做生物信息学分析的人一定绕不开基因富集分析，米老鼠在这里给大家推荐一款做富集分析的强大工具WebGestalt（http://www.webgestalt.org/），它涵盖的数据库丰富，方法灵活，比之前的DAVID和Metascape更加有用。话不多说，现在我就教大家如何上手这款工具。
过去生物学家一次研究单个基因，而现在我们可以使用高通量技术同时分析成千上万个基因。高通量技术的本质要求生物信息学工具专注于基因集而不是单个基因，例如，微阵列和蛋白质组技术能够挖掘在某些条件下差异表达的基因和蛋白质组，或在不同条件下共表达的基因和蛋白质组。
在组学数据分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因数据分析最终都要落实到功能上去，富集分析作为一种最基础的功能研究方法，通过go, kegg pathway等不同的基因功能注释数据库，再结合对应的富集分析算法，可以探究输入的基因富集在哪些功能上。
在某一项研究中，我们通过转录组或者蛋白组学研究了干预组和对照组的表达谱，获得了数千个基因的变化信息，如何从这些表达谱中发掘有用的信息？初步的生物信息分析可能已经给我们提供了它们之间的差异倍数，P值等等。接下来我们可以使用在线工具对基因表达的分布进行分析。这里提供一个最近更新的简单又快捷，不需要安装软件的在线分析工具：WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit。
昨天给大家简单的介绍了一下富集分析的常见算法（基因富集分析算法介绍），但是具体要怎么实现基因的富集分析呢？今天给大家推荐个软件，
之前我们介绍了很多TCGA方面的数据库。其中GEPIA只能用来分析表达数据库各个方面的。cBioPortal可以进行多组学分析，但是一般都是分析自身基因和自身突变等等的关系。至于CVCDAP分析的则是单一组学方面的各种分析。以上这些数据库虽然各有各的用处，但是如果我们想要做多组学之间的相关分析的话，比如我们想要做TP53和miRNA之间的相关性的话，那以上的这些数据库就不能用了。所以今天就来给大家介绍一个多组学关联分析的数据库：
这样分析起来就很麻烦，尤其是GO数据库，还有 BP,CC,MF的区别，这个时候推荐使用Y叔的神器，使用
上面的案例里面的背景基因不到1万个，而差异基因是555个，有20倍的差距，理论上每个通路都是100左右数量级的基因理论上它们每个通路应该是就有5个左右的基因在差异基因列表里面。但是上面的通路的富集分析结果表格里面可以看到，绝大部分通路都是有十几个甚至二十多个基因在我们的差异基因列表里面，所以上面的通路都是被富集了。
早期的基因列表解释依赖于选择一系列高得分的基因，然后建立相当主观奇怪的关系。富集分析是一个自动的，基于严格的统计学的方法来分析和解释很大的基因列表，使用的是先验知识。富集分析来评估输入的基因列表在一个已知功能基因集的上调或下调情况。如果一个基因列表中的基因在这个已知功能集中出现的基因数目显著很多，这很可能预示这，这个生物学过程在作者研究的状况下扮演着重要角色。这个分析可以被其他已知的功能基因集重复，这个功能基因集可能数以千计。 过去几年中，有超过60种富集分析方法和工具出现。他们的主要区别在于 -（a）已知功能基因集的数据库不一样 -（b）用来评估富集的统计学方法不一样。 在接下来的几个部分，我们简要review 基因富集已经存在的几种方法，主要考虑到两个方法。 大多数的富集工具都是来自于GO解释，因为它们对大多数生物来说容易获取，并且覆盖的基因数很多，另外，还有其他一些功能基因集存在，除了GO也还有其他一些工具。功能基因集可以基于他们参与的代谢过程或信号通路来进行定义（比如KEGG,Reactome）,也可以由基因表达谱调节的目标基因定义（比如mircoRNA,转录因子），也可以由蛋白质特征定义（比如结构域，染色体位置，与某种疾病的联系，刺激因子，或基因扰动等）。多个来源的功能基因集被一些像MSigDB或WhichGenes收集。不是所有的生物被功能基因集覆盖了，并且很多工具值支持特定的生物。 决定富集的统计学方法要么是基于阈值要么是基于全分布。基于阈值的方法需要用户输入排名靠前的不连续的基因列表，这需要设定一个基于统计学的基因得分阈值。基于超几何分布的Fisher‘s精确单尾检验是阐释这个问题的第一个方法，并且会继续成为这种类型最常使用的方法。这些方法对自然非连续分布列表很有用，但是当对连续的基因得分评判时就有缺点了。尤其，结果如果对阈值的选择不稳定，并且，以二进位的方式对待基因得分有很多信息确实（这里说的二进位指的是要么选中，要么不被选中）。另一方面，基于基因全分布的方法没有门槛threshold-free，因为他们检测基因集靠的是比较他们的得分分布vs背景分布。因为这个原因，他们经常被认为是优于threshold-dependent方法，尤其和一个连续的基因集得分。GSEA（Gene-Set Enrichment Analysis），它的基因排序rank源于差异表达或其他统计学，是最流行的技术之一，虽然也有其他的全分布检验模型被提出。
其中网页工具和云平台都不是针对专门的生物信息学工程师设计的，因为并不需要使用者会编程语言，所以使用起来非常简单。下面来一一介绍一下它们：
一个时间轴的组成 使用一个块级元素包裹内容，并未块级元素设置边框 定义圆形或者菱形等元素标签，子元素设置偏移或者定位元素将图标定位到边框上 使其中的内容不溢出，自动换行，内容自动撑高 英文自动换行：word-wrap:break-word;word-break:break-all 时间轴样式部分 使用时需要注意可能继承的样式会给li:after等伪类元素设置样式而造成效果异常 css中定义了一个圆形的图标class="yuan"，一个菱形的图标class="diamond" <style>
