snakemake:在使用run指令时如何实现log指令？ - 腾讯云开发者社区

，程序在图片里面，假设开机前X1和X2之间没有罐子开机后传送带运转当X1检测到应该有罐子的工位来到罐装工位时，首先将检测罐子有无的X2的状态放入M3中，有罐子M3为1，没罐子M3为0，假设此次X2...移位次数由CNT决定，在8086中可以是1或CL，CNT为1时只移一位；如果需要移位的次数大于1时，需要先将移位次数存入CL寄存器中，而移位指令中的CNT写为CL即可。...在移位中，作为源操作数的寄存器提供移位值，以补目的操作数因移位引起的空缺，而指令执行完成后，只取目的操作数作为移位的结果，源操作数寄存器则保持指令执行前的值不变。...PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的字节移位指令一共有四个循环右移、循环左移、右移、左移循环移位指令(左、右)八个位是循环移动的也就是说循环左移1位就是向左移动1位最高位移到最低位处循环右移...也就是说相应的位都左移1位最高位消失最低位补0 例如：11000010》》》左移》》》》》10000100 11000010》》》右移》》》》》01100001 代号直接看西门子就是了满意请及时加分谢谢 PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的

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plc的移位指令C语言实现,移位指令做流水灯-PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的-电气资讯 – 电工屋…「建议收藏」

移位次数由CNT决定，在8086中可以是1或CL，CNT为1时只移一位；如果需要移位的次数大于1时，需要先将移位次数存入CL寄存器中，而移位指令中的CNT写为CL即可。...在移位中，作为源操作数的寄存器提供移位值，以补目的操作数因移位引起的空缺，而指令执行完成后，只取目的操作数作为移位的结果，源操作数寄存器则保持指令执行前的值不变。...要求从第一个灯开始间隔 5秒逐个顺序点亮 ,等八只灯全部点亮后又从第一个灯开始间隔 5秒逐个熄灭 PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的字节移位指令一共有四个循环右移、循环左移、右移、左移循环移位指令...影响O, S, Z, P, C标志位由于以上只移动1位，没有涉及使用CL，所以CL的值就不用考虑了。当使用SHL DL, CL移多位时，相当于多次一位的移动。建议，还是看看书吧。...PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的、移位指令，就介绍到这里啦！感谢大家的阅读！希望能够对大家有所帮助！

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ChatGPT 中文指令指南，教会你如何使用chatgpt实现中文你想要的答案

ChatGPT 中文指令指南，教会你如何使用chatgpt实现中文你想要的答案1.学习英语--替代词典 App场景例子 Prompts 解释中文英文意思，并解释单词的词根词缀。可以替代词典。...询问语法请告诉我如何正确使用 the请告诉我如何正确使用单词了解完正确用法后，还可以询问常见错误。通过错误学习事半功倍。...请告诉我使用 the 的常见错误请告诉我使用单词的常见错误了解完正确和错误用法，还可以让 ChatGPT 出练习题，通过练习加深印象（这个方法不仅限于学习语法，或者学习英语）请提供一些关于如何使用...请分析以下问题，并将决策判断所需的条件详细列出来：问题直接罗列决策点只是基础用法，你还可以在提问的时候，增加一些模型信息，比如让 ChatGPT 使用「六项思考帽」法，分析某个问题。...2.2旅游场景例子 Prompts规划旅行计划也比较麻烦，在小红书上看了很多攻略，有点眼花缭乱。

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ChatGPT 中文指令指南，教会你如何使用chatgpt实现中文你想要的答案

