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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数) VASP计算过程 过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does...not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化,选用vtst的优化方法; IOPT=1 #LBFGS = Limited-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

主要从事科学计算与高性能计算领域的应用,主要语言为Python,CC++。...熟悉数值算法(最优化方法,蒙特卡洛算法等)与并行化 算法(MPI,OpenMP等多线程以及多进程并行化)以及python优化方法,经常使用C++给python写扩展。...VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库,基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本,以提升效率。...VASP简介 对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。...(http://www.vasp.at/) VASPy项目简介 VASPy的思想是将VASP相关的文件都视为可操作的对象,通过友好的接口对一个或者多个VASP对象进行快速的操作以提升工作效率。

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    -n pymol python=3.8 conda activate pymol 此时我们创建了一个名为pymol的python3.8环境,并激活了该环境,接着我们输入 conda install -c...anaconda pip conda install -c anaconda numpy conda install -c conda-forge pmw 来安装相关的python库,接着我们进入刚刚下载的两个文件所在的文件夹...(如C:\Downloads) cd C:\Downloads 然后接着输入下面一行安装指令即可 pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher...4.2 VASP计算单晶硅的振动分析 在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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    哪些领域将成为下半年的监管关注重点?

    该报告的发布标志着 FATF 于 2019 年首次发布的《加密资产和加密资产服务提供商(VASP)指南》已经经历了三个年头。...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险,VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...作为核心,旅行规则要求 VASP 识别超过一定金额的交易的发起人和受益人,并将信息和数据安全的传输给其 VASP 交易对手。该规则的目的是帮助执法部门发现、调查加密资产领域的洗钱和其他金融犯罪。...FATF 的《最新报告》对未实施“旅行规则”的成员国和 VASP 提出了严厉警告——各国应根据 FATF 标准对 VASP 施加信息和数据共享要求。...跨链 DeFi、非托管钱包、NFT 和旅行规则合规性将是 VASP 合规团队的首要问题。

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    Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

    GAME-Net在一个平衡的化学多样性数据集上进行训练,其中包含了具有不同官能团的C分子,包括N、O、S和C芳香环。该模型在测试集上的平均绝对误差为0.18电子伏,并且比密度泛函理论快了6个数量级。...这种方法已成功应用于包含一个到六个碳原子(C1–6)的分子。...图1 模型与数据部分 密度函数理论:作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论(DFT)模拟。...这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件,表示以20埃的立方单元进行建模的分子。对这些分子进行松弛计算,并将其放置在参考金属Rh表面的一定距离处。...通过VASP对这些结构进行松弛,并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集,分子是手动构建的,并通过VASP进行吸附和松弛计算,包括气相分子。

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    C++】C&C++内存管理

    放在专栏【C++知识总结】,会持续更新,期待支持 本章知识大致总结 ---- 前言 我们的计算机,为了更好的对内存空间进行管理,将内存空间划分为以下几个区域:栈区、内存映射段、堆区、数据段、代码段,以及内核空间...CC++在内存空间的分布是一致的。 内存分布 栈区 栈又叫堆栈,用来存放我们的临时变量(非静态局部变量、函数参数、返回值等),临时变量的特点就是出了作用域就会自动销毁。栈是向下增长的。...代码段 用来存储可执行代码、只读常量 举个具体的例子,如下: C语言动态内存管理 在 C语言阶段,我们是使用 malloc/calloc/realloc用来进行动态内存管理的,搭配...C++动态内存管理 C语言内存管理方式在C++中可以继续使用,但有些地方就无能为力,而且使用起来比较麻烦,因 此C++又提出了自己的内存管理方式:通过new和delete操作符进行动态内存管理。...并将前四个元素初始化为1 2 3 4 ,其余初始化为0 int* ptr3 = new int[10]{1,2,3,4}; 我们发现,new的使用极其简单,没有类型强转,也没有空指针的检查,并且new还有一个与C语言

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    C++】C&C++内存管理

    ---- ---- 一、C/C++内存分布 1....glibc中malloc实现原理 三、C++中内存管理方式 1.new和delete操作内置类型 1. 申请一个空间什么都不用带,初始化用( ) 申请多个空间用[ ],初始化用{ }。...下面这段代码是C++库中的代码,从operator new的参数可以看出,他是没有this指针的,由此可以证明这个函数一定不是运算符重载,因为运算符重载都是非静态类成员函数,是有this指针的。...所以operator new其实是malloc的封装,申请内存失败,会抛异常,这样才符合C++面向对象处理错误的方式。...delete[] p3; } 2.2 内存泄露的分类 C/C++程序中一般我们关心两种方面的内存泄漏: 1.堆内存泄漏(Heap leak): 堆内存指的是程序执行中依据须要分配通过malloc /

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    CC语言入门

    本篇介绍C语言的一些基础知识 另分享一篇关于vs快捷键的博文可能对大家的工作有所帮助: vs快捷键 本篇暂时不深入讲解,后续会逐渐渗透 1.什么是C语言 C语言是一门通用计算机编程语言,广泛应用于底层开发...c语言的研发时期大概在1972年,如下是2021年计算机语言的总榜,通过对比可知C语言是最值得信任的语言,c语言是鼻祖的存在,可想而知c语言对学习其他语言的帮助。...2.编程环境的构建 C语言是一门面向过程的计算机编程语言,与C++,Java等面向对象的编程语言有所不同。 其编译器主要有Clang、GCC、WIN-TC、SUBLIME、MSVC、Turbo C等。...= 4; int d = (a=b-3,b=a+c,c=a-b,a=c+3); //a=-3 b=1 c=-4 a=-1 printf("%d\n", d); return...//代码1 //add.c int Add(int x, int y) {    return c+y; } //test.c int main() {    printf("%d\n", Add(2,

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