一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...还有一个扩展包dygraphs专门用于绘制交互功能的时间序列数据。 创建Shiny交互式应用程序 shiny由RStudio开发，不同于前面的动图，它可以在web浏览器中运行。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成：一个是Web浏览器交互的HTTP服务器，另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们写一个最小的shiny应用程序，写一个R脚本定义它的用户界面和服务器逻辑，用户界面是一个boostrapPage，它包含一个numericInput用于接收一个整数表示样本容量，一个textOutput...我们可以根据想展示给用户的参数来定义shiny应用程序的用户界面，shiny提供了丰富的输入控件： shiny_vars = ls(getNamespace("shiny")) shiny_vars[
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...image-20201103184214756 Shiny App的结构 Shiny apps是被包含在名为app.R的脚本中，如果这个脚本在一个目录下(比如newdir/)，那么可以通过runApp(...app.R相同的路径下，并且放到www的文件夹中(其实和app.R放到一个文件夹就行) 还有一些其他的tag可以看1和2 Add control widgets(部件) widgets就是用来和用户交互的...： 在UI里面添加一个R对象 在server函数内部告诉R如何去创建这个对象 在UI里面添加R对象 shiny提供了一系列的函数将R对象转化成UI界面的输出，每一个函数创建一个特定类型的输出： ?...： R脚本 这种方式需要用户电脑上安装了R并且有一定的R基础 网页 R脚本 Shiny提供了3个函数来使用网络上公开的shiny app: runUrl runGitHub runGist runUrl
Pre-built预后模型是对单变量CoxPH中显著的miRNA再做多变量CoxPH筛选和模型构建。用户也可以自己提供miRNA列表，选择一个机器学习方法来自己构建预后模型。...另外，CancerMIRNome数据库中收集的所有数据 (miRNA表达数据和样本表型数据) 都以ExpressionSet的形式存储在.RDS文件中，用户可以非常方便的下载这些数据并在R中读取用于更个性化的分析...关于Shiny app开发 是否要选择使用Shiny开发数据库/网页工具 我自己只会用Shiny，看到其他人用更“高端”的工具开发数据库也会着实羡慕一下。尤其是UI，简直太好看了。...抛开这些不足，Shiny可能是最容易上手的工具且跟R语言无缝连接 (只是说“可能”，因为其他工具我也不了解)，再多花些时间学习一下也能做出很专业漂亮的页面。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。
第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...GitHub包由author（rstudio）及其名称（shiny）定义，您可以从主项目页面的GitHub URL中找到它：https://github.com/rstudio/shiny。...检查防火墙 Shiny是一个Web应用程序框架，因此为了在浏览器中查看其示例，我们需要确保在我们的防火墙上允许Web流量。内置Web服务器在每次启动时随机选择一个端口，除非我们使用特定值启动它。...然后，我们运行了没有提升权限的示例Shiny应用程序，以验证所有用户是否都可以访问该程序包。...重新安装Shiny版本的Shiny 对于生产情况，我们将从CRAN安装，除非我们有令人信服的理由从存储库安装。 让我们花一点时间回到稳定的包裹。
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com...\Documents\\GitHub\\R_and_python\\R") library(shiny) runApp("stockVis") 结果 ?...这个stockvis展示的内容 选择一只股票 选择日期展示 选择是否将x轴log转换 是否通过通货膨胀对股票价格进行调整 默认情况下，stockVis会显示SPY代码(整个标普500的指数)。...chartSeries 图表中显示价格 同时需要使用helps.r脚本，脚本包含一个根据通货膨胀调整股票价格的函数。...，当你选择第一个框的时候，shiny会重新从雅虎获得数据，相当于运行了下面的程序，并重新绘制图片，这可能会导致运算变慢，同时雅虎会认为数据异常，从而封闭访问 output$plot <- renderPlot
