今天我们介绍另一个交互式web工具—TIMER，能够全面、灵活地分析TIICs并可视化。 背景介绍 同一类型肿瘤的不同患者的免疫浸润具有异质性，可能影响临床结果。...单击热图上的单元格查看突变体与野生型肿瘤中免疫浸润分布的小提琴图（同一免疫细胞在同一癌症中经过两种方法计算的免疫浸润水平大致相同）。 (3) sCNA:免疫浸润与体细胞CNV间的关联....TIMER2.0要求用户指定基因的“深度缺失”或“高扩增”改变状态，以与“二倍体/正常”状态进行比较。看下边两个热图表和小提琴图，不同sCNA状态下的免疫浸润分布有很大差别。...提交变量后，TIMER将进行cox回归分析，在热图中显示每个模型的标准化浸润系数。 点击下载JPG。 热图表的每个单元格都对应一个独立的Cox模型。单击显示相应免疫浸润和癌症类型的K-M曲线。...TIMER三大功能模块的直观输入和输出，对多癌型中特定基因和免疫细胞互作分析进行简化，更便于应用，为肿瘤免疫研究提供了一个全面的分析网络工具，你get了吗？
Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER...分析肿瘤免疫特征（机制三）。...我们介绍过，TIMER和TISIDB数据库都是做肿瘤免疫浸润分析的神器，但是数据库之间的组合是非常有讲究的。那么，怎样用好肿瘤免疫数据库呢？这篇文章以前分享过，值得重新学习。影响因子4分+。 ?...作者把肿瘤免疫分析的两个数据库——TIMER和TISIDB结合使用，阐释AQP9差异表达与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的相关性。肿瘤的免疫微环境是研究热点，也与文章的脉络和主题相承，值得学习和借鉴！
分析肿瘤免疫特征（机制三）。...TIMER (Tumor Immune Estimation Resource)数据库也是用高通量测序(RNA-Seq表达谱)数据分析肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况，主要提供B cells, CD4+ T...cells, CD8+ T cells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells等六种免疫细胞的浸润情况。...网址：https://cistrome.shinyapps.io/timer/。 TIMER网站分7个模块，其中前6个模块是对TCGA数据库的分析展示，第7个模块是对免疫细胞浸润比例进行评估。 ?...比较起来，其实TIMER比TISIDB更简单，因为TISIDB的数据需要判断后选择可用的数据。在进行肿瘤免疫浸润分析时，最好能多角度分析。
TIMER是一款肿瘤浸润免疫细胞组分分析软件，输入肿瘤样本的基因表达谱数据，预测每个肿瘤样本中浸润的免疫细胞组成，支持以下6种免疫细胞的分析 B cell CD8+ T cell CD4+ T cell...Mutation 探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞突变的相关性，利用是否包含该基因的突变将肿瘤样本分为野生型和突变型两类，比较两类样本间浸润的免疫细胞分布情况，结果示意如下 ? 4....SCNA 探究肿瘤免疫细胞浸润与体细胞拷贝数的相关性，通过该基因的拷贝数情况将样本分为四类，比较四类样本间浸润的免疫细胞分布情况，结果示意如下 ? 5....Estimation 上传自己的基因表达谱数据，利用TIMER算法预测样本中免疫细胞的组分，示意如下 ? 上传的表达谱文件内容如下 ? 软件的输出结果示意如下 ?...TIMER不仅仅可以预测肿瘤样本的免疫细胞浸润情况，还可以TCGA不同肿瘤中免疫细胞浸润与基因表达，体细胞突变/拷贝数变异等的关联，功能强大，其分析的思路也值得借鉴。
分析肿瘤免疫特征（机制三）。...从侧面反映，肿瘤的免疫浸润分析，仍然是热点，还有发表论文的机会和潜力。 ? 题目一如既往的包括预后价值和免疫浸润表型；肿瘤类型是乳腺癌，女性第一大癌。...从表达差异、到生存分析，再到相关性分析，最后是免疫浸润分析。思路和逻辑明确。 ? 首先是用oncomine+TIMER双确认形式阐释表达差异。...GEPIA数据库分析显示，肿瘤组织中JAK1表达与淋巴细胞特异性免疫浸润招募（LYM，lymphocyte-specific immune recruitment ）密切相关；而湿实验结果表明，肿瘤组织中...最后，作者用TIMER数据库探索乳腺癌（包括亚型）中，JAK1表达与肿瘤中免疫细胞浸润情况的相关性。这是TIMER数据库免疫浸润分析的显著特征，前面已经多次分享，值得借鉴和学习。