ChatGPT 中文指令指南，教会你如何使用chatgpt实现中文你想要的答案 1.学习英语–替代词典 App 场景例子 Prompts 解释中文英文意思，并解释单词的词根词缀。可以替代词典。...询问语法请告诉我如何正确使用 the 请告诉我如何正确使用单词了解完正确用法后，还可以询问常见错误。通过错误学习事半功倍。...请告诉我使用 the 的常见错误请告诉我使用单词的常见错误了解完正确和错误用法，还可以让 ChatGPT 出练习题，通过练习加深印象（这个方法不仅限于学习语法，或者学习英语）请提供一些关于如何使用...请分析以下问题，并将决策判断所需的条件详细列出来：问题直接罗列决策点只是基础用法，你还可以在提问的时候，增加一些模型信息，比如让 ChatGPT 使用「六项思考帽」法，分析某个问题。...2.2 旅游决策场景例子 Prompts 规划旅行计划也比较麻烦，在小红书上看了很多攻略，有点眼花缭乱。

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

安装推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则组成规则 rule test: input:...output: "out.txt" shell: "cat {input} > {output}" inclue 大型的流程可以将不同的部分，分成不同的模块，在最后一个总的..."bam/test.bam" conda: "envs/test.yaml" params: samtools="view -Sb" run...rule 集群投递 ❝ snakemake --cluster "qsub -V -cwd -q 投递队列" -j 10 # -c CMD: 集群运行指令 # qusb -cwd -q，在当前目录下运行...(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io

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Snakemake — 可重复数据分析框架

社区支持：Snakemake有一个活跃的社区，提供大量的文档、教程和案例，帮助用户学习如何有效使用它。.../snakemake 2发表文章 Johannes Köster及其团队在多个场合发表了关于Snakemake的文章，展示了其如何促进科学研究的可重复性和高效性。...，展示了Snakemake确保数据分析可持续性的能力 3如何安装推荐使用 conda/mamba 安装，简单快捷 ## 安装 mamba create -c conda-forge -c bioconda...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则

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互联网游荡杂志（第16期）-75万个转录组数据重分析项目数据库

这里记录一段时间我在互联网上看到的有意思的内容与信息，防止它们在我的脑袋里走丢了。灵感来自于阮一峰的网络日志：科技爱好者周刊[1]。...我写了一篇其用法的简明笔记：好物分享第12弹-用三款软件实现“内容检索自由” 封面图一个不仅有意思，而且封面也不同于传统六边形的R包。...6、盘点季 | 空间转录组工具合辑（下）：聚类 (qq.com) 比如： **SpatialCPie是一个易于使用的R包，可以让用户直观地了解ST数据中的“簇”是如何相互关联的，以及二维ST阵列上的每个区域与每个...数据在多种分辨率下进行聚类--即采用不同数量的聚类或超参数设置--从而避免了为分析预先指定单一的超参数集，用户可以自由定义使用哪种聚类算法。...SpatialCPie的用户界面是用Shiny实现的。该界面主要由两部分组成：Cluster graph和Array plot。

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流程管理工具snakemake学习笔记杂记

snakemake学习笔记001：使用fastp对原始数据过滤参考 1 https://www.jianshu.com/p/14b9eccc0c0e 2 https://stackoverflow.com...view/43590/rules-to-run-fastp-snakemake 4 https://xizhihui.github.io/2018/10/28/%E6%B5%81%E7%A8%8B%E6%...gtflist = "MergedList.txt" output: gtf = "output.merged.gtf/StringtieMerged.gtf" log...params} -p {threads} -G {input.refgtf} -o {output.gtf} {input.gtflist} """ 第二个rule就是不运行原来是在rule...@output[["rdat"]]) 这里有一个问题是snakemake流程里怎么样使用已经存在的conda环境，看这个流程的时候 https://github.com/Alipe2021/NLncCirSmk

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snakemake 学习笔记3

目标这次, 我要实现这个路程图. ?...: /home/dengfei/test/snakemake/ex4/.snakemake/log/2019-04-02T211109.153566.snakemake.log 查看*add_a.txt...: /home/dengfei/test/snakemake/ex4/.snakemake/log/2019-04-02T211357.666661.snakemake.log 执行命令: snakemake...在每个文件中增加”add c” Snakemake命令: rule adda: input: "{file}.txt" output: "{file}_add_a.txt" shell...: /home/dengfei/test/snakemake/ex4/.snakemake/log/2019-04-02T212104.719887.snakemake.log 流程图: ?