Shiny会是一个不错的选择。 ? R for data science 有不少文章在发表的最后也会附上数据探索的一个Shiny程序，方便读者再利用文章的数据。...特别是，当实验室有好几个师弟师妹，研究不同的通路一会画一个小提琴图一会画一个tsne图，为什么不给你们实验室写一个Shiny！ 其实，并不难。...建立Shiny程序 在Rstudio中像新建文件一样，建立Shiny文件： ?...image 根据自己的喜好，我选择的是Multiple File（ui.R/server.R），主要是给人一种前端和后端分开的感觉，其实app.R也是一样的通过两个函数来分别控制，我起的名字是seuratreport...同时，把一个Shiny程序打包在一个人R包内也越来越受到开发者的喜爱，比如monocle3 就有Shiny在内。 祝大家学习愉快。
那我们再介绍一个shinyGEO吧，跟前面的Shiny-Seq名字很相似，应该是主攻芯片数据分析，一个是主动测序数据处理，都是基于表达矩阵的。...一句话描述shinyGEO功能 查看感兴趣的基因在感兴趣的数据集里面，是否有分组后的表达差异或者生存分析的统计学显著性! 所以全文只有一个配图：（小声逼逼，可以说是丑爆了） ?...shinyGEO比较有趣的是，它本身被打包成为了一个R包，同时提供一个网页工具。...GitHub下载，会有其它难度，我们以前在生信技能树也分享过教程，大家可以自行搜索查看。...我以前在生信技能树的芯片万能解决方案里面就有这个解决方案： 第三个万能芯片探针ID注释平台R包 第二个万能芯片探针ID注释平台R包 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 GEO数据库中国区镜像横空出世 欢迎大家提交
在前面的文章中，我们介绍了如何创建用户界面。现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...为了达到这样的目的，Shiny 每次启动一个新的会话，都会调用一次 server() 函数。就像其他任何 R 函数一样，每当 server 函数被调用时，它都会创建一个新的独立局部环境。...不过，有时候动态地修改界面显示是有必要地，之后我们会介绍通过像 updateNumericInput() 这样的函数来进行更新。 关于 input 有另外一个重要的事情：允许读取它是有选择性的。...我们必须通过像 renderText() 或 reactive() 这样的函数创建的响应式语境中才能从一个输入控件中读入数据。...} 在 UI 中，ID 是有双引号的，而后端中没有。
一个合适项目的模板事半功倍 dashboard http://rstudio.github.io/shinydashboard/ 复杂度低 历史最久，应用最广 shinydashboardPlus https...纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行 一些文章和书 他们也许因为软件版本的迭代，在操作环节有一点点过时 在亚马逊服务器上部署 DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with...Awesome R packages that offer extended UI or server components for the R web framework Shiny 一个各种shiny...开发者视频讲座 Shiny Developer Series 一个shiny例子集合 dreamRs shiny gallery js在shiny中的运用 JavaScript 4 Shiny - Field...tips and walk-through a real example 什么是模块化 A beginner's guide to Shiny modules | Emily Riederer R中的js
什么是Shiny？ Shiny是R编程语言的库，允许您在本机R中创建交互式Web应用程序，而无需使用HTML，CSS或JavaScript等Web技术。...将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。...出现提示时，选择项目名称。选择多个文件，然后选择一个目录来存储新应用程序的文件。 Rstudio自动打开两个新文件：ui.R和server.R。...这些文件预先填充了一个演示应用程序，该应用程序将创建R的内置Old Faithful数据集的交互式直方图。编辑server.R以根据您的喜好调整直方图的格式。...将示例app目录复制到/srv/shiny-server/： sudo cp -r Example/ /srv/shiny-server/ 在Web浏览器中，导航到应用程序的地址。
