20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装 01 基础软件安装 基础软件安装 ============================================================================================ #java安装 apt-get install openjdk-8-jdk sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
组装得到基因组序列之后,进一步的工作就是探究基因结构。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下:
tabix支持通过浏览器直接连接 ClickHouse,不需要安装其他软件,就可以访问ClickHouse。有两种使用方式,一种是直接浏览器访问配置。另一种是使用ClickHouse内嵌方式。tabix具有以下特点:
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。
我是在17年就听说过Clickhouse,那时还未接触过亿数据的运算,那时我在的小公司对于千万数据的解决方案还停留在分库分表,最好的也是使用mycat做的集群。
这个地方不知道为什么 reads 的 ID 多了后面一个部分。如果利用这个ID再来提取比对上的reads时就得不到结果
这里以Mysql为例。比如说我安装了Mysql,但是不知道文件都安装在哪些地方、放在哪些文件夹里,可以用下面的命令查看所有的文件路径。
其中网页工具和云平台都不是针对专门的生物信息学工程师设计的,因为并不需要使用者会编程语言,所以使用起来非常简单。下面来一一介绍一下它们:
Conda 中包含的软件越来越多,而且软件的不同版本都保留了下来,软件的索引文件越来越大,安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大,导致solving environment越来越慢。
Linux系统中,软件通常以源代码或者预编译包的形式提供。(1)软件源代码需要编译为二进制的机器代码才能够使用,安装比较耗时,不过您可以自行调节编译选项,决定需要的功能或组件,或者针对硬件平台作一些优化。(2)预编译的软件包,通常是由软件的发布者进行编译,您只要将软件拷贝到系统中就可以 了。考虑到预编译软件包的适用性,预编译软件包通常不会针对某种硬件平台优化。它所包含的功能和组件也是通用的组合。
忽略提示。先从第一行开始,一行行run,每run一行观察左下角窗口的输出信息,没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
有一种说法: /usr/local目录类似于windows下的Program Files目录,可以存放用户安装的软件。
比如我在Linux下安装了Mysql,但是现在我要卸载重装,提示卸载失败,有其它的服务或软件如php-mysql-5.1.6-3;mysql-server-5.0.22-2.1依赖于Mysql。我可以加–nopeds来卸载Mysql,但是依赖于Mysql的软件或服务是不是也要卸载?
由 illumina 公司开发,用于突变检测,可以检测 somatic 和 germline ,通常来说,该软件对于小片段的 indel 检测效果比 Mutect2 更好,现在很多文章会使用 Mutect2 + Strelka2 取交集来检测 Somatic Mutation 的方法。这里简单介绍该软件的安装和使用方法。文章发表在 https://www.nature.com/articles/s41592-018-0051-x
Code Composer Studio 是一个集成开发环境 (IDE),简称CCS软件。支持 TI 的微控制器和嵌入式处理器产品的开发。Code Composer Studio 包含一整套用于开发和调试嵌入式应用程序的工具。它包括一个优化的C/C++编译器、源代码编辑器、项目构建环境、调试器、分析器和许多其他功能。直观的IDE提供了单个用户界面,可引导您完成应用程序开发流程的每个步骤。熟悉的工具和界面使用户可以比以往更快地上手。Code Composer Studio将Eclipse软件框架的优势与TI的高级嵌入式调试功能相结合,从而为嵌入式开发人员提供了引人注目的功能丰富的开发环境
Linux下的软件包众多,且几乎都是经 GPL 授权、免费开源(无偿公开源代码)的。这意味着如果你具备修改软件源代码的能力,只要你愿意,可以随意修改。
在GNU/Linux操作系统中,rpm和dpkg是 最为常见的两类 软件包管理工具。 他们分别应用于 RPM 软件包的Linux发行版本和 DEB 软件包的Linux发行版本。
不同ubuntu版本的ISO File: https://cn.ubuntu.com/download 注意: windows虚拟机中的显卡是物理CPU模拟出来的,没有调用物理GPU,所以虚拟机装ubuntu是无法进行深度学习训练。
