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使用Tidyr重塑数据

虽然R存在许多基本数据处理函数,但它们至今仍有一点混乱,并且缺乏一致编码和容易地将流一起能力。这导致很难记忆和操作。因此我们需要更有效代码、更容易记住语法和易于阅读语法。...而tidyr正是一个这样,它唯一目的是简化创建[tidy data]过程。...本教程使您基本了解tidyr提供数据整理四个基本功能: [gather()]宽数据转化成长数据 [spread()]长数据转变成宽数据 [separate()]将一列数据拆分为多列 [unite()...]将多列数据合并为一列 install.packages("tidyr") library(tidyr) 管道函数%>%运算符将值或表达式结果转发到下一个函数表达式。...当执行多个函数时,它优势就变得显而易见。

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使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵(01)矩阵构建进化树

线性泛基因组相关论文通常会获得基因存在缺失变异矩阵,接下来会使用这个矩阵构建进化树,今天推文介绍一下使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵(0/1)矩阵构建进化树代码 iqtree软件可以直接使用...conda进行安装 如果是0/1矩阵作为输入数据,iqtree需要用到格式是phy这个格式 http://www.iqtree.org/doc/Tutorial image.png 我们那到基因存在缺失变异矩阵通常格式是...select(-c(2,3)) %>% column_to_rownames("Orthogroup") %>% t() %>% as.data.frame() %>% unite...这里有一个小知识点,R语言里把数据框所有列合并成一列,可以用tidyrunite函数。...把一列拆分成很多列可以用separate函数,参考这个链接 https://tidyr.tidyverse.org/reference/unite.html 这里示例数据集来源于论文 Aspergillus

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R基础实操—tidyverse

核心软件是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据功能。...其中,readr用于读取数据,tidyr用于整理数据,dplyr用于数据转换,ggplot2用于数据可视化,purrr用于函数式编程。...1 readr:快速读写 1-1 readr提供了几个新函数,能够更快读取文件 readr主要函数有: read_csv,read_tsv,read_table,read_delim, write_csv...:整理数据 2-1 tidyr提供了几个新函数,能够有效整理数据 gather(): makes “wide” data longer spread(): makes “long” data wider...有效数据操作 3-1 tidyr提供了几个新函数,能够有效操作数据 filter() picks cases based on their values. select() picks variables

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数据处理R

教程,可以参考dplyr官方文档:https://www.rdocumentation.org/packages/dplyr 3.2.3 tidyr 在数据整合过程tidyr主要用于处理dataframe...tidyr主要涉及:gather(宽数据转为长数据),spread(长数据转为宽数据),separate(多列合并为一列)和unite(将一列分离为多列) (1)gather 使用gather()函数实现宽表转长表...(3)unite tidyr中提供了unite函数,可以将列,变量以某种形式合并为一列,一个变量 unite语法如下: unite(data, col, sep = "_", remove = TRUE...Lubridate可以减少在R操作时间变量,内置函数提供了很好解析日期与时间便利方法。lubridate 是 Hadley Wickham开发用于高效处理时间数据 R 。...可以方便与ggplot进行涂层叠加,实现在R地图绘制需求。 ggmap函数 get_map:ggmap中最基本函数,用来下载地图。 geocode:用来返回某地经纬度。

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左右用R右手Python9——字符串合并与拆分

接下来跟大家大致盘点一下在R语言与Pyhton,常用字符串分割与合并函数。...R语言: 字符串向量: 针对向量: strsplit #针对字符串向量(拆分) str_split #针对字符串向量(拆分)stringr函数 paste #针对向量合并 针对数据框...: unite #合并数据框某几列 separate #将数据框某一列按照某种模式拆分成几列 R语言: library(dplyr) library(stringr) library...separate函数是配对函数,内部参数严格白痴对称,第一个参数数要操作数据框名称,第二个参数是合并后新列名(或者待拆分列名),第三部分是待合并列名向量(拆分后新增列名),sep是拆分(合并...::unite tidyr::separate Python: 拆分: .split 合并: “+” join

