snakemake -缺少规则all的输入文件_snakemake中缺少规则all的输入文件_Snakemake报告错误: rulle all缺少输入文件 - 腾讯云开发者社区

当有验证需求是，传递的多个字段，必须有一个有值这时候就可以使用required_without_all 来实现 $rules = [ 'student_id'...=> 'required_without_all:student_id,ucid|integer', 'ucid' => 'required_without_all:student_id

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

fq 文件，和提供的参考基因组作为输入，并直接通过管道符号通过samtools 转为bam。...3-编写target规则默认情况下，snakemake 会将工作流中的第一个rule 作为target，也就是将该条rule 下的output 作为snakemake 的默认输出。...因此，我们最好专门的指定一个“总规则”，以确定最终默认的输出，即不指定output下，一般设置all 规则为： rule all: input: "plots/quals.svg...，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs......4.2-规则文件制备创建Snakefile文件： SAMPLES = ["A", "B", "C"] rule all: input: "results/calls/all.vcf

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workflow01-初探snakemake

而snakemake 则是一种以输出为导向，向后回顾backward-looking 的方法，其工作流首先确定需要的输出文件类型，接下来选择适当地输入文件及软件以得到对应的输出。...所有的输入文件将会在工作流中各自独立执行。此外，snakemake 还可以与conda 搭配。...这个规则让raw 文件夹中的测序数据作为输入，经过TrimmoMcAwesome处理后，输出到awesome 中。...虽然我们知道通配符代表了我们将要输入输出文件的命名范式，但snakemake 并不知道对应哪些文件。...因为此时，snakemake 成功地将我们指定的文件对应到了规则中的通配符位置。

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Snakemake — 可重复数据分析框架

它允许用户通过简单的Python语法定义分析步骤，管理数据和代码的依赖性。Snakemake支持灵活的规则定义，可以轻松地适应各种计算环境，包括单机、集群和云。...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...output 定义输出文件 shell 程序运行的shell命令 script 自定义脚本注意： 1、输入或输出项之间要有逗号。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...，可能会发生两个工作并行运行同一规则想要写入同一文件 3、在shell 命令中，我们可以将字符串分成多行，Python 会自动将它们连接成一行。

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...temp 有时我们只需要最终结果文件，或者对某些中间文件并不关心，可以使用temp 删除指定的中间文件 rule test: input: "test.py" output...，可以检查自己的文件是否正确可视化 ❝snakemake --dag | dot -Tpdf > dag.pdf ❞ 即可输出流程图，描述了每个rule的前后关系流程的自动部署在其他环境下同样使用相同的流程...解析rule中的conda规则 configfile: "samples.yaml" rule bwa: input: fa = "fastq/genome.fa",

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workflow05-snakemake的进阶操作一

比如当bwa 规则调用了8个线程，snakemake 则会将剩下的线程分配给其他数据执行bwa 以外的线程消耗数目较少的任务。...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...3-输入区块引入函数比如我们的配置文件如上： samples: A: data/samples/A.fastq B: data/samples/B.fastq 我们就可以通过函数去访问它们...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。...我们需要的是排序后的bam，那之前的bam 也确实可以删除节约空间。而被protected 的文件，无论snakemake 流程如何执行（--forceall），文件始终不会被删除或覆写。

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Snakemake入门

每个规则定义了一个任务，规定了输入、输出以及执行任务所需的命令。Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...Snakefile示例入门演示现在工作路径有以下4个文件，其中.csv为数据，myplotter为绘图脚本，Snakefile为定义好规则的文件。通过运行以下命令可以生成对应PDF。 ....，在rule的后面是规则的名称，输入输出和要运行的命令。...而工作目录下并没有这个文件，它就会继续往下匹配新的规则。接下来，程序发现只要将{csvdata}匹配为ds1就可以实现rule plot中所需的输入文件ds1_filtered.csv。...如果我们修改了数据，程序会识别文件的修改时间判定其为一个新文件，进而重新运行命令。 3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...每一个rule包含三个基本元素，分别是input、output、shell或run或script，分别表示“输入文件”、“输出文件”和“运行命令”。...然后是定义最终需要的结果文件： rule all: input: "gatk4_mutect2_pon.vcf.gz" all是每个Snakefile文件中必有的一个rule，...fastq文件，output为样本目录下clean_fq文件夹下的两个去过接头的fastq文件，shell里就是我们平常写的shell命令，只不过可以把输入文件和输出文件用input和output替代。...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。

