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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年，Eyring，Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论，可以通过基本物性（分子震动频率、质量、核间距等）计算反应速率常数...NEB方法：撒点，弹簧力 CL-NEB方法：其中一个点跑到势能面鞍点，即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法（IOPT参数） VASP计算过程过渡态计算的收敛准则只与力相关，即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算； ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算； IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number； IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics； POTIM=0 #zero time step so that VASP does...not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化，选用vtst的优化方法； IOPT=1 #LBFGS = Limited-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno

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VASP软件在第一性原理计算中的应用-测试GO

VASP软件在第一性原理计算中的应用VASP是由维也纳大学Hafner小组开发的一款功能强大的第一性原理计算软件，广泛应用于材料科学、凝聚态物理、化学和纳米技术等领域。VASP的核心功能与应用1....电子结构计算VASP最突出的功能是进行高精度的电子结构计算，包括：能带结构计算：精确预测材料的电子能带结构，分析其导电性质态密度(DOS)分析：研究材料的电子态分布特征电荷密度分析：可视化电子在实空间的分布情况费米面计算...量子力学模拟作为基于量子力学的第一性原理计算软件，VASP能够：精确求解多体薛定谔方程采用平面波基组和赝势方法处理电子-离子相互作用实现杂化泛函计算，提高电子关联效应描述精度进行GW近似计算，获得更准确的准粒子能级支持自旋极化计算...分子动力学模拟VASP还具备强大的分子动力学模拟能力：第一性原理分子动力学(AIMD)：基于量子力学描述原子运动有限温度模拟：研究材料在非零温度下的动力学行为反应路径搜索：分析化学反应机制相变研究：模拟材料在不同条件下的相变过程缺陷动力学...：研究点缺陷、位错等缺陷的动力学行为测试狗拥有VASP软件的正规商业版权授权

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

熟悉数值算法(最优化方法，蒙特卡洛算法等）与并行化算法（MPI,OpenMP等多线程以及多进程并行化）以及python优化方法，经常使用C++给python写扩展。...VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库，基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口，可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本，以提升效率。...VASPy的GitHub地址：https://github.com/PytLab/VASPy VASPy的PyPI地址：https://pypi.python.org/pypi/vaspy/ 使用说明...0.5474, 3.59093], [3.91022, -0.54961, 7.26487], ... ]) 如果要获取所以迭代步中的受力信息，需要使用...目前本项目都是在作者工作需要的基础上不断对其功能和接口进行完善，但仍只是冰山一角，希望做计算模拟使用VASP的Pythoner们能不断参与进来，使其更加出色和高效。

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哪些领域将成为下半年的监管关注重点？

这在 FATF 看来是一个漏洞，因为它允许犯罪分子自由地使用 DeFi 服务。...FATF 对 DeFi 的第二个担忧是在 DeFi 领域越来越多地使用混币器来实现洗钱，包括朝鲜黑客在内的网络犯罪分子越来越多地使用混币服务，以试图掩盖他们的非法活动，比如最为黑客所钟爱的混币器 Tornado...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险，VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...例如，VASP 可以利用交易筛选解决方案来识别他们是否正在处理与 NFT 欺诈和盗窃相关的付款，还可以使用多币种取证工具对以太坊等加密资产中的支付进行深入分析，这些支付是否与非法使用 NFT 支持犯罪分子相关...FATF 的《最新报告》对未实施“旅行规则”的成员国和 VASP 提出了严厉警告——各国应根据 FATF 标准对 VASP 施加信息和数据共享要求。

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python利用pysvn发布lib的小程序

这里注意下pysvn要和对应版本的python使用才能生效，否则import会失败，所以建议先选pysvn，然后根据版本选python。...软件下载和使用文档：软件下载：https://www.python.org/getit/ http://pysvn.tigris.org/project_downloads.html... pysvn非常好的官方使用说明文档：http://pysvn.tigris.org/docs/pysvn_prog_ref.html 代码： import pysvn import os import...res: print("now start"); else: exit(); ###################创建文件夹和文件###################### vasp...= dest_path+'/'+"vasp"; vaspadp = dest_path + '/' + "vaspadp"; svn_txt = dest_path + '/'+"svn.txt";

