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Qmatey：一个用于宏基因组快速精确匹配比对和菌株水平分类分级的自动化流程

2023年10月，《Briefings in Bioinformatics》发表了一种自动分析流程——定量宏基因组比对和分类精确匹配（Qmatey），可执行基于精确匹配的快速比对，并整合分类分级和分析。...Qmatey是一个宏基因组自动分析流程，可执行基于精确匹配的快速比对，并整合分类分级和分析。...基准测试结果表明，排名靠前的Kraken2和 KrakenUniq工具比Qmatey多识别出2-4个分类群（召回率为 92-100%），但却产生了 315-1752个假阳性分类群，并对精确度造成了很高的影响...例如，基因组组装中的水平转移基因和污染性reads将不具有诊断性，不能用于分类学分类。 2）质量过滤宽松的序列读取（即高碱基检出错误）可能会导致假阳性率。

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    PHP正则表达式和字符串匹配示例

    ，PHP还提供了一些字符串匹配函数。...这些函数可以用于查找字符串中是否包含某个子串，或者从字符串中提取特定的子串。以下是一些常用的字符串匹配函数：strpos()：在字符串中查找某个子串第一次出现的位置。...strrpos()：在字符串中查找某个子串最后一次出现的位置。如果找到，返回子串最后一次出现的位置；否则返回false。substr()：从字符串中提取子串。...str_replace()：替换字符串中的子串。第一个参数是要替换的子串，第二个参数是替换后的子串，第三个参数是要替换的字符串。...// substr()$string = 'hello world';$sub = substr($string, 6, 5);echo $sub;// 输出：world// str_replace()

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    PHP在CTF中的应用场景

    PHP常用函数 strpos("1","2")在1中查找二并返回索引或false str_replace("1","2","3")在3中找1并替换为2 define()定义大小写不敏感的常量 !...red","green","blue","yellow"); foreach ($colors as $value) echo "$value "; array() count() 函数用于返回数组的长度...w打开文件为只写。删除文件的内容或创建一个新的文件，如果它不存在。文件指针在文件的开头开始。a打开文件为只写。文件中的现有数据会被保留。文件指针在文件结尾开始。创建新的文件，如果文件不存在。...n=%0a666preg_replace("$$a",'$b',$c);从c中找到a并把a替换为b 一般会用双写绕过和大小写 $dir=str_replace(array('../','./'),' '...，m是换行匹配 highlight_file(_FILE): if(isset($_GET['num'])){ $num=$_GET['num']; if($num==="4476"){

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    「PHP编程」PHP中的这些坑，PHP开发常见填坑备注

    为避免此影响，最好都使用斜线（/）来作为目录分割符，对于使用了命名空间的情况，最好先使用str_replace函数将反斜线（）替换成斜线（/）。...因为其可选参数，很多人也会将其用于去除UTF8BOM头、文件扩展名等等，比如 ltrim($str, "\xEF\xBB\xBF"); rtrim($str, ".txt"); 。...究其原因是因为，PHP是基于C语言的，而C语言由于其二进制符点数的表示方式，导致不能精确表示大多数符点数。...同时，switch表达式优先匹配与其值类型一致的case语句，类型不一致的放在后面处理，如下： ?...实际上，这个函数是查找某个字符，而不是查找字符串。如下示例，很多人一开始肯定以为返回false，但实际上并不是。 ? 上面示例说明，如果$b是字符串，只使用第一个字符，后面的其它字符会忽略。

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    PHP字符串

    函数相似 格式化输出： htmlspecialchars():函数过滤输出 htmlspecialchars()函数将会把一个字符串按照HTML实体输出(可以将字符串中特殊含义的字符转译为HTML实体) str_replace...约束的字符串内容 字符串比较 排序： strcmp()：比较两个字符串 strcasecmp()：比较字符串（不区分大小写） strnatcmp()：自然排序（不区分大小写） strlen():判断字符串长度 字符匹配...字符串查找： strstr():匹配查找字符或字符串 strchr():匹配查找一个字符 strstr()和strchr()在匹配查找应用中效果不分伯仲；函数需要两个以上的参数，第一个参数是：需要被搜索的字符串...，第二个参数是：要搜索的目标关键字；从字符串匹配到关键字就会返回被搜索的字符串，否则返回false 字符串位置： strpos():返回匹配的字符的位置 strpos()函数的参数和strstr()相似...，strpos()的第三个参数可以指定开始查找的位置 字符串替换： str_replace():

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    php 从第几个字符替换,php中几个字符串替换函数详解

    一、str_replace(find,replace,string,count) 作用:str_replace() 函数使用一个字符串替换字符串中的另一些字符。...参数 描述 find 必需,规定要查找的值. replace 必需,规定替换 find 中的值的值. string 必需,规定被搜索的字符串. count 可选,一个变量,对替换数进行计数....在本例中,我们将演示带有数组和 count 变量的 str_replace() 函数,代码如下: $arr=array(“blue”,”red”,”green”,”yellow”); print_r(str_replace...,replacement,subject,limit = -1,$count) 作用:执行一个正则表达式的搜索和替换 参数 描述 pattern 必需,需要搜索的模式. replacement 必需,用于替换的字符串或数组...> 例 1674,将字符串分割为匹配项及其偏移量,代码如下: $str=’hypertext language programming’; chars= preg_split(‘/ /’,str, -1

