为什么要用Linux系统 个人认为，Linux操作系统和类Linux操作系统的命令行界面是最适合进行生物信息分析的操作系统。...打开Windows，首先看到的是桌面；不爱整理文件的我，桌面的东西已经多到需要2个屏幕才能显示的完。另外一个常用的就是我的电脑，然后打开D盘，依次点开对应的文件夹，然后点开文件。...ct@ehbio:~$ ls 如果错把l看成了i，输入了is，则会出现下面的提示未找到命令。如果输入的是Linux基本命令，出现这个提示，基本可以判定是命令输入错了，瞪大眼睛仔细看就是了。...mkdir是新建一个目录 (make a directory)；data是目录的名字。 如果目录存在，则会出现提示，”无法创建已存在的目录”。这时可以使用参数-p忽略这个错误。...-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 test.fa 查看写入的文件的内容，cat 文件名；需要注意的是文件所在的目录，默认是当前目录；如下面第一个命令，会提示cat
torchaudio：PyTorch 的音频库 torchaudio 的目标是将PyTorch应用到音频领域。...支持音频 I/O（加载文件、保存文件） 使用 SoX 将以下格式加载到 Torch Tensor 中 mp3、wav、aac、ogg、flac、avr、cdda、cvs/vms、 aiff,...# Linux BUILD_SOX=1 python setup.py install # OSX BUILD_SOX=1 MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.9 CC=clang.../config.guess: 无法猜测系统类型 由于编解码器的配置文件较旧，因此无法正确检测新环境，例如 Jetson Aarch。需要用最新的或替换该config.guess文件。....”时对“tgetnum”的未定义引用 如果在 anaconda 环境中构建时遇到类似以下的错误： ..
步：下载并安装 Hombrew 和 Python3 首先需要的是程序包管理器 Homebrew，它将帮助我们安装一些 pip 无法正确安装的软件包。...这就是为什么我建议在继续本教程之前将它们直接安装到您的系统上。 下一步需要花费大量的试验和错误来解决，特别是因为 3b1b 的 GitHub 上没有文档。...现在已经安装了 LaTeX，您可以继续开始获取 Manim 库。通常，在虚拟环境中运行项目是一种很好的做法，这样您就可以轻松控制所有文件和其他软件包的安装位置。...以下是我推荐的步骤： 第 2 步：为动画创建文件夹 创建您希望存储 Manim 库的文件夹。...打开后，转到第 23 行，找到 “Dropbox（3Blue1Brown）/ 3Blue1Brown Team Folder” 的行 image 我们需要更改此行以匹配刚刚创建的 输出 文件夹。
1. 工具下载SoX(Sound eXchange)是一个开源的音频处理工具，它可以用来读取、转换和处理各种音频文件。...Sox源码：https://sourceforge.net/projects/sox/files/sox/14.4.2/libgomp.so.1库安装:wget http://ftp.debian.org.../debian/pool/main/g/gcc-10/libgomp1_10.2.1-6_armhf.debdpkg -x libgomp1_10.2.1-6_armhf.deb libgomp2. ...cd /tmp/sox t.wav -n noiseprof noise.profsox t.wav 1.wav noisered noise.prof 0.21其中t.wav：原录音文件，1.wav为降噪后文件...通过以上操作，对比播放录音原文件(t.wav)和降噪后的文件(1.wav)，发现噪音几乎没有。
@TOC 1. 文件描述符为什么从3开始使用？...return 0; } 运行可执行程序，发现文件描述符返回的是3 但为啥是3，不是0 ，1，2 任何一个进程，在启动的时候，默认会打开当前进程的三个文件： 标准输入、标准输出...内存把数据写到显示器上，属于写入的过程，读取是从键盘中读取的，键盘输入后，操作系统把输入的数据回显到显示器上了，所以显示器只能负责打印 不同的硬件所对应的方法是完全不一样的，打开键盘时，操作系统内部会创建...不知道，它也不关心，它只认文件描述符1 重定向的原理：在上层无法感知的情况下，在OS内部 ，更改进程内部对应的文件描述符表中，特定下标的指向 输入重定向 先在log.txt文件中输入内容 123 456...——dup2 输入 man dup2 查看 刚刚重定向时，需要先关闭文件描述符1，再打开文件 现在可以直接将文件打开，使用dup2重定向 输出重定向对应的文件描述符是1 打开myfile文件，假设其文件描述符是
