将 Cromwell 和 Volcano 在 Kubernetes 集群中集成,使用 Volcano 作为 Cromwell 调度器,涉及到在Kubernetes集群上安装和配置这两个系统以及确保它们能够无缝协作。
Volcano 是基于 Kubernetes 的批处理系统,方便HPC、 AI、大数据、基因等诸多行业通用计算框架接入,提供高性能任务调度引擎,高性能异构芯片管理,高性能任务运行管理等能力。本文通过介绍Volcano提供的GPU Share调度功能来助力HPC作业在Kubernetes集群中落地。
也就在前天,南太平洋岛国汤加发生火山喷发,有专门的专家学者分析,这可能是30年来全球规模最大的一次海底火山喷发,它引发的海啸以及火山灰将对周边的大气、洋流、淡水、农业以及民众健康等都造成不同程度的影响。
CNCF技术监督委员会(TOC)[1]已经投票接受 Volcano 作为 CNCF 孵化项目。
南太平洋岛国汤加的一座海底火山,于当地时间 1 月 14 日、15 日,连续两次剧烈喷发,爆发出大量岩浆并引发海啸,海浪环绕地球足足两圈,导致环太平洋多国发布海啸预警。这次火山喷发初步评估VEI 等级为 5~6 级,或对全球航运和农业造成较大影响。
Volcano是一个Kubernetes原生批处理调度系统。这个开源项目针对计算密集型工作负载进行了优化,在人工智能、大数据、基因组学和渲染等领域特别有用。这些领域的主流计算框架可以很容易地连接到Volcano,以集成高性能作业调度、异构芯片管理和作业管理。
在私有 Kubernetes 场景下,因为硬件规模是一定的,不太会随着业务高峰低谷进行裁撤,因此缩减下来的服务资源并不能带来成本上的优势,如果在闲时~挖挖矿~跑跑 AI 大数据什么的是不是可以贴补一下家用呢?Volcano 值得一试。
北京时间2021年2月27日,Volcano社区正式发布v1.2.0版本。此次发布的1.2版本关键特性为支持TDM和SLA插件。
Volcano是一个Kubernetes云原生的批量计算平台,也是CNCF的首个批量计算项目。
scico提供 35 种不同的调色板,可以使用scico_palette_show()函数查看
火山(Volcano Plot)图在一张图中显示了两个重要的指标(Fold change/pvalue),可以非常直观且合理地筛选出在两样本间发生差异表达的基因。检验分析出两样本间显著差异表达的基因后,以log2(fold change)为横坐标,以T检验显著性检验P值的负对数-log10(pvalue)为纵坐标,即可得火山图(Volcano Plot)。
火山图 火山图用于展示基因表达差异的分布,横轴为Log2 Fold Change,越偏离中心差异倍数越大;纵轴为(-1)*Log10 P_adjust,值越大差异越显著。一般横轴越偏离中心的点其纵轴值也会比较大,因此呈现火山喷发的形状。 一步绘制火山图 输入数据格式 火山图需要的数据格式如下 (本文用到的数据文件名为volcano.txt,文末有下载链接,此处截取一部分作为例子,也可用来画图,只是数据少,效果不明显) id: 不是必须的,但一般的软件输出结果中都会包含,表示基因名字。 log2FoldCha
今天给大家介绍一个快速绘制火山图(volcano map) 拓展工具包-ggVolcano,绘图结果为ggplot2对象,也就可以灵活进行相关主题的设置。详细介绍如下:
随着业务业务场景不断丰富,批量计算也由传统的HPC逐渐扩展到大数据、AI等多种场景,但各个领域独立发展,呈现出生态割裂、技术栈不兼容,资源利用率低等问题,严重影响批量计算的进一步发展
Kubernetes 是当前非常流行的容器编排框架,在其发展早期重点以微服务类应用为主。
这篇论文描述了一个新的可扩展查询优化框架,解决了 EXODUS 和 Volcano优化器/生成器的许多不足之处。除了可扩展性、基于EXODUS和Volcano原型的动态规划和记忆化,这个新的优化器提供了以下功能:
2019年,是云原生理念和实践被广泛认可和传播的关键一年,作为未来云端及架构演进的新方向,在过去几年间,以 Kubernetes 为核心的“云原生”运动正不断扩大化,并且已经被业内广泛认同为云计算的未来趋势,Kubernetes 和云原生新架构正在成为下一代软件架构的新标准。
差异表达 (DE) 分析可用于发现实验组之间表达水平的定量变化,结果通常使用火山图进行可视化,但是在涉及两个以上实验组的情况下,可视化结果可能会变得复杂。 今天小编给大家介绍的volcano3D包,提供了易于使用的函数来提取和可视化来自三组之间的 DE 输出(主要针对 'limma' 和 'DESeq2' 的结果),使用户能够组合并同时查看三组结果。
