velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具,官网如下 https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ 安装过程如下 wget https://www.ebi.ac.uk.../~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz tar xzvf velvet_1.2.10.tgz cd velvet_1.2.10/ make 'MAXKMERLENGTH=127...' 默认情况下,velvet支持的kmer最大长度为31bp, 如果想要只会更大长度的kmer,在编译时需要设置MAXKMERLENGTH的值。...velvet 的kmer参数可以设置为一个梯度,示例如下 velveth Assem 31,37,2 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa 上述用法中的
方法二、安装Wordpress站内链接修改插件:Velvet Blues Update URLs 插件使用简单,后台----工具-----Update URLs,打开Velvet Blues Update...下载信息 插件名称:Velvet Blues Update URLs汉化版 应用平台:WordPress 插件版本:基本于官方3.2.7版 资源大小:9K 下载地址
所以今天魏艾斯博客带你体验 WordPress 批量替换 url 插件 Velvet Blues Update URLs 的安装使用。...1、wordpress 后台-插件-安装插件,搜索 Velvet Blues Update URLs,找到后安装并启用。...vbudcjpl02.png 对比一下,Better Search Replace 插件适合批量替换内容,可以选择想要替换的表,自由度较高;Velvet Blues Update URLs 插件只批量替换...允许转载,保留出处:魏艾斯博客 » WordPress 批量替换 url 插件 Velvet Blues Update URLs 安装使用
所以今天魏艾斯博客带你体验 WordPress 批量替换 url 插件 Velvet Blues Update URLs 的安装使用。...1、wordpress 后台-插件-安装插件,搜索 Velvet Blues Update URLs,找到后安装并启用。 ?...对比一下,Better Search Replace 插件适合批量替换内容,可以选择想要替换的表,自由度较高;Velvet Blues Update URLs 插件只批量替换 url,和前者相比专注的角度不同
样本信息 文件名称:9b24219f0504bf1aed074b9ab1ed73ec.ipa 文件MD5:9B24219F0504BF1AED074B9AB1ED73EC 安装名称:VelVet 行为及代码分析
quantity: 5, amount: new NumberDecimal("90") }, { date: new ISODate("2018-12-02"), item: "Cake - Red Velvet...quantity: 1, amount: new NumberDecimal("16") }, { date: new ISODate("2019-01-26"), item: "Cake - Red Velvet...quantity: 2, amount: new NumberDecimal("36") }, { date: new ISODate("2019-01-26"), item: "Cake - Red Velvet...quantity: 5, amount: new NumberDecimal("36") }, { date: new ISODate("2019-01-27"), item: "Cake - Red Velvet...quantity: 3, amount: new NumberDecimal("60") }, { date: new ISODate("2019-01-28"), item: "Cake - Red Velvet
variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing 虽然文章选择的是SOAPdenovo,ABySS,Velvet...biosoftmkdir Minia && cd Miniawget https://github.com/GATB/minia/releases/download/v2.0.7/minia-v2.0.7-bin-Linux.tar.gz...tar -zxvf minia-v2.0.7-bin-Linux.tar.gz ~/biosoft/Minia/minia-v2.0.7-bin-Linux/bin/minia --help ## eg...Velvet, SOAPdenovo 2, ABySS, Minia). ## http://kmergenie.bx.psu.edu/cd ~/biosoftmkdir KmerGenie && cd...unmapped.fq step3: 运行Minia cd ~/data/project/myGenome/gatk/jmzeng/unmapped~/biosoft/Minia/minia-v2.0.7-bin-Linux
这一步使用velvet组装工具,因为用起来比较容易,而且可以用bioconda安装。...-b -F 0x2 align/data.bwa.bam | samtools sort -n | samtools fastq -1 read_1.fq -2 read_2.fq -velveth velvet31...31 -fastq -separate -shortPaired read_1.fq read_2.fqvelvetg velvet31 -exp_cov auto -ins_length 150#...-ins_length表示两个reads的间隔平均距离 最后会在velvet31文件夹下生成 contigs.fa,这里面的N50肯定是看不了的,我们只是需要一个比较长一点的序列而已。.../velvet31/contigs.fa -db ref.fa -outfmt 8 BLASTN结果 以上仅仅使用了模拟数据的方式验证了方案的可行性,实际情况会比较复杂 参考文献 - "Genetic
apt install -y libboost-dev #conda安装 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc #添加软件源 conda config --add channels bioconda...install spades #-------------------------------------------------------------------------------- #(60)velvet...已安装 pip install velvet #velveth -h验证安装成功 #----------------------------------------------------------....tbl2asn.gz #chmod 755 linux64.tbl2asn #linux64.tbl2asn -h 验证安装成功 #---------------------------------
背景 之前介绍了quast和bosco评估软件,今天带来的是两款可视化拼接的序列的软件,均在windows下运行,得到输入文件即可操作,linux下图形化界面好像也有更新好的,自行探索。...可以直接使用例如 Velvet, SPAdes, Trinity和 MEGAHIT)的输出结果,gfa 格式。通过 bandage 可以直接查看有问题的连接区域,改善基因组拼接效果。
Velvet is so named because @dzerbino wore velvet gloves(天鹅绒手套) when coding it (via @pathogenomenick)
1.1 安装 bioconda cd /ifs1/Software #下载安装: wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #默认目录/root/miniconda3 修改为/ifs1/Software/miniconda3 #by...trimmomatic mamba install -y fastp mamba create -n nanoplot -y nanoplot #安装基因组拼接相关工具 mamba install -y velvet...但由于Linux 系统权限的问题,用户无法使用这个 conda 来安装软件。当自己安装 bioconda 之后,则有权限安装软件。
对于组装而言,最核心的问题是组装软件和参数的设置,GAGE 评估了以下8款软件 AByss ALLPATHS-LG Bambus2 Celera Assembler MSR-CA SGA SOAPdenovo Velvet
类似插件: 用 Better Search Replace 插件批量替换 WordPress 内容-适合新手使用 WordPress 批量替换 url 插件 Velvet Blues Update URLs
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件,只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录(家目录),其中超级管理员家目录为 /root,普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符,# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate:在后台数据库搜索文件 updatedb:更新后台数据库 whereis:搜索系统命令所在位置 which:搜索命令所在路径及别名 find:搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
该公司推出了两款旗舰手机:以设计为中心的LG Velvet和新的外形LG Wing。尽管进行了努力,LG在全球智能手机市场的存在已经减少。
Linux文件操作 Linux中,一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件,通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件,包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写,该目录下存放的是Linux的外部设备,在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备,例如U盘、光驱等,当识别后,Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件,就创建一个文件描述符,通过文件描述符来操作文件。
In the middle of the"); puts("room are velvet covered chairs and benches, which surround large oaken...p.recv() p.sendline(str(addr)) p.recv() p.sendline('%85x%7$n') rec = p.recvuntil('SPELL\n') context(os='linux
linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令: dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者:IT人在线 | 发表时间:2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云