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TCGA数据库在线使用
最近做培训时整理的一部分tcga相关数据库的使用总结。 在线数据库更新改版都比较快，使用时需要参照最新的线上数据教程。 不过癌症相关的数据库操作起来也都比较类似，输入一个或多个关注的目的基因，查看基因的功能注释，基因在哪些样品中存在突变，突变位点的分布，共表达网络，生存分析等。 本文包括了tcga本站中...
TCGA数据库：miRNA数据下载与整理
tcga官网：https:portal.gdc.cancer.gov至于使用教程，可阅读之前的文章：tcga数据库使用教程。 关于mirna的基础知识可参考文章：医学科研实验基础知识笔记（十一）:非编码rna。 关于下载的方式很多，也可以参考差异分析的视频，特别是r包(r语言课程），后续会不段深入介绍，不过这里，我们介绍网页在线下载后自己...
TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍
也可以自己找教程自学，网上教程很多，学习了r以后，我们就的真正的去了解tcga数据库，我们之前的文章：tcga数据库使用教程对该数据库进行了详细的介绍，不了解该数据库的同学可以先了解网页版的使用。 使用r语言挖掘tcga数据，可以用的包很多，比如gdcrnatools包，以及之前我们介绍过的tcga-assembler包...
TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例
另外，将barcode的组成从层次结构（树）来看，是这样的：? 可参考 https:docs.gdc.cancer.govencyclopediapagesimagestcga-tcgabarcode-080518-1750-4378.pdf二、数据下载准备首先，默认读者已经掌握了tcga数据库网页版的使用，如果对该数据库的使用还有问题，请参考文章：tcga数据库使用教程。 然后，我们解释不同的...
使用curatedTCGAData下载TCGA数据库信息好用吗
好久没有写tcga数据库教程了，因为tcga计划早在2017年就陆陆续续停止了，我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。 我三年前的tcga教学视频课程b站地址：https:www.bilibili.comvideoav49363776售后文档记录 https:docs.qq.comdocdykvzumzlwlhrrxvz请先通读文档后再发问我这边备份的tcga数据来源于xena，ucsc的，都...
TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据
前些天被tcga的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些tcga教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计二十篇左右的笔记——jimmy往期目录如下： 使用r语言的cgdsr包获取tcga数据 ? 第二篇目录- tcga数据源- r包rtcga的简单介绍- 首先安装及加载包-指定任意基因从任意癌症里面获取...
TCGA的28篇教程-GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手
通常我们在挖掘tcga数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果，比如说乳腺癌吧，1200个左右的转录组数据，其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据，只有区区100个左右的正常对照。 这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量，既然tcga...
TCGA的28篇教程- 对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析
使用r语言的rtcga包获取tcga数据 （离线打包版本）tcga的28篇教程-使用r语言的rtcgatoolbox包获取tcga数据 （firebrowse portal）tcga的28篇教程-批量下载tcga所有数据 （ ucsc的 xena）tcga的28篇教程-数据下载就到此为止吧tcga的28篇教程- 指定癌症查看感兴趣基因的表达量本教程目录:首先使用cgdsr获取表达数据集...
基因芯片数据分析（一）：芯片数据初探
arrayexpress数据库(https:www.ebi.ac.ukarrayexpress)，和tcga数据库(https:cancergenome.nih.gov)等等，记录和储存着大量芯片相关的数据，其中geo数据库是目前最大最全的数据库，可供科研人员查询和下载相关数据。 我们还有tcga数据库的使用教程：tcga数据库使用教程。 可供初学者学习，我们之前也有tcga数据挖掘的...
TCGA的28篇教程- 使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据
前些天被tcga的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些tcga教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计28篇教程！ ——jimmy往期目录如下：使用r语言的cgdsr包获取tcga数据 tcga的28篇教程- 使用r语言的rtcga包获取tcga数据 ? 第二篇目录tcga数据源背景知识了解并获取firebrowse的...
手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第三期
各位科研芝士的朋友好，前两期我们讲解了snp的基础知识和数据库使用，今天我们继续聊snp数据的下载tcga网址亮出：https:portal.gdc.cancer.gov ? 我们点击repository，进入下面的界面：? 接着我们点击case，选择我们需要研究的癌症，比如喉癌larynx? 同时，我们可以在右侧方框看到我们每次点击的内容，记录了我们挑选...
TCGA的28篇教程-数据挖掘三板斧之ceRNA
使用r语言的rtcgatoolbox包获取tcga数据 （firebrowse portal）tcga的28篇教程-批量下载tcga所有数据 （ ucsc的 xena）tcga的28篇教程-数据下载就到此为止吧tcga的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量tcga的28篇教程-对tcga数据库的任意癌症中任意基因做生存分析tcga的28篇教程-整理gdc下载的xml格式的临床资料...
手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第五期
这是由 broad研究所开发的用于tcga数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cbioportal。 该网站在tcga数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用tcga这个资源丰富的数据库。 毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。 下面我们就进入正题，网站主页是这样的： ?...
手把手学习TCGA数据库：SNP突变分析第四期
各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，今天我们的主题是利用cbioportal及ucsc-xena数据库在线下载tcga_snp数据第一部分cbioportal数据库这是一个专业分析tcga数据的网站，相信很多肿瘤研究方向的老师同学都不陌生。 网站在tcga数据可视化中做的很不错，可以直观的看到数据以图和表的方式呈现，帮助大家更好使用tcga...
使用MA Anderson御用软件SpliceSeq对TCGA数据库的RNA-seq找可变剪切
《systematic evaluation of differential splicing tools for rna-seqstudies》exon-based (dexseq, edger, junctionseq, limma),isoform-based (cuffdiff2, diffsplice)event-based methods(dsplicetype, majiq, rmats, suppa).spliceseq产生的可变剪切数据库其实maanderson已经使用御用软件spliceseq对tcga数据库...
TCGA的28篇教程-早期泛癌研究
使用r语言的rtcgatoolbox包获取tcga数据 （firebrowse portal）tcga的28篇教程-批量下载tcga所有数据 （ ucsc的 xena）tcga的28篇教程-数据下载就到此为止吧tcga的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量tcga的28篇教程-对tcga数据库的任意癌症中任意基因做生存分析tcga的28篇教程-整理gdc下载的xml格式的临床资料...
零代码下载TCGA数据库第四期：Fire Browse工具
fire browse（http:firebrowse.org），这是由 broad研究所开发的用于tcga数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cbioportal。 该网站在tcga数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用tcga这个资源丰富的数据库。 毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。 下面我们...
使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据
前些天被tcga的终结新闻刷屏，但是一直比较忙，还没来得及仔细研读，但是笔记本躺着的一些tcga教程快发霉了，借此契机好好整理一下吧，预计二十篇左右的笔记——jimmy? 第一篇目录tcga数据源查看有多少不同的癌症数据集查看任意数据集的样本列表方式查看任意数据集的数据形式选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因...
给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么
tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么？ 大家应该是都知道，tcga数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：dna sequencingmirna sequencingprotein expression arraymrna sequencingtotal rnasequencingarray-based expressiondna methylationcopy number...
手把手教你用R语言下载TCGA数据库：TCGAbiolinks
各位科研芝士的朋友，大家好，tcga这块大蛋糕，不同的人总会用不同的工具来切分这个蛋糕，今天我们继续分享关于tcga数据下载的专题，今天我们继续聊聊tcga的江湖，在tcga的武林里，总有一个出类拔萃的佼佼者神包——tcgabiolinks。 tcgabiolinks是gdc官方推荐了一款第三方工具，通过gdc官方api下载数据，保证数据的...
