今天在执行一个用到hdf5的python脚本时，遇到如下错误 Warning!...***HDF5 library version mismatched error*** The HDF5 header files used to compile this application...@CentOS5x64 Configure mode: production Host system: x86_64-unknown-linux-gnu... Uname information: Linux centos5x64 2.6.18-348.el5 #1 SMP Tue Jan 8 17:53:53 EST 2013...x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux Byte sex: little-endian Libraries
模式安装中的 NetCDF (需要先安装 Zlib 和 HDF5)与 mpich 的安装部分。...=1 export WRF_KPP=1 # 可选项，如果需要安装kinetic pre-processor export FLEX_LIB_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu...查看configure.wrf，RNVCOMPDEFS 和 WRF_ChEM 变量会如下： # 如果设置WRF_CHEM=1和WRF_KPP=1 ENVCOMPDEFS = -DWRF_CHEM...-DBUILD_CHEM=1 -DWRF_KPP WRF_CHEM = 1 # 如果只设置WRF_CHEM=1 ENVCOMPDEFS = -DWRF_CHEM WRF_CHEM...t=362 https://ruc.noaa.gov/wrf/wrf-chem/known-prob.htm
最近需要针对对WRF应用做一些性能优化；下面简单记录WRF model 的安装过程： 优秀UP主的视频： https://www.bilibili.com/video/av71541427/ UP主提供的资源...； WRF 和 WPS 都要下载； https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/download/get_source.html 配置编译环境；gfortran，perl，.../xg1990.com/blog/archives/tag/wrf 包含wrf安装运行； 2020/8/29日更新步骤： 工作目录 /home/nfs /home/wrf； 配置共享nfs文件系统；...在jn-01 机器上，使用 /home/nfs/init-WRF-environment.sh 脚本，进行初始化WRF执行环境，并获取用于执行的csh； 运行 run-wps-wrf.sh 脚本，进行wps...wrf 样例数据； 根据样例配置，修改运行过程和数据输入输出过程，完成WRF软件的执行； 配置文件地址：https://yaowenxu.github.io/small-projects/
如果你的数据格式是HDF5，你可以利用h5utils[注3]工具中的h5tov5d将HDF5格式文件转换为v5d格式文件（注意：编译h5utils之前需要先编译vis5d），除此之外，grib2v5d...还有WRF2VIS5D提供了转换支持[注6]。...目前有很多数据格式互相转换的工具，如果你所使用的数据格式无法直接转换到vis5d支持的格式，则可以转换为hdf5或grib或NetCDF中的任何一种，然后再转换为vis5d支持的格式即可。...VAPOR可以直接导入WRF模式所产生的数据，而无需转换操作。通过VAPOR的图形界面"Import WRF-ARW data into default session"按钮即可导入WRF模式数据。...作为纯Java实现的库，其优点是不依赖于平台，而且支持数据共享以及实时的用户协作；可以适应几乎任何数值数据，并且支持不同用户之间共享数据，不同的数据源和不同的学科，支持NetCDF，hdf5，HDFEOS
目前，有很多工具可以进行WRF模式后处理，比如NCL，Grads，Python，MATLAB等等，而且每一种语言都有其优势。...NCL中有WRF模式后处理的包，可以非常方便的处理WRF模式结果，而近些年Python在气象上的应用也越来越广泛，各种气象相关包也日渐完善。...MATLAB在WRF模式后处理方面就显得捉襟见肘了，倒不是MATLAB不适合做WRF模式后处理，而是关于这方面的开源包不多。...由于之前主要使用MATLAB处理WRF模式结果（虽然已投入Python的怀抱），而MATLAB中又没有相关函数，便对NCL中的部分函数进行了移植。...转换的源程序包括： 气象参数计算： 1) 露点计算 2) 相对湿度计算 3) 根据 风向风速计算u , v 4) 根据u, v分量 计算 风向风速 根据WRF输出结果计算并绘制： 1) 计算温度
