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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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    Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

    今天为大家介绍的是一篇使用图神经网路快速评估有机分子在金属上的吸附能量的论文。在异质催化中进行建模需要对吸附在表面上的分子的能量进行广泛评估。这通常通过密度泛函理论来实现,但对于大型有机分子来说,这需要巨大的计算时间,从而损害了该方法的可行性。在这里,作者设计了GAME-Net,一种用于快速评估吸附能的图神经网络。GAME-Net在一个平衡的化学多样性数据集上进行训练,其中包含了具有不同官能团的C分子,包括N、O、S和C芳香环。该模型在测试集上的平均绝对误差为0.18电子伏,并且比密度泛函理论快了6个数量级。应用于生物质和塑料中,预测的吸附能误差为0.016电子伏每个原子。该框架为催化材料的快速筛选提供了可用工具,特别适用于传统方法无法模拟的系统。

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    云计算如何助力夯实制造业“底盘”?材料科学领域专家学者分享新材料前沿技术成果

    新材料技术是我国制造业的“底盘技术”,在人工智能、云计算等信息技术的加持下,新材料的发现与设计、分析与计算迎来了哪些变化?8月26日,腾讯教育联合腾讯云、腾讯量子实验室、龙讯旷腾、NVIDIA共同举办云计算助力材料多尺度计算研讨会,邀请11位材料科学领域专家学者分享多尺度计算模拟与云计算领域的最新进展、技术及成果,推动多尺度计算模拟的理论发展和应用探索。 腾讯杰出科学家、腾讯量子实验室负责人张胜誉,龙讯旷腾CEO吕海峰,香港城市大学讲座教授张瑞勤,北京航空航天大学物理学院院长、教授吕广宏,中国科学院半导体

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    猛!超聚变「全部最低价」中标 21 亿元;中兴 14 亿、新华三 11 亿、浪潮 9 亿、烽火 5 亿

    2021年10月22日,中国移动发布2021年至2022年PC服务器集中采购(第1批次)招标公告。本项目为集中招标项目。本期集中采购产品为PC服务器,采购规模约为163,692台。采用公开招标方式进行采购。预计本次采购需求满足期约为半年。  本项目采用混合招标,划分16个标包,若参与综合排名的供应商数量为N,中标人数量如下: 中标份额分配情况如下: 投标厂商须提供供货承诺量。如某厂商中标份额超过供货承诺量,则份额缺口按有供货能力的中标候选人综合排名顺序进行分配,详见第三章前附表3.4.2中标份额调整原则

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    重磅发布 | 腾讯云终端极速高清解决方案,端侧超分打造画质增强新体验

    导语 | 腾讯云视立方·音视频终端SDK是腾讯云音视频倾力打造的音视频通信终端一体化产品,为客户提供移动端、PC端、Web端、小程序端等多平台直播、点播、短视频、实时音视频、美颜特效等音视频及通信能力。为了满足用户日渐增强的高清视频观看需求,腾讯云视立方·音视频终端SDK升级推出终端极速高清方案,基于终端实时超分技术,降低视频传输成本的同时大幅提升用户观看体验,全方位助力企业降本增效。使用腾讯云视立方·音视频终端SDK的客户,只需进一步在SDK中集成终端极速高清插件,便可快速在端侧实现视频播放的超分后处理!

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    CONQUEST 第一性原理计算框架

    随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升,基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟需要对一个包含成千上万的原子、电子而言,所需的计算框架是非常复杂的,计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上,而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构可能需要几周,甚至几个月。无论是软件授权成本,还是时间成本,都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言,当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架,比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST,以及 ABINT,SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。

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