绍 Rosetta 中数据的表示与流动,以及所用到相关技术与算法在工程上的优化实现。隐私数据的输入 隐私计算问题,首先要解决的是隐私数据的输入。 众多 API 之一,Rosetta还提供了rtt.private_input,等 API,用来处理隐私数据的输入。

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