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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库,于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本,以提升效率。 VASP简介对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。 最重要的输出文件,我们可以从中获取计算过程中本上所有的信息。 类可以抽取文件中的晶格结构信息并结合VASP相关的类进行VASP文件的创建,同样可以方便的讲VASP的文件生成相应的用Material Studio可以显示的文件包括讲XDATCAR生成相应的*.arc 目前本项目都是在作者工作需要的上不断对其功能和接口进行完善,但仍只是冰山一角,希望做计算模拟使用VASP的Pythoner们能不断参与进来,使其更加出色和高效。

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python利用pysvn发布lib的小程序

input();if y== res: print(now start);else: exit(); ###################创建文件夹和文件######################vasp = dest_path++vasp;vaspadp = dest_path + + vaspadp;svn_txt = dest_path + +svn.txt; isExists=os.path.exists isExists: os.makedirs(dest_path);else: print(AR_lib发布文件夹已存在,看看是否搞错了); exit(); isExists=os.path.exists(vasp )if not isExists: os.makedirs(vasp); isExists=os.path.exists(vaspadp)if not isExists: os.makedirs(vaspadp (code_path,True); client.update(code_path,True,pysvn_current_br_num,False); client.export(code_path+vasp

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    腾讯与清华大学物理系签署合作备忘录,探索材料计算新领域

    近年来,腾讯持续加大科学研究投入,人工智能(AI)、大数据(Big Data)和云计算融合的 ABC2.0 核心技术布局逐渐完善,建立了人工智能、量子、5G、机器人等领先的科技实验室矩阵。 早在2017年,腾讯就已经成立量子实验室,旨在研究量子计算与量子系统模拟的理论。 徐勇团队表示,最近使用腾讯云 GPU 加速的 VASP 第一性原理计算任务,可完成传统计算资源无法处理的超大体系的材料计算,引入 GPU 异构计算的效率提升非常可观,高度匹配了科研工作者日益增长的高精度高效率算力需求 段文晖院士也表示,清华百年来的学术沉淀和科研创新能力,结合腾讯稳健的工程开发能力,用户服务理念,以及日益增长的科研创新能力,通过产学研合作,相信能够在材料模拟计算领域做出实质性工作和产品,未来双方也将保持长期紧密合作 推荐阅读 产品|CloudXR 平台于腾讯云的部署与应用 新闻|看,这是清华大学的校门,多白 ? ? ? ? ?

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    【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

    药物设计与分子对接软件● 北京大学来鲁华等开发了于靶点三维结构的药物设计软件LigBuilder,可以实现于片段生长和连接的配体分子设计,以及已知分子的优化,并可进行分子的可合成性分析及类药性分析。 ● 北京工业大学龚新奇、王存新等开发了预测蛋白-蛋白结合位点的新方法,并在此上发展了蛋白-蛋白对接的HoDock程序。 ● 上海药物所郑明月、蒋华良等利用对打分函数的“知识”进行扩充,发展了新的蛋白-配体亲和力打分函数IPMF,与常见的分子对接打分函数相比,在亲和力预测方面有较明显改进。 此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。小结本系列的三篇推文已经推送完成,小编其实只是担任了一个搬运工。 原文作者也建议,我们应该开发一个具有自主知识产权的计算化学软件平台,整合国内外的各种先进计算方法,并且要方便大家在此上开发新的计算方法。

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    NVIDIA Tesla V100在高性能应用中到底有多强?一文让你知道

    本文旨在为关键高性能计算应用程序提供最新的性能准数据。现代高性能计算数据中心是解决世界上一些最重要的科学和工程挑战的关键。 RELION 于贝叶斯理论的冷冻电镜3维图像数据处理软件(regularized likelihood optimization)版本:2.1支持多GPU和单节点? VASP进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包版本:5.4.4支持多GPU和单节点???

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    综合上面的多种原因,笔者构思开发了一款于PyMOL程序的可以跨平台使用、适配多种量子化学、第一性原理计算程序的辅助插件PyVibMS。 4.2 VASP计算单晶硅的振动分析在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-masterexamplesVASPoriginal-data 接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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    用Gaussian 16做二分量赝势自旋轨道DFT(SODFT)计算

    如果把平面波程序也算上,还有VASP。注释 1. 二分量全电子SODFT是另一个话题,这里不涉及。2. 不过目前的赝势组库网站都用了2L换算后的定义,因此一般不用加这个选项。 在这个输入里,忽略了Cl原子的旋轨耦合效应,用了非相对论组cc-pVDZ,当然也可以用一般的标量赝势组,比如cep-4g、lanl2dz、sddall。 不要用全电子相对论收缩组(组名一般带有x2c、dk、zora)。6. 在这个输入里,其他关键词的含义和一般的HF、DFT计算相同。 GHFGKS计算开壳层过渡元素体系,初猜具有随机性,结果可能无法重复,甚至不是态。