环境变量的补充 PATH只是众多环境变量中的一个变量，用于存储可执行文件所在的目录，以便在用户输入命令时可以查询的到。...此外常用到的环境变量还有LD_LIBARY_PATH: 指定动态链接库 (so文件)的位置，一般在安装软件出错时会用到；PYTHONPATH: 指定Python的安装包的路径；PERL5LIB: 指定perl...文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用。我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件。...OFS: 输出文件的列分隔符 (output file column separtor)；FS为输入文件的列分隔符 (默认为空白字符)。awk中的列从第1到n列，分别记录为$1, $2 … $n。...1 c 1 b 2 a 3 FASTA序列提取 生成单行序列FASTA文件，提取特定基因的序列，最简单的是使用grep命令。
例如： #include int main() { ofstream out1, out2; out1 = out2; //错误，不能对流对象赋值 ofstream...： 一些错误是可恢复的，而其他错误则发生在系统深处，已经超出了应用程序可以修正的范围 上表列出了IO类所定义的一些函数和标志，可以帮我们访问和操纵流的条件状态 IO错误的案例 下面的代码要求为int变量输入数据...有时我们需要知道流为什么失败，IO库定义了下面一些列相关的知识 iostate： iostate提供了表达流状态的完整功能。...如果提供了一个文件名，则open会自动被调用。例如： ifstream in(ifile); //构造一个ifstream并打开(open)给定文件。...，它的main函数接受一个要处理的文件列表，代码如下： //遍历参数列表for (auto p = argv + 1; p !
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...软件内置了 Apache Derby 数据库,生产环境可以使用支持的任何数据库。 用来创建 、编辑位图图像的软件，可以将图像上传至Openmeetings系统的白板。 用来向系统内导入PDF文件。...安装FFMpeg 和SoX 解压FFMpeg 文件”ffmpeg-20131216-git-f618cb1-win64-static.7z” ,将解压后的目录中的可执行程序 拷贝到自建目录”C:\Program...安装Mysql 数据库，本例安装路径为 “C:\Mysql” 数据库文件存放在”C:\Mysql\Date”,如图示: 数据库安装后，执行以下命令，创建数据库和用户: CREATE DATABASE...” , 将文件”mysql_persistence.xml”重命名为”persistence.xml”; 然后打开”persistence.xml”，找到如下位置，修改如图示: 保存后退出。
第1步：安装Apache Apache是一个免费开源软件，可运行世界上50％的Web服务器。...可以运行以下命令来显示你的服务器的IP地址： ifconfig | grep inet | awk '{ print $2 }' 第2步：安装MySQL（Ubuntu） MySQL是一个强大的数据库管理系统...输入刚设置的数据库密码 若报错，可以选择ignore 安装完成后需要将phpmyadmin的文件夹复制到www/html文件夹下进行管理 sudo cp -Rf /usr/share/phpmyadmin.../var/www/html/ 打开浏览器并输入http://127.0.0.1/phpmyadmin 输入用户名、密码后登陆 网站部署 放置页面 将pictureViewer文件夹整个放到/var/www...//127.0.0.1/MagicMirror即可 测试是否能上传图片成功 打开并修改文件夹下的testUpload.py： vim /var/www/html/MagicMirror/testUpload.py
因为需要到要上传，所以需要对采集后的视频文件做编码处理，直接调用ffmpeg即可，可以把你几百MB的采集视频压缩为1MB。这里不采用mencoder，因为它似乎对avi文件的处理有问题。...考虑到之后要添加背景音，为了保证背景音和麦克风同时存在，需要抽取音频单独处理，同样是调用ffmpeg，这里把代码列上，相信你在其他地方也能用的上： ? 3. 音频处理，就是调用sox了。...sox还能做其他的声音处理效果，大家可以自己Google之。 ? 4. 添加字幕。需要调用mencoder，因为我对它进行了封装，这里不方便展示，只把字幕相关的参数列出来，以供参考。...其中-subfont-text-scale后面的参数是字体的大小，-subfont参数输入的是字体文件的绝对路径，一般是C:\WINDOWS\Fonts\中的文件。...顺便说一句，如果你发现你的mp4文件存在同一时刻的音频帧和视频帧相距较远，导致网络播放时无法快起的问题，也可以用mp4box来解决： mp4box.exe -cat input_1.mp4 -cat input
