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  • TIMER做免疫浸润分析(临床意义)

    TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况,主要提供B cells, CD4+ Tcells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况。TIMER网站分7个模块,其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示,第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估。?基因模块,输入基因、肿瘤类型后,submit即可。 ?存活率模块。设定肿瘤类型,临床参数,免疫细胞类型和基因,还可以设定患者比例,存活时间,各种组合在一起,可以出很多图和表。功能强大。?突变模块,此部分内容相对局限,只有部分常见的突变基因列出。?比较起来,其实TIMER比TISIDB更简单,因为TISIDB的数据需要判断后选择可用的数据。在进行肿瘤免疫浸润分析时,最好能多角度分析。
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  • TIMER:肿瘤浸润免疫细胞分析的综合网站

    TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件,输入肿瘤样本的基因表达谱数据,预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成,支持以下6种免疫细胞的分析B cellCD8+ T cellCD4+ T cellMacrophageNeutrophilDendriticMutation探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞突变的相关性,利用是否包含该基因的突变将肿瘤样本分为野生型和突变型两类,比较两类样本间浸润的免疫细胞分布情况,结果示意如下?4.SCNA探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞拷贝数的相关性,通过该基因的拷贝数情况将样本分为四类,比较四类样本间浸润的免疫细胞分布情况,结果示意如下?5.Estimation上传自己的基因表达谱数据,利用TIMER算法预测样本中免疫细胞的组分,示意如下?上传的表达谱文件内容如下?软件的输出结果示意如下?TIMER不仅仅可以预测肿瘤样本的免疫细胞浸润情况,还可以TCGA不同肿瘤中免疫细胞浸润与基因表达,体细胞突变拷贝数变异等的关联,功能强大,其分析的思路也值得借鉴。
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  • TIMER+TISIDB分析肿瘤免疫浸润

    Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性;cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一);STRING互作和GOKEGG分析探讨可能的信号通路(机制二);TISIDBTIMER分析肿瘤免疫特征我们介绍过,TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器,但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么,怎样用好肿瘤免疫数据库呢?这篇文章以前分享过,值得重新学习。影响因子4分+。?作者把肿瘤免疫分析的两个数据库——TIMER和TISIDB结合使用,阐释AQP9差异表达与肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的相关性。肿瘤的免疫微环境是研究热点,也与文章的脉络和主题相承,值得学习和借鉴!
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  • 生信分析44.肿瘤免疫浸润与乳腺癌(TIMER+oncomine))

    从侧面反映,肿瘤的免疫浸润分析,仍然是热点,还有发表论文的机会和潜力。?题目一如既往的包括预后价值和免疫浸润表型;肿瘤类型是乳腺癌,女性第一大癌。JAK1是干扰素信号通路上的关键蛋白,属于免疫相关蛋白,既不是膜蛋白,也不是转录因子,而是属于通路蛋白。 ?摘要写作中规中矩,从基因描述入手,然后转折引出其在肿瘤中价值的探索。从表达差异、到生存分析,再到相关性分析,最后是免疫浸润分析。思路和逻辑明确。 ?首先是用oncomine+TIMER双确认形式阐释表达差异。GEPIA数据库分析显示,肿瘤组织中JAK1表达与淋巴细胞特异性免疫浸润招募(LYM,lymphocyte-specific immune recruitment )密切相关;而湿实验结果表明,肿瘤组织中最后,作者用TIMER数据库探索乳腺癌(包括亚型)中,JAK1表达与肿瘤中免疫细胞浸润情况的相关性。这是TIMER数据库免疫浸润分析的显著特征,前面已经多次分享,值得借鉴和学习。
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  • 生信分析网站(免疫浸润分析)

    此外,免疫浸润分析是近两年的热点,尤其是免疫治疗获得诺奖之后。免疫浸润分析比生存分析、差异分析和相关性分析难度更大,因为免疫学是不断延伸、拓展的学科,并不断从理论走向应用、临床,兼有科学性和技术性,比如实验中已经普遍应用的免疫印迹(WB),流式分析,免疫组化和免疫荧光等等目前已公开发表的在线数据库中,包括TIMER、CIBERSORT、ImmuneCellAI、ABIS、EPIC等,通过机器学习和反卷积算法对样本中各类免疫细胞的免疫浸润情况进行分析。?免疫分析数据库TIMER(免疫浸润分析首选) https:cistrome.shinyapps.iotimerTISIDB(全景式反应与免疫分子的关系,与TIMER呼应,次选)http:cis.hku.hkTISIDBKaplan-MeierPlotter(结合TIMER分析肿瘤微环境中的免疫细胞浸润情况)http:kmplot.comanalysisCIBERSORT(注册和R语言基础)https:cibersort.stanford.eduEPIC
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  • 复现生信论文36.免疫浸润分析