以下文章来源于气海同途 ，作者气海同途 编者按：这是新开的一个系列，有时间会逐步将WRF官方培训的ppt挑选个人认为重要的进行翻译，以及结合个人的使用经验进行一些解释。...本篇内容来源于WRF官网2021年的培训ppt：Application of WRF: How to Get Better Performance。...WRF作为成熟的区域中尺度气象模式，文档齐全且教程详细，对于用户较为友好，但是想要获得一个好的模拟结果，需要注意很多地方， 1 模拟区域domain设置 模拟区域不能太小，否则模拟结果基本为全球模式侧边界的强迫结果...3 侧边界条件 包括WRF在内的所有区域模式，人为引入的侧边界(LBC)是制约模式性能的一个重要因素。...7 物理参数方案的选择 WRF模式中，存在众多次网格过程需要使用物理参数方案进行表达，而每种物理参数化方案都有很多种选项，其不同的排列组合使得选项太多。
install hdf5 on ubuntu 12.04 you can probably install the debian libraries into quantal with no issues...$cd hdf5-* $sudo mk-build-deps -ir $debuild -us -uc 上述方法现在已经不适用,Google后发现,可以直接使用hdf5...二进制包,由于本机为64bit linux,下载64位下的二进制包： $wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8.9/bin.../linux-x86_64/hdf5-1.8.9-linux-x86_64-shared.tar.gz 解压后，并在.bashrc中设置： $export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH...:/usr/local/lib:$HOME/hdf5-1.8.9-linux-x86_64-shared/lib $export HDF5_DIR=$HOME/hdf5-1.8.9-linux-x86
hdf5 简介 ?...概述 HDF5 (Hierarchical Data Format) 是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校，是一种跨平台传输的文件格式，存储图像和数据 hdf5的优势 通用数据模型，可以通过无限多种数据类型表示非常复杂...结构 hdf5结构分为两个部分，一个是group，一个是dataset。...hdf5的文件格式，极其类似unix操作系统 datasets HDF5数据集包含数据和描述文件也就是metadata ?...hdf5是一个非常专业的数据存储格式，同时支持的数据类型广泛，有更高级的使用，但是考虑到时间和需求，我应该不会在这方面深入过多，后续应该会更新r语言的hdf5文件处理，python备用。
“分段错误可能难以追踪。由于通常没有明确的错误消息，因此可能需要反复试验才能找出问题所在。我试了好久(•́へ•́╬)！大致总结了一下，给大家参考，如果还有其他情...
本文由腾讯云+社区自动同步，原文地址 http://blogtest.stackoverflow.club/hdf5-usage/ 介绍了hdf5的用法 简介 HDF（英语：Hierarchical Data...指一种为存储和处理大容量科学数据设计的文件格式及相应库文件 读取keys无法显示 import h5py data = h5py.File('your_file_name') data.keys() 此时KeysV显示iew(<HDF5
做WRF后处理软件的过程中主要关注了整体流程拉通和产品输出，画的图片比较粗糙，今天静下心来（被迫营业）慢慢修图，经过小组会议的讨论，总结的问题主要可以归纳为以下几点： y轴的纬度标签长短不一 省界过于突出...gsLineThicknessF = 3.0 prov_plot = gsn_add_shapefile_polylines(wks,plot,shp_prov,prov_res) 数据平滑 wrf_smooth
WPS只是WRF运用实际数据模拟的准备过程，这就好比开车要先上车。讲完前处理过程之后 WRF模式之WPS的配置运行，就要开始模拟了。...（关于链接和拷贝的命令看这里 linux常用命令之进阶） 开始之前先进入 WRFV3/run 目录下： 链接 met_em* 文件 ln -sf ../../WPS/met_em.d0* ..../wrf.exe 上述方式为串行运行，如果编译支持并行运算的话，可以执行以下命令： mpirun -np 4 ./wrf.exe 表示使用4个处理器进行运算。...关于模式后处理，之前也提到过一些： 真・WRF模式后处理之Python版 WRF模式后处理 高维数据可视化 后处理过程其实就是处理数据的过程。使用什么工具或是编程语言都可以，没有限制。
那今天就给大家介绍一下当前已经发布的社区版GPU加速的WRF模式-WRFg。...WRFg是利用GPU加速的社区版中小尺度WRF模式，包含了完整的WRF动力核及一些微物理选项，可以利用GPU、OpenACC和CUDA加速WRF模式的运行。...官方给出的性能对比是，GPU加速的WRF模式比CPU版本的速度提高了7倍。 官方网站给出的信息，加速后的WRF模式可以运行1km分辨率，但是没有指明多大范围。...加速后的WRF模式可以同化更多的观测数据，以改善数值模式的初始场。 网站发布的是基于WRF V3.8.1的加速版本。以下是当前已经移植到GPU的一些子模块信息。 ? ?