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AbMole小讲堂丨Leupeptin（亮肽素）：广谱蛋白酶抑制剂，在炎症、抗病毒与脑损伤模型中的应用

范例详解Cell Death Dis. 2021 Oct 16;12(11):955.北京大学、复旦大学、苏州大学的科研团队在上述文章中使用了AbMole的MG-132（蛋白酶体抑制剂，AbMole，M1902...并且，Zyxin与血管舒张剂刺激磷蛋白（VASP）存在共定位，而zyxin的缺失导致VASP分布弥散和细胞的肌动蛋白骨架紊乱。...实验人员认为Zyxin可通过VASP介导的细胞骨架重组调节血小板生成和GPIb-IX在细胞表面的表达。AbMole的Leupeptin和MG-132在本研究中作为蛋白酶抑制剂使用。...通过对比Leupeptin和MG-132组的实验结果，发现在zyxin敲低的Dami细胞中，使用Leupeptin处理后GPIbα的表达水平显著恢复。而MG-132处理组未出现明显的恢复效果。

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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

使用前准备 2.1 PyMOL程序的安装由于PyVibMS需要依赖PyMOL程序才能使用，在还没有安装PyMOL的情况下，我们需要先安装PyMOL。...商业版的使用需要申请或者购买授权证书，假如没有有效证书的话，商业版PyMOL的还可以打开继续使用，但一些高级功能（如渲染出图）会受到影响。...具体的使用方式请见下一节的实例。使用完成后，请点击PyVibMS窗口的Close按钮。 4....4.2 VASP计算单晶硅的振动分析在对VASP计算的振动分析进行可视化之前，我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件（见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...接着，回到PyVibMS界面后，将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息，又包含了振动模式的信息，我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

图1 模型与数据部分密度函数理论：作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论（DFT）模拟。...核心电子使用波函数修正的伪势表示，价电子使用平面波展开，并设置了相应的截断能量。对于气相分子和吸附分子，分别进行了松弛计算和几何优化，以获得最稳定的结构。...然后，使用Open Babel生成FG数据集中分子的几何文件，并应用MMFF94力场。这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件，表示以20埃的立方单元进行建模的分子。...通过VASP对这些结构进行松弛，并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集，分子是手动构建的，并通过VASP进行吸附和松弛计算，包括气相分子。...节点级层使用ReLU作为激活函数。GAME-Net使用285,761个可训练参数进行训练，其中大部分参数集中在GMT汇聚层，其余参数在其他层中均匀分布。

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全球监管新政策下，加密企业如何满足合规要求？

VASP 能否可以快速、便捷地识别用户地址的风险性，就如同 Web2 的征信报告一样快速获取关键信息？...只需要输入钱包地址，工具即可自动化给出 AML 风险报告，并对该地址进行打分，使用 0-99 反映非法加密活动风险。...我们以 FATF（金融行动特别工作组）2021 年 10 月指南为例——这也是目前被广泛采用的监管策略——指南要求所有 VASP（即交易平台）必须制定 AML/CFT 措施。...指南要求所有 VASP（即交易平台）必须制定 AML/CFT 措施。在履行监管义务中，第一步就是了解客户身份。...投资者所熟知的前「三大」交易平台之一就已在东南亚地区使用了 ADVANCE.AI 的身份核查和 eKYC 产品。

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腾讯与清华大学物理系签署合作备忘录，探索材料计算新领域

徐勇团队表示，最近使用腾讯云 GPU 加速的 VASP 第一性原理计算任务，可完成传统计算资源无法处理的超大体系的材料计算，引入 GPU 异构计算的效率提升非常可观，高度匹配了科研工作者日益增长的高精度高效率算力需求

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【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