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tidyverse

《R 数据科学》电子书:https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 重构了 R 语言处理数据语法,比默认 R 函数更加方便,相当于一套新语法,使用起来更加方便...tidyr 与 dplyr 是用 R 语言中用来处理各种数据整合分析,可以说是 R 数据整合“瑞士军刀”,tidyr 负责将数据重新整合,dplyr 可以完成数据排序,筛选,分类计算等都等操作...官网:https://www.tidyverse.org/ 一、tidyr 数据整理 tidyr 用于将数据重新整合,替代之前 reshape 和 reshape2 ,用于数据重塑与聚合...tidyr 之前版本主要包含以下几个重要函数: gather:宽数据变成长数据; spread:长数据变成宽数据; unite:将多列按指定分隔符合并为一列...目前最新版本主要提供 pivot_longer,pivot_wider 等函数

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R语言字符串处理①R语言字符串合并与拆分

R基础字符串处理函数 nchar paste strsplit tolower toupper casefold chartr gsub sub substr substring grep grepl...regexpr Rstringr 字符串处理学习思路 拼接 对应拼接,如 (‘a’,’b’)+(‘c’,’d’) → (‘ac’,’bd’) 多拼为一,如 (‘a’,’cd’,’m’)...{根据位置 根据pattern(正则表达式)}}") R语言字符串合并与拆分 针对向量 strsplit #针对字符串向量(拆分) str_split #针对字符串向量(拆分)stringr函数...paste #针对向量合并 针对数据框 unite #合并数据框某几列 separate #将数据框某一列按照某种模式拆分成几列 a <- c("2016-...根据位置 根据pattern(正则表达式)} 提取->{根据位置 根据pattern(正则表达式)}}") library(dplyr) library(stringr) library(tidyr

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JavaScript匿名函数函数

2、闭英文单词是closure,这是JavaScript中非常重要一部分知识,因为使用闭可以大大减少我们代码量,使我们代码看上去更加清晰等等,总之功能十分强大。...闭含义:闭说白了就是函数嵌套,内层函数可以使用外层函数所有变量,即使外层函数已经执行完毕(这点涉及JavaScript作用域链)。...x , y) * } * , time); * } */ 3、举例 匿名函数最大用途是创建闭(这是JavaScript语言特性之一),并且还可以构建命名空间,以减少全局变量使用。...alert(one); } outer = inner; })(); outer(); //2 outer(); //3 outer(); //4 这段代码变量...4、注意 4.1 闭允许内层函数引用父函数变量,但是该变量是最终值 示例六: /** * * * one * two * <li

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tidyverse:R语言中相当于pythonpandas+matplotlib存在

tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写整理成了一整套数据处理方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats...library(tidyverse) #加载以下tidyverse核心packages: ggplot2:画图,可视化数据 dplyr:操控数据,过滤、排序等 tidyr:清理数据 readr:(...从文件读取数据 purrr:(提供好用编程函数 tibble:data.frame升级款 stringr:处理字符,查找、替换等 forcats:处理因子问题 ?...——将左侧值应用到右侧数据data位置 管道函数在tidyverse,管道符号是数据整理主力,可以把许多功能连在一起,而且简洁好看,比起R基本代码更加容易阅读!...tidyr下述四个函数用法 5.1 宽数据转为长数据:gather (excel透视表反向操作) 5.2 长数据转为宽数据:spread (excel透视表功能) 5.3 多列合并为一列:unit

