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GigaScience综述:从分类学基因推断微生物功能

而FUNGuild、Tax4Fun v1或FAPROTAX被适度引用,引文数为几百次,其他被引用次数较少,仅为十几次(图7A)。...可用的工具 PICRUSt,PAPRICA,Tax4Fun,Piphillin等。 预测的质量可能取决于工具,也取决于目标生态系统的类型。 结果表排名,无论工具,人类微生物群的预测最佳。...在不同的土壤研究中,PICRUSt质量分数的变动性似乎比Tax4Fun的要低。然而,使用Tax4fun进行的一些土壤研究表明Tax4fun质量较高,只有约30%的OTU未映射到参考数据库。...在目前可用的所有功能推理工具中,PICRUSt和Tax4Fun非常突出。一项对这些工具的基准研究发现,他们在性能方面没有重大差异,特别是对土壤样品。

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