写在前面 前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构，接下来我们进一步分析肿瘤进化，画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape 参考： https://...//www.cnblogs.com/xlij1205/p/10848917.html https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/timescape.../inst/doc/timescape_vignette.html citup 软件的安装和使用 CITUP 全称 Conality Inference in Tumors Using Phylogeny...") library(timescape) options(stringsAsFactors = F) example("timescape") browseVignettes("timescape")...("case", i,"_timescape", ".html")) } 因为 Timescape 的输出格式比较少见，上面我只能保存为网页文件，原文件是可交互的，找不到合适的转为图片的方法，所以下面我就直接放了截图
TimeScape结果展示了星号标记的克隆收到NAC处理的选择，在后期得到扩张。 ?...解释Timescape基因突变变化结果图见下图： ?
并且通过Timescape进行可视化。（S2A） ? 这些数据在3例患者(P2,P6,P9)中确定了两个主要克隆，在治疗前肿瘤的第4例患者(P1)中确定了三个主要克隆。...目前常用的方法工具（pyclone，citup，fishplot等） https://mp.weixin.qq.com/s/9q7Sw02Ujfv0mA8YxxY5ag 5.3 利用 Timescape...做肿瘤进化鱼图 https://mp.weixin.qq.com/s/sY9UGew-61OV3-xw6-MHQg 画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape； CITUP 全称...后者表示的是进化树的克隆分支关系 进一步处理成 Timescape 的 input 了，处理的方法是：tree.txt 不用做修改，cellfreq.txt 需要被处理为3列 time or space
使用TimeScape可以分析这些细胞的进化情况。...还有几个细节我没有仔细介绍，比如TimeScape和 PyClone 2的用法，以及作者提出的多克隆侵袭模型。 ?
这些克隆、亚克隆，亚克隆的亚克隆，在癌症的不同时期，也会发生clonal sweep，从而改变各个克隆的占比，甚至“消灭”其他的克隆，比如下图： 来自timescape结果，(14条消息) Topic...克隆进化之 TimeScape_桓峰基因的博客-CSDN博客[5] 在chemo 的阶段的克隆，在relapse 阶段，几乎全部进化成了新的克隆。这种进化模式，叫做线性进化。...克隆进化之 TimeScape_桓峰基因的博客-CSDN博客: https://blog.csdn.net/weixin_41368414/article/details/122346453 [6] TracerX
Mutations with CCF=1.0 were considered clonal while those with CCF<1.0 subclonal】 亚克隆分析--PyClone ,可视化 --Timescape
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