    第三部分,免疫浸润(TIMER数据库),复现如下。免疫浸润结果分析是生信分析的难点之一,也是果友们沟通交流最多的地方,因为免疫学涉及的内容原理性强,需要理解和积累。我们重点介绍本次重点分析TIMER数据库的使用。 ?在差异分析和临床意义部分的基础上,作者进行免疫浸润分析。前面的差异分析和临床意义是做筛选,筛选后的免疫浸润分析,是升华。TIMER旧版本是按照类型逐个列出,分7个模块,其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示,第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估,需要上传数据。TIMER2.0版本则将分析内容归类,分为免疫关联(immune association)、肿瘤探究(cancer exploration)和免疫评估(immune estimation)。TIMER2.0数据更全面,结果多以热图形式展示,对于免疫浸润分析,反而不如旧版本直观。?
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  • 免疫浸润论文:生信论文41引文写作

    Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性;cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一);STRING互作和GOKEGG分析探讨可能的信号通路(机制二);TISIDBTIMER分析肿瘤免疫特征生信论文41--胃癌--引文写作 第一段介绍胃癌的流行病学和治疗现状,引出免疫治疗,指出存在的问题,从而提出解决办法,引出免疫浸润等主题。经典三句式,前两句总结分析内容(差异分析、生存分析和免疫浸润分析),最后总结给出结论。between CMA1 andtumour-infiltrated immune cells in tumour surrounding environment through theweb resource TIMER(免疫浸润分析).
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  • TIMER做差异分析散点图

    鉴于最新发表的论文和肿瘤浸润免疫细胞表型的分析,个人认为oncomine+TIMER双验证也是不错的组合。对于单基因的差异分析,尤其是与肿瘤浸润免疫细胞表型相关的分析,芒果建议采用这种方法,确实做到统筹兼顾,有局部聚焦(oncomine)和全局通览(TIMER)的神奇效果。TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况,主要提供B cells, CD4+ TTIMER网站分7个模块,其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示,第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估。?基因模块,输入基因、肿瘤类型后,submit即可。 ?存活率模块。比较起来,其实TIMER比TISIDB更简单,因为TISIDB的数据需要判断后选择可用的数据。在进行肿瘤免疫浸润分析时,最好能多角度分析。?
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  • GPU 云服务器

    腾讯GPU 云服务器是提供 GPU 算力的弹性计算服务,具有超强的并行计算能力,作为 IaaS 层的尖兵利器,服务于深度学习训练、科学计算、图形图像处理、视频编解码等场景……
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  • FPGA 云服务器

    腾讯FPGA云服务器是基于FPGA硬件可编程加速的弹性计算服务,您只需几分钟就可以获取并部署您的FPGA实例。结合IP市场提供的图片,视频,基因等相关领域的计算解决方案,提供无与伦比的计算加速能力……
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  • 专用宿主机

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  • 黑石物理服务器2.0

    腾讯黑石物理服务器2.0(CPM)是一种包年包月的裸金属云服务,为您提供云端独享的高性能、无虚拟化的、安全隔离的物理服务器集群。使用该服务,您只需根据业务特性弹性伸缩物理服务器数量,获取物理服务器的时间将被缩短至分钟级。
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  • 容器服务

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    批量计算(Batch)是为有大数据计算业务的企业、科研单位等提供高性价比且易用的计算服务。批量计算可以根据用户提供的批处理规模,智能地管理作业和调动所其需的最佳资源……
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  • 消息队列 CMQ

    腾讯云消息队列(CMQ)是一种分布式消息队列服务,它能够提供可靠的基于消息的异步通信机制,能够将分布式部署的不同应用(或同一应用的不同组件)之间的收发消息,存储在可靠有效的 CMQ 队列中,防止消息丢失。CMQ 支持多进程同时读写,收发互不干扰,无需各应用或组件始终处于运行状态。
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  • 消息队列 CKafka

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  • API 网关

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