output_file,"w") as fw: for a,b in protein_coding.items(): fw.write(">%s\n%s\n"%(a,b)) 使用方法...python extract_CDS_from_gb.py input.gb output.fasta 第二步:使用diamond将叶绿体的蛋白编码基因与swissprot数据库比对,获得TBtools...-o cp_Protein_coding.xml --outfmt 5 第三步:使用TBtools进行GO注释 需要准备的文件 idmapping.tb.gz 文件比较大 这里推荐一个下载器 https...第二步获得文件 Bhagwa_gene2Go.txt.Level3.count.xls TBtools做GO注释如何具体操作大家可以关注TBtools作者在腾讯课堂开设的一系列视频课程。...这样GO注释就做好了,TBtools也会对应有可视化工具,这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示 library(ggplot2) df<-read.csv("Bhagwa_cp_protein_coding.csv
Lab色彩模型是由照度(L)和有关色彩的a, b三个要素组成。L表示照度(Luminosity),相当于亮度,a表示从红色至绿色的范围,b表示从蓝色至黄色的范围。...如果我们想在数字图形的处理中保留尽量宽阔的色域和丰富和色彩,最好选择Lab色彩模型进行工作,图像处理完成后,再根据输出的需要转换成RGB(显示用)或CMYK(打印及印刷用)色彩模型,在Lab色彩模型下工作...这样做的最大好处是它能够在最终的设计成果中,获得比任何色彩模型都更加优质的色彩。...RGB色彩模式是工业界的一种颜色标准,是通过对红(R)、绿(G)、蓝(B)三个颜色通道的变化以及它们相互之间的叠加来得到各式各样的颜色的,RGB即是代表红、绿、蓝三个通道的颜色,这个标准几乎包括了人类视力所能感知的所有颜色...目前的显示器大都是采用了RGB颜色标准,在显示器上,是通过电子枪打在屏幕的红、绿、蓝三色发光极上来产生色彩的,目前的电脑一般都能显示32位颜色,约有一百万种以上的颜色。
在前几个星期,有位大三非科班的读者的项目经历写的是国外 CS 课程的 lab,也就是课程的实验,并不是什么高大上的项目,他依然拿到了腾讯的实习。...我也邀请这位读者分享他的学习经验和做 lab 的经验。 开车! 我跨专业是如何学CS的 简单概括我的情况。...lab 真的很好,其实 CSAPP 出名的地方同样如此。...lab1 的 mapreduce介绍,这一部分是教你怎么用 git 配置环境的。...下图是 lab1 的LRU模块,告诉你要去实现 src/…/lru_replacer.h 的 victim 函数啊,pin函数啊等等,写的十分清楚。 所以,大家有时间的话,一定要做lab。
这个解决办法,其实随处可见,比如操作系统的文件检索,搜索引擎的网页检索,那么TBtools不也可以搞个功能检索?我之前为什么没想到? 都没时间想,怎么会想到?...正如一个朋友说的,他修学位时根本没有想不开,因为没时间想啊。 于是,既然睡不着,干脆实现了。 TBtools的功能搜索姿势 虽然我自认为,这个功能无需演示。...但为了方便其他人复制或学习 TBtools 的种种特性,还是写详细一点,这样他们即使不打开TBtools,也可以看推文来 Copy and Paste。...首先,更新你的 TBtools 到最新版本,随后打开 TBtools。 ? 可以发现,相比于以前的版本,在右上角有一个明显的搜索框。注意,放大镜图标我是直接从代码画两个圆再画几根线组成的,略丑萌。...于是,以前的打开方式 ? 现在的打开方式 ? 是的,实时出结果。甚至,你不知道 TBtools 是否有某个功能,你可以这样操作, ? 写在最后 每个人都会有很多想法,或聪明或愚蠢。
包括 基因成员的序列特征分析(分子量等电点等) 基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守) 基于domain分析成员结构域的保守型与可视化...(往往已知) 基因结构分析(包括内含子模式) 基因染色体分布情况可视化 新建个文件夹命名基础分析 1 打开下列网址http://web.expasy.org/compute_pi/ 用tbtools转换格式...image.png 打开TBtools ? image.png ? image.png 也可以用 ? image.png ?...image.png domain不怎好看,可以修改hit文件 缺失的序列补回来 另外,可以用下面方式手动修改更好的展示 4 基因结构分析(包含内含子,UTR) TBtools ?...image.png 关注不同,分析不同,形成思考和可能的结论
