首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布

vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...当前过渡态、反应路径的计算方法有很多,限于精力不可能面面展开,本文针对常用的NEB算法进行简单介绍。...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数) VASP计算过程 过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does

2K30

Python量子力学计算模拟以及数据可视化

主要从事科学计算与高性能计算领域的应用,主要语言为Python,C,C++。...VASP简介 对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。...VASP的全称是Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner课题组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包,目前是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商业软件之一...VASP数据可视化 可视化分割后的DOS(态密度)数据 可视化的过程中可以选择进行d-band center的计算并显示。...目前本项目都是在作者工作需要的基础上不断对其功能和接口进行完善,但仍只是冰山一角,希望做计算模拟使用VASP的Pythoner们能不断参与进来,使其更加出色和高效。

4.5K90
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

前言 在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。...一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物...以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。...4.2 VASP计算单晶硅的振动分析 在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

1.4K20

Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

图1 模型与数据部分 密度函数理论:作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论(DFT)模拟。...对于气相分子和吸附分子,分别进行了松弛计算和几何优化,以获得最稳定的结构。金属表面采用多层薄板模型进行建模,其中部分层固定而其他层进行松弛。...这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件,表示以20埃的立方单元进行建模的分子。对这些分子进行松弛计算,并将其放置在参考金属Rh表面的一定距离处。...通过VASP对这些结构进行松弛,并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集,分子是手动构建的,并通过VASP进行吸附和松弛计算,包括气相分子。...相比于DimeNet++和PaiNN,GAME-Net在计算成本和时间上具有明显的优势。

12920

哪些领域将成为下半年的监管关注重点?

该报告的发布标志着 FATF 于 2019 年首次发布的《加密资产和加密资产服务提供商(VASP)指南》已经经历了三个年头。...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险,VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...作为核心,旅行规则要求 VASP 识别超过一定金额的交易的发起人和受益人,并将信息和数据安全的传输给其 VASP 交易对手。该规则的目的是帮助执法部门发现、调查加密资产领域的洗钱和其他金融犯罪。...FATF 的《最新报告》对未实施“旅行规则”的成员国和 VASP 提出了严厉警告——各国应根据 FATF 标准对 VASP 施加信息和数据共享要求。...跨链 DeFi、非托管钱包、NFT 和旅行规则合规性将是 VASP 合规团队的首要问题。

54820

腾讯与清华大学物理系签署合作备忘录,探索材料计算新领域

6月16日,腾讯量子实验室与清华大学物理系在北京签署合作备忘录,双方就功能材料数据库、机器学习辅助的材料计算方法、材料虚拟筛选云平台等领域展开探讨,达成合作。...早在2017年,腾讯就已经成立量子实验室,旨在研究量子计算与量子系统模拟的基础理论。...徐勇团队表示,最近使用腾讯云 GPU 加速的 VASP 第一性原理计算任务,可完成传统计算资源无法处理的超大体系的材料计算,引入 GPU 异构计算的效率提升非常可观,高度匹配了科研工作者日益增长的高精度高效率算力需求...据张胜誉和郝少刚介绍,腾讯量子实验室将上线自研的弹性第一性原理计算平台服务(Tencent Elastic First-principles Simulation, TEFS),未来有计划结合 AI 算法和腾讯云的异构计算...同时,平台也将提供论文协作、项目管理等功能,旨在为材料计算领域的研究人员打造一站式科研服务。

71630

【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

本文是国内计算方法与软件开发系列推文的第三部分:药物与材料等相关应用软件。...材料性质计算软件 ● 帅志刚(现清华大学)早期在比利时工作时利用密度矩阵重正化群(DMRG)方法来对共轭聚合物进行激发态电子结构计算,来得到线性和非线性光学(如双光子吸收)响应性质。...MOMAP软件支持并行计算、效率高,计算所需的分子基态、激发态信息可利用GAUSSIAN、TURBOMOLE等成熟的量化软件得到。...此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。 小结 本系列的三篇推文已经推送完成,小编其实只是担任了一个搬运工。...原文作者也建议,我们应该开发一个具有自主知识产权的计算化学软件平台,整合国内外的各种先进计算方法,并且要方便大家在此基础上开发新的计算方法。

1.1K30

全球监管新政策下,加密企业如何满足合规要求?

VASP 能否可以快速、便捷地识别用户地址的风险性,就如同 Web2 的征信报告一样快速获取关键信息?...我们以 FATF(金融行动特别工作组)2021 年 10 月指南为例——这也是目前被广泛采用的监管策略——指南要求所有 VASP(即交易平台)必须制定 AML/CFT 措施。...指南要求所有 VASP(即交易平台)必须制定 AML/CFT 措施。 在履行监管义务中,第一步就是了解客户身份。...活体检测通过摄像头实时采集动态影像,识别人物面部表情,规避欺诈用户使用他人照片或事先录制的视频在镜头前展示,欺骗系统的问题,显著提高远程在线交易的可信度;人脸比对通过快速识别、提取人脸图像特征并比对、计算人脸图像的相似度

50920

计算、雾计算、边缘计算、霾计算、海计算......

