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sbatch:错误:批处理作业提交失败:运行Snakemake时，Socket在send/recv操作上超时

sbatch是Slurm作业调度系统中的一个命令，用于将作业提交到计算集群中进行执行。在运行Snakemake时，出现sbatch错误并提示"错误:批处理作业提交失败:运行Snakemake时，Socket在send/recv操作上超时"，这可能是由于以下原因导致的：

  1. 网络连接问题：Socket在send/recv操作上超时可能是由于网络连接不稳定或延迟较高导致的。可以尝试检查网络连接是否正常，并确保网络稳定性。
  2. 作业资源不足：如果计算集群资源不足，可能会导致作业提交失败。可以尝试查看计算集群的资源使用情况，确保有足够的资源可供作业使用。
  3. 作业配置错误：可能是由于作业配置文件中的错误导致作业提交失败。可以检查作业配置文件是否正确，并确保作业的参数和资源需求设置正确。

针对这个错误，可以尝试以下解决方法：

  1. 检查网络连接：确保网络连接正常，可以尝试重新连接网络或更换网络环境。
  2. 检查作业资源需求：确认作业所需资源是否符合计算集群的限制，并根据需要进行调整。
  3. 检查作业配置文件：仔细检查作业配置文件中的参数设置是否正确，特别是与网络通信相关的配置。
  4. 联系系统管理员：如果以上方法无法解决问题，建议联系计算集群的系统管理员寻求帮助，他们可能能够提供更具体的解决方案。

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请注意，以上链接仅为示例，具体的产品选择应根据实际需求和情况进行评估和选择。

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SLURM使用教程

cpu核，可理解为作业所需的cpu核数 socket：cpu插槽，可理解为物理cpu颗数 stdout：标准输出文件，程序运行正常时输出信息的文件，一般指输出到屏幕的信息 stderr：标准错误文件，程序运行出错时输出信息的文件...，一般指输出到屏幕的信息 命令 sbatch：提交作业脚本。...CG：完成中，COMPLETIONG F：已失败，FAILED TO：超时，TIMEOUT NF：节点失效，NODE FAILURE CD：已完成，COMPLETED 作业信息查看 image.png...批处理模式提交作业 1.用户编写作业脚本 2.提交作业 3.作业排队等待资源分配 4.在首节点加载执行作业脚本 5.脚本执行结束，释放资源 6.用户在输出文件中查看运行结果 ?...开头，指定解释程序 脚本中可通过srun加载计算任务 一个作业可包含多个作业步 脚本在管理节点上提交，实际在计算节点上执行 脚本输出写到输出文件中 以下是一些常见的作业资源需求参数，使用#SBATCH

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slurm学习笔记（一）

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Slurm 快速入门：资源管理与作业调度系统

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【科研利器】slurm作业调度系统（一）

3、它可以加深你对软件运行环境的理解。从而会让你产生编写可移植性更强的程序的意识。 3 一个案例 在这里，我们先给出一个使用slurm作业系统最常用的方式：提交 SLURM 作业脚本的批处理方式。...之后有 # 开头的若干行表示 SLURM 作业的设置区域，它告诉工作站运行任务的详细设定：它被提交到 cpu 分区当中，申请 1 个节点的 1 个 核心，限制任务最大运行时间是五分钟，将标准输出和标准错误放在...接着我们需要提交任务到超算上。在准备好slurm脚本后，使用如下命令就可以将刚才的任务提交上去，这里 sbatch 是提交 SLURM 脚本的命令。...系统默认会将标准输出文件和标准错误文件复制到调用 sbatch 的目录下。默认的文件名是 slurm-.out，其中 JOBID 是作业号。...总结起来，在工作站上进行运算的步骤如下： 1、登录主节点，准备程序和数据。 2、编写 SLURM 脚本，设置作业属性(例如占用的资源，最长运行时间)。

