ENCORI (The Encyclopedia of RNA Interactomes,http://starbase.sysu.edu.cn/index.php) 听起来好像有点陌生,但是我相信他的前身很多人应该都听过,很可能还用过,starbase。提起这个数据库,小编还是很引以为傲的,他是由中山大学开发的一个专门针对RNA相互作用的综合型数据库。2014年v2.0发表在核酸研究上,到现在引用已经上千了。目前这个数据已经更新到v3.0了。
这么长时间以来,我们推荐过的数据库差不多有好几十个,今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下:
在前两天介绍circBase的时候,我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。
在利用RNA_seq数据预测环状RNA时,大多数情况下只能够得到环状RNA的基因组位置,包括头尾的染色体位置,正负链等信息,而没有环状RNA对应的来源基因,序列等信息,这些信息都需要我们通过和已有的线性RNA的数据比对得到,这一步在分析中称之为环状RNA的注释。
在ceRNA调控网络中,miRNA起到了桥梁的作用,通过和各种RNA分子结合,从而介导该调控机制的发生。starBase数据库提供了miRNA和各种RNA分子的相互作用信息,并在此基础上构建了ceRNA网络,网址如下
首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(https://www.gencodegenes.org/human/)注释mRNA和lncRNA。 而miRNA是基于miRbase v22数据库(http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow)进行注释。
很多新手朋友对PyCharm的使用无从下手,于是花费了一点时间整理这份PyCharm操作手册,
如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库,看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。这些数据库中既有“进口”冲锋枪miRbase,又不乏“国产”战斗机starbase。每一个数据库的功能又不尽相同,既有分子间相互作用的预测,又有对已报道实验结果的总结和整合。
GDCRNATools是一个易于使用的用于整合GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor软件包。
合成测试程序根据统计的真实负载发生规律,如请求的读写比例,大小,频率和分布等信息。建立响应的io存取模型。在测试时产生符合存取模型的io请求序列。发送给存储系统。这类程序包括 IOMeter,IOZone 和 Bonnie++。
内网就是你自己的网络环境,就你自己能访问,比如你本地测试进行的localhost;
一、log4j2 1. log4j使用教程详解(怎么使用log4j2) 2.Log4j2的基本使用 二、log4j 1.【转】最详细的Log4J使用教程 2.最详细的Log4j使用教程 3.log4j.properties 详解与配置步骤总结 4.Log4j.properties配置详解 3.易百教程——Log4j教程 4.Log4j使用教程
由于mall项目涵盖了现阶段主流技术,如果你是个Java初学者的话,最好先看下面的资料打个基础,资料具体介绍可以参考mall学习所需知识点。
这篇文章要讨论的是目前一个非常热门的话题:渗透无线网络以及如何防止无线网络被入侵。WiFi通常都是网络环境中的一个薄弱环节,因为WiFi信号可以在范围内的任何一个地方被任何一个人捕捉到,而且只要有正确的工具以及合适的软件(例如Kali Linux),很多无线路由器中存在的安全漏洞都是可以被攻击者轻松利用的。 接下来,我们将会给大家介绍目前最热门的十大WiFi入侵工具,这些工具可以帮助我们测试无线网络环境中存在的潜在安全问题。 1. Aircrack-ng 官方网站:【传送门见原文处】 使用教程:【传送
工欲善其事必先利其器,一个优秀的程序员除了代码写得好,善于利用各种开发工具同样可以事半功倍。以 BAT 为代表的各大厂程序员们在平时的工作中都用什么开发工具呢?我们盘点了大厂内部常用的开发工具,以供读者参考。本文涉及工具大部分为开源项目,大家可以按需选用。
Arthas 是阿里巴巴 2018 年 9 月开源的一款 Java 线上诊断工具。
SQLyog操作简单,功能强大,能够帮助用户轻松管理自己的MYSQL数据库,
称为”复用“的主要原因是:这4种方式的本质原理都是多种多线程实现方式的复合/组合使用。Android多线程实现的复合使用包括:
TCGA数据挖掘真的是绵绵不绝,这里就不再赘述了,从基因集到ceRNA,到可变剪切,肿瘤免疫, 再到现在的m6A和自噬基因, 马上缺氧,代谢应该是也要出来了,每次一个策略就是33篇数据挖掘文章。真的是很不走心,比如最近有学徒一直咨询我的m6A,我发现仅仅是ccRCC的就有4篇,有一个很简陋的文章,完全是6个网页工具图表拼凑的,再加上一点点多组学。
数千微信好友,每天都会有几个问我 Torch not complied with CUDA enabled 这类问题。
前言 多线程的应用在Android开发中是非常常见的,常用方法主要有: 继承Thread类 实现Runnable接口 Handler AsyncTask HandlerThread 今天,我将献上一份AsyncTask使用教程,希望大家会喜欢 Carson带你学多线程系列 基础汇总 Android多线程:基础知识汇总 基础使用 Android多线程:继承Thread类使用(含实例教程) Android多线程:实现Runnable接口使用(含实例教程) 复合使用 Android多线程:As
并且在自己 C:\Users\manman 下有个 .gitconfig 文件,打开里面就是我们设置的用户签名
参考文章:linux服务器搭建之路2-安装git最新版本 github入门到上传本地项目
前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI,在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。其实ENCORI数据库除了提供,miRNA和mRNA之间的调控关系以外,也提供miRNA和lcnRNA,miRNA和circRNA之间的调控关系。有些读者尝试修改小编的代码去下载其他的调控关系,这令小编很欣慰,至少做到了学以致用。熟话说学而不思则罔,思而不学则殆,理论和实践还是要紧密结合的。
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eclipse是一款常用的电脑java编程软件,能够安装各种各样的插件以辅助安装,从代码的录入、到代码的编译、运行等都可以在这款软件里完成,简而言之,eclipse是为了更方便进行java的开发而设计出来的。eclipse使用教程是什么?eclipse如何修改为中文?