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workflow04-用snakemake处理复杂命名

接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。可是，该如何操作呢？....fastq.gz' 2-制定snakemake规则通过python 数据框的选择，我们可以通过指定索引列来对如文件的地址进行选择。...可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...-np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了： [Fri May...这种做法有两点好处：当输入或输出文件较多时，通过命名，我们可以将它们进行分类；便于使用unpack() 函数，这个函数允许我们设计用于命名规则的函数； 4-使用字典和变量传递上面的步骤提示我们，snakemake

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使用snakemake编写生信分析流程

wildcard_constraints: s="|".join(["GSM6001951","GSM6001952"]), u="|".join(["L1","L2""L3""L4"])所以fastp_se中的输入文件只能匹配到如下结果...文件，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数。...后来才知道，reason不是推测的意思，而是名词原因的意思，这一步为什么会执行，因为输出文件不在指定的位置，换言之，如果我们跑完fastp_se后中断了snakemake流程，下次在接着跑流程，是不会跑.../trimmed/GSM6001951_L3.fastq.gzrule allsnakemake的rules的执行顺序是：如果rule1的输出是rule2的输入那么，他们是串联关系，如果没有这种输入和输出依赖关系...所以如果rule1的输出在之后的rule中没有用到，那么就应该写在rule all中，否则，rule1不会被执行。

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文件的输入和输出

简单的文件I/O 写入文件：让程序写入文件，其步骤大致为如下：创建一个ofstream对象来管理输入流；将该对象与特定的文件关联起来；用使用cout的方式使用该对象，唯一的区别是输出将进入文件...具体原因见本文第三节文件模式中的注】读取文件读取文件的要求与写入文件相似：创建一个ifstream对象来管理输入流；将该对象与特定的文件关联起来；以使用cin的方式使用该对象。...读取一个字符放入ch 【注：当输入和输出流对象过期（如程序终止）时，到文件的连接将自动关闭。...fstream类为此继承了两个方法：seekg()和seekp()，前者将输入指针移到指定的文件位置，后者将输出指针移到指定的文件位置（实际上，由于fstream类使用缓冲区来存储中间数据，因此指针指向的是缓冲区中的位置...因此该语句将写入位置设置为编号为112的字节，也就是文件中的第113个字节【注：如果要检查文件指针的当前位置，则对于输入流，可以使用tellg()方法，对于输出流，可以使用tellp()方法。

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infercnv输入文件的制作

有粉丝反映跟着我们的教程：使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异，但是第一步3个输入文件就制作失败，值得单独写教程强调一下这个解决方案。...制作表达矩阵文件我比较好奇，这个时候，broad出品的软件居然抛弃了他们自己长久以来推广的gct格式表达矩阵。...然后基因在表达矩阵的行，所以顺序跟基因坐标文件的示例文件 gencode_downsampled.EXAMPLE_ONLY_DONT_REUSE.txt 里面保持一致。...文件写出基本上来说，大家自己制作好表达矩阵，分组信息这两个R语言里面的数据框是没有问题的，比较麻烦的可能是基因信息文件。...第二个是整合全部GPL的soft文件里面的芯片探针注释包。第三个是下载全部的GPL的soft文件里面的探针碱基序列比对后注释包。

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单行 JS 实现移动端金钱格式的输入规则

金钱格式检验属于很普通的需求，记得工作中第一次遇到这个需求的时候，还不太会写正则表达式，搜到了一个类似的解决方案，看着正则的文档改成了自己需要的形式。...但是用户的输入操作是任意的，只是显示提示信息，这种方式虽然可以满足要求，但是感觉不友好。其实移动端的很多应用在输入金钱时都是屏蔽错误输入，只能输入正确的格式。...先看一看金钱格式的输入规则有哪些： 1. 不能输入空白字符及字母 2. 只能输入数字及小数点 3. 首位不能为小数点 4. 小数点只能出现一次 5. 小数点后只有两位 6....不能输入首位是 0 的多位数看似很简单的问题，其实要考虑的很周全才可以。但是代码可以写的很简洁，我费了不少心思摸索出来的。...$/, '$1$2').replace(/^0\d{1}/g, '0'); } 时间不早了，就写这么多吧，最后贴上我在 CodePen 写的 Demo，希望能帮到有需要的人。

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snakemake 学习笔记4

snakemake如何连接不同的rule 我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步....经验所得每一个snakemake的rule都要有input,output, 里面的内容交叉的地方, 是确定不同rule的依赖, 比如rule1的输出文件(output)b.bed, b.bim, b.fam..., 如果作为rule2的输入文件(input), 那么rule1和rule2就可以关联了. rule all是定义最后的输出文件, 比如rule2的最后输出文件是c.raw, 那么也写为c.raw即可....定义最终的输出文件, 这里fule cfile输出的是c.log和c.raw, 因此rule all中的input也写为c.log和c.raw 2, rule bfile, 这里的input是a.map...bfile的输出, 这样就建立的依赖 4, rule cfile中的output, 对应的是rule all的input, 这样三个就建立好了依赖关系. 4.