计算都是为了应用服务!物联网的发展极大的促进了各种形式的计算! 我们都很熟悉云计算,一种利用网络实现随时随地、按需、便捷地使用共享计算设施、存储设备、应用程序等资源的计算模式。...作为云计算算延迟、拥塞、低可靠性、安全攻击等问题的补充:边缘计算和雾计算甚至海计算等等开始被提出,以弥补云计算的一些短板问题!...雾计算可理解为本地化的云计算 边缘计算(Edge Computing) 边缘计算可以理解为是指利用靠近数据源的边缘地带来完成的运算程序。...还有: 霾计算:霾计算可以简单理解为垃圾云或雾计算,就是云计算和雾计算的对立面。...认知计算:人工智能领域的概念了,认知计算的一个目标是让计算机系统能够像人的大脑一样学习、思考,并做出正确的决策。

8.4K20

用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT(SODFT)计算

如果把平面波程序也算上,还有VASP。 注释 1. 二分量全电子SODFT是另一个话题,这里不涉及。 2....在Gaussian的安装包中,找到tests目录下的test1198,就是一个用二分量赝势在HF级别计算Sg原子的测试,输入文件里包含详细注释。以下是TlCl分子结构优化+振动频率计算的输入示例。...GHF/GKS没有二阶导数,频率计算需要用梯度做数值差分。 3. GHF/GKS必须结合二分量赝势。如果用一般的标量赝势,则GHF/GKS忽略旋轨耦合效应,得到与标量HF/KS计算一样的结果。...在这个输入里,其他关键词的含义和一般的HF、DFT计算相同。但是GHF/GKS不支持布局分析和各种单电子性质,不要加这类关键词。 GHF/GKS计算开壳层体系的注意事项 1....GHF/GKS计算开壳层过渡元素体系,初猜具有随机性,结果可能无法重复,甚至不是基态。

1.4K30

怎么理解云计算、雾计算、边缘计算

这个时候,云计算诞生了,接着便诞生了雾计算、边缘计算等一系列的计算方式。今天就跟着现编一起来了解下它们到底是什么吧!...一、云计算计算是一种利用互联网实现随时随地、按需、便捷地使用共享计算设施、存储设备、应用程序资源的计算模式。...图一:云计算三种服务类型 二、雾计算计算的出现从某种意义上来讲,是补充了云计算的不足。...雾计算是介于云计算和个人计算之间的,是版虚拟化的服务计算架构模型,强调的是数量,每一个计算节点都要发挥作用。...云计算是新一代的集中式计算,而雾计算是新一代的分布式计算,符合了互联网的去中心化特征,它们是相辅相成的两种计算方式。

8.1K2310

计算,边缘计算和雾计算:了解每个计算的实际应用

您的运营是建立在您自己的一般云基础设施,还是选择使用雾和边缘计算等更专业的工具,这些都取决于您的业务需求和抱负。 自推出以来,一般云计算与其“边缘”和“雾”计算分支之间的差异甚至阻碍了许多专业人士。...下面是计算类型的这三个“层”的概述,以及每个层的几个实际应用。 计算的三个“层” 如前所述,术语“云”、“边缘”和“雾”表示计算的三个层次。...雾计算的实际应用 那么,究竟什么是雾计算呢? 雾计算能有效的“分散”计算和分析能力。...边缘计算的实际应用 随着从云层到雾计算并最终走到边缘计算的每一步,“智能设备”进行信息化处理的事物越加接近数据源。 因此,随着边缘计算的出现,智能和分析发生在单个机器、工作站和本地网络的移动设备上。...为每个需求计算层数 IT基础设施技术的多样化导致了我们刚刚介绍的云计算层。

1.5K30

计算、边缘计算、雾计算傻傻分不清

随着近年来互联网产生数据量前所未有的增加,各种计算也是层出不穷,什么网格计算、边缘计算、云计算、雾计算、霾计算等,还TM有霾计算,即使身在IT行业,也很容易被这些“计算”弄得云山雾罩。...现在,即使企业预算有限,也可以访问服务器和进行基于云计算的分析,这些分析可以集中计算能力,并使其业务的许多部分保持联系。...二、边缘计算 边缘计算(Edge computing)是指在靠近物或数据源头的一侧,采用网络、计算、存储、应用核心能力为一体的开放平台,就近提供最近端服务,边缘计算整个体系中包含了四个关键部分:智能设备...三、雾计算计算(Fog Computing)中雾的命名源自“雾是更贴近地面的云”,属于本地网络资产、微型数据中心。...雾计算的特点是处理能力强的单个设备接收多个端点来的信息,处理后的信息发回需要的地方。雾计算可以有效的分散计算和分析,这一点与边缘计算几乎一样。