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理解Python函数

函数和其相关引用环境组合而成实体。闭允许函数访问其创建时所在作用域中变量,即使在其定义之外被调用时仍然有效。这种特性使得闭能够维持一个变量状态,并且可以在函数调用之间保持持久性。...以下是一个简单案例说明闭概念:def outer_function(outer_var): # 在内部函数 inner_function 引用外部函数变量 outer_var def...outer_var,然后定义了一个内部函数 inner_function,在内部函数引用了外部函数变量 outer_var。...在闭,inner_function 计算了 inner_var + outer_var,这里 outer_var 保持了其原始状态 10,因此 5 + 10 = 15。...这个例子展示了闭概念,闭使得内部函数可以访问外部函数变量,并保持了这些变量状态,从而实现了在函数调用之间共享和保持状态功能。

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Go匿名函数与闭

关键词: 函数式编程 闭 匿名函数 匿名函数特别适合作为函数或方法回调 在Go函数是一等公民,和string,int等一样。.../ 闭 与 普通函数区别 在(普通)函数里面定义一个内部函数(匿名函数),并且这个内部函数(匿名函数)用到了外面(普通)函数变量,那么将这个内部函数和用到一些变量统称为闭 在闭,既有函数,...,所以全局变量不能随便修改从而在函数使用受到一定局限性 ---- 匿名函数和闭关系 简单来说匿名函数是指不需要定义函数一种函数实现方式。...[1] 当参数是匿名函数 参考下方[回调函数:闭可以用作回调函数(例如在异步编程,可以捕获外部函数上下文) && 高阶函数:闭可以用作高阶函数参数,并在调用时返回新函数?...例如在异步编程,可以捕获外部函数上下文) && 高阶函数:闭可以用作高阶函数参数,并在调用时返回新函数

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javascript函数toString方法

: 闭可以理解为定义在一个函数内部函数函数A内部定义了函数B, 函数B有访问函数A内部变量权力; 闭函数和子函数之间桥梁; 举个例子: let func = function...(返回),那么闭效用也还是在 接着看这个例子: let func = function() { let firstName = 'allen' let innerFunc = function...;还记住了这个内部函数所在环境 就算让这个内部函数引用它函数入参,它也能引用到!...setName, getName } } let obj = func(); obj.getName(); obj.setName(); obj.getName(); 输出结果为: allen kivi 函数...}); func(); 输出:123 这是正常, 因为:bind方法产生了一个新函数,并且给产生这个新函数绑定了this,在这里this就是{x:123} 如果调用 func.toString

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python函数嵌套、函数作为变量以及闭原理

理解:在inner函数,python解析器需要找一个叫name本地变量,查找失败后会继续在上层作用域里面寻找,这个上层作用域定义在outer函数里,python函数可以访问封闭作用域。...例,inner作为一个函数被outer返回,保存在变量res,并且还能够调用res()。为什么能调用呢?...这就回到了我们这个问题上了,python支持一个叫函数特性。啥是闭?如果一个函数定义在另一个函数作用域内,并且引用了外层函数变量,则该函数称为闭。...上例inner()函数就是一个闭,它本身也是一个函数,而且还可以访问本身之外变量。...,才是闭包在上边例子,相对于inner来说 ,outer函数就是它得全局变量,就好像你存粹写个函数会用到函数外面环境定义得全局变量一样 ,都是相对概念通俗理解就是:里面函数执行 ,需要用到外面函数一个变量

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谈谈PHP和匿名函数

是指在创建时封装周围状态函数。即使闭所在环境不存在了,闭中封装状态依然存在。 匿名函数就是没有名称函数。匿名函数可以赋值给变量,还能像其他任何PHP对象那样传递。...不过匿名函数仍是函数,因此可以调用,还可以传入参数。匿名函数特别适合作为函数或方法回调。 注意:理论上讲,闭和匿名函数是不同概念。不过,PHP将其视作相同概念。...所以,我们提到闭时,指也是匿名函数,反之亦然。 PHP闭和匿名函数使用句法与普通函数相同,但闭和匿名函数其实是 伪装成函数对象(Closure类实例) 。...使用闭 我们通常把PHP闭当做当做函数和方法回调使用。...因此,闭可以访问绑定闭对象受保护和私有的成员变量。

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