PyMOL-MCP：将PyMOL与Claude AI集成

PyMOL-MCP通过模型上下文协议（MCP）将PyMOL与Claude AI连接起来，使Claude能够直接与PyMOL交互并控制它。这种强大的集成使得通过自然语言进行对话式结构生物学、分子可视化和分析成为可能。

https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36

功能

双向通信：通过基于套接字的服务器将Claude AI连接到PyMOL
智能命令解析：对PyMOL命令进行自然语言处理
分子可视化控制：操作表示、颜色和视图
结构分析：执行测量、对齐和其他分析
代码执行：从Claude在PyMOL中运行任意Python代码

安装指南

前提条件

系统上已安装PyMOL
已安装Claude桌面版
Python 3.10或更新版本
Git

第一步：安装UV包管理器

在macOS上：

brew install uv

在Windows上：

powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%

对于其他平台，请访问UV安装指南。

第二步：克隆仓库

git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp

第三步：设置环境

创建并激活Python虚拟环境：

python -m venv venv

在macOS/Linux上：

source venv/bin/activate

在Windows上：

venv\Scripts\activate

第四步：安装依赖

在虚拟环境激活的情况下：

pip install mcp

第五步：配置Claude桌面版

打开Claude桌面版
转到Claude > 设置 > 开发者 > 编辑配置
这将打开claude_desktop_config.json文件
添加MCP服务器配置：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "[Full path to your venv python]",
      "args": ["[Full path to pymol_mcp_server.py]"]
    }
  }
}

例如：

{
  "mcpServers": {
    "pymol": {
      "command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
      "args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
    }
  }
}

**注意：**使用您系统上的实际完整路径。在Windows上，请使用正斜杠（/）而不是反斜杠。

第六步：安装PyMOL插件

打开PyMOL
转到插件 → 插件管理器
点击“安装新插件”选项卡
选择“选择文件...”并导航到克隆的仓库
选择pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件
点击“打开”并按照提示安装插件

使用

启动连接

在PyMOL中：
- 转到插件 → PyMOL MCP套接字插件
- 点击“开始监听”
- 状态应更改为“正在监听端口9876”
在Claude桌面版中：
- 在聊天时，您应该在工具部分看到一个锤子图标
- 点击它以访问PyMOL工具

示例命令

以下是一些您可以要求Claude执行的操作示例：

“加载PDB 1UBQ并将其显示为卡通”
“按二级结构为蛋白质着色”
“用棒状表示突出显示活性位点残基”
“对齐两个结构并显示它们的差异”
“计算这两个残基之间的距离”
“将此视图保存为高分辨率图像”

故障排除

连接问题：在从Claude尝试连接之前，请确保PyMOL插件正在监听
命令错误：检查PyMOL输出窗口以查看任何错误消息
插件未出现：重新启动PyMOL并检查插件是否正确安装
Claude未连接：验证Claude配置文件中的路径是否正确

限制与注意事项

套接字连接要求PyMOL和Claude在同一台机器上运行
一些复杂的操作可能需要分解为更简单的步骤
在使用实验功能之前，请始终保存您的工作
加入我们的Bio-MCP社区以进行故障排除、提供反馈和改进Bio-MCPS！https://join.slack.com/t/bio-mcpslack/shared_invite/zt-31z4pho39-K5tb6sZ1hUvrFyoPmKihAA

贡献

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许可证

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