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高并发调优backlog多大合适？

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python资源库——socket网络编

socket.SOCK_RDM 是一种可靠的UDP形式，即保证交付数据报但不保证顺序。SOCK_RAM用来提供对原始协议的低级访问，在需要执行某些特殊操作时使用，如发送ICMP报文。...一般，address的格式为元组（hostname,port）,如果连接出错，返回socket.error错误。...sk.connect_ex(address) 同上，只不过会有返回值，连接成功时返回 0 ，连接失败时候返回编码，例如：10061 sk.close() 关闭套接字连接 sk.recv(bufsize[...成功返回None，失败则抛出异常。内部通过递归调用send，将所有内容发送出去。...sk.settimeout(timeout) 设置套接字操作的超时期，timeout是一个浮点数，单位是秒。值为None表示没有超时期。 sk.getpeername() 返回连接套接字的远程地址。

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朴素、Select、Poll和Epoll网络编程模型实现和分析——朴素模型

于是我们需要对该同步socket设置操作超时属性。...其实是他们犯了一个错误，就是将socket设置为异步属性。如果socket既设置为异步属性，又设置了超时，socket当然是按异步特点去执行的，超时设置也就无效了。        ...还有一个问题，就是有些同学在自己设计服务器和客户端时发生了“死锁”问题（非严格定义意义上的死锁）。那是因为设计的服务器和客户端都是同步的，而且socket都没有设置超时。...由于socket是同步的，且未设置超时，导致服务器一直卡在再次读取的操作中，这样就发生了“死锁”。其实这个过程非常有意思，当我们对一段不健壮的代码进行加固时，往往会掉到另外一个坑里。...我们考虑到读取操作可能一次性读不完，所以我们使用while循环持续尝试读取。如果是一个异步的socket，我们则考虑recv函数返回小于0时各种错误值的场景，并使用渐长等待的方式进行多次尝试。

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socket 编程初探

一 简介 socket是两个应用程序进行通信的管道,这两个应用程序可以在同一台机器上，也可以位于两台不同的机器上,相同的网络或者不同网络之间的。...socket.settimeout(timeout) 设置套接字操作的超时期，timeout是一个浮点数，单位是秒。值为None表示没有超时期。...一般，超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能用于连接的操作（如connect()） socket.fileno() 返回套接字的文件描述符。...调用recv时， 服务器必须设置接收的最大数据量。recv方法在接收数据时会进入“blocked”状态，最后返回一个字符串，用它表示收到的数据。...如连接成功，客户就可通过套接字与服务器通信，如果连接失败，会引发socket.error异常。 3 处理阶段，客户和服务器将通过send方法和recv方法通信。

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肝！Python 网络编程

就是为了联通多方然后进行通信用的，即把数据从一方传递给另外一方，为了让在不同的电脑上运行的软件，之间能够互相传递数据，就需要借助网络的功能。 ?...网络通信 IP地址：用来在网络中标记一台电脑，比如 192.168.1.1 ，在本地局域网上是唯一的。 不同电脑上的进程之间如何通信？ 首要解决的问题是如何唯一标识一个进程，否则通信无从谈起！...在1台电脑上可以通过进程号 PID 来唯一标识一个进程，但是在网络中这是行不通的。...socket.settimeout(timeout) 设置套接字操作的超时期，timeout是一个浮点数，单位是秒。值为None表示没有超时期。...一般，超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能用于连接的操作（如connect()） socket.gettimeout() 返回当前超时期的值，单位是秒，如果没有设置超时期，则返回None。

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Python 网络编程

就是为了联通多方然后进行通信用的，即把数据从一方传递给另外一方，为了让在不同的电脑上运行的软件，之间能够互相传递数据，就需要借助网络的功能。 ?...网络通信 IP地址：用来在网络中标记一台电脑，比如 192.168.1.1 ，在本地局域网上是唯一的。 不同电脑上的进程之间如何通信？ 首要解决的问题是如何唯一标识一个进程，否则通信无从谈起！...在1台电脑上可以通过进程号 PID 来唯一标识一个进程，但是在网络中这是行不通的。...socket.settimeout(timeout) 设置套接字操作的超时期，timeout是一个浮点数，单位是秒。值为None表示没有超时期。...一般，超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能用于连接的操作（如connect()） socket.gettimeout() 返回当前超时期的值，单位是秒，如果没有设置超时期，则返回None。