免疫浸润结果可视化 在之前的推文中我们介绍了2行代码实现9种免疫浸润方法，今天给大家介绍下常见的免疫浸润结果的可视化。 就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。...首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！ 但是ssGSEA就不是这样了。...scale_color_manual(values = palette4,name=NULL) plot of chunk unnamed-chunk-24 除此之外也是可以添加分组，画热图等，其他的免疫浸润结果也是同样的可视化思路
在利用 RNA-seq 数据来进行免疫浸润计算方面，已经有很多的算法可以进行分析，我们在 [[免疫算法原理]] 当中也进行了总结。...另外如果是想要分析 TCGA 的免疫浸润情况的话，也可以使用 [[TIMER2 TCGA-免疫浸润评估数据库]] 以及 [[GEPIA2021-TCGA免疫细胞分析数据库]]。...同时如果想要查询老鼠相关的免疫浸润情况的话，也可以使用 [[TISMO-老鼠免疫浸润评价数据库]]。 对于以上数据库而言，都只能查询已经分析好的数据。...如果我们自己有一个数据，想要看一下免疫浸润情况的话。那就没办法使用上面这些数据库了。所以今天就给大家介绍两个用来评价老鼠和人免疫浸润情况。...这类的算法主要是通过每一个免疫细胞特征基因的表达来进行免疫浸润评分的。默认的 ImmuCellAI 是以这些基因作为每个免疫细胞的 marker 基因的。
肿瘤具有很强的异质性，同一肿瘤在不同个体之间具有不同的免疫活性，而具有相似免疫活性状况的样本则可能处于相同的免疫微环境。肿瘤样本的转录组表达水平在一定程度反映了样本的免疫活性状况。...接下来小编将从7个方面来为大家揭秘肿瘤免疫浸润分析 01 免疫亚型分析 TCGA下载肺癌的转录组数据,根据5个代表性免疫基因集: Woundhealing,macrophages,Lymphocyte...,IFN-gamma,TGF-beta的GSVA富集score将肿瘤样本分成不同的免疫亚型，每个免疫亚型代表特定的免疫微环境。...02 免疫激活和免疫细胞评分 为了研究不同肿瘤亚型在细胞类型和免疫激活上是否存在差异，我们把所有样本根据细胞类型相关基因集和免疫激活相关基因集进行了聚类分析。（如下图） ?...08 结语 以上就是利用TCGA数据进行肺癌肿瘤免疫浸润分析的主要内容，分析团队通过对样本进行免疫分型，并分析免疫相关细胞激活程度，结合关键蛋白表达等分析了不同亚型样本的免疫浸润程度及预测了不同亚型的预后
Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER...分析肿瘤免疫特征（机制三）。...免疫浸润：生信论文42乳腺癌引文写作 免疫浸润：生信论文43肝癌引文写作 免疫浸润：生信论文42乳腺癌引文写作 免疫浸润：生信论文41引文写作 免疫浸润：生信论文40乳腺癌引文写作 免疫浸润：...生信论文38引文写作 免疫浸润：生信论文36、37引文写作 临床思维源于实战，而科研思维来源于文献阅读。...在生信论文写作中，一般是提出某基因可能在一种肿瘤中具有预后价值及其与免疫浸润存在相关性。 问问自己——为什么我的生信论文值得出版？
在这些细胞中，肿瘤浸润免疫细胞在肿瘤控制和治疗反应中起着核心作用。例如，细胞毒性CD8 + T细胞是抗癌免疫的主要效应因子，因为它们可以特异性地识别和杀死携带新抗原的肿瘤细胞。...因此，对不同类型的肿瘤浸润免疫细胞进行定量研究，有助于阐明肿瘤免疫应答的机制、评价肿瘤治疗的免疫原性作用，最终指导设计合理治疗方案。...)来自大量RNA-seq数据来分析定量肿瘤浸润免疫细胞；(iv)通过表达数据量化肿瘤的免疫原性。...这个工具在我们的公众号中有过介绍[CIBERSORT零代码分析免疫细胞浸润]。 （3）TIMER 一个系统评估不同的免疫细胞对不同癌症类型的临床影响的资源。...最后，对于每种癌症类型，考虑到所选的免疫细胞标记，从标准化的免疫细胞配置文件构建特征矩阵。TIMER使用线性最小二乘回归方法执行反褶积，并强制所有负估计为零。
作者从免疫治疗的角度出发，希望找到与AML的肿瘤微环境相关的具有预后价值的基因。 二.分析流程 ?...免疫评分与癌症和急性白血病B组（CALGB）细胞遗传学风险类别和生存结果相关 使用ESTIMATE算法分别计算样本的免疫评分、基质评分和ESTIMATE评分。...免疫评分越高与CALGB细胞遗传学风险类别的风险等级越高相关（P=0.0396，图1A）。...图1 免疫评分、基质评分、ESTIMATE评分在CALGB细胞遗传学风险类别中的分布情况箱线图以及生存曲线 3.AML中基于免疫评分和基质评分的表达谱比较 将免疫评分和基质评分按中位数分为高组和低组，...结果显示这些DEGs和免疫反应存在显著关联。 GO分析主要富集于炎症反应、免疫反应、细胞膜、受体活性。图4A,B,C分别展示了生物过程、细胞成分和分子功能的前10个条目。