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workflow05-snakemake的进阶操作一

threads: 8 shell: "bwa mem -t {threads} {input} | samtools view -Sb - > {output}" 在snakemake...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...但是，如果是给外部用户使用呢？或者是应对不同的场景需求，设置参数呢？...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。...而被protected 的文件，无论snakemake 流程如何执行（--forceall），文件始终不会被删除或覆写。

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

虽然使用shell脚本或者其他编程语言也是能实现一个分析流程的。...这里使用snakemake 来实现一个ATAC-Seq的分析流程，同时采用Rmarkdown 来生成一个简单的分析报告。...snakemake 是基于Python扩展的，Python原来的语法照样可以在snakmake里使用。...MACS2 在 Call Peak 时，可以选择使用 narrow 或 broad 参数进行分析，这两个参数寻找 Peak 的方法略有不同，找到的 Peak 的峰形也不同，narrow 峰形较窄，broad...该分析使用 ChIPseeker软件实现。

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沉浸式体验WGBS(上游)

首先需要阅读我在生信技能树的甲基化系列教程，目录如下： 01-甲基化的一些基础知识.pdf 02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf 03-甲基化芯片数据下载的多种技巧.pdf 04-甲基化芯片数据下载如何读入到...representation bisulfite sequencing, RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切 (Msp I) 富集启动子及CpG岛区域，并进行Bisulfite测序，同时实现...，防止下载不完全 # 查看文件 (snakemake) yulan 17:55:12 ~/wgbs_test/rawdata $ less filereport_read_run_PRJNA610526...& #保留处理日志的习惯；cat trim_galore.log可看下有没有处理完成 #结果SRR1039508_1.fastq.gz_trimming_report.txt存放处理的信息 # 使用...示例使用示例双端测序先解压SRR11243555_1_val_1.fq.gz 成 fq 模式（脑子一热，给他解压掉了，其实可以直接用压缩文件gz分析） (snakemake)yulan 23:18:09

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宏转录组学习笔记（三）--通过脚本和snakemake实现自动化

通过脚本和snakemake实现自动化到目前为止，我们已经完成了所有工作，并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行！但是也可能很耗时，并且更容易出错。...接下来，我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。一个「shell脚本」是一个文本文件的完整的shell命令，运行时就如同你在命令行交互方式运行它们。...您需要在Python和R中使用其他方法。 Snakemake自动化！通过shell脚本实现自动化非常棒，但是这里存在一些问题。首先，您必须每次都运行整个工作流程，并且每次都要重新计算所有内容。...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。添加环境在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...我们展示了您必须使用来在Bioconda课程中导出塔拉环境 conda env export -n tara -f $PROJECT/tara_conda_environment.yaml我们也可以在snakemake

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片： ?...Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake...好了，言归正传，本文主题为使用Snakemake搭建生信分析流程，下面开始我（熊猫）的表演！...准备工作正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。

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workflow04-用snakemake处理复杂命名

接下来，可以使用文件中的sample 列作为文件通配使用的名称。可是，该如何操作呢？...而同样是基于python 框架的snakemake，可以帮助我们很好的将二者融合。下面在python 中执行如下代码。 samples_table = pd.read_csv("....可是我们该如何将其整合进pipeline 的规则当中呢？ snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...是使用wildcards对象进行传递的，因此在规则中我们直接使用的也是函数： import pandas as pd samples_table = pd.read_csv("samples.csv"...-np results/awesome/s00{1..2}_R{1,2}.fq 可以看到，现在snakemake 就通过s001 找到其在csv 文件中，对应的fq1 文件的位置了： [Fri May