现代互联网数据中心的规模随着应用服务需求的快速增长而不断扩大,但服务器资源利用率却一直很低,导致企业基础设施成本不断上涨。随着云原生技术的发展,混合部署成为了降低成本的一大手段。本文结合华为云云原生团队在混合部署方面的研究和实战,介绍了混合部署的背景、概念、混部技术的设计方案和实际落地情况,以及对未来的计划和展望。
关于TCGA的差异分析之前介绍过,不过略微有些不够完整,而且主要是演示的TCGAbiolinks这个包,对于DEseq2介绍的不够,所以今天专门说一下使用DEseq2进行差异分析。
《Spark 2.0技术预览:更容易、更快速、更智能》文中简单地介绍了Spark 2.0相关技术, 本文将深入介绍新的Tungsten执行引擎。Apache Spark已经非常快了,但是我们能不能让它再快10倍? 这个问题使得我们从根本上重新思考Spark物理执行层的设计。当你随便调查一个现代数据引擎(比如Spark、其他的MPP数据库),你会发现大部分的CPU周期都花费在无用的工作之上,比如虚函数的调用;或者读取/写入中间数据到CPU高速缓存或内存中。通过减少花在这些无用功的CPU周期一直是现代编译器长期
机器学习 (ML) 工程在过去几年已演变为一门学科和职业道路。软件工程师构建 Web、移动和嵌入式体验,而 ML 工程师提供模型版本、推理和整个 RAG 应用程序。
前面给大家介绍了,自己不会写R函数如何去“抄”高手写好的函数,我们直接“拿来”用就可以了。有读者反映为什么不直接用gdcVolcanoPlot这个函数,既然人家都已经写好了。这是一个很好的问题,这里我解答一下。原因有两个
链接:https://pan.baidu.com/s/1niWjcaJOuimO4NQHzHmvIA 提取码:q6am
安装后每次使用都要先加载,也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量no*
动画是呈现各种现象的有趣方式。在描述像过去几年的股票价格、过去十年的气候变化、季节性和趋势等时间序列数据时,与静态图相比,动画更能说明问题。因为,从动画中,我们可以看到特定参数是如何随时间而变化的。
仓库信息 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 “豪华装修”案例分享 技术大佬型🤖:展示自己的技术栈、开源项目、最近文章 地址:https://github.com/thmsgbrt/thmsgbrt 📷 代码模式👨🏽💻:展示自己最近的code内容,code语言和开发时间。 地址:https://github.com/guilyx/guilyx 📷 📷 极简主义✨ 地址:https://github.com/Volcano-Yang/Volcano-Yang 📷 地址:
差异分析可视化 rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") # 火山图 library(dplyr) library(ggplot2) dat = distinct(deg,symbol,.keep_all = T) p <- ggplot(data = dat, aes(x = logFC, y = -log10(P.Va
世界人工智能大会(WAIC)是经国务院批准,国家发展改革委、科技部、工业和信息化部、国家互联网信息办公室、中国科学院、中国工程院等部委与上海市政府共同举办的顶级人工智能会议。2021 年大会继续秉持「智联世界」的理念,以「众智成城」为主题,促进全球人工智能创新思想、技术、应用、人才和资本的集聚和交流,推动全球科技的创新协同,助力打造人工智能世界级产业集群。本届大会将于 7 月 7 日 - 10 日在上海举办。 世界人工智能大会黑客马拉松作为 WAIC 期间唯一的一场黑客松,由世界人工智能大会组委会办公室作
因为要用python做学校网络的认证程序,需要解析服务器传回的html,本以为会像javascript里操作DOM那样简单,结果发现并不是 这样。
机器之心报道 机器之心编辑部 伴随着 11 支获奖队伍的颁奖典礼举行,2021 WAIC 黑客松圆满落下帷幕。 2021 世界人工智能大会(WAIC)黑客松近日于上海举办。WAIC 黑客马拉松作为 WAIC 期间唯一的一场黑客松,由世界人工智能大会组委会办公室作为指导单位,由机器之心、MindSpore 开源社区、Waston Build 创新中心和六七八九集团主办。 本次黑客松分为两大赛道,设计了多道赛题,聚焦 AI 技术与应用热点问题,吸引了来自全球多个国家多个团队的开发者报名参赛。 7 月 9 日
表达式是承载 SQL 大部分逻辑的一个重要部分。SQL 中的表达式和编程语言中的表达式并没有差异。表达式可以大致分为函数、常量、列引用。如 select a + 1 from table 中的 a + 1 是一个表达式,其中 + 是函数,1 是常量,a 是列引用。