作为R脚本分享 任何使用R的人都可运行你的shiny app，他们需要你的app.R的一个副本，还有其他支持材料（比如www文件夹或者帮助脚本） 发送你的文件到另一个用户，email或者github等...要使用GitHub，您需要注册（免费）并选择一个用户名。 要通过GitHub共享应用，请在GitHub上创建项目存储库。然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...即使您拥有GitHub帐户，gist也是共享Shiny项目的一种简单快捷的方法。 操作方法： 将您的app.R文件复制并粘贴到gist网页。...要使用Shiny Server，您需要一台Ubuntu 12.04或更高版本（64位）和CentOS / RHEL 5（64位）有明确支持的Linux服务器。...Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。
最近因为有开发需求，两个框架都用了用，实际运用比较了一下，有点心得。...不同点： Shiny是RStudio公司开发的一个包包，定位于交互式呈现数据，更加动态，Shiny包内建了Shiny-server，所以在本机运行没有问题，如果你想发布shiny Rscript（也叫Shiny...shiny-server 免费的shiny-server不支持用户认证和ssl，意味着你只能用来部署个人小型项目，如果是商业性的项目，必须且不得不购买shiny-server pro了，因为商业项目必然涉及到用户注册和分组策略...免费和商业版的比较) 实际使用上看来，有不少SCI文章所提到的数据库是用shiny展示的，实际效果不佳，反应缓慢，如果仅仅是展示数据或简单的R脚本，可以用FastRWeb。...FastRweb FastRWeb也是一个框架，原理是调用R脚本生成图片后用base64回传，适合展示没有很强交互需求的图像，比较适合数据挖掘相关的图表。
为了达到这个目的，最好的结果是将R中的Shiny App转换为一个独立运行的exe文件，也就是一个这样的桌面应用： image.png 10065741-1d8037cb4acec453.png 对，我实现了...那么一个最为方便且易于实现的思路是这样的： 安装R-Portable作为开发、部署、分发的R环境 在上述环境中开发ShinyApp（推荐使用golem） 通过electron-quick-start将R-Portable...image.png 创建完成后，我们就在Rstudio中开辟了一个新的Project和工作环境，且工作目录出现了一个类似于R包的结构： 10065741-a013225d3d6387b5.png 根据.../R/run_app.R') run_app() 出现下面这个界面Shiny App基本上就成了，可以打开一个csv文件自己测试一下。...这个环境里有我们安装好的R环境、写好的ShinyApp以及依赖的R包（其实，ShinyApp也作为包安装在这个R环境了，依稀记得包名叫shinyapptest）。
迭代的速度越快，你可以进行的实验就越快，你就可以成为一名更好的 Shiny 开发人员。这里有两个主要的工作流程需要优化：第一次创建应用程序，以及加快代码调整和试验结果的迭代周期。...创建 Shiny 应用 我们基本上使用相同的六行 R 代码启动每个应用程序： library(shiny) ui <- fluidPage( ) server <- function(input, output...如果要启动新项目，请转到“文件”菜单，选择“新建项目”，然后选择“Shiny 的 Web 应用程序”： ?...进一步降低迭代速度的另一种方法是打开自动重新加载（options(shiny.autoreload = TRUE)），然后在后台作业中运行该应用，使用此工作流程，保存文件后，您的应用将重新启动：无需关闭并重新启动...在查看器窗格中运行对于较小的应用程序很有用，因为你可以在运行应用程序代码的同时看到它。 在外部浏览器中运行对于大型应用程序很有用，或者如果你要检查应用程序的外观是否与大多数用户看到的情况完全相同。
Shiny是R编程语言的库，允许您在本机R中创建交互式Web应用程序，而无需使用HTML，CSS或JavaScript等Web技术。...将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。 要安装所需的软件包，请首先添加Galera存储库的密钥。...Rstudio自动打开两个新文件：ui.R和server.R。这些文件预先填充了一个演示应用程序，该应用程序将创建R的内置Old Faithful数据集的交互式直方图。...这些文件预先填充了一个演示应用程序，该应用程序将创建R的内置Old Faithful数据集的交互式直方图。编辑server.R以根据您的喜好调整直方图的格式。...这些文件预先填充了一个演示应用程序，该应用程序将创建R的内置Old Faithful数据集的交互式直方图。编辑server.R以根据您的喜好调整直方图的格式。
