Biomart MCP

一个与Biomart交互的MCP服务器

模型上下文协议（MCP）是由Anthropic开发的开放协议，用于标准化应用程序如何为大型语言模型提供上下文。在这里，我们使用MCP Python SDK创建了一个通过pybiomart包与Biomart交互的MCP服务器。

有一个简短的演示视频，展示了Claude Desktop上运行的MCP服务器。

安装

通过Smithery安装

要通过Smithery自动为Claude Desktop安装Biomart MCP：

npx -y @smithery/cli install @jzinno/biomart-mcp --client claude

克隆仓库

git clone https://github.com/jzinno/biomart-mcp.git
cd biomart-mcp

Claude Desktop

uv run --with mcp[cli] mcp install --with pybiomart biomart-mcp.py

Cursor

通过Cursor的代理模式，其他模型也可以利用MCP服务器，例如来自OpenAI或DeepSeek的模型。点击Cursor设置齿轮图标，导航到MCP，然后将MCP服务器添加到全局配置中，或者通过将.cursor/mcp.json添加到项目中，将其添加到项目范围。

示例.cursor/mcp.json：

{
    "mcpServers": {
        "Biomart": {
            "command": "uv",
            "args": [
                "run",
                "--with",
                "mcp[cli]",
                "--with",
                "pybiomart",
                "mcp",
                "run",
                "/your/path/to/biomart-mcp.py"
            ]
        }
    }
}

Glama

开发

# 创建虚拟环境
uv venv

# MacOS/Linux
source .venv/bin/activate

# Windows
.venv\Scripts\activate

uv sync #或 uv add mcp[cli] pybiomart

# 以开发模式运行服务器
mcp dev biomart-mcp.py

功能

Biomart-MCP提供了多种工具与Biomart数据库交互：

• Mart和数据集发现：列出可用的marts和数据集以探索Biomart数据库结构
• 属性和过滤器探索：查看特定数据集的常用或所有可用属性和过滤器
• 数据检索：使用特定属性和过滤器查询Biomart以获取生物数据
• ID转换：在不同生物标识符之间转换（例如，基因符号到Ensembl ID）

贡献

欢迎提交拉取请求！关于开发的一些小提示：

• 我们在这里仅使用@mcp.tool()，这是为了最大化与支持MCP的客户端的兼容性，如文档所示。
• 我们使用@lru_cache来缓存计算成本高或进行外部API调用的函数的结果。
• 我们需要注意不要超出模型的上下文窗口，例如你会在很多地方看到df.to_csv(index=False).replace("\r", "")。这种CSV风格的返回比df.to_string()更节省token，因为后者的大部分token是空白。还要注意，从染色体中提取所有基因或类似的大请求也会超出上下文窗口。

潜在的未来功能

当然可以添加更多功能，其中一些可能超出了biomart-mcp名称的范围。这里有一些想法：

• 使用bs4进行资源网站的网络抓取，例如我们获取了NOTCH1的Ensembl基因ID，然后在某些情况下，从UCSC页面抓取整理的Comments and Description Text from UniProtKB部分可能很有用。
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