ggpubr包做火山图https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/diff_express.html#examples
CNCF再次非常兴奋地参加即将到来的LFX[1](之前的CommunityBridge)春季学期,学期从3月1日到5月31日。我们有15个毕业、孵化和沙箱项目,其中有35个项目创意可供学员使用。LFX与谷歌Summer of Code和Outreachy类似,它是一个平台,为有兴趣参与开源项目的开发人员提供带薪实习和指导的机会。
====================================== 火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。通常横坐标用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以往往关注左上角和右上角的值。我们根据计算结果在图上按照FDR和我们自定义的logFC值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来以区分,这类图像往往呈现类似火山爆发的样子,于是就被叫做“火山图”(volcano plot)了。
1. 原定9月2日举办的Ceph Days China活动将推迟至12月份与OpenInfra Days China一同举办。相关后续筹备情况,请持续关注!--ceph开源社区
Spark发展到今天,Spark SQL的方式已经是官方推荐的开发方式了。在今年的Spark 3.0大版本发布中,Spark SQL的优化占比将近50%;而像PySpark、Mllib 和 Streaming的优化占比都不超过10%,Graph的占比几乎可以忽略不计。
今天小编给大家推荐一个优秀的颜色映射R包-ggchromatic,该包提供了额外的fill和colour等选项,可将变量值映射到不用的颜色值上,且其作为ggplot2的拓展包,用起来也十分方便。接下来小编就通过几个具体例子带你领略一下ggchromatic包的颜色魅力。
作者 | 孙晓飞 整理 | 马可薇 策划 | 孙瑞瑞、丁晓昀 本文由 InfoQ 整理自小红书基础技术部后端开发 孙晓飞 在 QCon 全球软件开发大会(北京站)2022 上的演讲《小红书的降本增效之路》。 大家好,我是孙晓飞,目前就职于小红书容器架构组,负责团队内调度系统整体工作,拥有 6 年云原生相关开发设计经验,是 Kubernetes 和 Volcano member。本文将分享过去一年中,容器架构团队为小红书和整体容器服务在降本增效方面所采用的方案措施。 小红书与云原生 小红书早
TCGAanalyze_LevelTab()将差异表达基因在正常和肿瘤组织中的表达量数据添加到差异表达分析结果中的主要用法:
第一次看到这么多分组头都大了。首先要考虑如何分组得到grouplist,其次考虑如何在limma包中分组分析。
本文将简述Flink SQL / Table API的内部实现,为大家把 "从SQL语句到具体执行" 这个流程串起来。并且尽量多提供调用栈,这样大家在遇到问题时就知道应该从什么地方设置断点,对整体架构理解也能更加深入。
函数名称 描述 colDataPrepare Create samples information matrix for GDC samples gaiaCNVplot Creates a plo
1、类的主动引用,一定会发生类的初始化。当虚拟机启动,先初始化main方法所在的类
随着最近一两年生成式大模型的迭代出新,尤其是以 ChartGPT 为代表的大语言模型,几乎一夜间让所有人都看到了人工智能改变世界的潜力。而作为持续发力 GPU 通用计算(CUDA)的 AI 专业显卡提供商,Nvidia 公司成为了当之无愧的技术赢家,从其屡创新高的市值中就可见一瞥。
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10月25日,第一届中国云计算基础架构开发者大会在长沙召开,星环科技与众多国内外厂商共同就“云原生”、“安全与容错”和“管理与优化”等云计算领域话题进行了深入交流和探讨。星环科技容器云研发工程师关于"基于Kubernetes的复杂工作负载混合调度器思考与实践"相关内容进行了分享,本文是对会议上内容的整理。
本文主要是对数据库查询优化器的一个综述,包括查询优化器分类、查询优化器执行过程和CBO框架Calcite。
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