1.1K40

计算、雾计算、边缘计算 把这些“计算”混着用会怎样

物联网在飞速发展的同时也产生了大量数据,面对数据处理压力,各种“计算”层出不穷,云计算、雾计算、边缘计算等名词纷纷涌出,那这些计算方式有何区别?应用于哪些场景?...在不同场景或同一场景的不同情况下又要如何选择计算方式? ? 云计算、雾计算、边缘计算各有优点 云计算是一种利用互联网实现随时随地、按需、便捷地使用共享计算设施、存储设备、应用程序等资源的计算模式。...假如说云计算是把所有东西都送往天上的云彩中,雾计算就是把数据送到身边的雾气里,和云计算相比,雾计算显得更接地气了一些! 边缘计算和云计算互相协同,它们是彼此优化补充的存在。...“‘混合计算’就是试图利用5G的万物互联能力,综合利用云计算、雾计算、边缘计算计算方式,实现高效协同计算。”...不同计算方式协同处理问题 在不同的应用场景,云计算、雾计算、边缘计算计算方法展现出的优势也不同。

1.1K30

计算与粒计算

计算是继20世纪80年代大型计算机到C/S转变之后,IT界的又一次巨变,它通过互联网将某计算任务分布到大量的计算机上,并可配置共享计算的资源池,且共享软件资源和信息可以按需提供给用户的一种技术。...云计算固然好,但也有不少的缺陷和使用限制,这样才出现了雾计算、霾计算等技术,这些技术都是针对云计算做的很好的补充,满足多样化的市场应用需求。...本文也介绍一个新技术,就是粒计算,粒计算同样是和云计算有着千丝万缕的联系。 ? 其实,粒计算比云计算的概念出现得还早。...,粒计算可以在云计算中大展手脚。...粒计算是云计算的最佳拍档,随着云计算要处理的数据量越来越庞大,大量无用甚至错误的数据影响到了云计算的处理效率和结果,引入粒计算后,可以有效提升云计算计算效率,充分地发挥出云计算的优势。

11.8K100

刚刚,常温常压超导首被证明理论可行:美顶尖实验室论文出炉

通过计算机模型,我们从理论上描述了若现实世界中存在常温超导,其材料应具有什么性质。而如今吸引全球关注的 LK-99 具有这种特殊性质。...论文链接:https://arxiv.org/abs/2307.16892 方法概览 本次实验使用了 Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) 进行了所有密度泛函理论...(DFT)计算,这是一个用于量子力学计算的软件包。...下图 3 为计算出的自旋极化电子能带结构(左)和相应的态密度。图左橘黄色实线表示自旋向上能带,蓝色虚线表示自旋向下能带。...其主要的研究范围包括基础能源科学、生物和环境系统科学、先进科学计算、物质基本属性、未来加速器、可持续发展的能源技术等。

13540

计算、边缘计算和雾计算的实际应用

自从“云计算”与其分支“边缘计算”和“雾计算”推出以来,这三者之间的差异甚至让许多专业人士都感到困惑。...以下是对这三个层次的计算类別的概述,以及每个计算层次的实际应用情况。如上所述,术语“云”“边缘”和“雾”代表三层计算: ▲ 云计算层:工业大数据、业务逻辑和分析数据库以及数据存储。...雾计算的实际应用 那么什么是雾计算呢?雾计算可以有效地分散计算和分析能力。它位于本地设备和移动设备之间,换句话说,它们是具有有限的处理能力和存储设备,并提供了一种筛选来自物联网组件信息流的方法。...边缘计算的实际应用 随着从云计算层发展到雾计算,并最终到边缘计算的每一步,“智能设备”是一种更接近数据源进行信息处理的设备。...企业运营业务是自己构建(或租赁)通用云计算基础设施,还是选择使用雾计算和边缘计算等更专业的工具?这取决于企业的需求和发展,而企业采用这些计算工具可以获得竞争优势。

2.1K20

不同周期性HF程序的对比

本文对比了几个PBC-HF程序对金刚石3-21G的计算结果。结果先列在下表里,后文再稍微做点分析。...有两个方面: 计算量:注意实空间方法的决速步骤 (2) 不含 \vec{k} ,所以往往用到非常密的 \vec{k} (如 20\times20\times20 )计算时间仍没什么变化。...实现了这两种方法的软件有(CP2K也有PBC-HF[3],但暂时还没搞明白): 实空间方法:CRYSTAL[4], Gaussian, MPQC, FHI-aims[2] 倒空间方法:PySCF[5], VASP...[5] Gaussian和CRYSTAL采用了实空间方法,所以 \vec{k} 很少时难收敛,计算时间和 \vec{k} 几乎无关。...PySCF采用了倒空间方法,所以 \vec{k} 较少时的(如 \Gamma 点计算)收敛性更好,但计算时间随 \vec{k} 的数目增长迅速。 [1] Xiao Wang, Cannada A.

12930
领券