前情：「R」Shiny：响应式编程（一）server 函数 一个网页应用仅有输入控件或输出控件无疑是枯燥的。Shiny 真正的魔法在于它同时包含两者。...这是我们在 Shiny 中使用的编程方式。 惰性 Shiny 中声明式编程的一个优点是它允许应用非常的懒惰。Shiny 应用会尽量做最小的工作以完成对结果控件所需的更新。然而惰性也带来了重要的问题。...如果你发现你的 Shiny 应用不工作，且找不出任何问题，你就需要看看是否标识符是否一致了。 响应图 Shiny 惰性有另一个重要的属性。...在大多数 R 代码中，你可以通过从头到尾阅读代码搞懂程序执行的顺序。然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。...在简单的 Shiny 应用中我们很少会用到响应表达式，这里展示一个简单的示例以帮助读者理解它是如何影响响应图的。
但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源，实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP，所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上...购买服务器 一开始@思考问题的熊建议我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny应用，看名字就知道这是RStudio专门开发的用于部署Shiny应用的一个服务器，有免费版也有企业版的，对于我来说免费版的就足够了...，具体使用可以参考官方手册，我这里不讲，因为我的应用无法部署上去，我使用到的一个包genetics显示来源有问题，不兼容。...系统我就选了Ubuntu16.04 64位（好像只有这一个Ubuntu版本可选） 购买之后进入控制台，里面有云服务器的详细信息，对我最有用的话就是有个公网IP了，这样我的Shiny app全世界都能访问了...配置服务器 有了云服务器就能各种折腾了，我已经折腾过好几台服务器了，所以比较顺利就安装配置好了部署环境，新手的话参考生信技能树的帖子：如果有一个新的服务器你会做什么？，基本能顺利地走通。
介绍 Shiny是一个R包，允许用户将R代码转换为交互式网页。Shiny server是RStudio提供的服务器，可用于托管和管理Web上的Shiny应用程序。...安装在CVM上的最新版本的R（如何在Ubuntu 14.04上设置R） 具有sudo权限的非root用户。 本教程中的所有命令都应以非root用户身份运行。...此时你应该有一个可以托管Shiny应用程序的工作Shiny Server，但由于没有安装rmarkdownR软件包，它还不能托管交互式R markdown文档。...要验证交互式文档是否有效，请转到http://your_server_ip:3838/sample-apps/rmd/并确保没有错误。...Shiny Server的配置文件位于/etc/shiny-server/shiny-server.conf。默认情况下，它配置为服务于/srv/shiny-server/目录中的应用程序。
数据可视化是数据分析中关键的一步，相比于静态绘图，交互（界面）图可以给我们更多的调节空间。单细胞数据分析中往往需要用不同的参数来可视化细胞图谱或者基因表达特征，Seurat也中有相关的交互绘图功能。...在Seurat V4 版本中，也官方地提出了其交互平台（Shiny app）：azimuth 并且内置了PBMC的参考数据集，可以在线分析和注释。...在Seurat中交互的参数一般是interactive，我们需要找到哪些函数有这个参数。思考：如何查一个R包中哪些函数有某一参数？ 先载入R包和数据，并执行简单的降维。...miniUI提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序。...除了直接在线分析也可以在自己的R中安装azimuth 包，以方便本地使用。 if (!
这也是GO富集的一个基础。 背景介绍 基因本体论 (GO) 通常用于指导高通量组学实验，将差异调节基因列表汇总为具有共同功能表示的基因集合。...今天小编给大家介绍的是一个基于语义相似性识别冗余来减少和可视化GO结果列表的R包rrvgo。...可以帮助识别在一组丰富的 GO terms中更常见的过程和功能，以及不同组之间的比较。...wordcloudPlot(reducedTerms, min.freq=1, colors="black") 03 shiny app 为了让不熟悉编程的用户更容易使用该软件，rrvgo 打包了一个...shiny app，可以从R中调用 Shiny_rrvgo() 函数来访问该应用程序。
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