在Python中操纵HDF5文件的方式主要有两种，一是利用pandas中内建的一系列HDF5文件操作相关的方法来将pandas中的数据结构保存在HDF5文件中，二是利用h5py模块来完成从Python原生数据结构向...HDF5格式的保存。...本文就将针对pandas中读写HDF5文件的方法进行介绍。 ?...图1 2 利用pandas操纵HDF5文件 2.1 写出文件 pandas中的HDFStore()用于生成管理HDF5文件IO操作的对象，其主要参数如下： ❝「path」：字符型输入，用于指定h5文件的名称...图13 HDF5用时仅为csv的1/13，因此在涉及到数据存储特别是规模较大的数据时，HDF5是你不错的选择。
比如和NCL中的 WRF_ARWUser库类似的 wrf-python模块。...wrf-python是用于WRF模式后处理的python模块，其中提供了很多有用的函数，下面就来详细说一下其用法： 基本用法 计算诊断变量 wrf.getvar 函数的主要作用是返回需要计算的诊断变量...，因为WRF本身不会返回这些变量。...变量 除了输出诊断变量外，wrf.getvar函数也可以用来提取常规的WRF输出的netCDF 变量。...wrf.xy_to_ll(),wrf.xy_to_ll_proj(), wrf.ll_to_xy(), wrf.ll_to_xy_proj() 等方法。如果要转换多个点时，传递序列即可。
Weather Research and Forcasting Model WRF-ARW模式是针对大气研究和业务预报应用设计的中尺度数值天气预报系统，适用于从几十米到几千公里的广泛气象应用。...本文将以WRF-ARW V3.9.1版本为例，介绍其在超算中心上模拟飓风马修登陆。给大家简单运行一下WRF在超算平台的实际应用案例，并建立起数值模式模拟的一个初步印象。...---- ---- 本教程将以官网—2016年10月飓风马修登陆为例，介绍WRF-ARW在北京超算中心上的基础运行操作。...有关namelist.wps的详细参数说明可以参考WRF-ARW官网: https://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/namelist_best_prac_wps.html...和边界场wrfbdy_d01，适配背景超算中心的slurm作业脚本如下： 3.2、wrf.exe：模式运行积分 提交wrf.exe作业，得到模式结果和Restart文件。
NETCDF4_CLASSIC和NETCDF4格式支持HDF5，能够读取HDF5的库也可以处理这两种格式。 选择文件格式的时候需要注意上述的一些问题。更多的细节见官方文档。...如果以组的形式定义变量，可使用类似linux路径的形式指定：/WRF/Variables/temperature，/Chem/Variables/PM2.5，CMAQ/Variables/PM2.5等形式
这部分包含的时 wrf-python 模块中的API，如果wrf-python提供的函数不能满足你的需求，你也可以根据已有的API重新编写一个处理函数或是其它的诊断函数。...当然，大多数时候我们仅需要wrf-python已经提供的诊断函数和其它可调用函数，可能都不会使用到这些API。...用户API 方法 诊断 从WRF输出中返回基本诊断变量 插值 返回3D场插值到2D平面(指定垂直层)的值 坐标转换 返回经纬度坐标对应的X,Y坐标 网格去栅格 返回去栅格化后的变量，与NCL中的wrf_user_unstagger...Projection 基本类 存储地图投影信息的基类 Projection 基本类方法 返回一个matplotlib.mpl_toolkits.basemap.Basemap 地图投影对象 Projection 子类 wrf.WrfProj
但遗憾的是PyNGL和PyNIO仍不支持Windows系统(除了Win10的 Linux子系统外)。...ECWMF提供了cfgrib工具可将grib格式转换为NetCDF格式，cfgrib库支持Mac，Linux和windows系统。...•HDF格式：pandas和h5py可以处理hdf5格式，PyHDF可以处理hdf4格式。...模式输出处理 •wrf-python：对于使用WRF模式的来说使用最为频繁的模式输出后处理工具之一。...•salem：这个库包含了数据处理和可视化几乎所有功能，就放这里吧，毕竟也提供了不少WRF模式后处理和前处理的函数。
ECWMF提供了cfgrib工具可将grib格式转换为NetCDF格式，cfgrib库支持Mac，Linux和windows系统。...•HDF格式：pandas和h5py可以处理hdf5格式，PyHDF可以处理hdf4格式。...模式输出处理 •wrf-python：对于使用WRF模式的来说使用最为频繁的模式输出后处理工具之一。•salem：这个库包含了数据处理和可视化几乎所有功能，也提供了不少WRF模式后处理和前处理的函数。
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