USEARCH 是继 Mothur 和 QIIME 之后的第三大流行扩增子分析流程，目前已被引用 20,824 次。USEARCH 由 Robert Edgar 独立编写，使用 C 和 C++ 开发，体积小，运行速度快且功能强大，且不需要依赖其他软件（安装过 QIIME1 和 QIIME2 的用户应该对此深有体会）。
前段时间听说USEARCH即将开源，今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果，发现V12版本的测试结果不尽如人意，具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时，浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位虽然不会开源，介已经开放下载使用了！于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验，一起试试吧！
QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，2016年起北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授开发了QIIME2。
随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低，直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易，大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时，我们如何判断其处于哪一个系统发育分支？也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法，然而宏基因组binning获得的基因组（bins）常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
16S rRNA 扩增子测序是研究微生物群落多样性和动态变化的重要方法。然而，目前公共 16S rRNA 参考数据库中仍缺乏许多环境微生物的高同一性参考序列，也缺乏针对大多数未培养微生物的系统分类注释。
首先把usearch申请下载到工作目录，然后docker挂载到home，当然如果linux就直接省了这一步了，可以下载（安装）好直接使用。
在扩增子培训过程中，总会被问到一个问题：抽平后的OTU表和计算相对丰度后的OTU表差别是什么？
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1008370
病原微生物基因检测的两大核心任务是物种组成和功能组成的鉴定，而扩增子测序的首要目的是找到致病的细菌或者病毒，即鉴定物种组成。
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年7月19-21日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第五期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子分析实战学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。
我们知道，不管是16S等扩增子测序，还是宏基因组，最后最重要的结果，就是物种的丰度情况了，qiime2给出的16S丰度结果是一个计数，对于许多软件来说这是可用的，那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢？
SCycDB数据库包含细菌/古细菌52个门2684个属的207个基因家族，共585,055条代表序列，并包含20,761个同源序列。
SINTAX于2016年发表于bioRxiv，作者是创造了Usearch的大神。所以看作者定价值，直接无条件的信任就好了~
Type: Perspective Published: 07August 2019
大家好，我叫刘永鑫，来自中国科学院遗传与发育生物学研究所，今天很高兴有这次机会为大家来讲扩增子分析系列课程。我本科学习的是微生物学专业，之后又获得了生物信息学博士学位，在短暂的两年博士后科研工作后，留所任工程师，主要负责宏基因组学的数据分析。在过去的两年工作里，主要参与并发表的文章有10余篇，累积影响因子150多分，其中包括一篇Science和两篇Nature Biotechnology。同时还是宏基因组公众号的创始人，在两年多的时间里，分享了400多篇原创文章，写作量超过200万字，阅读量超过1000多万次。我们接下来让大家一次对自己的研究方向，姓名和单位进行简单自我介绍，方便大家的沟通。 很感谢大家对自己基本情况和研究方向的介绍，这对于我下面课程中和重点的突出很在帮助，也希望同行互相认识，多交流和互相帮助。下面我们开始今天的课程，本次为第2天的第1节课，主要介绍扩增子分析的背景知识，右边这个图是来自2016年一篇Nature Protocol的文章，对微生物组近10年的发展进行了总结，我们可以看到从2010年到2016年我们开始对哪些环境对象进行探索，包括极端环境、植物叶片、白蚁、人类肠道、海洋、永久冻土、以及土壤沉积物的研究，这个领域扩展到了我们所能探索的所有地方。