腾讯AI Lab致力于不断提升AI的理解、决策与创造力,向“Make AI Everywhere”的愿景迈进,当前AI Lab主要包括计算机视觉、语音识别、自然语言处理和机器学习这四个垂直领域。...如果要用一句话来总结腾讯AI Lab的特点,那就是:Lab 里面是自带应用的,这和只专注技术的实验室不一样。...腾讯 AI Lab此次开源,为在中文环境下基于深度学习的自然语言处理(NLP)模型训练提供了高质量的底层支持,推动了在学术研究和工业应用环境下中文NLP任务效果的提升。下图是对相似词检索的结果: ?...以上就是我对腾讯AI Lab的一个小介绍,你准备好你的简历去投给腾讯AI Lab了吗? ?...总结 尽管张潼“千人”已离开腾讯AI Lab,但相信在张正友的带领下腾讯AI Lab能做到Make AI Everywhere,相信中国AI的明天会更好。
开放并完成 TBtools 插件模式,用户通过 Install Plugin 安装 软件分发相对低效,于是我开发 TBtools 插件商店,Plugin Store 尽管有插件商店,但依赖于我个人的小服务器...Plugin 模式,让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本,简单的配置文件编写,TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具,插件使用人员不需要了解甚至知道 R 语言。...,我更进一步,开发的 R 脚本加密模式,当然,这个后面没有真正用起来 终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想:让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。...R Plugin Installation Helper 简单介绍 于是,我还是花了一个中午的时间,开发出来了 R 插件安装助手这一插件。 如果是高速插件商店安装,那么需要重启一下 TBtools。
月间,TBtools随着课题组成员课题的开展和用户群体的需求而得到不小的进化。...TBtools如何获得与安装? 大约是四年前,我开始学Java并开始TBtools的开发。...所有对TBtools感兴趣的用户,均可以加入TBtools使用交流群(群号:562721348),下载到最新公开版本的TBtools。 ?...TBtools的主界面 TBtools的主界面主要分为两大块,菜单栏和功能界面。初始界面为About TBtools,主面板为随机出现的内置英文谚语。...将其应用于TBtools中,我们获得目前多数TBtools的数据可视化功能。 比如Venn图,或者其升级版UpsetPlot ? 如上图,TBtools也有常见的热图工具 ?
很久很久以前,我期望通过 插件模式 让 TBtools 成为更多老师在生信数据分析中的得力助手。...Plugin Store 尽管有插件商店,但依赖于我个人的小服务器,带宽太小,于是我做了优化,开发了,Plugin Store at High Speed 从 TBtools 开发起(2015年),我就希望...,所有人都能来做一些贡献,我想过很多很多方案,最终测试了下 R Plugin 模式,让所有人都能在 TBtools 中分发自己撰写的 R 语言脚本,简单的配置文件编写,TBtools 即可自动辅助打包成界面化工具...,我更进一步,开发的 R 脚本加密模式,当然,这个后面没有真正用起来 终于,我们还是积累了一些 TBtools R Plugin 的用户,而他们常常会遇到一个问题,那就是 TBtools 的 R 插件本身是...这两日,看到 TBtools 老铁又写了两三个 TBtools R Plugin,多少觉得不能辜负大伙的努力和付出。有必要完成原本的设想:让 TBtools R Plugin 没有安装失败的可能。
TBtools 中多种热图可视化方式 TBtools中,我们提供过数种热图的展示方式, 第一种,常规的热图,适用于 少基因X少样品 的数据 这种热图,四四方方,其实在TBtools里面,可以有不少变化,...无论怎么可视化,这类热图能展示的表达矩阵,仍然很少。所以在基因数达到数十或者上百之后,TBtools中有提供了掰弯的热图或者说,环形热图。...目前市面上,我自认为暂时就TBtools一个工具,也是第一个,是以热图工具为中心开发的环形热图,如果说之前已经有,那么那些都是以进化树注释为中心开发的。...进化树注释功能,TBtools也有,对应的也有简单版本的热图Track【注:功能明显有限】。如果说,还有其他工具可以做了,那么他们都只是追随者。...突然想起来,TBtools 的 Logo,其实就像一个热图。 既然有了CubicHeatMap, 那么我们完全可以做一组数据,就画 TBtools 的 Logo ?