● 北京大学的蒋鸿与德国Fritz-Haber研究所合作，开发了基于全势-缀加平面波基组的GW 程序GAP(GW with Augmented Planewaves)，使用LDA/GGA＋U 方法，可以对含...此程序可以作为WIEN2K的插件使用。...材料晶体结构预测软件 ● 吉林大学马琰铭等将全局最优化的粒子群算法应用到晶体结构预测领域，发展了拥有自主知识产权的晶体结构预测程序CALYPSO，为40国家近1000研究者使用。...此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。小结本系列的三篇推文已经推送完成，小编其实只是担任了一个搬运工。

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NVIDIA Tesla V100在高性能应用中到底有多强？一文让你知道

VASP 进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包版本：5.4.4 支持多GPU和单节点 ? ? ?

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用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT（SODFT）计算

如果把平面波程序也算上，还有VASP。注释 1. 二分量全电子SODFT是另一个话题，这里不涉及。 2.

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香港证监会警示投资虚拟资产风险！明年6月发牌监管上路

据报导，香港立法会7日三读通过《有关打击洗钱及恐怖分子资金筹集制度的修例》，将设立「虚拟资产服务提供者(VASP》发牌制度」，定于2023年6月1日正式上路。

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不同周期性HF程序的对比

实现了这两种方法的软件有（CP2K也有PBC-HF[3]，但暂时还没搞明白）：实空间方法：CRYSTAL[4], Gaussian, MPQC, FHI-aims[2] 倒空间方法：PySCF[5], VASP...75.34286//5分钟5分钟 PySCF Г 2×2×2 3×3×3 4×4×4 74.50429-75.27248-75.33561-75.341705秒100分钟9小时3天注意PySCF的HF必须使用...density fitting，此处使用的是MDF方法。

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刚刚，常温常压超导首被证明理论可行：美顶尖实验室论文出炉

在该研究中，LBNL 纳米结构材料理论研究员 Sinéad Griffin 使用美国能源部的计算能力进行模拟，称已经为铜掺杂铅磷灰石的超导性找到了理论基础，费米能级的孤立平带是超导晶体的标志。...论文链接：https://arxiv.org/abs/2307.16892 方法概览本次实验使用了 Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) 进行了所有密度泛函理论

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邹传伟：区块链与利益相关者资本主义

他认为，企业管理层为股东工作，企业唯一的社会责任是在参与公开自由竞争并且不欺诈的前提下，使用自身资源以提升利润。弗里德曼的思想极大影响了美国关于公司治理的法律。...首先是交易手续费，相当于交易发起者用手续费来竞拍公链内有限的系统资源，遵循“谁使用谁付费”原则。其次是出块奖励，矿工获得的新发行Token。...Libra开放生态包括指定经销商、虚拟资产服务提供商（VASP）和非托管钱包用户等参与者。...Libra联盟负责Libra项目的开发和治理，对联盟成员、指定经销商和VASP的尽职调查，为Libra生态参与者建立合规标准，实施协议级的合规控制和其他合规控制，以及运行金融情报智能。

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韩国室温超导一作要求撤稿！论文有缺陷，完善后已转投正规期刊

两篇论文都采用了密度泛函理论（DFT，Density functional theory ）工具VASP，分析LK-99母体化合物铅磷灰石以及掺杂铜之后的电子结构。

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黄仁勋的速度与激情：让深度学习反哺科学计算

一份报告佐证了它：分析公司Interesect360 Research的一份最新报告，将NVIDIA列为未来科学计算的关键，指出如今排名前15位的HPC应用都在使用GPU加速（包括GROMACS、ANSYS...Fluent、Gaussian、VASP、NAMD、SimuliaAbaqus、WRF、OpenFOAM、ANSYS、LS-DYNA、BLAST、LAMMPS、AMBER、QuantumEspresso...，而在前50位中，70％的HPC应用也都使用GPU加速。容器，将让科研人员去做科研容器应用在商用计算领域内正如日中天，NVIDIA同样没有缺席这一热点市场。

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使用pymysql(使用一)

mysql> select * from leo; +------------+-----------+------+------+--------+ | ...

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使用pymysql(使用一)

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