服务是一些特定的进程,自有服务就是系统开机后就自动运行的一些进程,一旦客户发出请求,这些进程就自动为他们提供服务,windows系统中,把这些自动运行的进程,称为"服务"。
编译(compilation , compile) ,利用编译程序从源语言编写的源程序产生目标程序的过程。编译就是把高级语言变成计算机可以识别的 2 进制语言,计算机只认识 1 和 0,编译程序把人们熟悉的语言换成 2 进制的。
文章目录 (二)Linux嵌入式开发——软件安装(Ubuntu) APP Store APT工具 问题 解决办法1 解决办法2 deb软件包 程序源码 问题1 解决办法 问题2 解决办法 总结 (二)Linux嵌入式开发——软件安装(Ubuntu) 接下来,我们来介绍一下如何在Ubuntu环境下安装软件,我们主要介绍4种下载软件的方式,就让我们来一起看看吧! APP Store 这种方法应该是比较简单的,在APP Store点击下载即可,比较简单,在此就不再介绍了。 APT工具 接下来介绍的是
在过去几年里,研究发现long non-coding RNAs (lncRNAs)在疾病和生物调控过程中扮演着重要角色。但在大量非模式物种中lncRNA的鉴定仍是一项富有挑战性的工作。该工作需要确定的序列信息,注释信息以及构建物种特有的训练集,但具有lncRNA研究所需的足够完整的序列与注释的物种只占很少数。
在 Windows 操作系统中安装软件通常是通过已经编译成功的 exe 文件进行操作,但在 Linux 操作系统中情况就比较复杂。由于自由软件及开源社区的蓬勃发展,许多软件制作者是将源代码发布后,由使用者进行源码编译安装,此过程不仅耗时耗力,而且对使用者的技术有一定要求,无形中提高了软件使用的门槛。
先安装一个 Ubuntu(乌班图)/ Deepin(深度)/ Ukylin(优麒麟) 的桌面版。深度 和 优麒麟 都是 基于Ubunutu 的 国产版,添加了许多人性化的功能、体验友好。形式可以有 U盘启动系统(可参照下文U盘启动系统)、双系统(可参照下文U盘安装盘) 、虚拟机、WSL(Windows Subsystem for Linux)。
where:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
本次教程主要是在Ubuntu 18.04下安装Tensorflow 2.0 GPU版本,大家之前在安装Tensorflow 2.0 GPU版本时,是否经常遇到CUDA、CUDNN安装麻烦的问题,下面呢,我介绍一种可以不用安装CUDA、CUDNN的方法(ps:这些安装自动在conda install tensorflow-gpu==2.0.0安装哦)!
Open source simple business intelligence application and sql editor tool for Clickhouse.
Linux软件管理程序 上一篇文章介绍了使用源码编译的方式安装Linux软件,虽然操作比较简单,但仍有如下不足之处: 1. 源码需要经过编译成二进制文件后才能供系统运行,而编译过程相对比较繁琐; 2. 软件的管理比较散乱,软件的更新、卸载没有统一的管理者。 针对源码安装的缺点,Linux上出现了软件管理程序,统一管理所有软件的安装、更新、卸载。它将当前系统中所安装的软件信息存储起来,这些信息可供用户查询,了解当前系统的软件安装情况,从而方便软件的更新与卸载。 RPM和DPKG 当前Linux上
Linux操作系统以其开放源代码、高度可定制性等特点而备受青睐。在Linux中,包管理器和下载工具是系统维护和软件安装的关键工具。本文通过深入了解yum、apt-get和wget的特性,让大家能够更好地选择适合其需求的工具,提高系统管理和软件安装的效率。
虽然使用源码编译安装可以具有提高速度个性化的定制等优点,但对于 Linux发行商来说,则不容易管理软件包,毕竟不是每个人都会进行源码编译的,如果能够将软件预先在相同的硬体与系统上面编译好在发布的话,不就能够让相同的 Linux 发行版,同时拥有相投的版本了吗,如果再加上简易的安装/移除/管理等机制的话,对于软体控管就会更加简单,大多数现代类 Unix 操作系统都提供了一个集中的软件包管理机制,以帮助用户搜索、安装和管理软件,而软件通常以「包」的形式存储在仓库「repository」中,对软件包的使用和管理被称为包管理,本章我们将介绍 RedHat 系统中为我们提供的解决方案,RPM和YUM包管理机制.
在管理和维护Linux系统时,有一些常用的命令可以帮助您进行系统初始化和配置。这些命令涵盖了各种任务,包括系统设置、用户管理、软件安装和网络配置等。
服务器需要安装服务器版本的操作系统,例如各种 Linux 操作系统,Unix,windows server等。生物软件主要是 Linux 版本,需要安装 Linux 系统。
习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢?