前段时间随着肿瘤免疫的热度，也有人试着开始利用RNA-seq这样的数据来评价患者的免疫情况。 基本的过程也就是我们提供RNA-seq的数据。然后使用相对应的算法来评估每个样本的免疫浸润程度。 ?...目前关于免疫浸润的评估就有 TIMER, CIBERSORT, quanTIseq, xCell, MCP-counter等一些的算法，这些很多都是需要自己下载代码来进行分析的。...但是TIMER算法的作者，最近把TCGA所有癌症的RNA-seq的基于不同算法的结果都进行了运算，同时也把结果放到了网站上，这样我们就可以查各个算法当中具体的免疫情况。...今天我们就来介绍一个TIMER 2.0 (http://timer.cistrome.org/) 这个数据库。 PS：这个数据库有时候运行有点儿慢。 ?...自己数据集免疫情况评估 这个数据库除了可以分析TCGA的现有数据之外，也是可以对自己的数据集进行免疫浸润分析的。
Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性； cBio-portal数据库做基因组学的分析（机制一）； STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路（机制二）； TISIDB/TIMER...分析肿瘤免疫特征（机制三）。
此外，免疫浸润分析是近两年的热点，尤其是免疫治疗获得诺奖之后。...免疫浸润涉及的内容广泛而深入，有果友留言说对免疫浸润多做介绍，芒果还在准备中，以后会分享给果友。 ?...目前已公开发表的在线数据库中，包括TIMER、CIBERSORT、ImmuneCellAI、ABIS、EPIC等，通过机器学习和反卷积算法对样本中各类免疫细胞的免疫浸润情况进行分析。 ?...免疫分析数据库 TIMER（免疫浸润分析首选） https://cistrome.shinyapps.io/timer/ TISIDB（全景式反应与免疫分子的关系，与TIMER呼应，次选） http:...//cis.hku.hk/TISIDB/ Kaplan-Meier Plotter（结合TIMER分析肿瘤微环境中的免疫细胞浸润情况） http://kmplot.com/analysis/ CIBERSORT
肿瘤微环境是肿瘤细胞生存和发展的土壤，其中浸润到肿瘤局部的免疫细胞介导了肿瘤免疫微环境，tumor immune microenvironment, 简称TIME。...肿瘤的免疫疗法作用于免疫微环境， 肿瘤免疫微环境的异质性与免疫疗法的不同响应率必然存在这密切的关系，免疫微环境有望作为一种biomaker来指导临床治疗，筛选能够从免疫疗法中获益的肿瘤患者群体。...通过转录组测序，可以获得肿瘤样本中不同基因的表达量数据，通过对应的生物信息学软件，可以得到肿瘤免疫微环境中各种细胞的表达量，从而对肿瘤微环境进行分型，识别浸润的免疫细胞亚群，比较不同亚群的表达情况，结合生存分析...该策略对应的软件如下 CIBERSORT TIMER EPIC quanTIseq 3....NMF非负矩阵分解 类似突变特征分析，NMF算法也可以用于从基因表达谱中提取免疫细胞表达谱特征，该策略对应的软件如下 deconf ssKL ssFrobenius 量化肿瘤浸润的免疫细胞之后，就可以进行差异分析
上次给大家介绍了TCGA肿瘤样本根据免疫情况分析不同的免疫亚型（TCGA数据挖掘-肿瘤免疫浸润分析）。这一次给大家介绍肿瘤免疫浸润的另一种研究思路。...想不想知道不同临床分期的肿瘤样本免疫微环境的差异？想不想知道自己研究的目的蛋白基因的不同表达情况下免疫微环境的差异？想不想知道自己关注的某个功能或通路的不同状态下免疫微环境的差异？...如何根据不同分组情况下免疫指标的差异来指导免疫治疗？ 解决思路来了，还是以TCGA上的肺癌为例，我们来评估不同临床分期的肿瘤人群的免疫指标的差异，同时思考这些差异对免疫治疗方案的指导意义。...02 免疫细胞评分比较 根据转录组数据基因表达的情况，我们可以计算免疫相关细胞类型比例评分，然后比较不同临床分期的肿瘤病人的每种免疫细胞类型的分布差异（如下图）。 ? ? ?...04 肿瘤组织中的基质（STromal）和免疫评分比较 利用特定软件通过转录组数计算肿瘤基质、免疫评分。然后分析不同临床分期中免疫细胞类型score跟样本免疫打分的相关性。 ?