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    邹传伟:区块链与利益相关者资本主义

    万向区块链在第六届区块链全球峰会开始前的这段时间内,不定期推出“融合创新”系列行业研究报告,带领大家提前解读在新建和数字化迁徙背景下,区块链如何与其它技术融合发展,发挥信息设施应有的作用。 首先,享受商品或服务的人要向这些商品或服务的提供者给予合理经济补偿,特别是对分布式经济体设施的建设和运营者。这是不同分工群体之间的经济关系(横向经济关系)。 第二层包括于公链的DApp、Layer 2解决方案和DeFi等。这个分布式经济体最重要的设施是分布式账本。矿工作为分布式经济体的核心参与者,维护分布式账本,并承担一定成本和风险。 Libra开放生态包括指定经销商、虚拟资产服务提供商(VASP)和非托管钱包用户等参与者。 正如肖风博士指出的,区块链是数字经济的设施,可以构建开放、开源、可灵活扩展,并且没有商业边界的分布式经济体。

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    Java中的面试题(一),你能接几招(附答案(不带答案的面试题都是耍流氓))

    Java中的数据类型分为本数据类型和引用数据类型两大类,本数据类型中分为八种,分别是byte,short,int ,long,float,double,boolean ,char。 引用数据类型的定义是除了本数据类型以外的所有类型,主要包括,类,接口, 数组, 枚举,注解等。 java中的本数据类型的长度范围? ==在连接本数据类型的时候,比较的是值。 连接引用数据对象的时候比较的是地址值。

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    Java中的面试题(二),你能接几招

    Java中的面试题(二),你能接几招同步和异步最大的区别就在于。一个需要等待,一个不需要等待。 总结:​ 1、于连接与无连接;​ 2、对系统资源的要求(TCP较多,UDP少);​ 3、UDP程序结构较简单;​ 4、流模式与数据报模式 ;​ 5、TCP保证数据正确性,UDP可能丢包;​ 6、TCP

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    按要求编写一个Java应用程序: (1)编写一个矩形类Rect,包含: 矩形的宽width;矩形的高height。 两个构造方法: 1.一个带有...

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    面向对象编程3

    1. 定义一个动物类,里面有一个方法voice(), 定义一个类Cat,实现voice方法 然后增加一种新的动物类型:Pig(猪),实现voice()方法。...

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    服务拆分之设施拆分

    服务拆分之设施拆分Infrastructure unbundling of services背景: 因历史原因, 前期多个服务共用一个rds实例和一个redis实例, 在实际使用中经常会因某一个服务异常导致 故进行资源拆分来隔离风险。 Therefore, base resource splitting is performed to isolate risks.本次拆分于AWS平台The split is based on AWS

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    Tomcat 服务器是一个免费的开放源代码的Web 应用服务器,其是Apache 软件金会(Apache Software Foundation)的Jakarta 项目中的一个核心项目,由Apache --百度百科好的,让我们开始Tomcat之旅~Tomcat的获取和安装安装Tomcat的环境# yum -y install java-1.8.0-openjdk-devel #Tomcat的安装和运行依赖于

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    【Git】:

    Bash 本操作命令7. Git 配置 7.1. 查看配置 7.2. Git配置文件分类8. 设置用户名与邮箱(用户标识) 9. 变?什么鬼?操作失误怎么还原? Bash 本操作命令cd : 改变目录cd ~:回Homecd . .:回退到上一级目录pwd : 显示当前所在的目录路径clear 清屏history 查看命令历史exit 退出 7. 是。 git status10. 查看仓库的历史记录10.1. 显示仓库的 commitgit log 命令用于显示仓库中所有 commit 的信息。 git checkout -b footer master于 master 分支,创建并切换到 footer 分支上 12.3. Merge这个视频同样不错将分支组合到一起称为合并。

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    ----1.输出print(‘把子肉爱上热干面’,‘哈哈’)  # ‘,’输出为空格输人 name = input(‘提示的内容’)浮点除法  %.6f地板除法  整除%  取余python编码问题

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    12、管理网络环境

    CDP是一个专有的使用工具,他可以告诉你当前直连的Cisco的路由器交换机和一些其他的Cisco设备的综合信息。不论这些设备上运行着什么协议,CD都可以发现他们...

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    Java-day03-题1.Scanner类,练习案例Test1,定义main()方法,按以下步骤编写代码:A.导入Scanner类;B.在main()方法中实例化Scanner对象;C.打印: 应该涨工资 int zMoney = 2500; 涨后工资 int zhMoney = jMoney + zMoney; System.out.println(您输入的工龄是 + x + 年,本工资为 应该涨工资 int zMoney = 1000; 涨后工资 int zhMoney = jMoney + zMoney; System.out.println(您输入的工龄是 + x + 年,本工资为 应该涨工资 int zMoney = 500; 涨后工资 int zhMoney = jMoney + zMoney; System.out.println(您输入的工龄是 + x + 年,本工资为 应该涨工资 int zMoney = 200; 涨后工资 int zhMoney = jMoney + zMoney; System.out.println(您输入的工龄是 + x + 年,本工资为

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