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基于全基因组的基因家族分析(1):数据准备

Sol Genomics Net:茄科基因组网络,里面包括了很多物种的基因组测序结果:番茄,土豆,茄子等。而且基因组更新最快,搜索了一下发现NCBI番茄基因组和Phytozome番茄基因组为ITAG2.4,而SGN已经是最新版本的ITAG3.2,当然以前的版本也都存在,特别方便。 此外,NCBI ProteinID是refseq accession(GENBANK文件格式有关于NCBI中ID的说明),在最后转换到番茄protein ID时会有问题,小编最后终于放弃,没有找到转换的方法(谁要是知道方法,麻烦告诉我一下,一直很苦恼)。而Phytozome要下载这些数据居然还要注册,真的有点烦,偷偷告诉你,SGN貌似也要注册(这个大家应该都没有什么问题,就直接跳过)。

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