BLASTn,VSEARCH或其他计算成对样本间不相似性的算法，用于建立match list
即pgvector、pg_embedding 后又一向量数据库扩展Lantern问世了。当然也为向量列提供了hnsw索引以加速ORDER BY... LIMIT查询。Lantern使用usearch实现hnsw。
Link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6160831/?report=classic Journal: MycoKeys IF: 2.43
每一个微生物学组的研究者在分析数据的时候都会遇上各种数据的问题：做16S分析发现数据库定制格式不会，做宏基因组有参分析发现依赖数据无法下载，宏基因组注释分析时用的NT，NR数据库从NCBI下载太慢了，建软件索引时计算资源不足，甚至要担心有一天国际数据库切断了，我们该从哪里下载数据？
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00909-7
不太常见，通常为前面步骤运行出错导致的。需要打开文件看下，确认是否为空（最常见的可能性）还是有特殊格式（如#号开头或引号不对等），再继续向前翻看运行记录，看下是哪步出的错。
16S流程的选择还真不少，除了引用最多的qiime流程，u/vsearch（usearch是一人一已之力单挑学术界）和mothur（用的人越来越少的感觉），最近又发现了一两个流程，一并分享给大家。
虽然ubiome倒下了，但是它的知识产权还是有价值的，要不也不会有公司出价收购，那么，我们看下它的方法具体细节是怎样的呢？
看透了如此多的秘密，我们已停止相信尚有不可知之物。然而，那不可知之物却仍然坐在那里，冷静地舔着自己的嘴唇。
微生物由于形态微小，数目众多，分类鉴定一直都是一大难题，传统的微生物鉴定方法，主要是根据微生物的表型特征，例如形态学、生理生化学，生态学等特征来推断微生物的系统发育。但是由于微生物形体微小、结构简单等特点，微生物的分类鉴定除了传统的分类方法之外，还必须寻找新的特征作为分类鉴定的依据。分子生物学的发展，使我们不仅可以根据表型特征，而且可以从分子水平上，通过研究和比较微生物乃至整个生物界的遗传型特征，甚至生物的基因组特征来研究生物的进化、发育和分类鉴定。
在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年2月14-16日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第七期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。
作者: 刘永鑫 日期：2017-6-17 阅读时长：10 min 宏基因组学 宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。 目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。 主要内容 主要内容包括：箱线图、折线图、散点图、柱状图、火山图、热图、曼哈顿图、维恩图和网络图等。 将来在大家可以很好理解相关文章图表的基础上，希望对分析、
https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774
前面做的许多处理基本上自己拼凑来的，下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项？这个没找到。主要发现了有两个方案，一个是有篇文章提出了一个流程Hybrid-denovo，还有一篇peer review的文章，几个人评议还有一个人不同意，anyway，都看下。
我们在Linux中使用自带的gcc和g++编译器进行编译的程序是针对X86架构的。而我们开发板大多都是ARM或者其他架构的开发板，我们就需要编译出针对其他架构的程序。
centos系统内核如何升级，有些小伙伴在使用centos系统时可能会遇到网卡不能使用，亮度不能调节，触摸板不能识别，等等问题，这些都是内核版本过低而导致，只需要把内核升级一下就可以， 下面为大家分享一下centos系统内核升级方法。
arm-none-linux-gnueabi-gcc是 Codesourcery 公司（目前已经被Mentor收购）基于GCC推出的的ARM交叉编译工具。可用于交叉编译ARM系统中所有环节的代码，包括裸机程序、u-boot、Linux kernel、filesystem和App应用程序。使用时，按照主机平台，可以下载以下任一版本中的一个，结果是一样的：
本文是为那些没有接触过Linux系统的人写的。了解Linux系统对于一个技术来人员可谓是必须的（即便不是和计算机直接相关的），而对于广大普通用户而言，只了解Windows虽然已经足够，不过来了解一下Linux这个系统我想还是有益处的（虽然很难立马显现）。 下面我就用一问一答的简单形式带大家初步了解Linux是什么： Q：用一句话概括Linux？ A : linux是一个操作系统，就和windows一样。 要了解linux，请先了解开放源代码运动。这是由理查德·斯托曼先生在上世纪80年代发起的一项运动。其主要