简单的了解了Linux下的文件操作之后就开始进入代码编程阶段 Linux error 获取系统调用时的错误描述 Linux下的文件操作属于系统调用，Linux中系统调用的错误都存储于errno中，例如文件不存在...(fd); // 关闭 return 0; } 如果文件存在，打开文件；文件不存在，打开失败，错误描述为 No such file or directory。.../main file len:4 linux下的标准输入/输出/错误 在文件IO操作里面一直讲到文件描述符，那我就不得不提一下linux中的标准输入/输出/错误 在C语言的学习过程中我们经常看到的stdin...但是在在Linux下，操作系统一级提供的文件API都是以文件描述符来表示文件，对应的的标准输入，标准输出和标准错误输出是0，1，2，宏定义为STDIN_FILENO、STDOUT_FILENO 、STDERR_FILENO...(standard error) 标准错误和标准输出一样都是输出到终端上， 标准C库对应的标准错误为stderr，系统API接口库对应的标准错误输出的文件标识符为2或者STDERR_FILENO。
C++的iostream标准库介绍(1) 我们从一开始就一直在利用C++的输入输出在做着各种练习，输入输出是由iostream库提供的，所以讨论此标准库是有必要的，它与C语言的stdio...iostream为内置类型类型对象提供了输入输出支持，同时也支持文件的输入输出，类的设计者可以通过对iostream库的扩展，来支持自定义类型的输入输出操作。 为什么说要扩展才能提供支持呢？...，在上面的代码中，无论你使用c风格的输入输出，或者是c++的输入输出都不是不明确的一个表示，由于c语言没有运算符重载机制，导致stdio库的不可扩充性，让我们无法让printf()和scanf()支持对自定义类对象的扩充识别...在上例中我们之所以用printf与cout进行对比目的是为了告诉大家，C与C++处理输入输出的根本不同，我们从c远的输入输出可以很明显看出是函数调用方式，而c++的则是对象模式，cout和cin是ostream...openprot属性表: 0：普通文件，打开访问 1：只读文件 2：隐含文件 4：系统文件 可以用“或”或者“+”把以上属性连接起来 ，如3或1|2就是以只读和隐含属性打开文件
break main break main与b main等价。 这段输出是在 GDB 中设置断点的结果： (gdb): 这是 GDB 的提示符，表示它正在等待用户输入命令。...break main: 这是用户输入的命令，表示在程序的 main 函数的起始处设置了一个断点。 Breakpoint 1 at 0x1398: 这一行显示了断点的信息。...接着，输出显示了程序停在了 main 函数的第 49 行： Breakpoint 1, main () at tree3_01.c:49: 这表示断点 1 已经触发，程序停在了 tree3_01.c 文件的第...其中： 0x00005555555553d7 是导致段错误的指令的地址。 main () 表示段错误发生在 main 函数内部。...查看核心转储文件 如果程序产生了核心转储文件，可以使用 GDB 打开它并查看导致段错误的堆栈跟踪信息。
缓冲 为了减少使用read和write调用的次数，标准IO库提供了缓冲，有人可能会问，为什么要减少它们的调用次数？...很明显read和write是系统调用，它们花费的时间将会更多，本文不展开描述，可以参考《库函数和系统调用》。那么有哪三种缓冲类型呢？.../buff 此时观察test.txt： $ cat test.txt 发现它的内容是空！明明已经写入了为什么会什么东西都没有？...一般来说，标准错误是不带缓冲的。...总结 通过上面的一些例子，我们也发现了这样一些规律： 通常磁盘上的文件是全缓冲区的 标准输入和标准输入通常是行缓冲的 指向终端设备的流通常是行缓冲，而指向文件时，则是全缓冲 为了尽可能显示错误信息，标准错误是不带缓冲的
例如，将一个音频数据包流索引错误地应用到了视频处理中。这种情况下，操作将无法执行，进而导致"Invalid packet stream index"错误。...下面是一个简单的示例代码：pythonCopy codeimport subprocess# 定义输入文件和输出文件名input_file = "input.mp4"output_file = "output.mp4...except subprocess.CalledProcessError as e: print(f"发生错误：{e}")在上述示例中，我们使用FFmpeg命令行工具来提取输入文件中的音频流，并将其输出到指定的输出文件中...音频获取：音频获取是指从原始音频源（如音频文件、麦克风输入等）获取音频数据。常见的技术包括音频输入设备的选择和配置，以及音频库或框架的使用（如PortAudio、PulseAudio等）。...音频处理可以使用数字信号处理（DSP）算法、音频处理库（如LibSndFile、SoX等）或自定义算法来实现。视频获取：视频获取是指从原始视频源（如视频文件、摄像头输入等）获取视频数据。