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    svlib文档翻译（第五章）

    ide_enum用于指定字符串的哪一侧将参与各种操作，特别是trim和pad。origin_enum用于指定在range和replace操作时从字符串的哪端计数。...这个方法的搜索是精确的文字匹配，不使用通配符或正则表达式匹配。 参数ignore指定搜索从哪里开始。默认值(ignore=0)将扫描整个字符串，并返回第一个匹配项。...last的行为方式类似，但它从字符串的最右端开始扫描，因此，如果查找的子字符串在原始字符串中出现多次，它将返回最后一个可能的匹配结果。...range只返回指定的子字符串，返回类型为SystemVerilog的字符串类型。 replace以完全相同的方式指定子字符串，然后用rs替换该子字符串，并修改Str对象的内容。...它显式地在Str的方法range和replace(以及相应的包级函数str_range和str_replace)中使用，也在其他地方隐式地使用。

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    LeetCode PHP 有效的括号

    订阅本站 题目 给定一个只包括'('，')'，'{'，'}'，'['，']'的字符串，判断字符串是否有效。 有效字符串需满足： 左括号必须用相同类型的右括号闭合。 左括号必须以正确的顺序闭合。...输入: "(]" 输出: false 示例 4: 输入: "([)]" 输出: false 示例 5: 输入: "{[]}" 输出: true 解析 这个题解是根据递归 + PHP 字符串功能函数 str_replace...函数来进行字符替换实现，具体实现如下： 将传入字符串进行对应括号组合查找，若查找到则替换为空串，计算替换次数； 判断替换次数，若没有替换进行判断此字符串是否为空，若为空则代表此字符串符合规则，否者则不符合...str_replace 函数说明 str_replace ( mixed $search , mixed $replace , mixed $subject [, int &$count ] ) : mixed.../** * @param String $s * @return Boolean */ function isValid($s) { $s = str_replace

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    不会 Linux 文件查找神器 Locate 与 Find 命令的这些用法！你算啥运维人

    locate 用法 -i #不区分大小写的搜索 -n #只列举前#个匹配项目 -r #支持正则 find 命令 实时查找工具，通过遍历指定路径完成文件查找（find不同于其他命令的习惯，选项只加一个...工作特点 查找速度略慢 精确查找（可以通过正则，通配符，实现模糊查询） 实时查找 只搜索用户具备读取和执行权限的目录 find 用法格式 find [OPTION]... [ 查找路径] [ 查找条件]...查找： -name ：基于名称的精确查找 ，支持使用文字通配符 *, ?...： mode:精确权限匹配 +mode[/mode] 任何一类(u,g,o)对象的权限中只要能一位匹配即可，或关系，+ 从centos7开始淘汰。...command \; 对查找到的文件当做下一命令的参数去执行（非交互式） { }: 用于引用查找到的文件名称自身 参数替换 xargs（“万能”的参数传递） xargs用于产生某个命令的参数， 用途

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    【正则表达式学习笔记之一】简单认识正则表达式

    在编写处理字符串的程序或网页时，经常会有查找符合某些复杂规则的字符串的需要。正则表达式就是用于描述这些规则的工具。换句话说，正则表达式就是记录文本规则的代码。...很可能你使用过Windows/Dos下用于文件查找的通配符(wildcard)，也就是*和?。如果你想查找某个目录下的所有的Word文档的话，你会搜索*.doc。在这里，*会被解释成任意的字符串。...和通配符类似，正则表达式也是用来进行文本匹配的工具，只不过比起通配符，它能更精确地描述你的需求——当然，代价就是更复杂——比如你可以编写一个正则表达式，用来查找所有以0开头，后面跟着2-3个数字，然后是一个连字号...假设你在一篇英文小说里查找hi，你可以使用正则表达式hi。 这几乎是最简单的正则表达式了，它可以精确匹配这样的字符串：由两个字符组成，前一个字符是h,后一个是i。...用hi来查找的话，这里边的hi也会被找出来。如果要精确地查找hi这个单词的话，我们应该使用\bhi\b。

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    商业级别Fortify白盒神器介绍与使用分析

    它通过内置的五大主要分析引擎：数据流、语义、结构、控制流、配置流等对应用软件的源代码进行静态的分析，分析的过程中与它特有的软件安全漏洞规则集进行全面地匹配、查找，从而将源代码中存在的安全漏洞扫描出来，并给予整理报告...= str_replace('%27','',$string); $string = str_replace('%2527','',$string); $string = str_replace('*...','',$string); $string = str_replace('"','"',$string); $string = str_replace("'",'',$string); $string...= str_replace('"','',$string); $string = str_replace(';','',$string); $string = str_replace('<','<',...$string); $string = str_replace('>','>',$string); $string = str_replace("{",'',$string); $string = str_replace

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    MySQL 哈希索引、空间数据索引、全文索引

    1.哈希索引 哈希索引基于哈希表实现，仅支持精确匹配索引所有列的查询。对于每行数据，存储引擎都会对所有的索引列计算出一个哈希码。哈希索引将所有的哈希码存储在索引中，同时保存指向每个数据行的指针。...1.2 适合哈希索引的查询类型 精确匹配所有列 和索引中的所有列进行精确匹配，如查找名字为Julia的客户。...，包括=、IN、； 哈希索引不存储字段值，只包含哈希值和行指针，不能使用索引中的值来避免读取行； 哈希索引不是按照索引值顺序存储的，不能用于排序； 哈希索引不支持部分索引列匹配查找，如在字段(last_name...3.全文索引 全文索引查找的是文本中的关键词，并不是直接比较索引中的值，它是一种特殊类型的索引。全文索引和其他索引的匹配方式完全不一样，更类似于搜索引擎，并不是简单的 where 条件匹配。...哈希索引仅支持精确匹配所有列的查询，在这种查询中，哈希索引是非常高效的，因为哈希索引存储的是哈希值，存储结构非常紧凑。

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