本文是为那些没有接触过Linux系统的人写的。了解Linux系统对于一个技术来人员可谓是必须的（即便不是和计算机直接相关的），而对于广大普通用户而言，只了解Windows虽然已经足够，不过来了解一下Linux这个系统我想还是有益处的（虽然很难立马显现）。
Linux服务（Linux services）对于每个应用Linux的用户来说都很重要。关闭不需要的服务，可以让Linux运行的更高效，但并不是所有的Linux服务都可以关闭。今天安装了一次CentOs Linux，发现Linux启动的时候启动了好多服务，大部分都不知道是干什么的。因此着重了解了一下那些Linux服务（Linux services）可以关闭，那些Linux服务（Linux services）不能随意关闭。 在关闭Linux服务之前，需要了解一些概念： 什么是Linux服务/后台进程（Linu
Oracle 11g RAC中，发现oc4j以及gsd服务都处于offline状态，这是Oracle 11g RAC默认情形。即便如此，并不影响数据库的使用，因为 oc4j 是用于WLM 的一个资源, WLM在 11.2.0.2 才可用。GSD则是用于支持dbca,srvctl,oem等的交互工具。本文描述将这两个服务切换到online。
有些小伙伴在使用Linux系统时可能会遇到网卡不能使用，亮度不能调节，触摸板不能识别，等等问题，这些都是内核版本过低而导致，只需要把内核升级一下就可以， 下面为大家分享一下Linux系统内核升级方法。
状态为 deinstall 即已经卸载，如果觉得看着不舒服的话可以使用 purge 连配置文件里一起彻底删除，清理内核列表
1991 年的 8 月 25 日，来自芬兰赫尔辛基大学的 Linus Torvalds 用 Minix 操作平台建立了一个新的操作系统内核，并把它发回 Minix Usenet 新闻组。此时，年仅 21 岁的大学生 Linus 不会意识到，自己当做兴趣爱好开发的一个小项目会在 29 年后发展成统治世界的庞大操作系统内核。
当Linux在1991年8月25日诞生时，它不过是当时21岁的Linus Torvalds的一个爱好。今天，Linux社区估计有超过8600万的强大用户。
需要分别清楚header和image，可以直接用apt-get remove来清除。
Linux 与 Linux 内核其实是不一样的，关于这个问题，我在之前的一篇文章中讲过（《Linux，Unix，GNU 到底有什么样的渊源？》）。Linux 的内核是由 Linus Torvalds 在1991年首次编写。它是操作系统的核心，包括设备驱动、文件系统、进程管理、网络通信等。但是操作系统光有内核，用户是没有办法操作的，所以很多厂商和 Linux 社区就在内核之上开发了很多工具，比如我们常用的 GNome桌面，FireFox浏览器、GIMP 图片编辑器等等。Linux 内核和这些应用一起打包后就被称作 Linux 发行版本。Linux 有很多的发行版本，我在之前的文章中（《这么多Linux版本，你究竟该怎么选择？》），对不同的版本做过比较。
操作系统堪称是IT皇冠上的明珠，Linux阅码场专注Linux操作系统内核研究, 它的文章云集了国内众多知名企业一线工程师的心得，畅销著作有《linux设备驱动开发详解 》等。
在现在的生活，生产，研究等领域，Linux已经无所不在，从我们使用的手机，车载设备，到服务器，桌面电脑等，Linux已经成为这个世界方方面面的基石。尤其对于参与技术有关工作的你学习Linux是必须的，那么，该如何有效的学习呢？Linux从诞生至今，已经是一个非常庞大且复杂的系统，下图是Linux系统代码行数的统计（参考linuxcounter）：
种基础构件，包括队列、交换器、绑定、虚拟主机等，他们组成了AMQP协议消息通信的基础，而这些构件以元数据的形式存在
此文在网络社区搜集，如果有侵权，请联系本人删除！ 在1991年的八月，网络上出现了一篇以此为开篇话语的帖子——这是一个芬兰的名为Linus Torvalds的大学生为自己开始写作一个类似minix，可运行在386上的操作系统寻找志同道合的合作伙伴。1991年10月5日，LinusTorvalds在新闻组comp.os.minix发布了大约有一万行代码的Linux v0.01版本。到了1992年，大约有1000人在使用Linux，值得一提的是，他们基本上都属于真正意义上的hacker。1993年，大约有100
随着android的大热，基于linux的开发也更热了。linux的开发包括driver的开发以及应用程序的开发。 由于我们习惯了windows，在开始使用linux的时候可能感觉很茫然，不知道如何下手。这里就介绍下过来者的一些经验。 学会使用linux 要学习linux，首先你得会使用linux。从安装linux操作系统开始吧。记得当初我把主流的linux发行版本都折腾过，redhat，ubuntu， Fedora，archlinux opensuse等等。学会使用linux包括会使用linux进行日
1.为啥我们要学习Linux? 我们干嘛要学习Linux? Linux能给我们带来什么价值呢? Linux给我的感觉就是稳定,免费,性能好. 稳定，体现在哪里？我们使用PC机，安装的操作系统一般是wi
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