方便实现异步通信,即不需使用 “任务线程(如继承Thread类) + Handler”的复杂组合
喜欢使用电脑的小伙伴们一般都会遇到win7系统串口调试助手使用教程的问题,突然遇到win7系统串口调试助手使用教程的问题就不知道该怎么办了,其实win7系统串口调试助手使用教程的解决方法非常简单,按照1:打开电脑浏览器,进入百度搜索 在输入框输入:友善串口助手 ,回车进行搜索,在第一条直接点击下载,安装即可.2:安装完成后,桌面上会有一个这样的图标 我们双击打开.来操作就行了,接下来小伙伴们就好好的看下win7系统串口调试助手使用教程的处理步骤:
例如,我们首先在 master 分支的倒数第二行进行修改,并将其添加到暂存区,再提交到本地库
往期精选 在开发中大型Java软件项目时,很多Java架构师都会遇到数据库读写瓶颈,如果你在系统架构时并没有将缓存策略考虑进去,或者并没有选择更优的缓存策略,那么到时候重构起来将会是一个噩梦。本文主要是分享了5个常用的Java分布式缓存框架,这些缓存框架支持多台服务器的缓存读写功能,可以让你的缓存系统更容易扩展。 1、Ehcache– Java分布式缓存框架 Ehcache是一个Java实现的开源分布式缓存框架,EhCache 可以有效地减轻数据库的负载,可以让数据保存在不同服务器的内存中,在需要数据的
目前主要是reader插件,主要有rdbmsReader(sqlServer、mysql、postgresql、oracle等)、hbase20xsqlreader、DrdsReader和KingbaseesReader。
步骤1:定义 IntentService的子类,需复写onHandleIntent()方法 步骤2:在Manifest.xml中注册服务 步骤3:在Activity中开启Service服务
在日常工作中,截图是我们经常需要用到的功能。本文将介绍四款常用的 Windows 截图工具:ShareX、PicPick、FastStone 和 Snagit。猫头虎将分别解析它们的功能、特点,并提供详细的使用教程,帮助你选择最适合的截图工具。
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本帖主要用手写数字为例进行一个简单入门实例总结(非官方) 平台网站:http://ai.baidu.com/customize/app/model/ 定制化图像开放平台使用教程之一:http://ai.baidu.com/forum/topic/show/492760 定制化图像开放平台使用教程之二:http://ai.baidu.com/forum/topic/show/496746 -----------前提已经会使用平台创建模型并进行训练哦----------- 训练模型中心 之前准备好的数据上传并等
使用教程详细地址,我就不再造轮子了: http://51.ruyo.net/2723.html 由于作者写的也比较详细,所以我就简单介绍下原文中失效的脚本及补刀。 逗比脚本新地址:(两个脚本一样) wget -N --no-check-certificate https://softs.fun/Bash/cloudt.sh && chmod +x cloudt.sh && bash cloudt.sh wget -N --no-check-certificate https://raw.githubus
1.注册github账号:Github(网址:https://github.com/)
Ehcache是一个Java实现的开源分布式缓存框架,EhCache 可以有效地减轻数据库的负载,可以让数据保存在不同服务器的内存中,在需要数据的时候可以快速存取。同时EhCache 扩展非常简单,官方提供的Cache配置方式有好几种。你可以通过声明配置、在xml中配置、在程序里配置或者调用构造方法时传入不同的参数。
网格中布局图像、视频、文本等。Bootstrap 通过缩略图为此提供了一种简便的方式。使用 Bootstrap 创建缩略图的步骤如下: 在图像周围添加带有 class .thumbnail 的标签。 这会添加四个像素的内边距(padding)和一个灰色的边框。 当鼠标悬停在图像上时,会动画显示出图像的轮廓。
关于miRNA的基础知识可参考文章:医学科研实验基础知识笔记(十一):非编码RNA。
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