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scanpy教程:预处理与聚类

当然,选择走一遍scanpy的原因,不是因为它的强大,只是因为喜欢。 在我搬这块砖之前,中文世界关于scanpy的介绍已经很多了,这当然是好事。不知道谁会以怎样的方式遇见谁,所以,还是让我们开始吧。...然后是安装scanpy这个库,当然可能会遇到一些问题,但是花点时间总是可以Google掉的。在Windows、mac、linux平台scanpy都是可以运行的。 在学习新的库时,文档是不可不看的。...我们打开scanpy的教程官网:https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html ,对,就是这么直白。...我认为搞清楚这个基本上学会一半scanpy了。...This requires having ran :func:`~scanpy.pp.neighbors` or :func:`~scanpy.external.pp.bbknn` first.

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scanpy和Seurat单细胞分析对比

scanpy和seurat分析代码比较 尝试把曾老师的单细胞seurat分析的代码转换成scanpy版本的,包括样品读取,质控,harmony去除批次效应,降维聚类,marker鉴定。.../scRNA_scripts/check-all-markers.R') setwd('../') getwd() last_markers_to_check scanpy版本的python代码...安装各种库的时候,直接pip install scanpy即可 如果是在jupyter notebook或者jupyter lab里,需要在前面加上!...pip install scanpy #安装导入需要的模块 import scanpy as sc import numpy as np import pandas as pd from glob...下的read_10x_mtx函数读取数据,传入文件夹路径,保证文件夹下还是这三个文件即可 循环读取9个单细胞数据,用字典进行存储,key为样本名,value为scanpy读取后的对象 用scanpy下的

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Scanpy进行单细胞分析及发育轨迹推断

最近看文献,发现越来越多的单细胞测序使用scanpy进行轨迹推断,可能因为scanpy可以在整体umap或者Tsne基础上绘制细胞发育路径,图片也更加美观,但是Scanpy是基于python开发的,下面整理下...Scanpy官网给出的流程,按照官网流程跑一遍PBMC的数据。...推荐大家使用anaconda中的jupyter进行相关分析,非常便于数据的复现以及随时矫正~ 在jupyter使用pip install scanpy 完成scanpy安装。...Scanpy对于10X cellranger的pipline数据可以直接读取,打开python后: import numpy as np import pandas as pd import scanpy...到目前已经完成了初步的分析,由于scanpy是建立在python基础上,事实上在使用中速度比R要快特别多~

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读取文件时的大坑(python的scanpy库)

基于《python的scanpy库读取几种常见的格式的单细胞数据文件汇总》的文章,不知道有没有细心的小伙伴发现,在使用scanpy读取单细胞数据txt文件或者其他格式文件时,得到的AnnData数据对象有点奇怪...之前没有安装scanpy库,可以进行如下操作进行安装: pip install scanpy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 如果之前有安装过了...那我们来看看是什么样的一个大坑,代码如下: #导入scanpy库 import scanpy as sc #读取GSE数据库的单细胞示例数据txt文件 data_1=sc.read_text('C:/Users...我们进入官网的read_text()查看有没有相关介绍,地址:https://scanpy.readthedocs.io/en/latest/generated/scanpy.read_text.html..."填坑" 如果你也使用scanpy的read_text()这个函数来读取txt文件,或使用scanpy别的读文件函数读取别的格式文件,读取后的AnnData也出现上述的这种情况,别慌!

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R的seurat和python的scanpy对比学习

现在的单细胞分析,往往避免不了scanpy的使用,我们可以通过对比seurat来学习scanpy 今天的格式怎么都改不了。。。手机阅读有点费劲,,推荐电脑阅读。...Scanpy (Python)sc.tl.pca(): 主成分分析(PCA)。sc.tl.umap(): UMAP降维。sc.tl.tsne(): t-SNE降维。...Scanpy (Python)sc.pp.neighbors(): 计算邻居图。sc.tl.louvain() / sc.tl.leiden(): 基于图的聚类。...为何seurat中没有与scanpy中的sc.pp.log1p(adata)对应步骤 有几个方面考虑: 1. 数据标准化方法的差异Seurat和Scanpy在数据预处理和标准化方面采取了不同的方法。...这种设计选择简化了分析流程,减少了需要记住的函数数量,但也意味着用户在使用过程中可能对于数据处理的每一步不如Scanpy那样清晰明了。3.

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僵小鱼的故事

所以在僵小鱼声明“我目前只能接受seurat”后,众人不再理睬的那句“scanpy does it”始终萦绕在我的脑海。...scanpy是处理单细胞数据的python包,基本复现了seurat的主要功能,我曾经测试过,在处理大数据量的单细胞项目时,scanpy的速度和内存真是比seurat友好太多。...今天再一次翻看了scanpy教程[3],scanpy堆叠小提琴图的风格和Nature文章里的那个图很像,下面是scanpy教程里的小提琴图,在风格上还真是很像: ?...但是怎样把seurat的对象转换成scanpy能够识别的数据格式呢,这一个是R S3对象,另一个是python的anndata[4]对象。...目前seurat(version 3.1)不支持写入scanpy要求的H5AD文件,所以目前的解决方案是: 1.Seurat对象转换为loom文件2.Scanpy读取loom文件转换为能够操作的anndata

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scanpy怎么分开读取GEO数据库的10X单细胞3个文件

可以看到早期版本的文件是不压缩,后期新版本都是压缩的,所以如果碰到了压缩了的早期版本文件,就会冲突,在Python的scanpy里面。...如果你直接使用scanpy的read_10x_mtx()函数进行读取的话,会读取失败,因为Cell Ranger V3将输出文件压缩以减少磁盘空间(gz文件),详见Cell Ranger 3.0 VS...2.0做了哪些改动 ,scanpy会把它认为这是一个使用Cell Ranger V3处理后的10X数据文件,会使用读取Cell Ranger V3处理后的10X数据文件的方式进行读取,然而这其实是一个“...我这里演示一下,使用Python的scanpy分别读取3个文件后,再组合起来: 代码如下: import os import pandas as pd from scipy.io import mmread...= pd.Index(cell[0]) adata.var.index= pd.Index(genes[1]) adata.var['gene_ids']=genes[0].to_list() 查看scanpy

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