新建文件夹进化分析1 包括 1多序列比对与可视化 Mega(Muscle)进行序列比对,JalView进行多序列比对结果的可视化 2进化树构建与可视化 氨基酸替代模型的选择,构建ML进化树(注意比对结果修剪参数...image.png 2进化树构建与可视化 2.1氨基酸替代模型的选择 2.2构建ML进化树 用最大似然法构建进化树 先建立模型, ? image.png ? 用时会比较长,会不断计算模型 ?...同一个分支上的motif模式应该很相似,如果不是,考虑是否序列不完整,没注释好可以补正后再进行重新分析。 暴力的方法是直接删除可疑成员,不建议!...下面这张图是视频课中的拟南芥的图,可以看出motif非常整齐,每个分支更加整齐。 ? image.png 4从进化水平分析domain ? 结果如下: ?...image.png 另外,TBtools支持环形展示 ? image.png 5从进化水平分析基因结构变化 ? image.png 也可以环形展示 ? image.png 6合并分析以上三者 ?
很明显,TBtools就是这样一个体现。而他的开发,却被一部分人误解(我其实甚至不知道误解我个人出发点的那部分人是否有自己对生物信息的认知)。...TBtools的存在,名义上是为了湿实验工作者开发,实际上则是为了在是实验室工作的干实验工作者开发。每一个课题组,每个人都有擅长的事情;通力合作,各取所长,才是整体前行的最大助力。...于是,我小修了MEME和MAST的源码,并编译,随后打包到了TBtools。 于是,所有人都可以自己跑了,即是你在windows下。...;如果是windows用户,直接TBtools.exe安装器安装即可 使用的示例数据输入为拟南芥的126个MYB蛋白(注意,核酸序列也可以),运行时间大体是2min,序列越多,时间则指数型增长。...ua3ooabd3k.png] 其中meme.txt文件,直接用文本编辑器打开,即可看到类似MEME suite网页版运行结果的纯文字版本; 而meme.xml文件可以直接用于TBtools做可视化 [
基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出,勉强应付得了林林总总的成员使用问题。...当然,前几天去跑去学校西园吃饭的时候,一个人也没事干,稍微刷了下历史消息,总结: 最近新手太多 问题绝大多数为新手问题,而且他们基本没看过《生信札记》推文 总的来说,绝大多数 TBtools 功能,我实现之后...举个例子 问,为什么我用 TBtools 计算 KaKs,有不少值是NaN 答,翻公众号历史推文.... 多少找找,可以找到 [1240] 当然,这个回答是对的。但是多少略显麻烦。...我的有趣想法 对于这类实现简单,但是想法有趣的经历,在TBtools开发上,我有过至少三次: 插件实现模式 - 目前不少人在用的 TBtools-Plugins,在此基础上,也才有现在的 RNAseq...“功能检索”的功能,没错,就在 TBtools 主界面的右上角,有个放大标签,输入某个字符串,比如 Heatmap,就会有下滑功能菜单项,可以点击直接进入,不用翻菜单。 于是,现在新的这个是第四个。
功能界面介绍 TBtools 这个子工具的功能,比较稳健和丰富。可以先看看界面的主要组成。...**GFF3/GTF文件 - 基因结构注释信息**,此处是 TBtools 最有趣的地方。用户当然可以提供只包含某些基因的文件,比如某个家族的所有成员的基因结构信息。...**,相应的, TBtools 需要用户至少给 ID 列表,或者进化树。...因为 TBtools 会基于这些IDs信息,自动提取出对应的基因结构,随后可视化。 [1240] 当然,更多时候,我们希望是按照进化树的顺序来。...Emmm,TBtools在开发的时候,一直追求的是ID的统一性,但在最后图稿上,一般用户都希望是可以替换成自己喜欢的名字。比如做一个简单的。
,as属性定义了资源的类型。...下面是一些在使用preload时应该遵循的最佳实践: 只预加载必要的资源。...预加载过多的资源可能会导致网站的加载时间变慢,甚至浏览器崩溃。 确保资源的类型正确。在使用preload时,一定要准确地指定资源的类型,这有助于浏览器在预加载时正确地处理资源。...使用正确的crossorigin属性。如果预加载的资源来自不同的域名,一定要使用正确的crossorigin属性,否则可能会导致跨域访问问题。...总结 preload是一个非常有用的工具,可以帮助我们提高网站的性能和用户体验。通过预加载资源,我们可以在页面加载之前提前加载必要的资源,以确保页面的快速加载和流畅运行。