5.2 如何获取目标基因的转录因子(上)——biomart下载基因和motif位置信息
最近在用 Debian 11,之前也用其他的系统:Ubuntu、Manjaro、Fedora、CentOS,都不错,但服务器一直用 Debian,索性把桌面系统也统一了吧。
在一文掌握Conda软件安装:虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移中详细介绍的conda的基本使用和遇到问题的解决方式,也提到了mamba作为一个替代工具,可以很好的加速conda的solving environemnt过程。但有时也会遇到一个很尴尬的问题想用mamba就得先装mamba, 之前通过conda install mamba -n base -c conda-forge有时也会卡在solving environemnt这一步。想用mamba解决solving environemnt,就得先解决安装mamba的solving environemnt。
上课有给练习服务器账号,后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识,到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习,等上完课后,再用自己的账号去处理真实项目数据。
声明:个人觉得文章不错,所以转载过来分享以及自己收藏,只是原出处已经无法查明,只能附上我见文章的地址:
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下
广义的Debian是指一个致力于创建自由操作系统的合作组织及其作品,由于Debian项目众多内核分支中以Linux宏内核为主,而且 Debian开发者 所创建的操作系统中绝大部分基础工具来自于GNU工程 ,因此 “Debian” 常指Debian GNU/Linux。 非官方内核分支还有只支持x86的Debian GNU/Hurd(Hurd微内核),只支持amd64的Dyson(OpenSolaris混合内核)等。这些非官方分支都存在一些严重的问题,没有实用性,比如Hurd微内核在技术上不成熟,而Dyson则基础功能仍不完善。
Linux软件简介 Linux上几乎所有的软件都经过了GPL授权,因此几乎所有的软件都会提供源码。 而一个软件要在Linux上执行,必须是二进制文件,因此当我们拿到软件源码后,需要将它编译成二进制文件才能在Linux上运行。 软件编译过程 将源码编译成可供Linux运行的二进制文件一共需要两步: 1. 使用gcc编译器将源码编译成目标文件 2. 再次使用gcc编译器将目标文件链接成二进制文件 这过程看似简单,实则不然。一个软件的源代码往往被封装在多个源文件中,此外这些文件有错综复杂的依赖关系,
OGG 微服务架构(Microservices Architecture)起始于12.3版本,采用各种服务来管理,通过WEB接口来创建进程、启动进程以及管理底层进程等操作以及具备完善监控功能包括进程、线程等性能数据,以前非微服务架构称为经典架构(Classic Architecture)。
最近有很多朋友问我生信工具安装的问题,对于初学者来说,工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写,有的解压后直接就可以用,有的还要编译,涉及到各种依赖关系。今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。
Mac计算机一向要运行Windows应用程序,都需要安装Parallels Desktop、Wine等虚拟计算机或程序转换工具,但Apple推出了自家制M1芯片的Mac计算机后,这些工具都未能成功过渡。近日原Wine制作商就宣布推出全新“CrossOver”工具,能够将Windows应用程序直接在M1芯片的全新Mac计算机上运行。
CrossOver是一款可以让Mac和Linux系统中正常运行Windows软件的应用程序。它不像虚拟机一样需要安装Windows系统之后才可以安装Windows的应用程序,这一方式给大多数用户带来了方便。通过CrossOver实现跨平台的文件复制粘贴,使Mac/Linux系统与Windows应用良好结合。
网上很多Linux下载软件的方法,看了很多帖子感觉Linux下载软件的方式有很多,每个人都有自己的习惯,对于一个新手来说及其不友好,有时候会看的很蒙。在这里做出总结。
哈喽,大家好呀!这里是码农后端。今天来聊一聊Linux下的yum源及其配置相关的内容。简单来说,yum源就相当于一个管理软件的工具,可以想象成一个很大的仓库,里面存放着各种我们所需要的软件包及其依赖。
安装软件 linux上很多软件安装的时候需要配置环境还要安装一堆依赖的软件什么的,对于负基础的人来说一下子就蒙了,不过站长有个好方法可以帮助大家解决一下燃眉之急~ Talk Less,Show Dry-Goods! 安装miniconda miniconda相对于是R中的bioconductor,相对于ISO App Store,相当于应用商店。你只要用一个命令,搭建环境和依赖软件什么的,这类对于负基础人群来说讨厌的操作,conda通通一次性解决如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器,那么按照如下操作
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