Python->提取两个文件中相同样本信息

最近在学习Python，将此语言运用到实践操作中，刚好想利用这个还比较生疏的语言提取两个文件中相同样本信息，A文件格式如下：

B文件格式如下：

基本思路：先读取A、B文件，分别存在列表A_list、B_list中，逐一取出A_list中的数据项，检查是否在B_list中，若在则加入最终的列表C_list中。

第一步：先从A.info.txt、B.risk.txt中提取Sample ID，然后赋给列表A_list、B_list；

with open(inputfile1,"r") as rf:

for line in rf:

id=line.split('\t').pop(0)

A_list.append(id)

#print A_list

第二步：逐一取出_list中的数据项，检查是否在B_list中，若在则加入最终的Sample_id：

Same_id=[]

for id in A_list:

if id in B_list:

Same_id.append(id)

亮点是“if id in B_list:”我们可以用这样简洁的语句实现查询。

完整代码如下：

#!/usr/bin/python

# Filename : GetSameSample.py

import sys

import os

inputfile1 = sys.argv[1]

inputfile2 = sys.argv[2]

A_list=[]# get every the whole ids from A_list and B_list,

with open(inputfile1,"r") as rf:

for line in rf:

id=line.split('\t').pop(0)

A_list.append(id)

#print A_list

B_list=[]

with open(inputfile2,"r") as rf:

for line in rf:

id=line.split('\t').pop(0)

B_list.append(id)

#print B_list

Sample_id=[]# check every id in A_list, to find that wheather is

for id in A_list:

if id in B_list:

Sample_id.append(id)

#print Sample_id

for id in Sample_id:

print id