对于进出本主机访问某特定服务的连接基于规则进行检查的一个访问控制工具,这个访问控制工具以库文件形式实现;某进程是否接受libwrap的控制取决于发起此进程的程序在编译时是否针对libwrap进行编译的。...tcpwrapper的作用是对基于tcp的程序进行安全控制。它通过使用/usr/sbin/tcpd这样一个进程来代为监听任何一个使用了tcpwrapper的发起连接的tcp请求。...B.每个文件中的各项规则是由上到下被读取的,第一个匹配的规则是唯一被应用的规则.因此,规则的排列顺序极其重要. ...和/etc/hosts.deny文件的格式是完全相同的.每个规则都必须位于其正确的行位.空行或以井字号(#)开始的行会被忽略. ...有关可用扩展式的更完全的解释,以及对附加的访问控制选项的更完全的解释,可参阅man page的第五部分,查看hosts_access(man 5 hosts_access)和hosts_options.
DirBuster是Owasp(Open Web Application Security Project )开发的一款专门用于探测网站目录和文件(包括隐藏文件)的工具。...由于它是使用Java编写的,所以电脑中要装有JDK才能运行。 点击Options—Advanced Options打开如下配置界面 ?...然后在Number Of Threads中配置线程数,这个以自己的机器为准,我们选择25.在Select scanning type中选择扫描类型,我们选择默认。...其次点击Browse选择字典,点击后会列出一些DirBuster自带的字典,我们随便选择一个去尝试(至于其他的字典我就不一一例举出来了)。...剩余的选项选择默认配置就好,做好这些我们点击Start即可开始扫描: ? 扫描完成之后,查看扫描结果。这里的显示方式可以选择树状显示,也可以直接列出所有存在的页面。 ?
pip install black isort # Install the extension $ pip install jupyterlab-code-formatter 通过Jupyter Lab...4、添加虚拟环境 使用以下命令将虚拟环境作为内核添加到Jupyter Lab,这样就可以作为一个选项出现在Launcher或内核列表的右上角: $ pip install ipykernel $ ipython...kernel install --user --name=new_or_existing_env_name 注意:以上代码需要在你需要添加的虚拟环境使用,而不是jupyter lab的环境 5、像运行脚本一样运行...6、分割编辑器窗口 Jupyter Lab的窗口以标签的形式展示,我们一次可以打开好几个编辑窗口,并且可以拖动窗口,将编辑器窗口分割,演示如下: 7、随时查看文档 有三种方法可以直接从编辑器中查找几乎任何函数或魔法命令的文档...使用winsound内置Python库,可以在Jupyter Lab上模仿该功能: import winsound # Create a beep that lasts five seconds
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。...支持按字体的方式去动态调整图标大小,颜色等等。 但是因为是字体,所以不支持多色。只能使用平台里单色的图标,就算项目里有多色图标也会自动去色。...不过因为本质上还是使用的字体,所以多色图标还是不支持的。...,也是平台目前推荐的用法。...浏览器渲染svg的性能一般,还不如png。 使用步骤如下: 第一步:引入项目下面生成的symbol代码: <script src=".
换了公司之后发现有一些之前的资料找不到了,所以还是老老实实的写上来吧~~ 添加步骤 第四步的代码如下(注意路径不要留空格): expr (Class)NSClassFromString(@"IBARevealLoader
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云