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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数) VASP计算过程 过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does...not move the ions; 这里其实是抛弃VASP自带的优化,选用vtst的优化方法; IOPT=1 #LBFGS = Limited-memory Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shanno

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

VASPy是一个纯Python编写的处理VASP文件数据以及进行数据快速可视化的库,基于OOP的思想提供了操作VASP文件的友好的接口,可以帮助使用者快速编写处理VASP相关文件的脚本,以提升效率。...VASP简介 对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。...VASP的全称是Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner课题组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包,目前是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商业软件之一...(http://www.vasp.at/) VASPy项目简介 VASPy的思想是将VASP相关的文件都视为可操作的对象,通过友好的接口对一个或者多个VASP对象进行快速的操作以提升工作效率。...类可以抽取文件中的晶格结构信息并结合VASP相关的类进行VASP文件的创建,同样可以方便的讲VASP的文件生成相应的用Material Studio可以显示的文件包括讲XDATCAR生成相应的*.arc

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    哪些领域将成为下半年的监管关注重点?

    该报告的发布标志着 FATF 于 2019 年首次发布的《加密资产和加密资产服务提供商(VASP)指南》已经经历了三个年头。...所以为了应对 DeFi 日益增加的风险,VASP 和金融机构应确保他们使用区块链分析功能来检测与 DeFi 混币器和跨链桥相关的风险。...作为核心,旅行规则要求 VASP 识别超过一定金额的交易的发起人和受益人,并将信息和数据安全的传输给其 VASP 交易对手。该规则的目的是帮助执法部门发现、调查加密资产领域的洗钱和其他金融犯罪。...FATF 的《最新报告》对未实施“旅行规则”的成员国和 VASP 提出了严厉警告——各国应根据 FATF 标准对 VASP 施加信息和数据共享要求。...跨链 DeFi、非托管钱包、NFT 和旅行规则合规性将是 VASP 合规团队的首要问题。

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    综合上面的多种原因,笔者构思开发了一款基于PyMOL程序的可以跨平台使用、适配多种量子化学、第一性原理计算程序的辅助插件PyVibMS。...4.2 VASP计算单晶硅的振动分析 在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...然后我们把OUTCAR文件复制一份出来并给它一个.out的后缀,接着将CONTCAR的内容插入到这个.out文件的第一行(见PyVibMS-master/examples/VASP/Si_OUTCAR.out...在打开PyVibMS插件窗口后,点击Input File这一行中三个点(...)的按钮,然后选定 PyVibMS-master/examples/VASP/Si_OUTCAR.out文件,将文件类型调整为...接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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    Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

    图1 模型与数据部分 密度函数理论:作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论(DFT)模拟。...这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件,表示以20埃的立方单元进行建模的分子。对这些分子进行松弛计算,并将其放置在参考金属Rh表面的一定距离处。...通过VASP对这些结构进行松弛,并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集,分子是手动构建的,并通过VASP进行吸附和松弛计算,包括气相分子。...包括生成和筛选功能基团数据集,设计吸附和气相系统的图形表示,开发和训练GNN模型,并使用大分子数据集(塑料、聚氨酯和生物质等工业相关的较大分子)评估模型性能。 模型的性能如图2所示。

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    全球监管新政策下,加密企业如何满足合规要求?

    Telegram 所开发的 TON 网络被全面放弃。合规对加密项目的存续至关重要。2019 年,SEC 对 EOS 的诉讼就让 EOS 付出了 2400 万美元的罚款来达成和解。...VASP 能否可以快速、便捷地识别用户地址的风险性,就如同 Web2 的征信报告一样快速获取关键信息?...而这也使得无力独自开发 AML 模块的加密企业拥有了评估任何非法资金的来源和目的地的能力——这是阻止加密货币去资助犯罪的关键。...我们以 FATF(金融行动特别工作组)2021 年 10 月指南为例——这也是目前被广泛采用的监管策略——指南要求所有 VASP(即交易平台)必须制定 AML/CFT 措施。...指南要求所有 VASP(即交易平台)必须制定 AML/CFT 措施。 在履行监管义务中,第一步就是了解客户身份。

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    腾讯与清华大学物理系签署合作备忘录,探索材料计算新领域