sox这个号称音频界的瑞士军刀的工具，但是编写过程中碰到一个比较棘手的问题，那就是无法使用管道重定向输出（play本身不支持管道，只能借助sox），也就没办法获取播放进度，会造成进度条时间与实际播放时间有点误差...// sox ....MPV是著名开源播放器mplayer和mplayer2的一个分支。...; //去掉文件名后的\n get_music_info(title_list[idx], idx); idx++; usleep(1);...scan_music_list(MUSIC_PATH); list = _lv_demo_music_list_create(lv_scr_act()); ctrl = _lv_demo_music_main_create
打开文件的函数： #include FILE *fopen(const char *path, const char *mode); FILE 是 C 标准库定义的结构体类型，其包含文件在内核中的标识...像 FILE* 这样的文件指针称为句柄（Handle）。 打开文件操作是对文件资源进行操作的，所以有可能打开文件失败，所以在打开函数时一定要判断返回值，如果失败则返回错误信息，以方便快速定位错误。...二、关于stdin/stdout/stderr 在用户程序启动时，main 函数还没开始执行之前，会自动打开三个 FILE* 指针分别是：stdin、stdout、stderr，这三个文件指针是 libc...因为错误或读到文件末尾时将返回 EOF，即 -1，如果返回值是 unsigned char（0xff），与实际读到字节 0xff 无法区分，如果使用 int 就可以避免这个问题。...C 标准库为每个打开的文件分配一个 I/O 缓冲区，用户调用读写函数大多数都在 I/O 缓冲区中读写，只有少数请求传递给内核。
---- 获得参数 标准库中包含了函数std::env::args()，它提供了给定参数的迭代器。第一项（「索引为0」）是我们程序被调用的名称（例如，f789），其后的项是用户在后面写的内容。...这是一个快速退出的快捷函数，当值（在这种情况下是输入文件）无法读取时，它会立即使程序退出。具体的使用情况，参看Rust错误处理。...当执行这个宏时，程序会打印出一个错误信息，展开并清理栈数据，然后接着退出 ❞ 这可能看起来有点激进，但非常方便。如果我们的程序需要读取该文件，如果文件不存在无法执行任何操作，那么退出是一种有效的策略。...这就是为什么还有一种「调试模式」(debug representation) --{:?}。 例如： let xs = vec![1, 2, 3]; println!("列表是：{:?}"...("无法打开文件 {:?}", &args.path))?
异常发生的原因有很多，通常包含以下几大类： 用户输入了非法数据。 要打开的文件不存在。 网络通信时连接中断，或者JVM内存溢出。...Java中的异常有以下三种类型： 检查异常：最具代表的检查性异常是用户错误或问题引起的异常，这是程序员无法预见的。例如要打开一个不存在文件时，一个异常就发生了，这些异常在编译时不能被简单地忽略。...多个catch块后还可以跟一个finally块，finally块用于回收在try块里打开的物理资源（如数据库连接、网络连接和磁盘文件）。...如果运行该程序时输入的第二个参数是0，将发生除0异常，Java运行时将调用ArithmeticException对应的catch块处理该异常。...5、使用finally回收资源： 有些时候，程序在try块里打开了一些物理资源（例如数据库连接、网络连接和磁盘文件），这些物理资源都必须显示回收。 在哪里回收这些物理资源呢？在try块里回收？
GPT 预训练时需要的数据不是“问题 1 - 答案 1”这样的语句对，而是一句句或一段段完整的话，如”学习生信就看生信宝典”，GPT 会计算每个字、每个词或每个句子后面承接哪个字、词或句子的可能性更大，...登录上去是一个很简洁的页面，输入文字，开启聊天。先问第一个问题“如何学习生物信息”，给出回答如下，有板有眼，很条理，读着也是常规的建议，很像大部分公众号的文章，看着是这么回事，实则帮助也不太大。...这个代码看上去是很不错的，三步走： 设置2 个输入变量，fasta 文件和基因名字； 读取文件，根据>判断 FATSA的名字行和判断基因名字是否存在; 拿到序列，存起来； 输出序列。...如果是多行 FASTA 序列，取出的结果是不完整的； gene name 的判断是匹配模型，比如输入Sox1，可能会匹配到Sox11 (如果 Sox11这条序列先出现的话)。 拿到代码了，怎么调用呢？...这个回答还是很详细的， 体现出了上下文思想，ChatGPT 知道要运行的是上面回答的代码； 告诉了我们如何把代码存成文件，然后在终端用命令行调用； 还贴心的提示了代码什么地方要修改。
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