免疫浸润一直是生信数据挖掘的重点，免疫浸润的各种算法也是大家学习生信数据挖掘必学的知识点。...前几天看到还有单独介绍各种免疫浸润方法实现的文章，其实现在不用那么麻烦了，已经有人帮我们写好了整合的R包，它就是：IOBR。...这个包整合了常见的10种免疫浸润方法，只需要1行代码即可实现，而且输出的格式统一，方便进行可视化和数据整合操作！ 完全不需要你自己分别进行操作，极大地简化了进行免疫浸润分析的步骤。...下面就给大家演示如何使用1行代码实现8种免疫浸润方法！ 首先是安装R包。...，还有很多使用的分析，这些我们放到以后再说，今天就主要介绍它的免疫浸润分析功能。
作者运用高通量T细胞受体(TCR)β测序技术与免疫组化的方法 ，对比了接受CRT（化疗）前后直肠癌患者TCR库复杂性与密度的变化，发现TCR多样性指数和CD8+ TIL密度分别与CRT的良好预后有关。...T细胞介导的适应性免疫反应在肿瘤进展中起着重要作用，较高密度的CD8+ 肿瘤浸润淋巴细胞(TILs) 已被报道与直肠癌患者较好的预后有关。...接着，作者通过Cohen kappa coefcient计算，使用在线平台Metascape进行GO分析（图4b），观察到在TILhi/DIhi组，表达上调的基因显示与“白细胞激活”，“免疫应答激活细胞表面受体信号传导途径...这些发现暗示了免疫学过程与TILhi / DIhi肿瘤的CRT敏感性相关。 ? 5、CRT前后TCR库的变化 最近研究表明，将肿瘤细胞暴露于辐射中会引起新抗原的产生和对肿瘤细胞免疫过程的激活。
导语 GUIDE ╲ 肿瘤免疫浸润细胞作为肿瘤微环境的组成部分与肿瘤进展、预后和对免疫治疗的反应相关。...本篇NAR数据库旨在识免疫有关的eQTL，评估泛癌中遗传变异（SNP）对免疫细胞浸润的影响。 背景介绍 遗传因素对癌症病因的贡献约为27-42%。...先前的研究表明，遗传变异对各种癌症类型的免疫景观具有广泛影响，因此整合多组学数据对变异/突变/基因在泛癌中的免疫浸润作用成为近年来的热点。...今天，小编为大家介绍一个泛癌中eQTL免疫浸润的数据库CancerImmunityQTL的思路和使用方法。数据库发表在Nucleic Acids Research（IF=16.9）。...05 QTL数据下载 作者在Download中提供了本文使用到的免疫浸润相关的QTL数据。
众所周知，免疫系统在肿瘤发展和治疗反应中都起着至关重要的作用，肿瘤的免疫治疗已经获得诺贝奖。而随着高通量测序和大数据时代的到来，肿瘤的免疫特征进行综合分析越来越成为可能。...点击蓝色CD47，进入免疫特征的界面。 ?...比如，在思路36的介绍中，作者关心肿瘤浸润淋巴细胞的特征，就可以点击进入Lymphocyte。结果展示如下。 ? 做出类似的数据图，再进行肿瘤浸润淋巴细胞特征的分析，其实也是很惊艳的。...注意，肿瘤免疫分析是以兴趣基因为前提的。这跟我们一直提倡的生信套路正好是吻合的。对于免疫分析，除了TISIDB数据库，最常用的还有TIMER数据库。...可以这两种数据库结合起来使用，对免疫浸润做充分的分析；也在设定免疫细胞存在与否的条件下，用km plotter数据库对肿瘤的存活率进行深度分析，巧妙地把TIMER和km plotter数据库结合起来，无缝衔接
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