    通过本次合作备忘录的签署,腾讯量子实验室将基于自身在量子模拟仿真、人工智能、高性能计算、云服务应用开发等专业领域的经验,全面助力清华物理系探索新奇量子效应与新型量子材料。...徐勇团队表示,最近使用腾讯云 GPU 加速的 VASP 第一性原理计算任务,可完成传统计算资源无法处理的超大体系的材料计算,引入 GPU 异构计算的效率提升非常可观,高度匹配了科研工作者日益增长的高精度高效率算力需求...段文晖院士也表示,清华百年来的学术沉淀和科研创新能力,结合腾讯稳健的工程开发能力,用户服务理念,以及日益增长的基础科研创新能力,通过产学研合作,相信能够在材料模拟计算领域做出实质性工作和产品,未来双方也将保持长期紧密合作

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    【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

    本文是国内计算方法与软件开发系列推文的第三部分:药物与材料等相关应用软件。...其中包含了来鲁华、裴剑锋、苑亚夏等开发的对生物分子表面可能的结合位点进行预测和可药性分析的独立程序Cavity。...● 来鲁华等还开发了进行蛋白质-配体以及蛋白-蛋白分子对接的程序PSI-DOCK和SDOCK。...此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。 小结 本系列的三篇推文已经推送完成,小编其实只是担任了一个搬运工。...原文作者也建议,我们应该开发一个具有自主知识产权的计算化学软件平台,整合国内外的各种先进计算方法,并且要方便大家在此基础上开发新的计算方法。

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    邹传伟:区块链与利益相关者资本主义

    一些被广泛认可的社区“大V”会承担起社区领导角色,包括确定工作方向,牵头开发团队,并处理社区分歧。Linux、Python和R都是软件开源社区的成功案例。但软件开源社区有两点不足。...第二,没有经济激励,开发活动是无偿、志愿的,很难脱离“业余贡献”色彩。一旦志愿者们的社区认同下降,社区就很难避免衰败。 平台模式主要引入两点改进。第一,引入经济激励,变无偿活动为有偿活动。...Libra开放生态包括指定经销商、虚拟资产服务提供商(VASP)和非托管钱包用户等参与者。...Libra联盟负责Libra项目的开发和治理,对联盟成员、指定经销商和VASP的尽职调查,为Libra生态参与者建立合规标准,实施协议级的合规控制和其他合规控制,以及运行金融情报智能。

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    开发姿势篇——基础开发

    概述   近期学习了一下大厂h5开发实战内容,并且参考实战手册做一些记录。...大概包括以下几个方面内容: 基础页面开发; 响应式页面开发; 滑屏应用开发; 动效开发;(若干篇章)   接下来会根据以上几个方向来进行总结和概述。...(可参考掘金小册——大厂h5开发实战手册) ---- 基础页面开发   很多开发者可能问,不就是画ui吗,有什么好说的呢?自然,基础页面开发是作为h5开发者,最为基础的能力。...然后,在摸清楚兼容性差异并解决之,达到统一后,便开始着手开发。  开发第一步:布局。  ...兼容性测试   在页面开发完成之后,别急,换个浏览器试试?换台设备试试?emm,内心是拒绝的。  兼容性测试是开发完成后必不可少的一步。

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    【云开发】-云开发概述

    前言 好,经过前面文章的一个介绍就了解了一下微信小程序的一个原生开发,那么了解完了微信小程序的一个原生开发之后,从这篇开始再来了解一下微信小程序的一个 云开发。 那么什么是微信小程序的一个云开发?...,那么现在我要介绍这个云开发,你就要干什么?...你就要选择微信云开发,选择使用云服务,选择云开发的一个基础模板,在这个基础模板当中发现它告诉你在云开发当中有什么云函数,有什么数据库,有什么云存储,有什么云托管这类似东西,那这些东西是什么呢?...那腾讯其实它的云开发就是说,就是帮你搭建好了后端的这套东西,知道了吗,所以说这个就叫微信云开发,就是腾讯帮我们搭建好了一套后端的这个叫做环境前端开发人员无需关心环境如何搭建,直接使用即可。...什么是云开发?云开发里边的一个云函数、数据库、云存储都是用来干什么的, 就给他讲明白了。

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