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肿瘤免疫浸润评估资源—TIMER

今天我们介绍另一个交互式web工具—TIMER,能够全面、灵活地分析TIICs并可视化。 背景介绍 同一类型肿瘤的不同患者的免疫浸润具有异质性,可能影响临床结果。...为方便研究肿瘤免疫和基因组数据,TIMER应用反褶积方法从基因表达谱中推断TIICs的丰度,重新分析了TCGA的32个癌症类型的10897个样本的基因表达数据,估计6个TIIC亚群(B细胞、CD4+T细胞...Figure 1:TIMER模块概述。...TIMER2.0要求用户指定基因的“深度缺失”或“高扩增”改变状态,以与“二倍体/正常”状态进行比较。看下边两个热图表和小提琴图,不同sCNA状态下的免疫浸润分布有很大差别。...TIMER三大功能模块的直观输入和输出,对多癌型中特定基因和免疫细胞互作分析进行简化,更便于应用,为肿瘤免疫研究提供了一个全面的分析网络工具,你get了吗?

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TIMER+TISIDB分析肿瘤免疫浸润

Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性; cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一); STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二); TISIDB/TIMER...分析肿瘤免疫特征(机制三)。...我们介绍过,TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器,但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么,怎样用好肿瘤免疫数据库呢?这篇文章以前分享过,值得重新学习。影响因子4分+。 ?...作者把肿瘤免疫分析的两个数据库——TIMER和TISIDB结合使用,阐释AQP9差异表达与肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的相关性。肿瘤的免疫微环境是研究热点,也与文章的脉络和主题相承,值得学习和借鉴!

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    TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

    TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件,输入肿瘤样本的基因表达谱数据,预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成,支持以下6种免疫细胞的分析 B cell CD8+ T cell CD4+ T cell...,所有的结果整理成了一个综合性的网站,网址如下 https://cistrome.shinyapps.io/timer/ 对应的文章链接如下 http://cancerres.aacrjournals.org...SCNA 探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞拷贝数的相关性,通过该基因的拷贝数情况将样本分为四类,比较四类样本间浸润的免疫细胞分布情况,结果示意如下 ? 5....Estimation 上传自己的基因表达谱数据,利用TIMER算法预测样本中免疫细胞的组分,示意如下 ? 上传的表达谱文件内容如下 ? 软件的输出结果示意如下 ?...TIMER不仅仅可以预测肿瘤样本的免疫细胞浸润情况,还可以TCGA不同肿瘤中免疫细胞浸润与基因表达,体细胞突变/拷贝数变异等的关联,功能强大,其分析的思路也值得借鉴。

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    生信分析44.肿瘤免疫浸润与乳腺癌(TIMER+oncomine))

    Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性; cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一); STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二); TISIDB/TIMER...分析肿瘤免疫特征(机制三)。...从侧面反映,肿瘤的免疫浸润分析,仍然是热点,还有发表论文的机会和潜力。 ? 题目一如既往的包括预后价值和免疫浸润表型;肿瘤类型是乳腺癌,女性第一大癌。...从表达差异、到生存分析,再到相关性分析,最后是免疫浸润分析。思路和逻辑明确。 ? 首先是用oncomine+TIMER双确认形式阐释表达差异。...最后,作者用TIMER数据库探索乳腺癌(包括亚型)中,JAK1表达与肿瘤中免疫细胞浸润情况的相关性。这是TIMER数据库免疫浸润分析的显著特征,前面已经多次分享,值得借鉴和学习。

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    【Android 异步操作】Timer 定时器 ( Timer 与 TimerTask 基本使用 | Timer 定时器常用用法 | Timer 源码分析 )

    文章目录 一、Timer 定时器基本使用 二、Timer 定时器常用用法 三、Timer 源码分析 四、Timer 部分源码注释 五、源码及资源下载 参考文档 : Timer 定时器 API 文档 TimerTask...定时器任务 API 文档 一、Timer 定时器基本使用 ---- Timer 可用于执行延迟任务或循环任务 ; 下面是定时器最基本用法 ; 1 ....Timer 定时器基本使用 : 创建 Timer 定时器 : 调用构造函数创建定时器 Timer timer = new Timer() ; 分配 TimerTask 定时器任务 : 调用定时器的 schedule...代码示例 : private void timer(){ // Timer 可用于执行延迟任务或循环任务 Timer timer = new Timer();...Timer 定时器构造函数 : ① 创建默认定时器 : 默认以 “Timer-序列号” 作为定时器线程名称 ; public Timer() { this("Timer-" + serialNumber

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    TimerTask(addin timer语音)

    其实就Timer来讲就是一个调度器,而TimerTask呢只是一个实现了run方法的一个类,而具体的TimerTask需要由你自己来实现,例如这样: Timer timer = new Timer();...1000); 这里直接实现一个TimerTask(当然,你可以实现多个TimerTask,多个TimerTask可以被一个Timer会被分配到多个Timer中被调度,后面会说到Timer的实现机制就是说内部的调度机制...接下来看源码 首先看Timer的构造方法有几种: 构造方法1:无参构造方法,简单通过Tiemer为前缀构造一个线程名称: public Timer() { this("Timer-" + serialNumber...public Timer(boolean isDaemon) { this("Timer-" + serialNumber(), isDaemon); } 另外两个构造方法负责传入名称和将timer...可以,任何东西是否是多线程完全看个人意愿,多个Timer自然就是多线程的,每个Timer都有自己的线程处理逻辑,当然Timer从这里来看并不是很适合很多任务在短时间内的快速调度,至少不是很适合同一个timer

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    ScheduledExecutorService和timer的异同

    先来个传统的Timer的例子: package com.jerry.concurrency;   import java.text.ParseException;   import java.text.SimpleDateFormat... {   public static void main(String[] args) throws ParseException {           Timer myTimer = new... Timer();           myTimer.schedule(new Worker(), 1000);//1秒后执行 //      2012-02-28 09:58:00执行         ...+"时间是:"+new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd HH:mm:ss").format(new Date()));       }   }   传统的timer的缺点...:Timer对任务的调度是基于绝对时间的;所有的TimerTask只有一个线程TimerThread来执行,因此同一时刻只有一个TimerTask在执行;任何一个TimerTask的执行异常都会导致Timer

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