网上有很多LaTeX软件，在线编辑器推荐Overleaf。但是我个人还是更喜欢离线写东西，所以尝试过各种编辑器，例如VSCode等等，这些编辑器都需要自己搭环境才能用，反正对于我们这种初学者而言门槛较高，而且浪费时间，所以下面介绍一个LaTeX组合可以让你直接上手体验LaTeX，而不需要挣扎在LaTeX的门口。
Cheddar/cheddar/cheddar-messaging/src/main/java/com/clicktravel/cheddar/infrastructure/messaging/MessageSender.java
rocketmq-all-4.6.0-source-release/remoting/src/main/java/org/apache/rocketmq/remoting/netty/NettyRequestProcessor.java
正值如今这信息爆炸的年代，如何能从中汲取精华，于有限时间内，成为更高效的学习者，从而在激烈的竞争中更具优势，是当下每个人或企业都该思虑的问题；先前创立的 Web 应用：「倾城之链」，就是为改善这一困扰的探索尝试，具体可参见关于 | 「倾城之链」。这份为前端开发者而精心维护的超棒列表，就是为解决信息过剩问题的具体实践：旨在为前端学习，技能提升，视野扩展，资料查找等提供价值性参考。目前选择性收录优质仓库近百个，涉及 Web 前端、后台、流行技术以及其他魔力清单。
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本文主要研究下spring mvc的No thread-bound request found异常
执行test_Demo1模块里的TestDemo1类里的test_case1方法；
本文主要研究一下openmessaging的MessagingAccessPoint
既然资源的加载是通过 Resource 类，如果想要获取另一个 apk 中的资源文件，那么自己实例化一个 Resource 进行加载可以吗？
Cheddar/cheddar/cheddar-tx/src/main/java/com/clicktravel/cheddar/infrastructure/messaging/tx/MessageAction.java
之前几篇文章，主要围绕着身份认证的相关内容，今天主要讨论一下认证状态的保持，由于HTTP协议是无状态的，因此在认证成功之后，为了让后续的请求可以继续保持住这个认证状态，避免每次请求都要重新发起认证过程，就需要对认证结果进行持久化，然后在新的请求到达时查询并还原回来对应的认证状态，通常有两种实现方案，一种是经典的cookie-session方案，即在服务端的session属性中存取认证信息，优点是实现方法比较简单，另一种是token令牌方案，利用一些算法对认证信息进行编码和解码，优点是无需落地，有效地减轻服务端存储的压力，本文主要介绍Spring Security框架中基于session的认证及常用的管理机制。
在上一篇，求知 | 聊聊Android资源加载的那些事 - 小试牛刀 中，我们通过探讨 Resource.getx() ,从而解释了相关方法的背后实现, 明白了那些我们日常调用方法的背后实现。
上一篇文章主要介绍了如何使用SpringSession，其实SpringSession的使用并不是很难，无非就是引入依赖，加下配置。但是，这仅仅只是知其然，要知其所以然，我们还是需要深入源码去理解。在看本文先我们先想想，下面这些问题Session是啥时候创建的呢？通过什么来创建的呢？创建之后如何保存到Redis？又是如何把SessionId设置到Cookie中的呢？带着这一系列的问题，今天就让我们来揭开SpringSession的神秘面纱，如果读者朋友们看完本文之后能够轻松的回答上面的问题，那本文的作用也就达到了。当然，如果您已经对这些知识了若指掌，那么就不需要看本文了。 看源码的过程真的是一个很枯燥乏味的过程，但是弄清楚了其调用过程之后，又是很让人兴奋的，话不多说，直接进入正题。
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/164436.html原文链接：https://javaforall.cn
本文只是一个基本的统计策略baseline，分数一般，可以继续优化或者作为融合的一部分。
当有请求过来，首先会先调用HttpServlet的service(ServletRequest req, ServletResponse res)方法，在service方法内部调用service(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)方法（这个service是重载方法，参数类型不同），FrameworkServlet对这个方法重写了。FrameworkServlet方法内部会调用父类的service(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)方法，父类的service(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)方法对不同的请求类型进行了划分，比如doGet,doPost,doXXX，FrameworkServlet对每个请求类型都做了方法重写，在方法内部，都统一调用processRequest(request, response)方法进行处理。processRequest(request, response)内部会对不同请求类型请求处理。
