mapman-安装与配置

mapman简单介绍

上一篇推文，我们已经大体知道了mapman是啥以及它有啥用，点击跳转。接下来，我们侃侃，mapman怎么用？

首先必须明确说明一点：

Mapman可以用于模式生物，也可以用于非模式生物

Mapman可以用于模式生物，也可以用于非模式生物

Mapman可以用于模式生物，也可以用于非模式生物

以免有朋友还是要问我…..其实mapman本身已经包括了不少非模式生物的映射信息。

下载与安装

下载： 访问mapman主页（https://mapman.gabipd.org/），从右侧的News，可以看出mapman得到持续地维护，是一个活着的软件。

跳转下载页面

下载页面中，包含了三大主流操作系统打包好的安装程序。

exe后缀，自然windows系统的安装程序，下载，双击安装，与常见程序安装类似

jar后缀，即java程序，linux或者Mac系统默认自带Java，一般就是下载双击即可，或者是通过命令行启动。类似的操作在任何带有Java运行环境的PC上均可

dmp后缀，Mac的Dockerfile？镜像文件，用Mac的朋友就知道啦，双击搞定

根据自己的操作系统，点击三个链接中的一个，进行下载，（国外网站，下载速度可能不快，生信札记，知识星球的朋友可直接到星球下载）

待下载完成，即可进行安装。下面以windows下程序的安装为例

mapman在windows上的安装

mapman的安装与其他windows程序基本没差别，双击安装即可（语言肯定选择Eng….毕竟没有中文，而其他语言我也看不懂）

一般直接默认安装即可，如果遇到权限问题，那么就调整安装路径，Note：一般不建议选择路径中有空格的路径，这个在mapman中没问题，但对其他就不一定了

启动程序（其实才是mapman安装的开始）

Note:mapman安装需要联网，请确保网络通畅，再行启动，要不网络中断可能需要清理中间文件，重新初始化mapman，麻烦

从开始菜单，或者桌面找到Mapman的启动图片，打开Mapman即可

其会询问是否设置代理，直接跳过，点击确定。随后是设置放置Mapman数据库的位置，自行设定一个即可，

Mapman收录的数据较多，数据库也相对较大。在SCAU强大的网络环境，一般情况下，点击确定之后，电脑室温过夜。在此期间，mapman从Mapman的官网，下载其

mapping data，即多个物种的基因ID的BIN信息，类似基因的GeneOntology信息，包括了水稻，玉米等

2.pathway data and map，即每个BIN对应的通路位置，以及通路图片。

3.示例数据

今日到此

大年初三，出去聚餐。看着字数也差不多，微信推文写太长也不好哈，明天继续。

感兴趣的朋友请先下载，安装以及过夜放置你的电脑 T_T

接下来应该是，基本操作说明：

可能是

1.模式植物-或mapman数据库收录了的物种的操作

2.非模式植物-或mapman数据库没有收录的物种的操作

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