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python学习----------so

一般在Internet上的主机运行了多个软件服务，同时提供多种服务，每一种服务都打开一个socket，并且绑定到一个端口上，不同的端口对应不同的服务。...socket.SOCK_RDM 是一种可靠的UDP形式，即保证交付数据报但不保证顺序。SOCK_RAM用来提供对原始协议的低级访问，在需要执行某些特殊操作时使用，如发送ICMP报文。...sk.connect_ex(address) 　　同上，只不过会有返回值，连接成功时返回 0 ，连接失败时候返回编码，例如：10061 sk.close() 　　关闭套接字 sk.recv(bufsize...成功返回None，失败则抛出异常。 内部通过递归调用send，将所有内容发送出去。...一般，超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能用于连接的操作（如 client 连接最多等待5s ） sk.getpeername() 　　返回连接套接字的远程地址。

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利用loadrunner开发Windows Sockets协议脚本

通常该参数在多网卡的情况下使用。...注意： 如果data.ws中设置的接收(recv)缓冲区和实际收到的数据大小不匹配，在读取未超时的情况下，函数会一直读取由socket“搬运”过来的数据，直到已读取换缓冲区大小的数据，如果读取超时则提前结束读取操作...(microsecond)为单位的超时时间 lrs_disable_socket 函数功能：禁用socket的某个操作，注意不是网上说的，断开socket 函数原型： int lrs_disable_socket...operation：需要禁用的操作：SEND, RECEIVE, SEND-RECEIVE。...比如，如果需要禁用发送数据传递 DISABLE_SEND，需要禁用所有活动(接收和发送)，传递 DISABLE_SEND_RECV lrs_close_socket 函数功能：关闭socket 函数原型

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Python 网络编程

就是为了联通多方然后进行通信用的，即把数据从一方传递给另外一方，为了让在不同的电脑上运行的软件，之间能够互相传递数据，就需要借助网络的功能。...在1台电脑上可以通过进程号 PID 来唯一标识一个进程，但是在网络中这是行不通的。...成功返回None，失败则抛出异常。 socket.recvfrom() 接收UDP数据，与recv()类似，但返回值是（data,address）。...socket.settimeout(timeout) 设置套接字操作的超时期，timeout是一个浮点数，单位是秒。值为None表示没有超时期。...一般，超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能用于连接的操作（如connect()） socket.gettimeout() 返回当前超时期的值，单位是秒

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Loadrunner 脚本开发-利用loadrunner开发Windows Sockets协议脚本

通常该参数在多网卡的情况下使用。...注意： 如果data.ws中设置的接收(recv)缓冲区和实际收到的数据大小不匹配，在读取未超时的情况下，函数会一直读取由socket“搬运”过来的数据，直到已读取换缓冲区大小的数据，如果读取超时则提前结束读取操作...(microsecond)为单位的超时时间 lrs_disable_socket 函数功能：禁用socket的某个操作，注意不是网上说的，断开socket 函数原型： int lrs_disable_socket...operation：需要禁用的操作：SEND, RECEIVE, SEND-RECEIVE。...比如，如果需要禁用发送数据传递 DISABLE_SEND，需要禁用所有活动(接收和发送)，传递 DISABLE_SEND_RECV lrs_close_socket 函数功能：关闭socket 函数原型

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Python基础知识点梳理4，推荐收藏

实际上是在Python程序中本身这个进程内，连接到指定服务器进程的通信端口进行通信，所以网络通信也可以看成两个进程间的通信。...相同，但是成功返回0，失败返同ermno 的值 - 公共Socket函数 s.recv bufsize[,flag) 接受TCP 套接字的数据。...成功返回None,失败则抛出异常 s.recvfrom(bufsize[.flag]) 接受UDP 套接字的数据。与recv0类似，但返回值是data,addres )。...一般超时期应该在刚创建套接字时设置，因为它们可能会用于连接操作(如connect()) s.setblocking(flag) 如果fag 为0，则将套接字设为非阻塞模式，否则将套接字设为阻塞模式( 默认值...s.send(b'Hello,i am a client') print('-->>' + s.recv(1024).decode('utf-8')) s.send(b'exit') # 关闭socket

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