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DockerFile 编译语法详解

Dockerfile,以及如何生成镜像.最后介绍使用Dockerfile的一些最佳实践经验...HEALTHCHECK 如何进行健康检查 SHELL 指定使用SHELL时的默认shell类型接下来,我将详细介绍几个常用命令的参数的详细说明信息....,安装软件用) RUN指令是用来执行命令行命令的,由于命令行的强大能力,RUN指令在定制镜像时是最常用的指令之一....,也可以通过在docker run --env key=value时设置或修改环境变量.假如你安装了JAVA程序,需要设置JAVA_HOME,那么可以在Dockerfile中这样写: example：...,CMD,ENTRYPOINT生效. example： WORKDIR /p1 WORKDIR p2 RUN vim a.txt ONBUILD:(在子镜像中执行) ONBUILD指定的命令在构建镜像时并不执行

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snakemake 学习笔记4

snakemake如何连接不同的rule 我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步....经验所得每一个snakemake的rule都要有input,output, 里面的内容交叉的地方, 是确定不同rule的依赖, 比如rule1的输出文件(output)b.bed, b.bim, b.fam...Logging to c.log....使用snakemake进行连接命名为: plink.smk rule all: input: "c.log","c.raw" rule bfile: input:...查看流程图运行命令: snakemake -s plink.smk 查看流程图: snakemake --dag -s plink.smk |dot -Tpdf >a.pdf ?

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Snakemake入门

简单来说，它有以下优点：可读性强易移植模块化管理透明能生成流程图，看到每个过程可扩展可拓展的平台 2如何使用在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...Snakemake 可以根据这些规则自动解析依赖关系，确保任务按照正确的顺序执行，以及仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率。...当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。当{dataset}为ds1时，二者成功匹配。...接下来，程序发现只要将{csvdata}匹配为ds1就可以实现rule plot中所需的输入文件ds1_filtered.csv。...其他Snakemake教程推荐：使用SnakeMake搭建生信流程[3] Snakemake Workflow Management!

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Docker容器实战：原理、架构与应用

容器中挂载的数据卷数量没有限制，多个容器也可以挂载同一个数据卷 B.如何选择存储驱动 1.使用哪种存储驱动取决于用户在宿主机上使用何种文件系统，一些存储驱动可以工作在不同的后端文件系统上，另一些存储驱动必须使用相同的后端文件系统...和RUN的区别 1.RUN指令是设置编译镜像时执行的脚本和程序，镜像编译完成，RUN指令的生命周期结束 2.CMD叫作容器默认启动命令，在docker run末尾添加Command即可替换掉CMD设置的启动程序...替换镜像中的入口程序 4.一些规则：在Dockerfile中，应至少有一条CMD或ENTRYPOINT指令当使用容器作为一个程序容器时，应使用ENTRYPOINT定义入口程序在Dockerfile...Daemon会检查镜像层中所有源文件的元数据和文件内容；除了ADD和COPY指令外，Docker Daemon在镜像缓存中寻找镜像层时，不会检查文件 B.Dockerfile指令最佳实践 1.RUN指令...ONBUILD设置的指令 C.如何减小镜像体积 1.避免apt/yum update 2.每条指令都会生成一个镜像层，每个镜像层都会占用一些磁盘空间 3.应该在一条RUN指令中，更新安装源、安装程序、清理缓存

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Go语言中的包管理和模块化

使用replace和exclude在开发过程中，可以使用replace和exclude指令来替换或排除特定版本的依赖。...模块重命名（Module Replacement）在开发过程中，有时需要临时使用本地的模块版本或不同路径下的模块。Go语言允许通过replace指令来实现模块重命名或替换。这对于调试和测试非常有用。...这样，Go编译器会使用本地模块的代码，而不是从远程仓库下载的代码。这对于开发和调试非常方便，尤其是在修改依赖库时，可以快速验证更改。4....依赖替换（Dependency Replacement）在某些情况下，开发者可能需要使用特定版本的依赖库，或替换掉某个依赖库的版本。Go语言通过replace指令可以方便地实现依赖替换。...go run命令在不同平台上运行程序：go run main.go在Linux上输出：Logged on Linux: This is a test log message.在Windows上输出：Logged

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plc的移位指令C语言实现,PLC中使用移位指令是如何实现移位动作的

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