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Hadoop 处理不同的输入文件，文件关联

2 @ 3 # file1和file2进行关联，想要的结果： a !...b @ 3 # 思路： 1、标记不同输入文件 2、将file1的key、value颠倒；file1和file2的key相同，file1的value做key，file2的value做value ，输出...line); String keystr = tokenizer.nextToken(); String valuestr = tokenizer.nextToken(); //获取文件名...MyReduce.class); // 设置输出类型 job.setOutputKeyClass(Text.class); job.setOutputValueClass(Text.class); // 设置输入和输出目录

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记

的作用还是没有搞明白，看有的文档说是最终保留的文件，我这里rule all 只写了了最终的html和json，但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的还有好多基础知识需要看路径里的文件夹如果不存在会新建一个文件夹...snakemake学习笔记002：hisat2+samtools+stringtie流程转录组分析今天的内容增加了config文件 input_folder: "/home/myan/scratch...gtf_folder: "/mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq/chrX_data/genes/chrX.gtf" config文件主要用来指定文件的存贮路径...snakemake文件的内容 configfile: "config.yaml" import os import glob print(config) print(config['input_folder...@output[["rdat"]]) 这里有一个问题是snakemake流程里怎么样使用已经存在的conda环境，看这个流程的时候 https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

输出为导向是相对于输出导向的流程，我们平常在linux 写的shell 脚本是以输入为导向的。...输入导向的运行方式，需要先确定输入文件....如果是在输出导向的snakemake 中，则需要先确定输出文件。...rule all 用来确定流程最后的输出文件是哪些。...snakemake 使用all rule 来收集所有最终输出文件。

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snakemake 学习笔记3

在每个文件中增加”add a” 对应的Snakefile内容如下: rule adda: input: "{file}.txt" output: "{file}_add_a.txt"...shell: "cat {input} |xargs echo add a >{output}" 预览一下命令:snakemake -np {1,2,3}_add_a.txt 注意: 这里要把生成的文件...相关阅读 snakemake 学习笔记1 snakemake 学习笔记2 后记1 今天测试了一下rule all的功能, 它是定义输出文件的, 如果没有定义, 需要在命令行中书写....因为最后的输出文件是hebing.txt, 所以我们这里在Snakefile中定义一下输出文件. rule all: input:"hebing.txt" rule adda: input...如果是默认的名称, 为Snakefile, 但是这样写没有高亮, 可以写为a.py, 然后用snakemake -s a.py运行即可. rule all: input:"hebing.txt"

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代码分析规则的配置文件

为要配置的每个规则添加一个条目，并将其放置在相应的文件扩展名节下，例如 [*.cs]。...以下优先规则用于解决冲突。冲突条目位置优先规则在相同配置文件中文件中后出现的条目优先。...规则集文件和 EditorConfig 或全局 AnalyzerConfig 文件中的严重性冲突条目的优先规则未定义。...规则集文件已弃用，改用 EditorConfig 和全局 AnalyzerConfig 文件。建议将规则集文件转换为等效的 EditorConfig 文件。...有关具有不同键的相关严重性选项的优先级规则的信息（例如，为单个规则和为规则所属的类别指定不同的严重性），请参阅代码分析的配置选项。

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记02

内容是fastp对原始数据进行过滤 snakemake文件的内容 input_folder = "/mnt/shared/scratch/myan/private/practice_data/RNAseq...s snakemake_hpc.py 这里没有遇到内存超出的问题但是我运行真实数据的时候会遇到内存超出问题 image.png snakemake学习笔记007~slurm的cluster提交任务...image.png 我的文件存储层级如上，按照之前的通配符的写法，他会组合出PRJNA001/SRR0002_1.fastq.gz的文件这里的问题是如何指定expand()函数的组合流程处理的问题还是...前面组合文件夹和文件的命令还是有点多的，不知道有没有简单的的方法看到有的解决办法里还用到了lambda函数，还得仔细看一下lambda的用法这里换成我真实的数据集后会遇到内存不够的情况，需要再snakemake...-mail-type=FAIL --mail-user=mingyan24@126.com' --jobs 8 -s pomeRTD_snakemake_v01.py 这种写法会在当前目录下生成一大堆任务提交的日志文件

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验证规则required_without_all 的使用

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Snakemake — 可重复数据分析框架

「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

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Snakemake入门

一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

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使用snakemake编写生信分析流程

文件的输入和输出

infercnv输入文件的制作

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记

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