老师对小明说："乳就是小的意思，比如乳猪就是小猪，乳名就是小名，请你用乳字造个句" 小明："我家很穷，只能住在40平米的乳房" 老师："..., 这个不行，换一个" 小明："我每天上学都要跳过我家门口的一条乳沟" 老师："......, 这个也不行，再换一个" 小明："老师，我想不出来了，把我的乳头都想破了！"
前言 Dropwizard官方文档并没有提供国际化的模块，所以只能自己加。Spring的MessageResource用的很顺手，所以copy过来。 Easy i18n 在整合Dropwizard的时候，多语言貌似只能通过jdk自带的ResourceBundle拿数据。其实也就够了，但在开发过程中发现需要缓存，需要解析占位符等。代码越写越多，显然不是仅仅一个调用就完事的。写的差不多的时候突然觉得和spring context里的message source结构类似。于是，放弃维护已经开始变的复杂的逻辑，直
在阅读完 registerBeanPostProcessors 源码之后， 下一步就进入到 initMessageSource，这一步主要作用是初始化国际化文件。
上一篇讲述了UIButton+AFNetworking的UIButton的一个分类。分析了其下载器的下载、图像的下载以及背景图像的下载。这一篇就继续讲述AFN中UIWebView的分类。
SecurityContextPersistenceFilter是Springsecurity链中第二道防线，位于WebAsyncManagerIntegrationFilter之后，作用是为了存储SecurityContext而设计的。
最近在做Python开发，研究了技术大牛写的脚本，在他的脚本上做了优化。优化脚本已在做过测试还是挺好用的，如果你觉得不错就直接拿到生产用吧。
老公酷爱网络游戏，老婆无奈，只得告诫他：你玩就玩了，但是千万不可以在游戏里找老婆，不然，哼哼。。。 老公嘴角露出了微笑：放心吧亲爱的，我绝对不会在游戏里找老婆的！因为我有老公！ 老婆：......
ProcessHacker这款开源软件如官方所说是一款免费、强大的多用途工具，可帮助您监控系统资源、调试软件和检测恶意软件，我们可以通过学习其源代码在我们的软件中定时采集每个进程的CPU使用率、IO使用率等等，还有整机总的CPU使用率、GPU使用率、内存、磁盘使用情况等，具体可以参考ProcessHacker官网的介绍：Process Hacker Overview。最近在看进程CPU采集的代码，参考的是processhacker的源代码的采集逻辑，processhacker是每隔1秒钟采集一次当前进程的CPU使用率的，当然我们也可以根据自己需要将进程的CPU采集频率改小一些，或者改大一些。于是尝试使用VS2022打开processhacker源代码编译运行，看一下进程CPU使用率的采集流程，当然ProcessHacker除了可以采集进程的CPU使用率之外，还可以进程的采集IO使用率等。
org.elasticsearch.action.ActionModule主要维护了请求和响应相关组件，它们可能来自ES本身或者来自plugin。
本文主要研究一下elasticsearch的TransportProxyClient
本文所说的session是单机版本的session, 事实上在当前的互联网实践中已经不太存在这种定义了。我们主要讨论的是其安全共享的实现，只从理论上来讨论，不必太过在意实用性问题。
http://blog.csdn.net/qq_29846663/article/details/68961167
我们使用Kafka, 最终都是要存,取消息,今天我们就来看下源码中和消息相关的类; 涉及到的类: Message Record MessageSet ByteBufferMessageSet Buf
通过设置浏览器请求测试：http://localhost:8080/xxx/nation/test
松哥原创的 Spring Boot 视频教程已经杀青，感兴趣的小伙伴戳这里-->Spring Boot+Vue+微人事视频教程
接上文 Spring5源码分析（三）refresh方法 中已经讲到了refresh()中的postProcessBeanFactory(beanFactory);方法。
BeanFactoryPostProcessor支持对IoC容器内部的所有BeanDefinition进行定制化修改， 并且可以根据IoC容器内部的BeanFactory进行Bean属性值的适配。
/** * * @author XHW * * @date 2011-7-15 * */ public class HibernateTest {
openmessaging-java/openmessaging-api/src/main/java/io/openmessaging/producer/Producer.java
博主之前经常对接一些接口，所以发现写一些http请求比较麻烦，学习springboot的过程知道可以用RestTemplate来做http请求，RestTemplate是Spring Framework框架封装的基于模板方法设计模式的一个工具类，带有同步模板方法 API 的原始 Spring REST 客户端类，下面博主分析一些对接过程的一些经验，RestTemplate基本使用可以参考官网文档：https://docs.spring.io/spring-framework/docs/5.1.6.RELEASE/spring-framework-reference/integration.html#rest-client-access
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