starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息，并在此基础上构建了ceRNA网络，网址如下 http://starbase.sysu.edu.cn/index.php 该数据库提供了以下几种类型的信息...通过starbase数据库，可以查询各种RNA分子间的互作信息以ceRNA调控网络信息。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
/） ArrayExpress（https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/） TCGA（https://cancergenome.nih.gov/） miRNA分析预测 starBase...（http://starbase.sysu.edu.cn/） miRTarBase（http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php） miRWalk（http...StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/） Starbase重新上线，广大科研汪的福音来了！...circRNA circBase（http://www.circbase.org/） StarBase（http://starbase.sysu.edu.cn/） 一篇10分文章教你写circRNA的研究路线
starBase 关于starBase(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)数据库，我们之间是有过介绍的。这个数据库只要还是用来预测RNA之间的相互作用的。...关于starBase的基本用法，可以看这个帖子。 之前的介绍我们提到了这个数据库的基本用法。如果要涉及到circRNA的话。...在这个数据库主要可以进行两个方面的预测： 预测miRNA-circRNA的相互作用 预测circRNA和RNA绑定蛋白的关系 CircInteractome 相较于上面的starBase, CircInteractome
ENCORI (The Encyclopedia of RNA Interactomes，http://starbase.sysu.edu.cn/index.php) 听起来好像有点陌生，但是我相信他的前身很多人应该都听过...，很可能还用过，starbase。...http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php。这个接口支持多种编程语言，shell，python和perl。实际上R也是支持的，小编就亲测可行。...http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php ?...,")) dir.create("mRNA") for(mir in miRNA){ file=paste("mRNA/",mir,".txt",sep="") link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn
dePC <- gdcDEReport(deg = DEGAll, gene.type = 'protein_coding') 2、对于差异基因进行ceRNA网络分析 ##生成ceRNA网络，RNA靶标来源starbase...pc = rownames(dePC), lnc.targets = 'starBase...', pc.targets = 'starBase', rna.expr = rnaExpr..., rna.expr = rnaExpr) 06 ceRNA网络分析 gdcCEAnalysis（）还可以获取用户提供的miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA相互作用数据集，而不仅仅是来源于starbase...pc.targets = 'starBase', rna.expr = rnaExpr,
在starBase数据库中，提供了一系列环状RNA注释工具，网址如下 http://starbase.sysu.edu.cn/starbase2/circTools.php ?
从Starbase v3.0数据框获得mRNA，miRNA和lncRNA之间的相互作用并构建ceRNA网络。 Consensus Cluster Plus软件包用于识别分子亚型。...6.预测lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA相互作用 我们通过使用starBase数据库预测DElncRNA和DEmiRNA或DEmRNA和DEmiRNA之间的相互作用，starBase记录了来自许多个测序数据的超过...此外，starBase整合了来自miRanda，Targerscan和miRmap数据库的预测结果。
dir.create("lncRNA") for(mir in miRNA){ file=paste("lncRNA/",mir,".txt",sep="") link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn...dir.create("circRNA") for(mir in miRNA){ file=paste("circRNA/",mir,".txt",sep="") link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn
这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase，又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同，既有分子间相互作用的预测，又有对已报道实验结果的总结和整合。...——by老谈 1、starBase： 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA...网址：http://starbase.sysu.edu.cn/ 2、miRbase： 众所周知的microRNA基因注释数据库。
=rownames(deLNC), pc=rownames(dePC), lnc.targets = 'starBase...', pc.targets = 'starBase', rna.expr = rnaExpr,
circdb/ 数据库的构建需要依赖以下4种信息，对应的来源描述如下 从miR2disease数据库得到疾病相关的miRNA信息 从Memzcak等人的研究中得到环状RNA与miRNA的相互作用关系 从starBase
我们再来搜索一下lncRNA相关的数据库有哪些，是不是有一些很熟悉，比如starBase数据库。 ? 除了通过关键词搜索以外，我们还可以通过Browse选项进行查找。
前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了 ☞RNA相互作用神器——ENCORI ☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一） ☞R批量预测
TS circRNA, 对其来源基因进行GO富集分析 预测miRNA结合位点，从环状RNA头尾各取50bp序列，用targetscan来预测这100bp序列上的miRNA结合位点 预测蛋白结合位点，从starbase
DE-lncRNA与DE-miRNA之间的调节关系通过miRcode（http://www.mircode.org）预测对 starBase（http://starbase.sysu.edu.cn/）
图3. 6个靶miRNA在TCGA-STAD数据集中的表达情况 图3：用starBase网站分析的hsa‐miR‐323a‐3p，hsa‐miR‐331‐5p，hsamiR‐377，hsa‐miR‐485...本篇文章也是经典的ceRNA机制套路，作者先利用GEO数据筛选出DECs，再利用CircInteractome预测靶miRNA，TargetScan网站和miRNet网站预测靶mRNA并用细胞实验和在starBase
图4 let-7c-5p可以作为HCC患者SEMA3F的潜在上游miRNA 5. let-7c-5p上游lncRNAs的预测和分析 作者使用starBase数据库预测let-7c-5p的上游lncRNA...作者使用starBase数据库分析这四个lncRNA与let-7c-5p或SEMA3F在HCC中的表达水平相关性（表1）。 ? 图5 let-7c-5p上游lncRNA的表达分析和生存分析 ?
图5 作者使用miRNet和starBase在线数据库进一步预测可能与三个靶miRNA结合的lncRNA，并通过维恩图展示它们(图6A-C)。...作者使用starBase数据库分析了ESCA中靶标lncRNA表达与miRNA之间的相关性。
的数据库 miRNANet-综合性miRNA靶基因预测数据库 miEAA-miRNA功能预测数据库mi tsRFun-综合性tRFs分析数据库 tRFTar_tRFTars-tRFs靶基因预测数据库 starbase-ncRNA
分别通过starBase和Kaplan-Meier数据库进一步评估预测的miRNA表达和预后。
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